1814年12月10日，联合省的军队攻占了波哥大，次年1月，昆迪纳马卡加入新格拉纳达联合省，其行政中心圣菲波哥大成为新格拉纳达联合省的新首都，之后昆迪纳马卡虽保留地方性的旗帜，但在国家层面统一使用新格拉纳达联合省的旗帜。

1815年7月14日，新格拉纳达联合省将旗帜改为自上而下由黄、绿、红三色平行相等的横长方形相连组成的三色旗。

1815年8月—1816年7月，西班牙殖民军发起重新征服新格拉纳达的军事行动，哥伦比亚境内的爱国者们在坚持抵抗了近一年后领土惨遭沦陷，新格拉纳达联合省宣告覆灭，哥伦比亚被迫重新使用西班牙帝国的国旗；但哥伦比亚国内的爱国者们依旧坚持同西班牙殖民者展开斗争，爱国者们的根据地以及他们的军队继续坚持使用新格拉纳达联合省的旗帜。

1819年8月7日，西蒙·玻利瓦尔和弗朗西斯科·德·保拉·桑坦德尔率领爱国军为进攻波哥大发动了博亚卡战役，击溃了西班牙殖民军，10日，爱国军正式解放了波哥大，随后哥伦比亚全境陆续获得解放，同年12月17日，玻利瓦尔宣布成立大哥伦比亚共和国（其正式国名为“哥伦比亚共和国”，后世为了与1886年成立的哥伦比亚共和国相区别，称之为“大哥伦比亚共和国”），定圣菲波哥大为首都并将其更名为波哥大；大哥伦比亚共和国建立后，哥伦比亚使用大哥伦比亚共和国国旗，大哥伦比亚共和国时期，哥伦比亚先后使用了三面国旗，这三面国旗均由自上而下的黄、蓝、红三色横长方形相连组成，旗面均带有不同样式的大哥伦比亚共和国国徽，前两面国旗中的国徽图案位于黄色横长方形左侧，第三面国旗中的国徽图案位于旗面中央，三面国旗均借鉴了米兰达三色旗的元素。

1831年11月，大哥伦比亚共和国从法理意义上宣告解体，随后通过了《新格拉纳达基本法》，新格拉纳达（哥伦比亚旧称）成为了一个独立的共和制国家，之后新格拉纳达使用独立后设计的临时国旗，该旗帜由自上而下且平行相等的黄、蓝、红三色横长方形相连组成，旗面中央绘有临时国徽。

1832年2月29日，新格拉纳达国民议会在首都波哥大召开会议，颁布新宪法《新格拉纳达共和国政治宪法》，3月1日，正式成立新格拉纳达共和国，共和国成立后，继续使用独立后设计的临时国旗。

1834年5月9日，新格拉纳达共和国国会通过了关于国旗的第3号法令，规定国旗由面积相等的红、蓝、黄三色竖长方形相连组成，其中红色部分靠近旗杆，蓝色居于中间，黄色在远离旗杆的一端；第3号法令颁布后，哥伦比亚取代了之前使用的临时国旗，正式开始使用新国旗——垂直三色旗。

1858年5月22日，哥伦比亚改国名为格拉纳达邦联，6月30日，保守党人总统马里亚诺·奥斯皮纳·罗德里格斯颁布法令，规定继续沿用新格拉纳达共和国时期的国旗。

1861年7月18日，托马斯·西普里亚诺·德·莫斯克拉将军率领自由党军队攻占首都波哥大，宣布改国名为新格拉纳达合众国并出任临时总统，26日，莫斯克拉下令对国旗进行修改，新国旗在原国旗的基础上，在旗面的蓝色部分增加了九颗白星，象征着哥伦比亚国内当时的九个州。

1861年9月20日，莫斯克拉总统在波哥大签署具有临时宪法性质的《独立主权州联合公约》，宣布改国名为哥伦比亚合众国（这一名称在1863年版《哥伦比亚合众国政治宪法》中被正式定为哥伦比亚的国名），11月26日，哥伦比亚政府宣布弃用新格拉纳达合众国时期的国旗，正式采用自上而下的由黄、蓝、红三色横长方形相连组成的三色旗为哥伦比亚国旗。

1886年8月5日，拉斐尔·努涅斯总统颁布了《哥伦比亚政治宪法》，正式将国名改为哥伦比亚共和国，哥伦比亚共和国成立后，继续采用自1861年11月26日起使用的黄、蓝、红三色旗为国旗。

参见词条：厄瓜多尔共和国国旗、委内瑞拉玻利瓦尔共和国国旗

哥伦比亚共和国国旗呈长方形，长宽比为3∶2，旗面由黄、蓝、红三种颜色的横长方形相连组成，其中黄色部分位于旗面的上半部分，占整个旗面的二分之一，蓝色部分居中，红色部分在最下方，蓝色和红色部分各占整个旗面的四分之一。

历史上，哥伦比亚是大哥伦比亚共和国的重要组成部分，大哥伦比亚共和国国旗源于拉丁美洲独立运动先驱弗朗西斯科·德·米兰达设计的三色旗（米兰达三色旗），因此，哥伦比亚与同属于大哥伦比亚共和国组成部分的厄瓜多尔和委内瑞拉两国国旗在颜色和图案上有着很多的相似之处。

哥伦比亚共和国国旗中，黄色代表着包括阳光、谷物、土地等在内丰饶的自然资源和人文资源，象征着哥伦比亚的国家财富（哥伦比亚历史上黄金储备和产量闻名世界，被誉为“黄金之国”），同时也象征着哥伦比亚的主权，和谐与正义；蓝色代表着海洋、河流和蓝天，寓意着哥伦比亚与世界时刻联结在一起，同时象征着民众对于国家的忠诚、保卫祖国是哥伦比亚人崇高的职责；红色代表着爱国者们为争取国家独立和民族解放而洒下的鲜血，象征着英雄的价值和爱国主义情怀，使人们牢记勇敢、毅力等光荣高尚的品格以及用烈士们的流血牺牲争取到的胜利，同时也寓意着爱、力量和进步。

1924年5月17日，哥伦比亚政府颁布第861号法令，正式规定了哥伦比亚国旗的样式，之后政府在1934年1月11日颁布的第62号法令中对旗帜样式进一步加以确认。

1980年，哥伦比亚刑法典第一章第117条规定，任何人公开冒犯哥伦比亚的国家象征（国旗、国徽和国歌），将构成叛国罪，会被处以六个月至两年的刑期，同时处以罚金。

哥伦比亚共和国国旗需要在白天展示，在无法展示国旗样式的特殊场境下，需要使用光亮照亮国旗，以便国旗能够成功展示。

国旗需要保持一定高度，避免接触地面。

使用国旗时，必须使用未加任何修饰的原版国旗。

使用国旗时，旗杆顶部需要是平面或者球形固体，只有军方在使用国旗时才能在旗杆顶部用矛状固体。

使用国旗时，旗杆应放置在使用者的右侧，以便直视前方。

国旗与其他旗帜悬挂时，应当上升至同一水平高度。

国旗与其他旗帜并排悬挂时，必须始终位于右侧。

当哥伦比亚国旗与多个其他国家的旗帜同时悬挂时，哥伦比亚国旗应当位于中央位置，其他国家的旗帜根据国名西班牙名称的字母顺序排列，排第一的位于哥伦比亚国旗右边，第二位于左边，第三位于右边，第四位于左边，以此类推。

升旗和降旗仪式需要在哥伦比亚国歌的伴奏、演唱声中同时进行。

不得展示或使用破损、污损、褪色或不合规格的国旗。

烈士、官员、军人或神职人员以及为国家做出突出贡献的人物逝世后，其遗体或灵柩可覆盖国旗。

国旗在全国哀悼日或国葬期间需要降半旗的，需要在特定场合降半旗并致以哀悼。

哥伦比亚共和国国旗的图像可以用作哥伦比亚共和国国家奖项荣誉的要素或纹章基础，以及各种官方机构的旗帜、徽章及纹章标志等。

哥伦比亚共和国境内的政府机关、司法机关、立法机关、军事基地、学校和广场等公共场所需要全天悬挂哥伦比亚共和国国旗，国家边境地带也需要悬挂国旗以表示领土主权，驻外机构亦需要全天悬挂国旗。

根据哥伦比亚法律，每年的独立日（亦为国庆日，7月20日）、博亚卡战役日（同时也是国旗日，8月7日）、美洲混血人日（10月12日）、卡特赫纳独立日（11月11日）、耶稣圣心节、每个省的建省纪念日，首都波哥大和其他城市的建立纪念日等法定节日纪念日，必须在政府机关、企业、学校、公共和私人建筑上悬挂国旗。

此外，在每年的公共节假日和每周周日，以及“公社起义日”（3月16日）、巴霍宫战役日（3月28日）、邦博纳战役日（4月7日）、皮钦查战役日（5月24日）、卡拉博博战役日（6月24日）、解放者诞辰及马拉开波湖海战日（7月24日）、胡宁战役（8月6日，同时也是首都波哥大建城纪念日）、阿亚库乔战役日（12月9日）、解放者逝世日期（12月17日）等具有特殊历史意义的日期，政府机关建筑也必须悬挂国旗。

1983年，为庆祝哥伦比亚国庆日和“解放者”西蒙·玻利瓦尔200周年诞辰，哥伦比亚制作了一面长22米，宽14米、面积为308平方米的国旗，当时这面国旗成为了世界上面积最大的国旗，其旗杆高62米，用钢筋混凝土制成，旗杆底部由18根9米高的混凝土柱子构成，底座面积为64平方米，高2米，国旗需用电动机升向顶端。当前，这面巨型旗帜飘扬在托坎西帕（位于波哥大以北22公里的一个城镇）的海梅·杜克公园上空。

“我为祖国升国旗”（西班牙语：Yo Alzo Mi Bandera）是哥伦比亚官方为每年的独立日而发起的一项活动，要求参与者通过图片和视频等形式来表达出对国家的热爱，允许参与者自由使用国旗；哥伦比亚希望能借此激励生活在世界各地的哥伦比亚人的民族自豪感，向世界表达对祖国的热爱。

哥伦比亚国内的军警和学生需要对国旗进行宣誓效忠，宣读《国旗誓言》，其中武装部队不但需要对国旗进行宣誓效忠，还需要朗读对国旗的赞美诗，以表示军队忠诚于国家主权。

1925年，时任哥伦比亚总统佩德罗·涅尔·奥斯皮纳颁布第28号法令，规定每年的8月7日为哥伦比亚共和国的国旗日（西班牙语：Día de la Bandera）。

2008年8月7日，参加北京奥运会的哥伦比亚奥运代表团在北京2008年奥运会运动员村举行了升旗仪式，升旗手升起了哥伦比亚国旗。

2016年7月7日，哥伦比亚总统胡安·曼努埃尔·桑托斯·卡尔德龙在首都波哥大为出征2016年里约热内卢奥运会的哥伦比亚体育代表团授旗，出征仪式现场，国旗护卫队高举国旗，桑托斯将哥伦比亚国旗交到体操运动员霍西马尔·奥兰多·卡尔沃·莫雷诺手上，并发表了讲话。

2019年6月4日下午，哥伦比亚总统伊万·杜克·马尔克斯在总统府纳里尼奥宫为哥伦比亚国家男子足球队授旗，他将哥伦比亚国旗交给国家队队长拉达梅尔·法尔考手中，并祝愿球队在2019年巴西美洲杯中取得佳绩。

2021年6月29日，哥伦比亚总统杜克在波哥大的总统府纳里尼奥宫为出征2020年东京奥运会的2020年东京奥运会哥伦比亚体育代表团授旗，杜克将哥伦比亚国旗交到奥运会竞速小轮车冠军玛丽安娜·帕洪手中，并预祝哥伦比亚体育代表团在东京奥运会上取得佳绩。

1949年11月9日，哥伦比亚开始使用总统旗，总统旗的长与宽的比例是3∶2，历届哥伦比亚总统使用的总统旗样式大体相同，总统旗的常用样式是：国旗正中有一白色圆，哥伦比亚共和国国徽（国徽呈盾形，盾形分为三个部分，上部底色为蓝色，中间绘有一颗绽开的金色石榴，并露出粉红色的颗颗果粒，石榴两侧各有一个丰饶杯，杯口朝下，向中心倾斜，左杯口流出热带水果，右杯口流出金币，中部底色为银白色，一支矛挑着一顶红色弗里吉亚帽，下部底色亦为蓝色，上绘绿色的巴拿马地峡及其两侧蔚蓝的太平洋和大西洋，两洋各航行着一艘悬挂国旗的黑色帆船，盾徽两侧各有两面国旗，四个旗面在盾后卷在一起，盾徽顶端站立着一只面朝左侧，展翅欲飞的安第斯神鹰，鹰口中衔着绿色的月桂花环，一条金色的飘带从环中穿过，飘带上用黑体西班牙文写有哥伦比亚国家格言“自由与秩序”的字样）在白色圆中，白色圆被红色环包围，红色环上半部分写有白字大写的西班牙文“哥伦比亚共和国”，下半部分有白字大写的西班牙文国家格言“自由与秩序”，其他样式的总统旗和常用总统旗样式大体相同，但红色环上的文字略有不同，有的总统旗红色环上半部分写有金字大写的西班牙文“哥伦比亚共和国”，下半部分为有金字大写西班牙文“纳里尼奥宫”、“总统府”或“总统”，有的只有红色环上半部分写有金字大写的西班牙文“哥伦比亚共和国”，下半部分没有文字；亦有总统旗为国旗直接加上横跨黄、蓝两色带的国徽图案，不加圆环圆圈装饰。

当前，民船旗的图案为哥伦比亚国旗中央加上蓝色椭圆形，蓝色椭圆形被红色环包围，椭圆形内为八角星，长与宽的比例是3∶2，这面旗帜可以在哥伦比亚的民船、商船和民航飞机等交通工具上使用，亦可在哥伦比亚的驻外大使馆和领事馆使用。

哥伦比亚国旗中央加上白色圆形，圆形内为国徽、圆形外为红色圆环的旗帜为战旗，其中陆军战旗长宽比为5∶4，海军战旗长宽比为3∶2，哥伦比亚武装部队的各个军种均有自己的军旗，哥伦比亚国家警察部队也有自己的警旗。

哥伦比亚陆军军旗呈长方形，长宽比为3∶2，旗面底色为红色，旗面中央为哥伦比亚陆军军徽，军徽主体为盾形，分为七个部分，按照顺序，底色依次是红、黄、黑、紫、橙、深蓝、天蓝，图像依次是交叉步枪、交叉战刀、交叉炮筒、城堡、交叉旗帜、带剑玫瑰和螺旋桨翅膀；盾徽上方立有一头盔，头盔顶部冠状羽毛呈同黄、蓝、红三色，盾徽两侧绘有花卉，盾徽下方的金黄色绶带上用黑体西班牙文写有“祖国、荣誉、自由”；军旗中的红色象征烈火与战士们的鲜血，军徽是哥伦比亚陆军的标志和象征。

哥伦比亚海军军旗呈长方形，长宽比为3∶2，旗面底色为深蓝色，旗面中央为哥伦比亚海军军徽，军徽上方为希腊神话中的阿尔戈号帆船，船体呈红色，帆船下方为一盾牌，盾牌中央有一铁锚，盾牌两侧有红黄白黑四种颜色的花卉做装饰，盾牌下端的金色绶带上用拉丁文写有“更多、超越”的字样，深蓝色和海军军徽象征着海军。

海军舰首旗底色为蓝色，长宽比为3∶2，旗面中央的白色圆形绘有国徽，圆形外为红色圆环；海军军港旗为国旗加上白色圆形，圆形内为国徽，圆形外红色圆环，红色圆环上方用西班牙文写有哥伦比亚共和国，下方用西班牙文写有“国家海军”的西班牙文字样。

海军陆战队军旗底色为蓝色，长宽比为3∶2，旗面最上方和最下方绘有红边，旗面中央为海军陆战队军徽，军徽主体由红白两色盾形组成，白色盾形内步枪和铁锚相交叉，盾徽顶部为头盔，头盔顶部的冠状羽毛呈红白两色，盾徽左右两侧各有一只海马，盾徽下方的金色绶带上用西班牙文写有“意志战胜一切”的字样。

哥伦比亚空军军旗呈长方形，长宽比为3∶2，旗面底色为天蓝色，天蓝色象征着空军，表明空军具有正直、忠诚和高尚的美德；旗面中央是空军军徽，军徽主体为红色神鹰，神鹰胸前是黄蓝色盾牌，居上方的黄色横长方形内绘有鹰翼，神鹰下方的金黄色绶带上用拉丁文写有“就这样飞向天空”的字样，意在增强空军战士的信心。

空军标识旗（空军驻地旗）呈长方形，长宽比为3∶2，底色亦为天蓝色，旗面左上方为哥伦比亚共和国国旗，右侧为空军标识，标识为圆形，外侧圆环上半部分为黄色、下半部分左侧为蓝色，右侧为红色，内部圆形下半部分为黄色，上半部分自上而下分别是红色和蓝色，圆形中央绘有一颗白色的八角星。

哥伦比亚国家警察警旗呈长方形，长宽比为3∶2，旗面由两个面积相等的横长方形相连组成，上方的横长方形为白色，下方的横长方形为绿色，旗面中央是国家警察警徽，警徽主体图案由两个同心圆组成，绿色内圆中绘有一颗白色五角星，五角星中央为国徽图案，白色圆环上方写有“哥伦比亚共和国”，下方写有“国家警察”的字样，圆环外环绕着月桂花环，花环上有11颗果实，警徽下方的白色绶带上用西班牙文写有“上帝和祖国”的字样；白色象征着力量、纯洁与和平，绿色象征着希望、力量与生生不息。