2004年10月，面对严重的财政危机，托里霍斯推动立法机构做出决议，中止2002年5月颁布的“财政责任法”的实施。根据财政责任法，政府非金融部门的赤字不得超过GDP的2%。2005年1月，巴拿马立法机构通过了财政改革法案。该法案旨在建立更公平的税收制度，提高政府支出的效率，以更有效的配置资源并增加社会项目的投资和减少贫困。该法案是托里霍斯政府为减少财政赤字、改善政府财政状况的最重要的措施。

2005年6月，托里霍斯政府遭遇了执政以后的第一次严重的危机。政府推出的社会保障体系改革法案激起公众广泛的抗议浪潮，以建筑工人、医生和教师为主的罢工运动持续了一个月之久，一些地区甚至发生了暴力事件，托里霍斯总统的支持率也从58%下降至21%。。政府不得不同意暂时中止实行社会保障体系改革方案，并与社会各界对话，经过数月谈判，社会各界领袖们与政府达成共识，对原有社保体系改革方案做出了一系列重要的修正，立法机构也于当年12月通过了新的改革方案，托里霍斯总统的支持率也由此回升至56.7%。

托里霍斯上台后，将巴拿马运河扩建工程作为政府政策的优先项目。该工程将包括运河的第三套船闸，以扩大运营能力。根据宪法，运河扩建经全民公决后方可进行。虽然公众对运河扩建充满热情，但由于社会保障体系改革的受挫，政府不愿意在这一时期实行公投，2005年年底的民调显示，公众对运河工程的支持率为60%。2006年4月，托里霍斯宣布将投资52.5亿美元实施运河开通以来最大的扩建计划，除了拟议中第三套工程可以让巨型货轮通过以外，工程还包括扩宽河道、加深河床、建造港口和人工闸等项目，并计划在2014年巴拿马运河开通100周年之际将运河运力扩大一倍。总统还在当天向全国发表讲话阐述计划对巴拿马经济发展的重要意义和深远影响。2006年10月22日，巴拿马就运河扩建工程举行全民公决，约78%的投票者支持扩建计划，巴拿马选举法院宣布扩建计划顺利通过，这也成为托里霍斯政府在政治上的一次胜利。

2005年3月，托里霍斯政府推出了一项为期5年的“经济社会发展战略”，旨在减少贫困人口、改善收人分配、增加就业机会并改善财政状况、提高教育水平、改革政府机构。为了扭转财政失衡状况，政府于当年年初提出了全面的财政改革方案，以期将财政赤字减少到1%，但社会保障金改革法案却因公众抗议而搁浅。2006年1月对该法案做了部分修改，缓解了社会保障基金的困难，但政府财政状况依然面临巨大压力。

为了发展农业，托里霍斯在任上实施农业发展计划，非传统水果出口增加，带动了整个农业生产，当年农业生产提高了3.1%，其中稻米生产产量提高最高，达33.6%。另外，托里霍斯政府还决定在阿苏埃罗半岛最干旱的地区修建灌溉工程，以促进当地农业生产，特别是开发非传统出口商品。

为了吸引移民，托里霍斯政府出台了相关的优惠政策，包括所得税、财产税减免等措施。2005年，政府向2500名美国公民发放了定居许可。这带动了巴拿马建筑业的发展，其中包括许多豪华住宅的建设，巴拿马政府并不顾环保组织的反对，允许私人购买旅游景点的土地。

托里霍斯政府还积极鼓励旅游业的发展，同时带动了建筑业的发展。2006年，有10个大型豪华旅游、住宅项目在建设中，以满足境外对这类设施的需求。这些项目每一个都在2000万美元至9000万美元之间，均为40层以上的高层建筑，其中最大的一个旅游设施投资9000万美元，为一座93层的综合建筑群，包括豪华饭店、赌场、写字楼、商店和住宅楼，包括104层高的豪华住宅楼（拉丁美洲最高的建筑）。

2004年托里霍斯赢得大选胜利后，在就职以前就出访了哥伦比亚、哥斯达黎加、墨西哥、巴西、阿根廷、智利等国。托里霍斯执政以后，先后出席了伊比利亚美洲首脑会议、南美洲国家首脑会议和南方共同市场首脑会议。托里霍斯就职前说服古巴恢复了由于米雷娅·莫斯科索·德格鲁韦尔政府赦免反古分子而中断的巴古外交关系。托里霍斯在美国与委内瑞拉的关系中采取了务实的态度，既与美国保持正常关系，又与委内瑞拉总统乌戈·拉斐尔·查韦斯·弗里亚斯建立了良好关系，这种政策对巴拿马经济发展十分有利。巴拿马加入了由墨西哥、哥伦比亚和委内瑞拉组成的三国集团，并积极与南方共同市场和安第斯共同体国家加强接触与合作。2006年6月，巴拿马与智利签署自由贸易协定，同年与美国自由贸易协定达成一致意见。

2009年托里霍斯卸任，2013年托里霍斯同玻利维亚总统豪尔赫·基罗加和哥伦比亚总统安德烈斯·帕斯特拉纳·阿朗戈前往中国的杭州考察，现担任国民革命党总书记。

2024年6月5日，中国驻巴拿马大使徐学渊会见巴前总统马丁·托里霍斯。