庆应2年（1866），萨长同盟缔结，两藩合作倒幕。历经大政奉还、王政复古等一系列政治变动，奇兵队正式成为官军一部，参加戊辰战争。其规模上亦有扩大，曾在山口县周防地区组建过第二奇兵队（南奇兵队）。

奇兵队的组建虽然大体上摒除了门阀观念，但仍通过袖印等方式对队员的“阶级成分”加以区别。队员定期从藩厅领取粮饷，日常起居训练也有专门的队舍，因此，奇兵队并不是传统意义上的民兵组织，俨然长州藩的正规部队。其以总督为顶点，下设枪队、炮队，高度组织化。缔造者高杉认为，长期的和平导致了武士的堕落，相比之下，这些出身卑微但迫切渴望出人头地的平民更加具有战斗力。奇兵队的战术训练、武器装备全部西化，战果卓著。

此外，不排斥贱民阶层也是其特点之一。奇兵队成立之初，长州藩曾专门设立过面向贱民阶层的屠勇队，与奇兵队区别对待。但屠勇队最终与奇兵队合并，而且以此为契机，长州藩领导人开始果断的废除等级制度，远见卓识。废除的结果，使贱民阶层的生活水平得到了极大改善。明治维新以后，《（身份）解放令》刚一面世，便激起了全国范围的巨大反感，各地相继发生袭击贱民的骚乱事件。但旧长州藩内相安无事。

倒幕成功，新政府成立以后，随着镇台的设立，奇兵队被废止。明治2年（1869年）部分队员爆发离队骚乱，并包围了山口县厅。骚乱的主事者大乐源太郎后来逃亡九州久留米，密谋再次起事，但遭到木户孝允武力镇压，大乐以下130余人全部被处以极刑。也有说法称，部分奇兵队参加了农民起义，甚至涉足明治初期的士族叛乱。

《义天[37]日记》载云：“文久3年10月，阿月浦备后家臣秋良敦之助（秋良贞温）、久贺村觉法寺寺僧大洲铁然，于熊毛郡上关之地开创“义勇队”。元治元年（1864）春，阿月浦备后家臣秋良雄太郎（秋良贞臣）、大洲铁然，于大岛郡久贺之地开创“真武队”。元治元年4月，芥川义天、三国管岭于熊毛郡田布施村开创“僧鍊队”、设营于园立寺。同年11月，因资金不足，真武、僧炼二队解散。庆应元年（1865）正月，白井小助、世良修藏、芥川义天等人于久贺重组“真武队”（资料来源《义天日记》）”——此即南奇兵队的兴家前史，巡行字间，可见当时还有资金匮乏而面临“开店休业”的真武、僧炼两队。

白井小助为总督（最高长官）、集合周防东部诸队的“南奇兵队”之嵩生岳降，系于庆应元年（1865）2月上旬。役宅最终设立在光市普贤寺，而身为仓敷浅尾动乱的男主角——立石孙一郎，此时正蛰居于熊毛郡小周防村的真行寺内，和水岛东九郎（清水宗矶）、平松清一郎（平松清一）会师。《芥川义典志》就载有“备中仓敷之立石孙一郎、真行寺之松本左内、因州（藩）之景山桂率兵来投”和“设营室积村专光寺”的记录。

这里的专光寺靠近誉为“海商通之地”的室积湾。但因地处沿海，道路相对狭迫，寺内宽转不足，奇兵队遂将阵营移往濒临的普贤寺（位于驰名全国的普贤堂附近）。

结成时的队干部结构，详见下表：

职务、姓名、出身

总督 白井小助 浦备后陪臣（陪臣）

军监世良修藏浦备后陪臣（陪臣） 大岛郡椋野村庄屋

军监、书记大洲铁然大岛郡久贺觉法寺住职

书记 楢崎刚十郎 平生大野毛利隐岐陪臣（陪臣）

书记 山县源吾[41]儿玉若狭陪臣（陪臣）

书记 小方谦九郎 上关宰判室津

书记 松冈源藏支配（农民）

书记田村探道大岛郡三蒲村 德正寺（僧侣）

辎重三国管岭大岛郡小松村 妙善寺（僧侣）

器械 伊藤三助儿玉主税陪臣（陪臣）

第一铳队队长松宫相良 平生大野毛利隐岐陪臣（陪臣）

队尾引头兵吉光市立野清水美作陪臣（陪臣）

第二铳队队长 松村五六郎浦备后陪臣（陪臣）

队尾兼接应 立石孙一郎 津山藩（备中仓敷庄屋浪士、农民）

第一小队长大伴三郎膳所藩（浪士）

队尾芥川雅辅 浦备后陪臣（陪臣）

第二小队长 国行雏次郎浦备后陪臣（陪臣）

队尾牧泽武雄 儿玉主税陪臣（陪臣）

第三小队长 石田英吉土佐藩（※天诛组余党）

队尾 冈荦三 上关宰判阿月（不详）

第四小队长栉部坂太郎 大岛郡伊保田净专寺长男（僧侣）

队尾德藏胜藏不详

第五小队长 景山桂因州藩士（浪士）

队尾 （不明）

大炮队队长坂田直亮浦备后陪臣（陪臣）

司令士 队伍辅佐芥川义天 上关宰判阿月元觉寺（僧侣）

霹雳队队长赤祢谦次 浦备后陪臣（陪臣）

队尾堀江芳介浦备后陪臣（陪臣）

本阵林隼之助 平生大野毛利隐岐陪臣（陪臣）

本阵渡边宽次 儿玉主税陪臣（陪臣）

本阵宫本耕助 熊毛宰判

本阵兼崎勇治 熊毛宰判

会计 土井英作 周防三田尻

会计 原田又助熊毛宰判室积村

会计 荒木田太助 熊毛宰判室积村

（资料来源《义天志》）

概观队员出身，则有来自萩藩家老清水家（现光市小周防）、浦家（现柳井市阿月）以及毛利一门的大野毛利家（现平生町）的家臣团；浄土真宗的僧人（山口县东部）；大岛郡、奥山代（本乡村周边）和下松市北部一带的青少年。出身长门地区的只有两位。

庆应元年3月，奇兵队又再次大举迁阵，移驻大和町石城山神护寺（今为废寺）。山内梅三郎（长州奇兵队总督）代替白井兼司总督一职，获取权利。白井、世良修藏改任军监。队名易为“第二奇兵队”。初期的三、四百余人则悭于财力，裁员减局至150人左右，并改成两班交替的勤务制度。其后，队内亦出现了有关薪资、旅费、需用补助等问题的矛盾争执；士官干部和一介队士的身份差异，日渐呈现出“老板与劳工”的社会关系，无法调和、缓解的矛盾和对立水涨船高。不久后，广岛城又有“幕军着力征长”（第一次幕长战争）的风闻，上自长州藩主，下至贩夫走卒口耳相传。骤然间，“幕军袭来”成为众所共知的秘密，战争阴霾笼罩全国。荣光赫赫的奇兵队，此时也一度怛然失色、诚惶诚恐，变得“进亦忧来退亦忧”。

而冰冻三尺，决非一日之寒。

同年11月2日黄昏时分，积少成多的不满终于暴发，一部份对工资制度、武器分赐心怀腹诽的队员，集聚光明寺[43]，强诉藩政府，后经清水美作的苦口周旋，才得以息事宁人（其后美作代替梅三郎出任总督，史称“光明寺事件”）。此即为南奇兵队内部矛盾的一次彰显、孙一郎脱队事件的伏笔萌现。

同月7日，承幕命而来的15万征长大军，以近江国彦根藩为首，浩浩荡荡，气焰汹汹，直捣长州。

“八月十八日政变”（1863年）后，各地尊攘派在亲幕天皇孝明、德川幕府、公武合体派的三重压迫下，终于瓦解了。但是，从尊攘派中又分化出另一个更具活力的运动集团，即以萨长倒幕同盟的建立为标志、以平民性军事组织“奇兵队”的建立为代表的“倒幕派”。所谓奇兵者、奇兵队，盖指相对藩军以及正规军队的地方性军事力量。其中最闻名遐迩者，莫过于高杉晋作率领的长州奇兵队。草创未久，奇兵们就在“攘夷”热潮中守卫下关、防拒洋舰，扮演了重要的历史角色。庆应元年8月4日，英、法、美、荷四国联合舰队共17艘军舰、5014名士兵，配备288门大炮，连续4日猛攻要冲之地马关海峡（即下关）；成功登陆的2000余地面部队又拆毁藩内炮台。攘夷军民虽顽强抵抗，但终究不敌披坚执锐的西洋壮力，兵败一如山倒。奇兵队和新兴的倒幕力量也初尝败绩，遭受毁灭性打击。而维新志士不甘拜倒的精神动力促使他们在极其困难的环境下不仅保住奇兵队和农兵军制的改革，还制宜下新方针、新纪律（按新纪律规定，“队员不能加害于农民，不许随意践踏田地，不准收摘农民水果或抢夺鸡犬，对大自然的花草树木也不能随意伐取”）；并着力加强了效仿西洋的军事训练。不久之后，一支愈加团结，勇敢善战，服装、武器和战法均取自法国的新奇兵队，就宛如凤凰浴火般重生，直到名扬长州，威震日本（在四境战争、戊辰战争中，奇兵劲旅南征北伐，草木知威），始终受到百姓庶几的爱戴和支持（人民欣然欢迎各队，或送米粮，或供金钱，拥护各队）。

有关奇兵队主体的本质、基本特征及其在明治维新运动的起兴和发展中的作用，以往史学界主要从其民主性、科学性、进步性的角度探讨，具有一定合理性。然而，我们也有必要进一步了解奇兵队建立的基础，以便更加全面地考察这一富有革命色彩、在倒幕事业中发挥鲜明历史作用的改革措施。

高杉晋作认为，“上层藩士都是易碎花瓶，只知锦衣玉食，既无体力又无智力”、“肉食之士等辈不堪用事，如欲编组新兵，务须矫正门阀之积弊”。所以，他在组建奇兵队时不问家格门第、身份高低，“专募强健之人”[51]，以挽回国是。考察奇兵队的建立过程和结果，会发现其在某种程度上也富有平等主义色彩，有着打破封建伦理制度的倾向。随着改革的深入，成型于江户时代的四民（士农工商）身份制度，也出现等礼相亢、平起平坐的短暂征象。而这一表征的本质，则是来自于18世纪末～19世纪中叶，阶级中的“武士阶层分化”和“社会阶级融合”：

首先，在江户二百余年櫜弓戢戈、安逸度日的武士阶级中，出现了相当严重的信仰危机，即武士道精神的消失殆尽，中下级武士转变为寄生阶层；到了幕末，中下级武士的禄米又被风雨飘摇、朝不保夕的大名一减再减而所剩无几了。一般的徒士层，例如足轻，通常被减薪至35石左右，经济水平与农民无异。难于养家糊口的他们，自然将愤切一股脑宣泄到自家的领主头上。“不给诸侯家臣以全禄，武士也就恨主如仇了”。据统计，1870年占全国总人口5～6%的40万足轻阶层中，有的破产成为浪人，有的转而充任小吏，有的置办小买卖（或作商人的养子），有的甚至作了农民、医生或教员、僧侣。这次武士阶级内部的阶层大分化，也正是武士阶级融入社会的每一个细胞、促使社会阶级再融合之发端。

其次，德川幕府继承发展了丰臣时期的等级身份制，将全民分为四等，导致阶级对立。其中，武士地位最高（约占全国人口的1%），享有特权，获准参与幕藩政治，在生活上压迫剥削农民、手工业者和商人；可佩戴双刀，并“有权以‘不礼貌’为由杀掉他人而不算犯罪”。但是，武士阶级亦非是铁饭碗，随着商品经济的发展、城市的兴起、战略战术的改变、封建领主的剥肤椎髓，大量破产的中下级武士对大名以上（幕府）的高级武士产生了各种程度的不满，甚至联合农民、市民，起义反对他们。在1637年10月爆发的“岛原大乱”中，就有落魄武士的参加。德川幕府末期，徒士层则与豪农商阶层联手，领导庶民掀起了自下而上的倒幕狂潮，社会阶级的融合成为取得决定性发展的要素。

据此，奇兵队建立的基础之一，还有幕末时代社会阶级地位，即伦理制度的改变。

关于德川时代的百姓一揆，战后最权威的统计数据是：1590～1867年间，总计暴发3212次。其中，前期（1590～1689年）870次，占27%；中后期（1690～1867年）2342次，占73%。中后期的一揆中，尤以农民斗争占尽绝大多数。前期的一揆，不仅数量少，规模小，水平也较低，主要是寄希望于封建领主、幕府的“越诉”[57]。元禄、享保以降，百姓一揆有了质的飞跃，直至天宝年间，斗争形式从无法对藩国幕府、封建体制构成威胁的“越诉”，进化为“要求平等占有土地的‘改世一揆’”等等，伴随着强诉、农民起义和町人暴动，附带武装性质，并有一定方向纲领的一揆愈演愈烈。幕末时期，拥有广泛社会阶级基础的中农乡士、中下级武士构成政治同盟，借助百姓一揆之力，将其消极的抵抗力量，转换为积极的维新力量。在高杉的长州奇兵队里，就不仅有着48.6%的下级武士、陪臣，身份为普通农民也有42.4%。毋庸赘言，这一背离既定教条的军制改革，和封建时代的幕藩体制是格格不入的。诚如上述，因“个人主义与个体意识的明显加强”而赋予幕末封建政治制度的缔造者、运营者及颠覆者的武士阶级，以及幕末时期农本主义下社会基础的广大农民阶级以“打破门阀、世袭制体制的要求”。不论身份地位、一概以人才登用的奇兵队的建立，就是对封建式身份伦理制度的一次迎头痛击，更是对百姓一揆力量的一次有效利用。

所以，奇兵队建立的基础，当然还有幕末时期朝暮起伏的一揆情绪。

会津战争时期，会津藩为对抗维新政府而组建的部队。

西南战争时期，在高濑.田原之战中失利，向矢部浜町方向退却的西乡军将部队编制由大队转换为中队，西乡军奇兵队正是这一编制转换的产物，总指挥野村忍介，主要活动区域丰后国（大分县），西南战争中后期尤其活跃。