民妇马氏的丈夫被杀，指控里胥曾经有事求马氏的丈夫，但马氏的丈夫不答应，因此认为是里胥杀死了马氏的丈夫，令差逮捕里胥治罪。但姚仲孙认为此案疑点很多，证据不足，极可能是冤案。知州王嗣宗发怒说:“你敢以自己的名誉担保吗?”姚仲孙回答:“请不要执行处死，待我再详细调查。”复案两个月之后，果然抓获了真正的杀人凶手，除了冤案。

后来，姚仲孙调任邢州推官，转资州。转运使揭露富顺监狱疑案多冤，姚仲孙亲审此案，其廉明公正，纠正了不少假案冤案，上奏朝廷，结果挽救了数十人的性命。资州的州官换了两届，都是昏庸无能之辈，凡大事总不能作主，都依赖姚仲孙解决。

后姚仲孙升任大理寺丞，治建昌县。当初，从建昌县运茶叶到南康，常把茶叶露天堆积于路旁，很多茶叶都被雨露淋湿潮侵而霉烂，官员的腐败导致商家大损破产，甚至无法赔偿损失。姚仲孙瞭解到这个情况，其立即发动当地百姓，修樯砍树，建筑仓库，解决了这个问题，对商人和百姓都有利益。不久调往彭州任通判。姚仲孙积极练兵备战，不因和平时期就松懈战事， 姚仲孙还上奏就守卫国家边疆的措施。后又调往通判睦州，往徐州。当年因旱灾闹饥荒，政府诏令发官栗赈灾民，而当地主管官吏却没有按时把粮食发到平民手中。姚仲孙一到徐州，即时将有关主管负责的官吏免职，当夜按灾民户籍核实后，及时将粮食发送到灾民家里。后姚仲孙升任尚书屯田员外郎。