1978年10月，阿里斯蒂德·罗约·桑切斯在新一届国民大会上当选为巴拿马总统，托里霍斯不再担任政府首脑，保留国民警卫队总司令职务。

1979年，组建巴拿马民主革命党。

1981年7月31日，在进行军事视察时因飞机失事罹难，享年52岁。

军事政变发生后，一些宪法条款如言论、出版、旅行自由权利被暂时中止实行，自1970年4月开始，巴拿马采取了间接选举制度，其基本原则是层层议会选举，首先由最基层的社区会议选出城市选举委员会，然后再由这个委员会在候选人中选出市长、官员和市政会议。1972年，在巴拿马城召开了由505名城市代表组成的国民大会，在托里霍斯和军方的指导下，会议确认托里霍斯的政府首脑地位并通过一部新的宪法。新宪法扩大了政府的权力，同时赋予国家“监督土地合理分配”，以及调控经济活动的权力，规定向任何外国割让领土均属非法，给予国民警卫队特殊的政治地位，称其是主权的保证。在宪法第277条规定，托里霍斯将军为“巴拿马革命最高领袖”，并赋予托里霍斯为期6年的特别权力，包括任命政府官员和制定对外政策等。

托里霍斯为了巩固权力，托里霍斯规定自己是国民警卫队里唯一的将军，并通过高度集中的管理结构和直接、紧密的上下级关系控制着国民警卫队所有连队和军官任命。在托里霍斯的掌控下，国民警卫队的地位和专业化程度进一步提高，规模也逐步扩大。巴拿马政府曾试图将全国三大工会组织纳入到一个由政府领导的统一框架之下，遭到了抵制。

托里霍斯非常欣赏同时期秘鲁和玻利维亚军政府实施的激进改革政策，并且与古巴的菲德尔·卡斯特罗社会主义政权建立了友好关系。但托里霍斯却避免与巴拿马国内的左翼政治力量建立密切关系，而是更愿意将自己视为民众主义的一个代表人物。他曾经宣称，自清除了寡头之后，巴拿马人的自身价值就不再系于其出身、家族或出生地了。1969年底，在托里霍斯的支持下，“新巴拿马运动”成立。该运动试图模仿墨西哥革命制度党的模式，建立了一个由国民警卫队与社会各阶层（特别是寡头政治下的弱势群体）结合的广泛联盟，形成了政府的民意基础。工人、学生以及共产党也是托里霍斯政治联盟的组成部分。其中，共产党在其他政党还处于非法状态时就以对托里霍斯的支持获得了合法地位。而学生与国民警卫队长期以来处于对立状态，这时也通过联盟联合了起来。传统上，巴拿马政治生活历来集中于城市，除西部香蕉产区农业工人外，农民被排斥在政治生活之外。由于就业机会的扩大，中产阶级也支持托里霍斯的政治联盟。这一运动的组织结构最终并未完全建立。到20世纪70年代末，托里霍斯政府才组织了民主革命党作为自己的政党。

托里霍斯掌权之后，加强国家对经济的干预，政府在经济领域的作用大幅度提高。托里霍斯政府通过税收优惠和不限制资本汇出等政策吸引外资，特别是鼓动国际金融业在巴拿马的发展，使巴拿马成为一个地区性金融中心。巴拿马成为国际金融中心后，通过建设新机场、会议中心、饭店及旅游胜地，旅游业也开始发展。科隆自由贸易区也逐步扩建，运输、仓储进一步改善；托里霍斯还试图推行缩小城乡差距的政策，20世纪60年代末期，巴拿马的经济活动主要集中于巴拿马省和科隆省，占国内生产总值的70%，特别是制造业、建筑业、贸易、运输和通讯都集中在这一地区。政府的经济政策旨在保持这些地区的经济高速增长，然后再将增长成果和资源向较为贫困的地区和阶层转移，逐步整合国家的经济、社会生活。托里霍斯开始实施大规模的社会项目，20世纪70年代，政府增加了基础设施和住房建设的支出，建筑业有了较快的增长；20世纪80年代初，跨地峡输油管道和水力发电厂及相关水坝的建设也促进了建筑业的发展。同时颁布银行法，逐步建立起了巴拿马的金融体系。

1973年，由于世界性的经济危机的爆发，发达国家经济衰退、国际石油价格上升、通货膨胀的加剧，国际贸易的下降直接影响了巴拿马运河的经营，巴拿马运河业务开始萎缩，农业生产开始下跌，导致巴拿马国民生产总值下降，通货膨胀率和失业率上升，外债负担加重，巴拿马国内的私人投资也由于政府的过度干预而下降。巴拿马社会状况开始恶化，托里霍斯将军建立的民众主义政治联盟的基础逐步被削弱。面对进口替代工业化模式失去增长势头的局面，为了鼓励投资者的信心和扩大就业。1975年以后，巴拿马政府调整了政策，实行了鼓励投资措施，修改了劳工法，冻结了集体谈判和增加工资条款，并解除了政府定价政策，同时开展了一些大规模基础设施建设项目。20世纪80年代初，政府减少了经济领域中公共部门的活动，开始鼓励外国投资并削减保护性关税。

托里霍斯将军通过调整经济政策后，巴拿马经济增长率开始回升，就业人口开始增加，社会状况出现一定程度的好转。

托里霍斯上台之后，实行土地改革政策，计划在几年内向61300户家庭分配70万公顷土地，政府采取多种措施改善农业状况。通过国营公司向农民提供援助，并组织农民进行集体生产，鼓励农民合伙经营土地或进行合作生产。政府向组织起来的农民提供了大量的帮助，包括农业贷款、机械、种子以及技术援助等。合作农户的产量有所提高，但付出的成本过高，且农户收入未见明显增加。20世纪70年代中期以后，托里霍斯的政策从重视合作、平等转而强调效率和生产力的提高。虽然农业改革的经济效果不明显，但农民的社会状况却得到了改善。20世纪70年代巴拿马农村居民的卫生用水、排水系统、医疗条件和教育水平等都有较大改善。

20世纪70年代，由于与联合果品公司在出口税问题上发生分歧，以及香蕉出口国之间的矛盾，爆发了著名的“香蕉战”。巴拿马政府威胁没收联合果品公司的种植园。1976年，美巴双方就税收和香蕉生产用地问题达成了协议。托里霍斯政府成立了管理香蕉种植园的公司，以经营土改后重新归巴拿马人控制的土地。

托里霍斯掌权期间，实施了大规模的公共工程计划。政府推行了一项范围广泛的医疗计划，凡就业时间达到某一标准的任何人的家庭均可享用，其中医疗服务不仅涵盖工人的配偶和子女，而且包括其父母和其他亲属。托里霍斯还在几个省城建立了医院，改变了过去仅巴拿马城才有医疗设施的历史。乡村建立了大量诊所，医学院毕业生至少要有两年时间在乡村服务。托里霍斯还注重职业和技术教育，在初等教育和中等教育中刻意模仿古巴的乡村教育模式，在农村地区建立了大量新的学校，学生们的课程近半是关于农业技术的，而且这些农业和其他实用技术在城市学校也要教授，甚至在私立学校也成为必修课。托里霍斯在乡村实施了大规模的道路、桥梁建设计划，在巴拿马实施了住房、办公楼建设计划。个人和公司所得税的增加以及税制的改进为这些计划提供了部分资金。

1972年，巴拿马出台了一部新的劳工法，该法的规定涉及了强制性的集体协议、工会会费的削减、劳工法庭的设立、工会范围的扩大等问题；1976年，修改了劳工法，冻结了集体谈判和增加工资条款，解除了政府定价政策。托里霍斯执政期间，国内生产总值的增长率年平均为8%，就业增长年均为3.5%。

1971年6月，美巴两国就签署新的运河条约重开谈判，但近两年的时间里，谈判并未取得进展。1973年3月，在巴拿马的要求下，联合国安理会在巴拿马城召开了特别会议。会议试图通过一项要求美国与巴拿马订立“公平合理”条约的决议，但美国以运河问题为双边问题为由行使了否决权。但巴拿马却通过此举营造了声势并获得了广泛的国际支持。1973年年底，美国向巴拿马派出了特使，表达了促进谈判的愿望。次年年初，美国国务卿亨利·基辛格与巴拿马外长胡安·安东尼奥·塔克达成协议，拟定了指导谈判的8项原则，以缔结一项“彻底清除两国间冲突根源的公平合理的条约”。这些原则包括承认巴拿马对运河区的主权；扩大巴拿马的经济利益；确定美国对运河控制的截止期；扩大巴拿马对运河运营和防御的参与；以及美国继续参与保卫运河的问题等。

1975年，杰拉尔德·鲁道夫·福特政府加快了谈判进程，但却由于无法解决谈判中的4个主要问题使谈判陷入僵局。同年9月，基辛格宣称美国必须保持在无限期的未来保卫巴拿马运河的、单方面的权利。这一讲话激起了新一轮的愤怒浪潮，数百名学生用石块袭击了美国大使馆。1977年1月，吉米·卡特当选总统后，美国对巴拿马运河的看法发生了一些微妙的变化，从公然要求美国在运河区“持续的军事存在”，调整为“确保运河的开放和中立”来维护美国的利益。与此同时，美国还表示愿意向巴拿马提供“双边开发援助”。美国态度的变化加快了两国谈判新的运河条约的进程，1977年8月10日，双方宣布关于运河的新条约已达成一致的意见。9月7日，托里霍斯赴美国华盛顿，与卡特共同签署了巴拿马运河条约。该条约承认了巴拿马共和国的领土主权，废除了1903年条约以及两国间所有有关运河的条约、公约、协定。新的条约将于互换批准书后6个月生效，有效期至1999年12月31日正午。根据条约规定，巴拿马以国土主人的资格与美国在条约有效期间管理运河交通以及经营、维护、改建和保卫运河的必要权利。美国将通过新成立的政府机构——巴拿马运河委员会履行其职责，巴拿马运河公司和运河区当局停止运作，巴拿马运河委员会由一个9人组成的委员会领导，其中5人为美国公民，4人为巴拿马公民。美国公民担任委员会主任，巴拿马公民担任副主任。

美巴新条约还就过渡期和财产的移交做出了规定。巴拿马将于条约生效之日对原运河区实行全部管辖权，但美国将在为期30个月的过渡期内保留对美国公民实行美国法律的权力。在条约有效期满时，运河应在完好的状态下移交巴拿马，美国应无偿移交它对不动产的权利、产权和利益，巴拿马届时将全面负责运河的管理、运营和维护。关于运河区的保护和防卫，条约规定，美巴两国在这方面都负有责任，但在条约有效期间，美国对保护和防卫运河负首要责任。在关于条约的执行规定中，规定了美国在巴拿马驻扎、训练和调动军队的权利。为此，两国将建立一个双方人数相等的军事联合委员会，就有关问题进行协商和合作，并为采取共同措施提出政策建议。

巴拿马和美国还同时签订了关于巴拿马运河永久中立和运营条约及其协议书。根据这一条约，巴拿马宣布运河作为国际通航水道保持永久中立，以保证运河无论在和平时期还是战争时期的安全，保证一律平等的向各国和平通过的船只开放。条约协定书欢迎全世界所有国家附署，以便所有签字国同意条约目标并尊重运河的中立制度。但由于条约没有关于有效期限的规定，它也成为日后争论的一个根源。

在华盛顿的签字仪式上，两国代表还签署了一系列关于条约的执行协定，包括根据条约有关条款进一步细化的运河经营和管理以及保护和防卫方面的具体规定。根据粗略的估算，原运河区领土的三分之二将于1979年回归巴拿马政府管辖，剩余的领土将作为“运河运营区域”和军事设施所在地分别由巴拿马运河委员会和美国控制，直到2000年。在签字仪式上，卡特和托里霍斯分别发表了讲话。但两人对新条约的态度有所不同。卡特总统宣布毫无保留的支持新约的签订，而托里霍斯却表示，新约的签署是巴拿马爱国者几代人长期奋斗的结果，但条约中仍有一些内容是巴拿马人民所不满意的，特别是中立条约受到许多巴拿马人的批评。1977年10月，在托里霍斯的要求下，两国领导人签署了一份谅解声明，其中大部分内容被纳入条约批准文件和中立条约的修正案中。这份谅解声明宣称，美国为保卫运河所采行动的权利并不意味着、也不能解释为美国干预巴拿马内部事务的权利。美国参议院对中立条约的修正包括将美巴两国舰只战时不受限制通过运河的权利解释为“优先通过”，并且附加了一项重要条件：假如运河关闭或其运营受到阻碍，美巴两国均有权利采取必要措施，包括在巴拿马共和国使用军事力量以重开运河或恢复运河经营。

在国际上，托里霍斯积极争取国家主权的完整和独立于美国的外交政策，与包括古巴在内的许多国家发展关系，甚至加入了不结盟运动，托里霍斯也成为少数几个见过古巴领导人菲德尔·卡斯特罗的拉美领导人之一。托里霍斯为了在同美国的新约谈判中获取支持，积极发展与中美洲国家的关系。在尼加拉瓜革命中，托里霍斯将军曾向桑地诺民族解放阵线提供政治支持和军事援助。

托里霍斯在世时因内外条件的限制没有来得及解决两国的邦交问题，但一直在积极发展中巴友好关系。托里霍斯认为同台湾而不是同中华人民共和国保持外交关系是巴拿马的耻辱，一定要尽快解决同中国建交的问题。塔克说，巴拿马外交上的当务之急是确保顺利达成新运河条约，为了防止节外生枝，同中国的关系问题只能稍后考虑。托里霍斯的表兄佩雷斯博士多次表示，表达了托里霍斯本人对发展同中国关系的想法。翻翻二十几年前的笔记本，有不少这方面的的记录。1974年11月，托里霍斯邀请中国方面在巴拿马举行经济贸易展览会；1975年4月4日，经济贸易展览会开幕式期间，托里霍斯前来参观，并不时问候中国的经济建设情况。1976年10月，中国杂技团在巴拿马举行首场演出，托里霍斯赠送了一个特大号的花篮摆在舞台前。

1976年9月9日，毛泽东主席去世。当天下午，托里霍斯的新闻秘书维拉尔德立即转达了托里霍斯对毛主席逝世的哀悼，他在唁电中表示：“我一直深切地希望有幸认识这位新中国的缔造者。他知道如何使自己的人民享有尊严和免于饥饿。中国向人类贡献了她的一位伟人。他的遗训将与世长存。”

托里霍斯在家庭的12个子女中排名第八。托里霍斯的儿子马丁·托里霍斯在2004年—2009年担任巴拿马总统，姨表兄弟佩雷斯·埃雷拉则是巴拿马立法委员会委员。

1959年，托里霍斯奉命镇压贝拉瓜斯省的武装叛乱，并在战斗中负了伤。但是托里霍斯在读了游击队的宣言和同起义青年谈话之后，托里霍斯感到这些青年的事业是正义的。“假如我不是身着军装的话，也会投身到他们的行列中同他们共同战斗。”他说。那次同游击队的战斗，他是受伤最重的一个，也是思想感情上震动最大的一个。从那以后，他认为，过去的政府是军队、寡头和坏神甫结成的联姻。寡头利用某些军人的虚荣心和名利观念把他们拉入自己的社会集团，甚至拉他们参加自己的企业；军人提供枪杆子来压制人民的声音，不让统治者受到‘暴徒’的冒犯；而神甫则为这种联姻祈福，以至被奉为座上宾，分享政权的好处。托里霍斯在那次战斗以后就下了决心，他说：“假如有一天我能支配我国武装部队的命运，我将打破这种军队、寡头和神甫的联姻，并让军队在第二次婚礼中同祖国的最高利益结合起来。”

1975年，托里霍斯在参观经济贸易展览会结束时说：“我对中国非常尊重，非常亲切，对毛泽东这样的领导人非常钦佩。”他希望得到一张毛主席亲笔签名的照片留作纪念。

1976年3月，由南斯拉夫承建的巴亚诺水电站落成。这一项目对推动国家东部地区发展十分重要。托里霍斯和到访的南斯拉夫总统约瑟普·布罗兹·铁托元帅前去剪彩。工地上一片喜庆气氛，托里霍斯情绪非常好，同周围的人聊天，而且不时说几句笑话。他亲自关闭了蓄水闸门，只见河水汩汩地翻滚着向上冒，一会儿就形成一个湖泊，而且水位不断上升。大家以为活动结束，便纷纷开始离去，谁也没想到托里霍斯竟然当着铁托元帅和各国使节、记者以及成千上万民众的面，脱下皮靴，跳进浑浊的水中，一头扎了进去，悠闲自在地游起泳来。

托里霍斯从不在意异见和争执。有一次，一个农民喝醉了酒，跑到托里霍斯的家门口怒骂。卫兵想把他赶走，被托里霍斯拦住了：“随他去吧，让他骂够了他就走了。”但是这个醉汉借酒撒疯，持续地骂了很久。结果托里霍斯忍无可忍，跑出去和他对骂起来。还有一次，在菲利皮略糖厂落成典礼上。托里霍斯在讲话中宣布政府决定提高家庭用天然气价格。全场立即哗然，不少人吵吵嚷嚷表示不满。一个站在台前不远的人冲着托里霍斯大声质问：“难道这不是你的过失吗？”托里霍斯当即反驳：“住嘴吧，你听我说下去。”接着，他详细解释了提价的原因。讲话就这样有问有答地进行着。台下的没有因为冒犯了最高领导人而感到惴惴不安，台上的也没有因为被平头百姓当众责难而耿耿于怀。场上气氛反倒显得很活跃。

托里霍斯是一位坚定的理想主义者，也是一个务实的民族主义者。他为巴拿马的独立和富强苦苦地寻求探索，是拉丁美洲新一代政治家的代表。（中国社会科学院拉丁美洲研究所研究员汤小棣 评）

托里霍斯作为资产阶级政治家，虽有其历史的局限性，但他生前一直在为巴拿马的独立富强而奋斗。（中国社会科学院拉丁美洲研究所研究员吴永恆 评）

托里霍斯为不幸的人开辟了一个充满机会的世界。（历史领域网站The Famous People 评）

2009年，据一名退役上校出版的一本新书披露，托里霍斯坠机是其代理人曼努埃尔·安东尼奥·诺列加根据美国中央情报局的命令准备的刺杀行动而非事故。托里霍斯的堂弟和秘书埃雷拉上校也在其著作《地下的星星》这本书里说，他们对托里霍斯所做的是在他坐的飞机上放一个爆炸物，然后摇控引爆。托里霍斯是美国中央情报局和少数巴拿马人策划的一个阴谋的牺牲品，这些巴拿马人中就有诺列加，那时他刚结束在秘鲁的大使任期回国。埃雷拉要求对托里霍斯将军的死亡进行调查。埃雷拉在书中说，华盛顿方面认为托里霍斯对中美洲的安全和对运河的控制是一个危险的左翼分子，他与古巴领导人卡斯特罗的关系好，这与美国前总统里根对古巴的计划相抵触。托里霍斯坚定地相信社会问题应当用开放的政策去处理，容忍意识形态的对话，这胜过传统的对拉美左派的镇压。托里霍斯是1968年通过军事政变掌权的，这对华盛顿和中央情报局是一个障碍，他们要消除障碍。美国情报机构的一名特使访问了托里霍斯，要求他与华盛顿“合作”，这样他和他的孩子们不会有任何经济问题。这遭到托里霍斯将军的拒绝。托里霍斯说，“我什么也不需要，就这样告诉你的人，我是一个有自己原则的人，我不是反对你的国家，但是我不接受强加”。

埃雷拉认为，华盛顿方面想消灭托里霍斯，因为他不接受支持尼加拉瓜反政府武装反对桑地诺革命政府。托里霍斯从来没有接受这一点。诺列加为美国中央情报局服务。托里霍斯死前对埃雷拉说过，他经常要求诺列加和他一起飞行，因为“诺列加有一个针对他的圈套”。