景泰五年（1454），孔公恂听闻母亲得病，便回乡不赴廷对。明代宗向礼部问明原因后，遣使召孔公恂觐见。其入见当日已到正午，来不及准备试卷，明代宗命翰林院给以笔札。孔公恂登进士，随即丁母忧归乡。

景泰六年（1455），衍圣公孔彦缙卒，由其孙孔弘绪袭封。孔弘绪年仅八岁，妾江氏上诉孔弘绪幼弱，为族人所侵。于是诏遣礼部郎前往治丧，而命其族父孔公恂理家事。

天顺初年，授礼科给事中。

天顺年间，孔弘绪娶了大学士李贤的女儿，李贤对明英宗说：“孔公恂与赞善司马恂皆古圣贤之后，可居辅导之职。”于是同日超升詹事府少詹事，侍明宪宗讲读。明英宗对明宪宗的生母孝肃皇后说：“吾今日得圣贤子孙为汝子傅。”孝肃皇后身穿冠服拜谢，宫中传为盛事。