该机构是日本外务省下属情报机构，中国自八十年代改革开放后，该机构以教育交流为名，重新进入中国活动。

1868年伊始，日本实行自上而下的维新运动，颁布一系列的法律法规，进行一系列的改革，开始确立了资本主义，国力逐渐充实，并且由此走上了军国主义道路。虽然日本刚刚摆脱困境，但是侵略野心迅速膨胀，制定了对外扩张的基本国策，即“大陆政策”，其首要目标就是中国。从此，日本在不断对中国进行军事侵略和经济掠夺的同时，还想方设法进行文化侵略，并且借助披着文化、教育外衣的日本人所办文教机构，配合其军事侵略和经济掠夺。日清贸易研究所、东亚同文书院，便是其中的典型。

甲午战争前后，日本的大量间谍涌入中国，从官方派遣到民间自发。从最初的军人基本技能、勇气、向忍者精神学习的信念，到对天皇《御笔信》的忠诚。他们前赴后继，这些日谍开始渗透进中国的每一个角落。他们孜孜不倦的研究着中国的每一寸肌肤，在市井巷陌，在政客朱门；他们侵蚀着中国每一个细胞，政治、军事、经济，乃至国民意识形态。随着对华间谍事务的展开，庞大的工作，使一些谍报精英们意识到间谍培养是一门系统科学。于是，便有了荒尾精、根津一开设的汉口乐善堂到日清贸易所到东亚同文书院；有了上海虹口日占区井上公馆；有了日本中野陆军学校，等等。如同一个个毒蛇的巢穴，培养出了数以千计的职业间谍，吐着骇人的蛇信，死死地缠绕在中华躯体之上。

仍被日本当做思想者、巨人供奉的日本巨谍荒尾精在成功经营了汉口乐善堂，取得了初步的第一手中国各阶层人文资料后，得出了这样的一个结论：为了扩充军备，估计要花费10年时间和3000万元经费，日本当前的财政能力无法支撑这么沉重的开支，所以，唯一的出路就是开源，积极向外进行商战，与西方列强争夺中国市场，争取打败英国的东印度公司，让日本国旗飘扬在亚洲每个通商口岸，才能赚出这笔钱来。而要进行这么庞大的计划，什么最宝贵？人才！因此，荒尾精开始着眼培养能为日本争取到最大利益的人才学校，间谍学校-创办日清贸易研究所。日本政府的上层官员中立时采纳了他的建议，但日本实在太穷了，又在不断增加军费开支，财政无法负担荒尾精的办学计划。原先，厚生省同意将北海道的林场出售，提10万元给荒尾精办学，但后来厚生省换了大臣，这个预算被削减。荒尾精只好再次到处化缘，在参谋次长川上操六的帮助下，首相山县有朋同意从内阁秘密经费中给他拨了4万元，川上操六还把自己的房子抵押给银行，贷款几千元，借给了荒尾精。

经费不足的困难，荒尾精不得不把原计划的300人招生规模削减了一半，学制也定为三年,课程包括汉语、英语、中日问题等，毕业后在中国实习一年。经过他在日本全国巡回演说动员，多方物色，通过考试招到了150名学员。日本官方对此表示了高度的重视，川上操六亲自为学员们训话，而参谋总长有栖川宫亲王也接见了全体学员，这在日本教育史上也是破天荒的。

这些未来的间谍们集体来到上海后，住进了十分简陋的校舍，地点就在英租界的大马路泥城桥畔。150名学生被分成3个班，有宗方小太郎及两名日本现役军人小山秋作、西村梅分别担任班主任（“干事”）。开学伊始，校方便开始在间谍技能之外，重视培养学生的“思想品德”。一首贯彻该校“兴亚”思想的校歌便应运而生：“日本少年向中国远航，一百五十人弦诵一堂。若问吾辈何所思，将见东亚万里无云乾坤朗……”1893年6月，日清贸易研究所第一届89名学生毕业。当时正在中国进行军事考察的参谋次长川上操六，亲自赶到上海参加了首届毕业典礼。

这些高歌着“东亚万里无云乾坤朗”的“日本少年”间谍们，在随后爆发的甲午战争中，为他们心目中的理想出生入死。当时支持学校教务的根津一，向学员们发出了呼吁：“日清之战迫在眉睫，此战系以自诩富强之清帝国为敌手，不容乐观。所幸诸君通晓华语，又多少熟悉中国事，所以希望诸君暗察敌军军情及其他内情，为皇国效力。”当时有十多个学员已经蓄起了发辫，很容易装扮成中国人，其他未留发辫的，则干脆剃光扮做和尚，四处刺探军情。

荒尾精等看到这正是“报国”的好机会，主动向军方提出，希望征召学员们入伍。日军从乐善堂和日清贸易研究所人员中，征召91人，在广岛大本营进行了简单的集训，分配到各军中。除了十余人继续改装侦察后，大多数人都做了随军翻译，同时协助日军进行政战，这些年轻人成了日本军队的耳目和向导。

这样一支年轻的间谍团队，在为日本军队提供重要的谍报保障的同时，也向中国乃至世界展示了明治维新后的日本咄咄逼人的崛起。这些青年间谍在中国所展现出来的坚忍、顽强、忠贞乃至视死如归的精神，实事求是地说，作为间谍这个职业，他们是尽职且让所有同行刮目的。正如藤岛武彦留在中国官方文件中的结语：“我说间谍也是敌国忠臣，这有何妨。”而吊诡的是，这些为日本侵华做马前驱的青年人，几乎无一例外地都是兴亚主义者，他们并不认为这是对中国的侵略，而将自己的行为看做是振兴亚洲、解放中国的崇高事业。正如其中的著名思想家宗方小太郎所总结的，黄种人要对抗白种人的欺凌，惟有改革与自强，而前提必须是革除中国的弊政；先征服中国，是日本团结和领导中国一起崛起的必要条件。所以，侥幸躲过了战争时期清廷搜捕的日本间谍，日后都大力鼓吹中日友好，都在中国建立了相当广泛的人脉，甚至被中国的革命者看做是“驱除靼虏、恢复中华”的“同志加兄弟”。

其实，那个时期的日本间谍们，正代表了这个国家的青春躁动，带着相当浓厚的理想主义色彩。梁启超在日本所起草的《少年中国说》，那些朗朗上口的激昂语汇：“红日初升，其道大光；河出伏流，一泻汪洋；潜龙腾渊，鳞爪飞扬；乳虎啸谷，百兽震惶……”不仅是对心目中未来中国强盛的期盼，又何尝不是对对当时日本奋进的描摹和钦羡。而这种热情、进步，不断强大的青春气息，成为日本成为甲午战争后的中国学习的主要对象。那个时期，大批怀揣强国梦想的中国青少年们，远渡东洋，去这个侵略自己国家的地方，寻求强国的方法和知识。历史真是一个悖论，甲午之后，弥漫中国大江南北的是亲日情绪，而非仇日情绪。

而因为战争被迫关闭的日清贸易研究所，虽然只毕业了一届学生，但正是这些毕业生，成为日后日本侵华的急先锋以及重要骨干分子。它的余脉、血液、骨干、培训方式，乃至精神，被日后的东亚同文书院全盘继承了下来。

明治维新后的日本在与西方的接触和交往中，逐渐认识和了解了西方文明，特别是中国被英国打败后，“以鸦片战争为契机，（日本人）对英国日趋关心。因为英国击败了自古以来被日本奉为楷模的中国”。更深刻体会到科学技术和现代机器的巨大现实力。1862年日本的幕吏、藩士、商人乘“千岁丸”到上海，亲历中国社会，看到的是一个内忧外患交迫、民不聊生的破落国家，与往昔从书本上获得的“天朝”印象形成巨大的反差。明治维新之后，来华访问的日本学者、商人、政客、军人络绎不绝，通过对中国的考察，日本人的中国观已由崇仰转为鄙薄。1874年发生日本侵台事件后，日本人对中国大陆更加关注，深感中国问题不能忽视，开始组织社团研究中国问题。最早成立的社团是“振亚社”，首倡者是大久保利通，该社无具体章程。“振亚社”成立不久，因大久保利通被暗杀而解散。1880年继承了“振亚社”的“兴亚会”成立，该会附设学校，招收日本学生，专授中国语文，在该校肄业的学生达100多人，其中著名的川岛浪速、小田切万寿之助等人在明治中期以后，成为中日外交界或财经界颇为活跃的人物。“兴亚会”1900年并入东亚同文会。

十九世纪八、九十年代，13本兴起了一股“脱亚人欧”的思潮，代表人物是福泽谕吉。此时的日本不仅热衷于欧美问题，而且认为关心中国的人是迂腐之人。日本陆军大臣大山严就持这样的看法。当东亚同文书院的创办人荒尾精向大山严陈述赴华志向时，大山严对荒尾的行为极不理解，“一般俊杰都争先前往欧美留学，你为何急着到那落后的清国去”。荒尾回答说，“就是因为大家都陶醉于欧美，而对清国却不屑一顾，才想到清国去”。大山岩又问：“你去清国的目的何在？”荒尾精回答说：“取得中国好好统治它。”这典型地反映了日本人对欧美的崇拜和对中国的野心。

与“脱亚论”兴起的同时，在一部分对中国有野心的日本人中出现了“兴亚论”，他们以复兴亚洲与欧美抗衡为目标，其要领在于以日本作盟主，将三国连在一起，藉此扩大日本的防卫线，最终目的是寄希望清国成为日本的“西部屏障”。中法战争爆发后，日本形成新的对清认识，他们从日本自存、经济发展的角度重新审视中日两国的关系，认为应该重视中国，将中国变成日本发展的好市场，以中国养日本的实力。这些经略中国的人物还亲自到中国实践他们的理论。1884年8月7日，日本自由民权家中江兆民、末广重恭、植木枝盛等人在上海创办了东洋学馆，这是日本在上海，也是在中国创办的最早的培养日本人的学校。该学馆到1885年9月关闭。尽管学馆存在的时间短，招收的学生又很少，只有十几名。但该学馆培养的学生在中法战争及以日本对中活动中均发挥了很大的作用，日后不仅成为东亚同文会的骨干，而且在汉口乐善堂、日清贸易研究所、东亚同文书院等在中国的文化教育活动中均成为中心人物。

1886年，受参谋本部的派遣，荒尾精带着特殊任务到汉口，在得到了早期经略中国的岸田吟香的资助后，开办汉口乐善堂，网罗日本在中国各自为战的大陆浪人，组织了第一个日本在中国的谍报机构。汉口乐善堂人士在中国进行了大量的调查活动，其调查报告于1892年由根津一等人编辑成《清国通商总览》一书，共两编三册2300多页。该书不仅是日本最早有组织的集体调查的成果，也是日本以实际调查所得资料将中国社会、政治、经济等问题加以综合整理公诸于世的最初文献。该书“问世之后，使世人因而了解了老大帝国的实情，有识之士莫不感奋”的赞誉。1890年荒尾精得到日本政府的资助后，在上海创办了日清贸易研究所，培养所谓的“中国通”，这些学生在随后的甲午战争中，或搜集中国的情报，或作随军翻译，致使该所有好像专为中日战争而设之概。

甲午战争后，日本从中国得到很多的利益，但是，三国干涉还辽给日本以很大的震动，尤其是俄国势力在辽东半岛的伸张，以及德国插手山东半岛，进一步引起日本检讨东亚局势问题。因此，甲午战后在日本兴起了中国问题研究热，像日本的帝国大学、早稻田专门学校的学生对中国问题感兴趣的都不在少数。早稻田专门学校的有志之士，与有同样爱好的学生，结成时事研究会，邀请参谋本部的福岛安正、宇都宫太郎、田村怡与造等人讲述中国时事。在研究中国问题时，热心中国事物的人士组织了许多有关的”兴亚”的组织团体、机构。1897年春，长期对党派活动非常积极的犬养毅，聚集了明治中期新闻界的重要人物，如陆羯南、三宅雪岭、志贺重昂、池部吉太郎以及政治家议员平冈浩太郎、江藤新作和中国留学生的积极分子井上雅二组成东亚会，其主要目的是研究中国当前形势，发表他们的看法。

在东亚会成立的同时，1897年井手三郎代表旅日华侨中的有志之士，谒见近卫，告以为了启迪中国人，拟筹组匡救东亚时局的机关，意欲敦请近卫为首领。当时倡议的人计有岸田吟香、宗方小太郎等人，而与近卫笃磨有密切关系的陆实、池边吉太郎、大内畅三等也都参加，另外长冈护美、犬养毅、佐佐友房也参与过来。1898年6月，成立了以近卫为首的同文会。

东亚同文会是由“东亚会”和“兴亚会”两个团体合并而成的。由于两会的会员相互交错，关系密切，按照大隈内阁的要求，经反复磋商，于1898年11月2日正式合并，更名为东亚同文会。从1899年开始，东亚同文会每年从外务省机密费中获得4万日元津贴，同时外务省要求东亚同文会忠实地向外务省汇报情况和报告，使该会成为20世纪初20多年间日本对中国进行研究及文化事业最重要的机构。1899年春，东亚同文会召开春季大会，制订了四项建会纲领：“支那保全”；扶助支那及朝鲜的改善；研究中国及朝鲜时事，以期行动；唤起日本国内社会舆论。

1899年10月，时任两江总督的刘坤一在南京会见了从欧美各国巡游回国、途径上海的近卫笃磨。在近卫到来之前，刘坤一已经会见过日本参谋本部的人，尤其是1899年4月，刘坤一在南京与福岛安正会晤后，希望雇请日籍教师及专家来华，以图在军事、矿务及工业等方面实现现代化。因此，近卫的设想和刘坤一的一拍即合。同年12月，刘坤一会晤了日本驻上海总领事小田切万寿之助和东亚同文会的代表，决定正式成立南京同文书院。

1900年5月，南京同文书院成立，担任院长的是东亚同文会的干事长佐藤正。不久，佐藤因病辞职，由根津一接任。南京同文书院招收中日两国学生，目的是使两国学生增深了解，加强友谊，作为将来提携的基础。学制三年。第一届共招收学生20人左右。学生分两个班，同文会的留学生和有一定外语素养的为第一班，其他的人为第二班。学院开学三个月后，义和团运动已经从华北波及到了长江流域。书院听从刘坤一的建议，将书院的师生迁到上海跑马场附近的退省路。南京同文书院的短暂历史结束。

1900年8月，南京同文书院迁到上海后，更名为东亚同文书院，院长根津一。

东亚同文书院的学生是从日本各地府县选拔来的。第一期学生共从一府十六县招收了公费留学生51名，再加上自费生4名，共计55名。第一期学生到上海之前，于1901年4月30日在东京华族会馆举行了入学式。在入学式上，近卫会长叙述了书院设立的经过，并对他们提出了要求；根津讲述了将全体学员召集到东京的深刻含义。入学式之后，学生先后到东京、大阪、神户、京都等地参观，后来又增加了拜谒皇宫。这种人学形式成为书院的一个传统。由于学生在各大城市参观时所住的旅馆都是当地最好的旅馆，给学生留下了终生难忘的印象。

东亚同文书院自建院以来，始终处于动荡的战争年代，校址几次变迁。

1、退省路时期（1900年8月-1901年4月）

刚刚迁到上海的临时校址。书院在此存续8个月。

2、桂墅里时期（1901年5月-1913年7月）

1901年5月书院移到高昌庙桂墅里，5月26日，举行了开院式，参加开学典礼的有东亚同文会的副会长长冈护美子爵、日本驻上海总领事小田切万寿之助、两江总督兼南洋大臣刘坤一的代表上海道台袁勋树、湖广总督张之洞的代表上海知县刘怡、盛宣怀等中外人士数百名。张之洞将刻有《诗经》的石刻作为纪念赠送给书院。

东亚同文书院成立之初，有两个专业，一是商务科，一是政治科，学制三年。书院为了学生今后赴中国内地旅行积累经验，1901年11月，书院将学生分为两班，赴苏州、杭州进行见学旅行，这一活动成为后来历届见学旅行的恒例而坚持下来。1902年8月，一期生38名在森教授的带领下，赴山东的芝罘、威海卫进行为期两周的修学旅行，延续了从乐善堂到日清贸易研究所徒步考察中国人文、地理的传统。

1902年书院为了丰富学生业余文化活动，使学生之间进行了解、沟通，增进学生之间的友谊，也缓解学生的思乡之苦，书院创建了学友会。活动内容分为两大类，一类是座谈性质的茶话会；另一类是组织体育活动，学友会包括四个部（网球部、棒球部、远足部、击剑部）。学生皆为会员。

1913年7月初具规模的书院被战火所毁。书院临时迁回在日本长崎县大村町租界寺庙临时上课。

3、赫司克尔路临时校舍时代（1913年-1917年4月）

由于旧校舍为战火所毁，1913年10月，在上海赫司克尔路33号的临时校舍建设完成。大村的师生和大旅行中的三年级学生也回到书院。1914年，为开发中国资源培养人才，东亚同文会向日本政府建议增设农工科。经日本政府同意，书院于当年9月增设农工科，该科历时8年，先后共毕业60名学生。

在此期间，书院又在公共租界的西端，靠近法租界的徐家汇虹桥路购买了土地，开始了新校舍的建设。由于高昌庙校舍是在战火中被焚的，日本借此向中国索取所谓赔偿金作为新校舍的建设费达22．5万元，在此基础上东亚同文会拨付了一部分资金，书院的师生集资一部分，共耗资35万元，新校舍于1917年4月22日正式竣工。

4、徐家汇虹桥路校舍时代（1917年4月-1937年9月）

1917年4月书院迁到徐家汇新校舍，时间长达20年。

1918年书院向日本政府申请新设中华学生部，经帝国会议批准后于1921年正式招生。1918年10月，为了更积极地、有组织地研究中国，成立了以教头森茂为部长的中国研究部。

1920年起，为了与日本国内学校教育同步，将入学时间由8月改为4月，学制由三年延长到四年。

1921年7月，据日本政府13日第328号敕令，书院为外务省直接管辖的专门学校。

1937年7月由于日本发动全面的侵华战争，9月15日上海市警察局接收了同文书院，10月徐家汇校舍被战火烧毁。物产馆存放的日本从中国各地搜刮来的物产样品8千余件遭毁坏，图书馆被烧，其中被烧毁的日文书25000余册，中文书52000余册，西洋书8200余册，共计85300余册。校舍经过这次炮火的袭击，基本上荡然无存。

5、霸占交通大学时期（1938年4月-结束）

1938年4月，日本宪兵队和日本东亚同文书院霸占交通大学徐家汇校舍，此后，书院一直霸占交大校舍至1945年8月抗战胜利才归还。在此期间，书院升格为大学。

6、东亚同文书院大学时期（1939年1月-1945年8月）

1937年书院到长崎避难后，在书院里上至大内院长，下至在校的学生和教师希望书院升格为大学，已毕业的书院生也希望母校升格为大学。当时担任书院院长的大内畅三就东亚同文书院的升格问题，向毕业生发出了一封信，认为书院升格为大学很有必要，这个时期也是把本书院作为中国研究的最高学府的绝好机会。

1938年1月，书院与东亚同文会及有关方面就此事进行了磋商。东亚同文会对这个建议也十分赞同。

1938年1月8日，由近卫文磨会长向有田八郎外务大臣提交了《东亚同文书院设立申请书》。

1939年1月得到国会的同意，决定将同文书院升格为大学。

1943年10月，随着日本在中日战场的吃紧，学生动员制度强化了，针对书院征兵优遇的特殊恩典停止了，月末实行临时征兵检查。

1944年10月，随着时局的重大变化，编成学徒劳动队，在陆海军的军需工场进行劳动服务。

1945年战况对日本越来越不利，上海至长崎的航线十分困难，46期学生已不能到上海。

1945年5月，通过与各方面的交涉，借用富山县吴羽所在吴羽航空机株式会社的工场和宿舍作为新的校舍。

1945年9月15日，日本投降一个月之后，中国军队进驻书院租借的交通大学，开始对书院大学进行接收。东亚同文书院的历史阶段彻底结束了。

日本人在中国开办的东亚同文书院，历时长达45年，培养了一大批从事中日经济、贸易、文化、教育、外交等领域的人才，为中日文化交流曾起到一定的作用。但是，由于上海东亚同文书院所处的时代，正是中日两国国力与国际地位发生剧变的特殊时期，也是日本侵华逐步加剧的时期，再加上该书院本身的半官方身份（接受外务省机密费资助），其所作所为早已不是完全意义上的教育机构，更重要的是为日本的侵华战争和对华殖民需要服务。

东亚同文书院最引以为荣的是“大旅行”，最值得骄傲的是调查报告。从第一期学生到日本战败，书院的旅行调查持续了45年，参加者达5000多人，旅行路线700多条，仅第5期~42期学生的旅行线路达676条，足迹遍及除西藏以外的中国所有省份，个别的调查小组远达东南亚、俄国的西伯利亚及远东地区，被称之为世界最大的旅行调查。旅行调查的内容无所不包，仅第5期~42期学生留下的旅行志就达32部、数十亿字的调查报告书，其深度和广度超过了旧中国历届政府对中国的任何一次调查。1906年有一位英国军官在参观完书院后，听到一位中国官吏说：“1870年，德法战争之时，德国人了解法国的事情要比法国人详细；日本人了解中国胜过中国人对本国的了解。”这些调查活动经过整理之后，除了书院和东亚同文会各保存之外，还必须送参谋本部、外务省、东亚同文会各一份，这样调查活动就与日本侵略中国的军事、政治、经济行径连在了一起，同文书院这样的行动并形成大量的文字说明，为日本侵略中国提供了大量准确的情报。而且，其中部分调查是直接受日本政府的指派而进行的。调查旅行历时最长的一次，是2期生林出贤次郎1905年的新疆调查旅行，共274天，跋涉天山北路，直抵中俄边境的伊犁（此人后来成为伪满皇帝溥仪的随从翻译）。1905年，书院学生林出贤次郎、波多野养作等人受日本政府委托开始奔赴新疆伊犁进行调查，这是英日同盟成立之后，为了共同的利益，双方约定合作调查俄国在远东的势力，英方负责从印度到新疆西南之线的调查，日方调查从新疆伊犁到蒙古的库仑之间的地区。7月18日，林出贤次郎从北京出发，单骑出玉门关，经吐鲁番、乌鲁木齐、直达伊犁，历时一年多；波多野养作则历时21个月，从乌鲁木齐向青海、宁夏而返。另外三名学生分别赴乌里雅苏台、库伦、布多等地。林出贤次郎等人调查结束后，完成了《外蒙古视察复命书》等报告。由于林出等提交的情报详细而且从政府中获得了中国的许多鲜为人知的实情，对其决策有十分重要的参考价值。故除很多奖励外，还被外务省录用为官员。东亚同文书院将学生将所获情报编辑成册，名为《大旅行志》《深入内地》《大陆漫步》等。他们把搜集到的政治、经济情报撰写成所谓的调查报告，每年印五份抄本，分别提交日军参谋本部、外务省、农商务省，东亚同文会、同文书院也各保存一份。后来以这些调查报告为基础，同文书院出版了《支那经济全书》和《支那省别全志》，类似于对中国综合国力的普查。毋庸置疑，这些调查报告为日本制定侵华政策提供了难得的参考情报。同文书院在华活动45年，培训了5000多名情报人员，仅毕业大旅行侦察线路，就多达700余条，足迹遍及中国各地，积累了如山资料，多保存于爱知大学。

鉴于对书院完成“负有国家重大使命的大旅行”的奖励以及为后续服务的后勤保障更加完善，自1907年开始，日本外务省出资3万元（每年1万元）作为书院中国旅行的补助金。大旅行有了经济保障，遍及中国各个角落的大旅行开始进入了成熟期。而1937年第37期生的大旅行，则“应时局之需要，以长江流域和海南岛为主要范围，分别编成了占领地区工商业、在华日人居住状况、外国人权益状况、日人在华发展状况和新政权的经济统制等各个调查班”。东亚同文书院的毕业生大部分都留在了中国，进入了日本在华的军政外交机构、工商企业和各地的伪政权，尤其是在满铁，毕业生多得难以统计清楚。学生之外，初创时期的森茂教授，是个著名的“大陆浪人”，1907年到满铁调查部工作后，参与了川岛浪速的满蒙独立运动。书院学生直接参加侵华战争或作随军翻译更是不计其数。回到日本的也从事与中日关系有关的工作，直接服务于日本的军方和政府。

全面抗战开始，东亚同文书院便撕扯下了学术机构的面纱，开始明目张胆地配合侵华日军活动。以“学徒出征、翻译从军”为名，协助日军作战。据1938年的调查，该院2684名毕业生中有1487人留中国，其中有415人在日本侵华机关和伪满及蒙疆机关中服务，剩余的均在日本在华企业、银行、商务等部门工作。由于该院与日本外务省有不寻常的关系，其毕业生曾任职于外务省的有近200人之多，日本在华领事馆内布满了书院毕业生。另外，该院同侵华组织“满铁”有很深的关系，其毕业生从第一期起，差不多每年都有在“满铁”就业的。而“上海东亚同文书院”与沈阳的“满铁调查部”，被并称为日本在中国南北方设立的两大情报调查系统。

上海东亚同文书院曾先后派出14批“中国通”间谍，以旅行为掩护，到中国各地实况测绘5万分之一标尺的军用地图。测绘路线包括新疆、内蒙古、西藏等偏远地区。这些地图往往精确到地表的一棵树一间房，将路径、矿场、水源等相关信息全部涵盖，标注尤其细致入微。这些事关中国生死的绝密地图，在日军侵华过程中，起到了极为关键作用。仍有大批日本人在中国非法测绘地图，其目的何在？

此外，1918年，上海东亚同文书院增开中华班，招收中国籍学生，共办11届，毕业生约百人。这批人中包括后来的76号头目李士群。

1919年，东亚同文会为培植亲日势力，决定以退还庚子赔款为名，在天津、汉口设立同文书院附属学校，由众议员柏原文太郎筹办。

1921年12月，天津同文书院在海光寺日本兵营附近成立，主要招收中国学生（1925年改为“中日学院”），该校校址即今津师范大学北院。

汉口同文书院位于古德寺附近，被当地人称为东洋学堂，1927年改为私立汉江中学（1945年后勒令关闭）。

东亚同文会及东亚同文书院，成为了日本在侵华战争过程中最重要的情报机构之一。骨干成员中仅担任过日本首相的就多达6人（大隈重信、犬养毅、内田康哉、近卫文麿、清浦奎吾、阿部信行）。当然，毒蛇巢穴中并非是铁板一块，也有着思想的冲撞，以及敌对的博弈。对于中国近代史产生过重大影响。“革命宣传家”邹容、辛亥革命的主要参与者之一刘公，均于1902年肄业于日本东京同文书院。上海日本特务机关“岩井公馆”创始人岩井英一、满洲鸦片大王里见甫、日籍中国共产党员中西功、西里龙夫、白井行幸、尾崎庄太郎等，中共著名特工，情报战线负责人之一，解放后浙江省主要领导人之一的沙文汉，均毕业于上海东亚同文书院。

日本前首相、公爵，日本侵华祸首之一，日本法西斯主义的首要推行者近卫文麿就曾特函书院，称“战争以来，学生从军或协助日军行动，对国家贡献很多。”总之，东亚同文书院尽管在中日文化交流史上多少有值得文化意义的一面，但其更主要的职责就是成为日本侵华的做最好的助手。

1900年至1945年在中国开办的东亚同文书院，培养了大量的所谓“中国通”，通过大旅行等各种手段对中国进行全面的立体式调查，实际上是为日本政府的侵略活动作了前期准备。在侵华战争中，东亚同文书院的学员充当随军翻译、间谍等，为日本军方搜集和提供情报，直接参与侵华活动。因此，虽然东亚同文书院曾经对中日文化交流发挥过少量的作用，但是决不应该由此忽视其作为日本重要侵华帮凶的主要性质。

1945年日本战败，日本外务省下属的东亚同文会，被盟军司令部勒令解散，近卫文麿畏罪服毒自杀。东亚同文书院作为间谍机构，被勒令关闭，在华人员遣返日本。

1946年11月，东亚同文书院大学最后一任校长本间喜一，及其他13名原校教职员，在爱知县丰桥市创办爱知大学。将东亚同文会遗留资料转移至该校，并吸收从朝鲜汉城的京城帝国大学，和台北帝国大学返日的部分师生及资料。该校校友以“沪友会”为名活动。

1948年，东亚同文会残余势力死灰复燃，组建“霞山俱乐部”（近卫笃麿，号霞山），首任会长为德川家正公爵（德川家第17代家主，贵族院议长）。

1956年，盟军司令部归还霞山会馆。

1957年沪友会创办《沪友》杂志。

1958年，霞山俱乐部更名为“财团法人霞山会”。

1967年霞山会在东京赤坂设立东亚书院，开办中文班，附设东亚文化研究所。该机构依然是日本外务省下属情报机构，中国自八十年代改革开放后，该机构以教育交流为名，开始重新进入中国活动。

东亚同文会历任会长

第一任会长（1898-1904）：近卫笃麿公爵（贵族院议长）

第二任会长（1904-1907）：青木周藏子爵（日本外相）

第三任会长（1907-1918）：锅岛直大侯爵（第11代佐贺藩主）

第四任会长（1918-1936）：牧野伸显伯爵（大久保利通之子，日本政坛元老）

第五任会长（1936-1945）：近卫文麿公爵（贵族院议长、三次当选日本首相，侵华战争元凶，甲级战犯）

东亚同文书院（大学）历任院长

第一任院长（1901-1902）：根津一（日本著名间谍，汉口乐善堂情报网头目，日清贸易研究所负责人）

第二任院长（1902-1903）：杉浦重刚（众议员、国粹主义者、裕仁天皇的老师）

第三任院长（1903-1923）：根津一（日本著名间谍，汉口乐善堂情报网头目）

第四任院长（1923-1926）：大津麟平（台湾总督府官僚、岩手县知事、德岛县知事）

第五任院长（1926-1931）：近卫文麿（贵族院议长、东亚同文会副会长）

第六任院长（1931-1940）：大内畅三（众议员、升格后的东亚同文书院大学首任校长）

第七任校长（1940-1944）：矢田七太郎（日本驻上海总领事，曾参加1927年东方会议，与蒋介石有联系。）

第八任校长（1944-1945）：本间喜一（末代校长、爱知大学创始人）