巴利亚达雷斯执政初期按照承诺推行了一套托里霍斯主义、民众主义的政策：政府力主增加社会开支，并在解决贫困的问题上加大力度。还试图约束政府的消费以进一步缓解外债负担。同时还提出了为期5年的经济现代化计划，并加紧了对商业活动的控制，目的在于遏制与毒品交易有关的洗钱行为。他的政策得到了美国的支持。在建立海关缉毒部队应对毒品交易时，美国提供了320万美元的援助。

在经济上，巴拿马政府实施了结构调整计划，推行自由市场经济政策，试图提高经济的效率和竞争力。于1996年成立了一个融资分析机构，追踪可能与洗钱有关的资金流动，同年底取消了全部进口配额和许可，并将剩余的从量税和混合关税全部改行从价关税。1997年9月正式加入了世界贸易组织，并将巴尔沃亚港和克里斯托瓦尔港转交私人经营，1998年对国家电力公司实行了私有化，出售了国家电讯公司49%的股份，并拆分和出售了国家电力公司的部分股份。私有化所获得的13亿美元被用来组建社会开发信托基金，其利息用于社会性投资。为了扩大业务出口，政府还推出了一项国家海运战略，将运河、港口、机场、铁路和公路组合成了一个多用途的运输体系，目的在于将巴拿马建为一个集运输、集装箱修配、石油仓储及其他运输服务于一体的国际中心。同年制定了更为严格的银行法。

巴利亚达雷斯上台后，里约集团重新接纳巴拿马为成员国。1994年5月，巴利亚达雷斯作为当选总统出访了哥斯达黎加、哥伦比亚、厄瓜多尔和墨西哥等拉美国家；9月巴利亚达雷斯邀请尼加拉瓜、哥斯达黎加、委内瑞拉、秘鲁和哥伦比亚等国总统出席总统就职仪式。同月，墨西哥总统卡洛斯·萨利纳斯到访巴拿马。巴拿马同拉美国家的关系逐步恢复正常。1996年初，巴拿马与墨西哥签订自由贸易协定。同年5月，巴拿马与阿根廷签署了保护投资、互免签证、动植物卫生检疫等7个协定。还与秘鲁签署了联合反毒协定和旅游合作协定。1997年巴拿马与哥伦比亚签署了保护环境和森林生态协定。1998年，巴拿马成为美国反毒行动的正式伙伴。而在此前两年美国已同意向巴拿马警察提供必要的武器装备。

巴利亚达雷斯的政策没有得到社会各界的广泛支持，导致国内矛盾激化。政府的税制改革在金融部门和科隆自由贸易区遭到了强烈的反对。1995年8月，为抗议劳工法改革，工会组织了罢工并与警察发生了冲突，造成死4人伤40余人的惨剧。政府的紧缩计划导致大批工人、学生上街抗议，但改革措施还是在立法机构的支持下得以实施。

1995年巴利亚达雷斯政府为了推动加入世界贸易组织的进程，试图赋予总统凭法令立法的临时权力。反对党认为这种措施是向独裁倒退，结果导致执政党与反对党之间爆发了政治大战。1996年5、6月间，由民主革命党人参与管理的一家私人银行被发现进行洗钱活动；与此同时，有人指控总统在1994年大选中接受了贩毒分子的非法捐赠。政府的形象和信誉遭到了严重的打击。巴利亚达雷斯宣布其他内阁成员和其他政府高官的工资将增加一倍，并为诺列加时期的前准军事成员发放补贴。在1997年他还试图修改宪法关于总统不得连选连任的规定，为自己在1999年参选作法律上的准备。结果在次年的全民公决中遭到64%选民的反对。民众的不满主要针对的是巴利亚达雷斯后期的执政实绩：失业率上升、通货膨胀加剧、社会福利减少以及越来越严重的腐败行为。

而在1999年巴利亚达雷斯在权力交接过程中也采取了不配合的态度，在自己任期的最后阶段将民主革命党的支持者推举为最高法官，同时取消了总统对某些特别款项的控制权。

1999年巴利亚达雷斯卸任，但他仍有意参加2009年的总统大选。2009年9月，检察机关对他在担任总统期间的腐败指控展开调查，12月28日他被逮捕，并于2010年10月被指控洗钱。2011年4月最高法院法官驳回对他的指控。2012年2月，佩雷斯·巴利亚达雷斯因诽谤审计官Alvin Weeden被处以3000美元的罚款或一年监禁。