万历四十八年（1620年）八月，光宗继位，改泰昌元年。天启初年(1621年)进太子太保，下诏加吴道南禄秩，望其再度辅政，此时道南已重病在身，仍带病作《大政议》十二条，竟成为他的绝笔。两年后病卒。荫四子，赐祭十三坛，赠少保，谥文恪，从祀乡贤祠。

吴道南对科场作弊，历来从严处理，决不手软。在他任礼部右侍郎时，曾对汤宾君的科场作弊进行了及时的处理。深同和作弊被处理以后，卸史李嵩、周师旦即连章弹劾吴道南，给事中刘文炳相继上疏激烈攻论。吴道南疏辩乞休，疏中对文炳有较多的挟击，于是，刘文炳更加激烈地抵毁吴道南，御史张至发也上疏为刘文炳助威，甚至肆口谩骂。吴道南自责“臣辱国已甚，请立罢黜”。神宗对吴道南颇为爱重，不仅没有按弹劾者所言，而是令刘文炳外任，并夺李嵩等六个月的俸禄。御史韩浚、朱渭又相继上疏为刘文炳伸张，再次诋毁吴道南。吴道南益加求去归里，杜门不出。第二年上疏二十七条，作为告别朝廷奏。神宗阅疏，仍予勉留，不许致仕。适逢吴道南继母死，准其速归，并赐道里费，遣人护送回乡。天启元年，熹宗朱由校“以覃恩即家”，进太子太保。

吴道南中年入仕，在朝廷为官二十余年，清廉淡泊，不阿附权贵，不谋私情，他平易近人，从不因高官显爵而盛气凌人。他任东阁大学士时，行装简朴，不仅没有过高过分的要求，即使按规定应有的供给、护从等，均一律拒绝。据《崇仁县志》记载，他官至皇帝的辅臣，而他的家产却不及一般中等人家。他虽长期从政为官，在学业上也有成就。

著有《河渠志》一卷，首创绘图。另有《秘笈新书》十三卷，《别集》三卷，《日讲录》、《巴山草》、《曙谷集》、《奏议》、《语录》等，存目于《四库全书总目》。有《吴文恪公文集》三十二卷传世。

吴道南，字会甫，崇仁人。万历十七年进士及第。授编修，进左中允。直讲东宫，太子偶旁瞩，道南即辍讲拱俟，太子为改容。历左谕德少詹事。擢礼部右侍郎，署部事。历城、高苑牛产犊，皆两首两鼻，道南请尽蠲山东诸税，召还内臣，又因灾异言貂珰敛怨，乞下诏罪己，与天下更新。皆不报。寻请追谥建文朝忠臣。京师久旱，疏言：“天下人情郁而不散，致成旱灾。如东宫天下本，不使讲明经术，练习政务，久置深闱，聪明隔塞，郁一也。法司悬缺半载，谳鞫无人，囹圄充满，有入无出，愁愤之气，上薄日星，郁二也。内藏山积，而闾阎半菽不充，曾不发帑振救，坐视其死亡转徙，郁三也。累臣满朝荐、卞孔时，时称循吏，因权珰构陷，一系数年，郁四也。废弃诸臣，实堪世用，一斥不复，山林终老，郁五也。陛下诚涣发德音，除此数郁，不崇朝而雨露遍天下矣。”帝不省。

道南遇事有操执，明达政体。朝鲜贡使归，请市火药，执不予。土鲁番贡玉，请勿纳。辽东议开科试士，以岩疆当重武，格不行。父丧归。服阕，即家拜礼部尚书兼东阁大学士，预机务，与方从哲并命。三辞不允，久之始入朝。故事，廷臣受官，先面谢乃莅任。帝不视朝久，皆先莅任。道南至，不获见，不敢入直。同官从哲为言，帝令先视事，道南疏谢。居数日，言：“臣就列经旬，仅下瑞王婚礼一疏。他若储宫出讲、诸王豫教、简大僚、举遗失、撤税使、补言官诸事，廷臣舌敝以请者，举皆杳然，岂陛下简置臣等意。”帝优诏答之，卒不行。迨帝因“梃击”之变，召见群臣慈宁宫。道南始得面谢，自是不获再见。

织造中官刘成死，遣其党吕贵往护，贵嗾奸民留己督造。中旨许之，命草敕。道南偕从哲争，且询疏所从进，请永杜内降，弗听。鄱阳故无商税，中官为税使，置关湖口征课。道南极言傍湖舟无所泊，多覆没，请罢关勿征，亦不纳。

道南辅大政不为诡随，颇有时望。岁丙辰，偕礼部尚书刘楚先典会试。吴江举人沈同和者，副都御史季文子，目不知书，贿礼部吏，与同里赵鸣阳联号舍。其首场七篇，自坊刻外，皆鸣阳笔也。榜发，同和第一，鸣阳亦中式，都下大哗。道南等亟检举，诏令覆试。同和竟日构一文。下吏，戍烟瘴，鸣阳亦除名。

先是，汤宾尹科场事，实道南发之，其党侧目。御史李嵩、周师旦遂连章论道南，而给事中刘文炳攻尤力。道南疏辨乞休，颇侵文炳。文炳遂极诋御史张至发助之。道南不能堪，言：“台谏劾阁臣，职也，未有肆口嫚骂者。臣辱国已甚，请立罢黜。”帝雅重道南，谪文炳外任，夺嵩等俸。御史韩浚、朱堦救文炳，复诋道南。道南益求去。杜门逾年，疏二十七上，帝犹勉留。会继母讣至，乃赐道里费，遣行人护归。天启初，以覃恩即家进太子太保。居二年卒。赠少保，谥文恪。

吴道南一生颇富传奇色彩。有涉他的正文轶事，民间皆诵为佳话，与世流芳。今崇仁县城“道南路”即为纪念他而冠名。