1885年分校江南乡试，调署合肥知县。时李鸿章弟子之侍从横行乡里，以逼债殴人致死，恐县吏为豪强胁迫，遂亲往验尸。终得致命状，人谓“包龙图复出”。后有御史劾其误致人死罪，诏巡抚陈彝澄清真相，遂免归。数年后，安徽清丈民田，巡抚福润调其主事，辞不赴。后历主山东尚志书院、河南大梁书院。山东巡抚李秉衡上疏陈其学行，赐予五品卿衔。与王懿荣、陈介祺、罗振玉、高鸿裁等人为文字交。其先祖有藏书数万卷，到葆田时已经散佚过半，任通志局总纂时，搜集了不少古籍，藏于“山渊阁”、“问经精舍”、“山对斋”中。山东藏书家徐坊曾观看过他的藏书，并赠送古籍《皇甫持正文集》1部。校刻有《孙明复小集》《春秋会义》《孟子注》等，辑有《孙氏山渊阁丛刊》，收书9种。热心于文化建设，1909年，山东省图书馆初创之际，尽力搜集图书文物，并撰《山东创建图书馆记》一文，是山东省图书馆建馆的最初记载文献。曾两度总纂《山东通志》 ， 至1910年成书百余卷。1911年1月30日卒于潍县。著有《孟子编略》《校经室文集》《汉儒传经考》《岁余偶录》《曾南丰年谱》《孟子编略》《两传经考》《曾南丰年谱》《毛尚书奏稿》等几十种。