1926年冬，受中共北伐东路军前敌军委胡秉铎的委托，周肃清赴广州首次拜会中共南方局领导周恩来请示工作，并在南华银行周恩来家中住了两周，结识了邓颖超、黄锦辉、麻植、孙炳文、萧楚女、蒋先云等著名人士，受到深刻教育和启迪。1927年2月，由胡秉铎、周邦采、胡轶寰介绍，经周恩来批准，周肃清与李清泉、蒋仕祥一起在杭州入党。1927年三四月间，由周恩来派遣，周肃清代表十七军多次找六军党代表林伯渠、二军副党代表兼政治部主任李富春协商，试图建立3个军的反蒋联系。4月12日，蒋介石发动反革命政变的第二天，一批反动军官就密电蒋介石，要求将周肃清逮捕枪决，至今台湾国史馆“蒋中正总统文件”保留着该密电原文。

1927年南昌起义中，周肃清指挥全营300余人以30多支枪消灭第三军朱培德的二十九团，缴获枪支500多支，随后升任六团指导员（党代表），与团长傅维钰及一营营长陈赓等在朱德领导下参加壬田战役及会昌战役的塔山突围。在会昌洛口墟一仗，大败国民党三十二军钱大钧部，周肃清率部最先攻入会昌城，得到贺龙的嘉奖。起义军领导人周恩来命令二十军招募处处长周肃清负责长汀相关工作，同时协助政治保卫处处长李立三调查、拘捕和审问反革命分子。

1928年初，作为中央派到福建的第一个中央巡视员，周肃清来到福建，并在福建省委担任了军事运动委员会主席的职务。在白色恐怖年代，他的真名很少用，也很少人知道，周肃清大多都用赵亦松的化名，尤其是他所写工作报告的署名都是用的赵亦松的化名。在短短的六个多月时间里，他几乎跑遍了闽西、闽南，向党中央和福建省委写了十多篇、十多万字的报告，例如：《中共福建省临时省委赵亦松给中央的报告》，《赵亦松关于福建工作情况的综合报告》《赵亦松关于福建省委紧急和扩大两次会议情况的报告》，以及关于永定、上杭蛟洋、平和、龙岩、武平，还有厦门、漳州、漳浦、澄马、莆田、仙游、永春、福州等地的工作报告，为福建省党组织的早期革命活动做了大量卓有成效的工作，发挥过重要作用。周肃清在1928年五六月间就清醒地认识到：红军武装斗争要在偏远而地势险要山区的农村，特别是几个省边界处反动政治力量所不及、薄弱的地方建立根据地。他给中央的报告中对汀州的上杭、永定、龙岩、武平等地建立红军武装割据根据地的精辟论述引起中央军委的重视，并被一年后毛泽东、朱德和陈毅率领红四军的胜利实践所证实。周肃清亲笔书写的这些及时而重要的报告，现完整地保存于中央档案馆。

1928年12月，中央通知周肃清与原福建省委书记陈明一起到莫斯科中国共产主义劳动大学深造。在学校学习工作期间，王若飞等领导对米夫-王明宗派深恶痛绝，对周肃清的思想产生了影响。周肃清与同班的周保中、陈明、陆更夫、唐有章等，其他班的张景增、危拱之、帅孟奇、朱仲芷、黄励、唐义贞、徐风笑，包括同为一年级特别班的叶剑英、杨之华、方维夏、李国煊、赵世兰、李哲时等同学一起，经常批评和议论王明宗派的行径，并对米夫-王明为首的宗派集团企图的阴谋进行了坚决的斗争。

1929年6月，著名的“十天大会”在莫斯科中国共产主义劳动大会召开。这次会议斗争激烈，惊心动魄，最终导致莫斯科中国共产主义劳动大学停办，几百名学生遭受冤屈，不少人被逮捕，一部分同志被送回国。为米夫所支持的极少数人，却飞黄腾达。在这次会议上，周肃清坚决地反对米夫-王明宗派集团的倒行逆施。他光明磊落、襟怀坦白、刚正不阿，从头到尾没有半点虚伪和懦弱。1930年初夏，莫斯科中国共产主义劳动大学停办，周肃清等被转到莫斯科国际列宁学校，在所谓“清党”时受到迫害，1931年5月被监禁审查，8月被强制到高尔基汽车厂劳动。由于斯大林时代对知识分子的迫害和大量清洗，当时高尔基汽车厂与美国福田公司合作，奇缺高级技术和懂得外文的人才。周肃清原本是被下厂来进行“改造”的，此时却大有用武之地。周肃清参加革命前是北大工学院即将毕业的电汽专业高材生，不但精通英语，而且有一定德语和法语基础。工厂里许多外文资料的翻译，以及从美国、德国进口的精密仪器的组装、操作，都是在周肃清的直接参与和指导下进行。由于表现突出，周肃清被升任为厂生产会议主席，直到1933年被恢复党籍。1934年，因王明、康生阻挠，周肃清回国受阻。1936年夏，他作为第一个东方人考上著名的莫斯科鲍曼大学。1936年底，王明等借着“肃反扩大化”，对周肃清进行诬陷，周肃清在大学无辜被捕，流放到北极圈内沃尔库塔。

原苏联中央档案馆和原克格勃原始档案第一手资料充分显示，周肃清一直保持中共早期革命者威武不屈的崇高气节。他宁愿自己扛着，也绝不说任何人半点坏话。即使是米夫-王明一伙利用共产国际的名义来迫害、栽赃、诬陷，即使是在格别乌（克格勃前身）逮捕、流放到西伯利亚的高压之下，周肃清也绝不低头、绝不妥协。档案中详细记载了格别乌军官的亲笔记录，周肃清曾当面坚决否认被诬陷的“罪行”，拒绝在逮捕证上签字。即使是在苏联20世纪30年代“大清洗”的恐怖时代，周肃清也坚持真理，绝不动摇，这是当时极为少有和难能可贵的。虽然他为此付出了惨重的个人代价，也在所不惜、毫不动摇、义无反顾。在遭到逮捕、流放期间，周肃清在被迫远离组织、祖国和亲人的严酷情况下，虽然被非法开除党籍，但他始终坚持正确的原则，用生命捍卫中国共产党和中华民族的利益，忠实地实践了他的入党誓言。对中国革命和中国共产党的无比忠诚，对祖国和人民的无限热爱，是周肃清与王明“二十八个半”宗派集团坚决斗争的不竭动力，是他战胜北极圈零下60摄氏度的冰雪严寒和克格勃集中营的迫害和折磨，并最终胜利返回祖国的精神支柱。

1955年在周恩来、贺龙等关心和批示下，在陈赓、曾三等战友的帮助下，周肃清回到祖国。1956年，中共中央给他平反，因身体受到极度摧残，周肃清在中组部长期休养（享受副部级待遇）。

“文革”中，在康生等后台指使下，周肃清再入囹圄。而周肃清再一次表现出老一辈共产党人的坚强意志，拒绝承认任何诬陷，与康生等人的倒行逆施进行了坚决的斗争。

1977年10月，中组部为周肃清恢复党的组织生活。

1978年2月2日，周肃清在京病逝。

南昌起义军南下福建汀州后，周恩来代表前敌军委任命周肃清为二十军招募处长，负责招兵、募集军饷等，共筹得6万多块大洋。他和政治保卫处长李立三相互配合，拘捕审查镇压反动分子，开展深入的群众工作，发展了黄亚光、罗化成等一批优秀青年入党。周肃清认真细致地做长汀福音医院院长傅连暲的思想工作，请他出来救助包括陈赓在内的大批起义军伤员，挽救了数百名英雄的生命。

受周恩来委派，周肃清还作为起义军唯一代表，创建了长汀第一个党组织,为后来长汀成为“红军故乡、红色土地、红旗不倒”的三红之城播下火种，打下最初的基石。

9月底，起义军在汤坑兵败后退出潮汕，向海陆丰撤退。部队渡过榕江，陆续到达普宁县流沙镇。在流沙的乌石地区又遭伏击，伤亡惨重。流沙兵败后，周肃清指挥着剩下的百余个党团员和官兵，抬着发高烧的周恩来向陆丰方向前进。当渡过一个海峡时，天色已晚，忽然枪声四起。当时周恩来流着眼泪对周肃清等人说道：“同志们顾不得我了，就把我放在这吧……”周肃清和战友们怎么能把周恩来放下不管呢？周肃清怕他出意外，于是下令六团一个营长带领大部分同志去迎击敌人，自己和周恩来的秘书及几个抬着他的士兵保护周恩来先走。身边子弹嗖嗖擦身而过，极为危险。突然有个抬着周恩来的士兵要放下担架逃跑，其他几个士兵见状也犹豫着想跟着走。情急之下周肃清拔出手枪对着那个士兵说：“谁敢放下恩来同志逃跑，我就毙了他，我就和他拼命！”几个士兵站住犹豫着。周恩来烧得牙齿直打颤，结结巴巴地说：“肃清同志，不要管我了，放下我走吧……”周肃清听到这眼睛通红，泪水打转。他冷静下来说：“大家再坚持一下，等把敌人击退了，要走的，我们会发路费送行的。”这时，同志们打退了敌人，又跟上来了。到了甲子和碣石之间陆丰县一个海边乡村，海陆丰东江农民运动领袖杨石魂和周肃清等人取得了联系。杨石魂说：“由陆丰到海丰路被敌军截断，到海丰已无路可走。”发着烧的周恩来气喘吁吁地说：“愿意继续革命的，现在分散到上海、香港去找党的组织；不愿意继续干的，可以领钱回家……”能坚持到这时候的几十个人，哪里会有人愿意脱离革命？于是周恩来让秘书给了大家香港、上海党的通信地址，还把剩下的钱都分给了同志们。病中的周恩来则由几位熟悉本地的同志保护着去香港，周肃清使劲握着周恩来的手告别，哽咽着说：“恩来同志，千万千万要保重啊！”周恩来虚弱地说：“肃清同志啊，谢谢你一路的照顾，后会有期！”送走周恩来后，周肃清和几位同志，几度冒着生命危险终于撤退到了香港。

1927年11月初，周肃清被任命为广州起义省委兵委书记，与聂荣臻、黄锦辉、黄南、张处非等一起参加省军委领导工作。他主要全面负责广州起义前对敌军的瓦解和策反工作，对策反张发奎警卫团并确保党对教导团的控制，发挥了关键作用。然而，由于国民党和其他反动势力的迅速反扑，出于工作需要，军委命令周肃清负责军委组织工作。当时周肃清正在参与指挥部队，抵抗张发奎的反扑。黄锦辉找到周肃清，密令他马上撤出战斗，暂时隐藏身份。周肃清英语很好，被秘密安排混入广州华侨学校。由于形势发展很快，起义部队全部撤离，反动派完全控制了广州，仍然没有人来接头，周肃清才决定考虑撤退。半夜，周肃清化装成南洋华侨悄悄地溜出来。街上一片白色恐怖，“宁肯错杀九十九，也不放走一个共产党”的命令贴在墙上，墨迹未干。周肃清知道黄包车夫一般都苦大仇深，支持起义十分坚决，于是找到一辆黄包车，那个车夫尽量回避比较危险的盘查关口，转了很久才来到了靠近码头的一个小巷。车夫说：“先生你看前面小桥上有军警，过了桥就能买票上船去香港。”周肃清忙掏出两块大洋，可他死活也不肯收，说：“你路上逃命还用得着。”说完就匆匆离开了。周肃清隐蔽在小巷里观察，小桥那边敌人盘查得十分严。突然，他看见几个外国人走来，周肃清急中生智，走过去主动和他们用英文打招呼并攀谈起来。当他们谈着走过小桥时，那些军警非但没有盘问，还举手向他们敬礼。好不容易船刚到香港，就听一声刺耳的哨笛，如临大敌的英籍印度兵、外国和华裔武警巡捕及密探特务等，荷枪实弹，只留下能通过一人的卡口。周肃清亲眼看到排在前面的几位战友在查问中被逮捕了。当周肃清轮到卡口时，无论对方如何盘问，周肃清挥舞着文明棍装做不懂中国话，只讲英文。经过盘问、搜查，他们只搜出了几块大洋，没有发现任何可疑的东西。外籍巡捕和密探、警察们看看周肃清的一身南洋华侨打扮，只好放他过去了。周肃清利用外语作为斗争武器，又一次死里逃生，化险为夷。

1928年5月，周肃清前往上杭蛟洋指导农运工作。蛟洋的傅柏翠是当地的头面人物，具有相当大的影响号召力，他已是一个共产党员，但是对党的新理论与策略认识不足，为了帮助傅柏翠提高认识，周肃清与傅柏翠做了一次长达5天的谈话，共同研究了一个工作斗争计划：加强党组织、强固农协组织、加紧斗争，并扩大武装工农组织与武装工家，成立了军队一团，又有少年先锋童子团的组织，做一切技术准备以便将来造成独立割据局面。周肃清的这次蛟洋之行，对蛟洋农民暴动发挥了重要指导作用。对此，1989年公开出版的《上杭人民革命史》作了很高的评价：“蛟洋农民运动的蓬勃发展，引起省委的重视，专门派了周肃清到蛟洋巡视。在上级党委的指导下，北四区区委在文昌阁如开了全区党员大会，讨论了农会要从记过农民进行小的斗争做起，从经济斗争到武装斗争，从杀猪分粮到镇压反动的土豪劣绅，推翻国民党反动统治，建立工农政权等问题。由于蛟洋革命势力的迅速发展和经济斗争的节节胜利，形成了与驻上杭城军阀郭凤鸣分庭抗礼的局面。”

1928年6月福建临时省委书记，组织部长陈祖康经不起敌人的诱惑，投靠张贞，叛变了革命。关键时刻，周肃清表示：“我即将回省委，建议改组全省各级党部。”

1928年7月24日，省临委先后召开党的紧急会议和扩大会议，改选刘谦初为代省临委代理书记，开除陈祖康，张余生党籍，选举周肃清为代表向党中央报告：“报告代表紧急会议来请中央派人改组福建党部；报告陈子侃（即陈祖康――笔者）叛变及紧急会议之经过；报告扩大会议之经过，报告福建工作概况及其他一切事项。会议还选举陈昭礼（即陈豪人烈士）、邱泮林，谢汉秋等特派员分赴厦门、闽北、漳属、汀属等区，自上而下改组党部。由于开会及时，措施得力，将这次陈祖康、张余生叛党投敌的损失降到了最低限度。