民国二十六年（1937年）7月，抗日战争爆发后，尹达于当年底，赴延安参加革命。民国二十七年（1938年）1月改用母姓，始称“尹达”。4月，加入中国共产党。曾在陕北公学任教，5月，进马克思列宁学院学习，11月，到陕北公学关中分校任教。延安工作期间，尹达撰写的《中国原始社会》一书，是用马克思主义的观点进行中国原始社会研究的有益尝试。后将该书的一部分修订为《中国新石器时代》，于1955年出版（1979年再版时改名为《新石器时代》）。

民国三十四年（1945年）抗战即将胜利时，为促进国共合作，傅斯年一行6人在王若飞陪同下飞抵延安，毛泽东、朱德、周恩来到机场迎接。尹达与傅斯年面晤，以《中国原始社会》一书相赠。民国三十五年（1946年）2月，尹达即将调赴北方大学（在河北），捎信给在重庆的傅斯年，告知“日内即赴华北，横过山西，拟便中作考古调查；过去山西虽然发见多处遗址，但大都未能分析清楚，故欲于不妨碍旅行中作此调查”，“今后甚愿与诸师友取得联系，以便共同致力于学术事业”，这才有《龙山文化与仰韶文化之分析》一文1947年3月在《中国考古报告》第2册和《北方杂志》2卷1、2期的同时发表。信中表示“未完成之书，仍愿续作；今后交通方便，大局安定，望能捎至北方大学，当设法完成之”的意愿，虽因时局变化未能实现，却表现出尹达对“未完成”的两城镇发掘报告的牵挂之情。

民国三十五年（1946年）5月，到晋冀鲁豫边区北方大学任教。民国三十七年（1948年）7月，北方大学与华北联合大学合并为华北大学（位于河北正定），尹达任华北大学教务处处长（一说教务长）。

1949年1月，北平解放初，尹达兼北平军事管制委员会文化接管委员会文物部部长，负责接管古都众多的文物单位。

新中国成立初期，华北大学改名中国人民大学，尹达曾任中国人民大学研究部副部长和北京大学副教务长。1953年12月，尹达调入中国科学院，协助院长郭沫若筹建历史研究所第一所，郭沫若兼所长，尹达为副所长，主持全面工作。1954年6月，尹达为中国科学院党组成员，兼中国科学院考古研究所副所长 。

从1955年起，尹达担任中国科学院哲学社会科学部学部委员会常务委员。曾任《历史研究》主编。参与主持中国历史博物馆的建馆工作，具体组织郭沫若主编的《中国史稿》一书的编写工作。

1959年，尹达兼中国科学院考古研究所所长。1960年2月，历史研究所第一 、二所合并为历史研究所，郭沫若兼所长，尹达为副所长 。1963年，尹达辞去中国科学院考古研究所所长一职。

尹达晚年致力于史学理论的研究工作。1977年中国社会科学院建院，尹达继续担任历史研究所副所长。1978年，他组建研究室，招收研究生，以中国史学史和马克思主义史学理论为主要课题。

1979年，被推选为中国考古学会第一届理事会副理事长。1980年被选为中国史学会常务理事。1982年，他带领史学研究室的人员开始着手编著《中国史学发展史》。这部书第一次把中国历史学的发展写到了1949年新中国成立前夕，对于中国史学史的研究起到了积极的推动作用。1983年初任文化部国家文物委员会委员，又被推选为中国考古学会第二届理事会副理事长。

1983年7月1日，尹达不幸病逝。遵其遗嘱，人们将他的骨灰撒在河南境内的黄河里。

尹达的《新石器时代》，突破安特生（瑞典学者）的错误体系，建立中国新石器时代的科学体系，是尹达致力于一生的重大学术贡献。民国二十八年（1939年）冬，在延安写成《中国新石器时代》一文，推测出龙山文化（两城期、龙山期、辛村期）与仰韶文化（后冈期、仰韶期、辛店期）的绝对年代，填补了中国新石器时代早期文化空白，一个具有坚实基础的中国新石器时代分期体系初步建立。

瑞典人安特生（J.G.Andersson，1874年—1960年）于民国十四年（1925年）发表了《甘肃考古记》，把甘肃的远古时代分为六期。尹达对此并不迷信。通过一系列发掘实践，尹达从地层学上第一次了解了龙山文化和仰韶文化的叠压关系和年代序列。民国二十六年（1937年），尹达发表了考古史上划时代意义的论著《龙山文化与仰韶文化分析》，在文中，尹达对“中华文化西来说”的谬论和安特生关于分期的错误理论给予了全面而深刻的批判。尹达认为安特生的这一错误理论对中国的考古界带来了深刻的负面影响，在一定程度上错误的引导了许多的学者，曾一度成为“权威”，后果十分严重，“不突破安特生在中国新石器时代研究中所造成的混乱，就不可能把中国远古社会历史这一阶段的情况搞清楚。”所以尹达为了消除安特生的错误观点带来的影响，在《论中国新石器时代分期问题——关于安特生中国新石器时代分期理论的分析》一文中，对大量当时发掘的新资料运用科学的方法进行了系统的分析，最后用得出的客观结论论证了安特生关于新石器时代的分期理论是错误的。几十年间，尹达写的有关中国新石器时代的论著都是围绕“从批判过去的关于中国新石器时代的研究工作中，以建立起中国新石器时代的体系”这一观点来展开的。

尹达于民国二十八年（1939年）完成了《中国新石器时代》一书，指出此书的目的就是“试图突破安特生的体系，建立起中国新石器时代的比较可信的科学体系”。1955年4月，尹达写成《论中国新石器时代的分期问题——关于安特生中国新石器时代分期理论的分析》一文，对安特生的错误理论进行了深入的分析，进一步指出，“安特生对于中国新石器时代分期问题的基本论点，建筑在‘单色陶器’早于‘彩色陶器’之上；从中国考古学的新资料中证明这样的理论是错误的。……齐家坪遗址确属另一系统的文化遗存，不得和仰韶文化混为一谈；目前所知，它晚于仰韶文化。安特生把齐家坪放在仰韶期前面是错误的”。同时，提出填补中国新石器时代早期文化空白问题。最后他强调：“我们应当用科学的方法，综合大量的关于中国新石器时代的新资料，早日建立起中国新石器时代分期的标准来”。自此，一个具有坚实可靠基础的中国新石器时代的分期体系，初步建立起来了。

尹达认为“中国氏族制社会能否科学的复原历史的真实面貌，将取决于综合研究工作的科学水平”。因而他提出“史学家应具备考古学的基本知识，要能消化、掌握、运用这样丰富的原始资料”，只有史学与考古学的有机结合才能使新石器时代考古学真正能够成为历史科学的有机组成部分。谢保成先生评价《中国原始社会》 一书时，认为此书“既是尹达先生沟通近代考古与‘用新的史学观点探索古代社会’的标志，更是先生‘从考古到史学研究’迈出的极为重要的一步”。这本书实际上是尹达正式研究原始社会的起点。

尹达在完成《新石器时代研究的回顾与展望》这一长篇论文之后不久，便将“精力移到史学理论方面”。1977到1978年，尹达决定在历史研究所创建史学史学科研究阵地，着手组建研究室、招收研究生，逐步对中国历史学的发展进行探索。

1982年，尹达与研究室成员讨论制定《中国史学发展史》一书的编写原则，规定：以马克思主义为指导，对中国历史学的起源、发展，直至逐步形成为一门科学的基本过程和规律予以探索和总结；确切地划分其发展阶段，阐明各阶段史学的特点及其内在联系；对中国丰富的史学遗产进行批判、总结，重点放在史学理论和史学思想上。同时，强调在面对新问题时，应该“在马克思主义基本原理指导下去探索这些新课题，进而丰富和发展马克思主义的理论体系”。《中国史学发展史》一书对中国史学的起源、发展以及演变规律进行了深入的探索，在当时被认为是“中国史学中出现的一种新气象”，“史学研究中出现的许多新的趋势都在这部著作中得到了某种程度的反映”。

《龙山文化与仰韶文化之分析》的写作即已显示出这方面的特色，将最初17年间“发掘中国境内新石器时代遗址”的情况作系统清理，“综合”各遗址中有龙山文化与仰韶文化“层位关系”的五处堆积情况，将“许多方面的材料加以比较和分析”，最后作出结论。写作《中国新石器时代》，更进一步运用综合研究的科学方法批评安特生“在方法论上正犯着这样的毛病，所以免不了要演出‘瞎子摸象’的笑剧”。《中国新石器时代》一书结集出版之际，《后记》强调：“实事求是的综合研究是十分必要的；没有综合性的研究，就不可能使这种学科的理论逐步提高，也不可能从全面的综合研究中发见问题，从而找出解决问题的钥匙。”在系统总结新中国考古收获之后写成《新石器时代研究的回顾与展望》中，更是把综合性的研究作为“新石器时代研究工作中的极为重要的经验”来强调。这一经验或方法，的确是诸多学术研究领域不可或缺的重要方法，既包含理论与史料的关系问题，又包含个别与整体、局部与全局、现象与本质的关系等问题。

尹达主张将多学科交叉研究纳入综合研究之中：“新石器时代考古学，需要其他学科的辅持和协作，才能够全面而健康的发展起来。”尹达认为考古学是历史科学不可分割的一部分，研究考古学的目的是为了更好的了解中国古代社会的历史，考古工作的目的是把考古发掘的遗迹遗物进行分析，从而展现出它们所代表的当时的社会生活，并用社会历史的语言来表述出来。

尹达认为考古工作要与史学研究有机结合，就要注重综合研究。首先是要了解科学的田野考古及其综合研究的关系问题，表现为科学的田野考古为综合研究提供比较可信的材料，而综合研究的成果，又反过来指导和推进田野考古。对发掘出来的遗物遗迹进行科学的比较研究和综合研究，在更大程度上复原那些遗迹遗物所代表的比较真实的社会历史。研究中国原始社会绕不开氏族制度，而考古学家对新石器时代的发掘与研究，正是研究氏族制度的基础，经过科学的分析，把研究氏族制度信史建立在考古学的基础上。

考古学应该与其他的学科结合起来进行综合研究，需要从历史学等其他的学科汲取营养材料，以便取得更大的成果。“考古作为一门学科，有自己独立的体系”，但是“考古的最终目的应视为人类历史提供可靠的、生动的实际资料，应该成为历史科学的有机构成部分，通过实际的历史资料的研究，以了解人类以往的历史。”考古工作如果没有马克思主义的理论指导就会迷失方向，甚至走入歧途。

尹达对于考古资料的观点，主要表现在对殷商考古资料的研究。尹达认为殷代后期的社会是在崩溃过程中的氏族社会，是没落的氏族社会走向坟墓里去的前夜。尹达强调，研究殷商社会，考古学上的材料是很有力的物证，他在《关于殷商社会性质争论中的几个重要问题》中曾写道：“甲骨文和考古学上的材料是我们研究殷商社会的主要凭借，只有研究这些具体的大量的史料，从这里搜寻当时社会生活的史实，才能够了解殷商社会的本质。”

民国十七年（1928年）10月，董作宾主持了殷墟第一次大规模发掘。民国二十年（1931年）3月，在张邃青、朱芳圃、马非百等教授的带领下，尹达、石璋如、许敬参等三位同学加入到安阳殷墟的发掘队伍中。民国二十一年（1932年）尹达从河南大学毕业，进入中央研究院历史语言研究所考古组读研究生。他一边学习，一边继续参加殷墟和各地的田野考古工作，并已经能够主持发掘工作。民国二十三年（1934年）研究生毕业后，尹达留在史语所工作，继续参加考古发掘。通过大量的考古实践和不断地学习，尹达已成为优秀的青年考古工作者，他首次纠正了瑞典人安特生对中国新石器时代分期的错误。

主要作品有《新石器时代》（《中国新石器时代》增订本）、《中国原始社会》、《中国史学发展史》。

其中《中国原始社会》，至1940年9月，完成全书主体部分，即第一编《从考古学上所见到的中国原始社会》、第二编《从古代传说中所见到的中国原始社会》

在尹达诞辰100周年之际，中国社会科学院历史所、考古所、史学理论研究中心和中国史学会于2006年10月16日到17日在京联合召开了“纪念尹达先生诞辰100周年暨中国社会科学院中国历史学论坛”。田余庆、沙知、林甘泉、张忠培、石兴邦、李学勤、陈祖武、王巍、赵文洪、关爱和等老中青学者100余人参加了纪念会。石兴邦、王世民分别报告了尹达在中国史前考古学方面的成就与贡献，瞿林东、桂遵义分别报告了尹达对中国马克思主义历史学的贡献。