2016年5月19日，多个相互独立的尼泊尔共产党毛主义派别宣布合并，组成新的政党———尼泊尔共产党(毛主义中心)。尼议会第三大党、尼共中最大毛主义派别联合尼共(毛)主席普拉昌达担任新党主席。

2018年，尼共（毛中心）同尼共（联）合并成立尼共。2021年3月，最高法院判决尼共无效，重回两党合并前状态。现任党主席为普什帕·卡迈勒·达哈尔（普拉昌达）（Puspa Kamal Dahal“Prachanda”）。

2024年3月13日，日前组建的以尼共（毛主义中心）、尼共（联合马列）等政党合作为基石的尼泊尔新内阁在尼泊尔众议院的信任投票中顺利过关，标志着尼泊尔近期风云突变的政坛风暴趋于平稳。

尼联共（毛）内部存在革命派和改良派之间两条路线的斗争。革命派代表人物分别为党的副主席基兰、政治局委员亚达夫和比普莱布；改良派代表是副主席巴特拉伊。其中，副主席基兰是尼共（毛）的创始人，也是党内的精神领袖，主席普拉昌达则是两派均可接受的人物。革命派与改良派的观点分歧在于：更侧重建立人民共和国还是民主共和国；更侧重武装起义还是和平过渡；更侧重群众性阶级斗争还是上层的改良 。

普拉昌达等提议将一些反对人民战争的共产党组织合并入党内，遭到部分同志强烈反对，但后来还是与一些小党完成了整编。2009年2月，以Siraha征地事件为导火索，亚达夫与尼联共（毛）决裂。亚达夫指责尼联共（毛）陷入了修正主义和改良主义的泥淖，偏离革命精神。亚达夫带走一小部分党员并宣布重组“尼共（毛）”，后与“革命左翼”等组织合并。

2011年8月尼联共（毛）副主席即党内改良派代表巴特拉伊当选政府总理后，认为形势在朝着有利于自己的一方发展，因此不惜一切代价也要把议会斗争进行下去。巴特拉伊在极短的时间内促使尼联共（毛）做出了交出武器库钥匙、遣散尼泊尔人民解放军和返还战争期间“侵占”土地的决定，并且在出访印度期间与印度签署了被革命派视为“卖国”的“双边投资保护和促进协议（BIPPA）”。这些政策突破了党内斗争的底线，将尼联共（毛）推向分裂的边缘。

2012年6月16日到18日，革命派召集75个地区的3，000名干部在尼泊尔加德满都召开全国会议，宣布与尼联共（毛）决裂以及新党尼泊尔共产党（毛主义）的成立。该党通过新的党章，选举基兰为新党主席，巴达尔为总书记，高拉夫为书记。新组建的尼共（毛）带走了母党149名中央委员中的45人，原党48个侧翼组织中的36个，至少是尼联共（毛）总体力量的1/3。

到2013年11月大选前，尼共(毛主义)已分裂为五个相互独立的派别，除普拉昌达领导的联合尼共(毛)外，其他各派拒绝参加大选，拒绝加入政府。2015年初刚刚自立门户，由“革命战争”期间“尼泊尔人民解放军”高级将领比普拉布领导的“尼共-毛主义”也没有加入尼共（毛中心）合并进程。

2007年3月14日，尼共（毛主义）凯拉利县“人民政府”领导人罗桑（Laxman Tharu alias Roshan，塔鲁族人）率领14名追随者宣布脱离尼共（毛）并成立了塔鲁阵线（Samyukta Tharu Rastriya Morcha）。罗桑表示，由于尼共（毛）忽视350万塔鲁人（尤其是农奴）的问题，因此宣布脱离。

1995年3月，普拉昌达领导的尼泊尔共产党（团结中心）召开“第三次中央全会”，将党名改为“尼泊尔共产党（毛主义）”。大会最终决定发动“人民战争”，并制订出初步的战略战术。党再次明确了其革命道路：“通过夺取地方政权建立根据地的战略，粉碎封建的、官僚买办资产阶级的国家机器，最后建立中央一级的新民主主义政权。因此，必须走持久人民战争的路线，并采取农村包围城市的战略。”

1996年2月4日，巴布拉姆·巴特拉伊以联合人民阵线主席名义向谢尔·巴哈杜尔·德乌帕首相递交了一份《四十点要求》的最后通牒。这其实是尼共（毛）发动“人民战争”前夕的公开宣言，系统表达了尼共（毛）关于民族、民主、民生等三个方面的政治主张。1996年2月13日，一份历史性传单《尼共（毛主义）告人民书》在全国各散发，号召人民“为粉碎反动政权、建立新民主主义政权，沿着人民战争道路前进！”这一天，尼共（毛）宣布其“人民战争”正式开始。

普拉昌达回忆，“当时，我们的队伍只有一百来号人，唯一的武器就是两支破旧不堪的短枪，其中一支还不能用。我们联合当地的贫苦农民，用自制土枪袭击防卫薄弱的偏远警察哨所，缴获他们的武器；也想方设法从黑市上买一些武器；后来索性培养自己的工程师，办地下工厂，自造武器。罗尔帕县是‘人民战争’的起点，因此，同志们亲切地称它为‘尼泊尔革命的延安’。”

短短半年，普拉昌达就发动了5000起小规模袭击，他旗下游击队的规模也随之壮大。但此时，尼政府仍对他们不屑一顾，甚至认为他们不过是小打小闹的“恐怖分子”。但到了2000年，政府军才猛然发现，普拉昌达的游击队已人数过万，控制或影响着尼泊尔的半壁江山。

在罗尔帕，尼共（毛）建立了革命根据地，外人要想进入，就必须拿到尼共（毛）开的‘路条’。在根据地，他们建立起自己的‘人民政府’，设立了‘人民法庭’、税务机构，行使‘政府’权力。此外，还开办了许多中小学校，战士们和贫困村民的孩子都可以免费接受教育。为帮助村民解决经济困难，建立了‘金融合作社’，办起了各种小型工厂。这不仅使游击队在衣食住行方面实现了自给自足，也促进了当地的经济发展，满足了村民们的生活需要⋯⋯

2005年上半年，普拉昌达开始与尼泊尔反对国王的多数政党联系，协商结成共同阵线。同年9月3日，反政府军宣布单方面停火。2006年6月16日，普拉昌达重返加德满都，这是10年后他的首次公开亮相。11月21日晚，首相柯依拉腊和普拉昌达正式在和平协议上签字，标志着尼泊尔11年内战走向终结。

2006年4月，尼联共（毛）和七党联盟共同发动人民运动推翻了贾南德拉的独裁统治，并组建了七党联合政府。

2007年4月1日，尼过渡政府宣布成立，吉里贾·普拉萨德·柯伊拉腊任首相，尼共（毛）五人入选内阁。9日，尼共（毛主义）内阁成员宣布14点道德准则。包括：严格执行政党决议；为建立联邦民主共和国不懈努力；继承先烈遗愿，全心为人民谋福祉；执行八党共识；生活简朴，财产交公，不敛私产；禁欲，摈弃奢侈享受；改正主管部门的不当之风等。10日，巴特拉伊率领数名该党领袖在选举署为其党登记，参加制宪会议选举。这是1996年该党宣布“人民战争”后首次登记参选。巴并宣布，党将于当日起开始选举宣传工作。

4月14日，尼共（毛）军事人员纷纷走出营地，发起大规模反对制宪会议选举推迟的抗议活动。以奇达旺为例，有大约4000名尼共（毛）军事人员加入到抗议活动中。此外，尼共（毛主义）在卡斯基县（Kaski）已开始启用其地方政府办公室。同日，尼共（毛）中央委员会议作出决定：将在下次召开的八党领导人会议上要求临时议会宣布尼泊尔实行共和制。

2007年5月13日，尼共（毛主义）向议长苏巴什·内姆旺递交了具有150万民众签名的签名簿，要求在临时议会中宣布共和。议长内姆旺表示，尼人民通过签名状表达了他们的政治意愿，“我们应尊重人民的选择”。

2008年4月10日，尼泊尔举行2008年尼泊尔制宪会议选举，尼联共（毛）、尼共（联合马列）分别获得220席、103席，成为第一和第三大党。尼联共（毛）与尼共（联合马列）推动尼泊尔制宪议会第一次会议在2008年5月28日宣布终结有近240年历史的沙阿王朝，废除君主制，建立尼泊尔联邦民主共和国。

2008年5月30日，尼共（毛主义）主席普拉昌达发表谈话，批评一些政党试图阻止尼共（毛主义）行使权力。《尼泊尔新闻报》援引普拉昌达的话说，尼泊尔人民在选举中给予尼共（毛主义）管理国家的权力，希望其他政党配合尼共（毛主义）组建新政府。

2008年6月20日晚间，尼泊尔共产党（毛主义）宣布退出临时政府，并要求尼泊尔临时政府首相柯伊拉腊辞职，尼泊尔政坛陷入僵局。

2008年7月21日，拉姆·亚达夫当选尼泊尔联邦民主共和国首任总统。尼泊尔共产党（毛主义）提名的总统候选人拉姆·辛格落选。

2008年8月，尼泊尔制宪会议15日晚选举尼泊尔共产党（毛主义）主席普拉昌达为尼泊尔联邦民主共和国首任总理。

2009年5月4日，尼泊尔政府军参谋长鲁克曼古德·卡特瓦尔遭解职一事引发执政联盟分裂，总统拉姆·亚达夫关于卡特瓦尔应留任的表态，更是增加了尼泊尔政坛的紧张气氛。面对这种情况，尼泊尔联合共产党（毛主义）主席、总理普拉昌达当天下午宣布辞职。

2010年5月2日，尼联共(毛)在尼全国范围内发起无限期罢工，要求解散现任政府，重新组建联合政府。尼联共(毛)以不满新宪法制订缓慢等为由，近来不断向现任政府施压，要求解散政府，总理马达夫·库马尔·尼帕尔下台，重新组建联合政府。

2010年，由于临时宪法并未就无人获得超过半数选票的情况下如何产生新总理作出规定，导致选举陷入僵局。9月7日，第七轮总理选举失败。18日，据报道，尼泊尔总理选举两名候选人之一、主要反对党尼泊尔联合共产党（毛）主席普拉昌达已宣布退出竞选。

2011年8月28日，尼泊尔联合共产党（毛主义）副主席巴布拉姆·巴特拉伊当天在尼泊尔制宪会议举行的总理选举中以多数票胜出，当选新一任尼泊尔总理。

2013年11月，举行2013年尼泊尔制宪会议选举。截至20日晚，初步统计结果显示，第一届制宪会议的第一大党——联合尼共(毛)仅得17个席位，落后于尼泊尔大会党的55席和尼泊尔共产党(联合马列)的33席。21日，尼泊尔联合共产党(毛主义)宣布，该党决定不再参加尼泊尔新宪法的制定，因为19日进行的制宪会议(议会)选举存在“阴谋和不规范”。

2013年11月28日，尼泊尔第二届制宪会议选举初步结果揭晓，在直接选出的575个席位中，尼联共（毛）获80席，位列第三。

2016年7月上旬，执政联盟中的尼泊尔联合共产党（毛主义）退出联合政府，转而与反对党尼泊尔大会党联合，并在议会提起对奥利的不信任议案，指责他没有履行此前承诺的权力分享协议。奥利24日晚在议会发表演说前，已向尼泊尔总统班达里提交了辞呈。根据尼泊尔联合共产党（毛主义）与尼泊尔大会党达成的协议，两党将组建新的联合政府。

2016年8月3日，在尼泊尔议会举行的总理选举中，尼泊尔共产党（毛主义中心）主席普拉昌达当选尼泊尔新一任总理。

2017年5月24日，普拉昌达在其办公室发表讲话时宣布辞去总理职务。他表示，会于当天向总统递交辞呈。

尼共（毛）在1995年3月成立时也将发动“人民战争”作为夺取政权的唯一选择，认为热衷搞议会斗争是机会主义、修正主义的表现。自1996年尼共（毛）发动“人民战争”发动到2001年，尼共（毛）控制了尼泊尔80%的农村地区，并在21个县建立了人民政府。2001年2月，在“人民战争”发动五周年之际，尼共（毛）召开了第二次全国代表大会，大会对“人民战争”所取得的成就进行了评估，认为“人民战争”在农村地区取得了巨大成功，但对作为尼泊尔政治文化中心的城市地区却影响甚微。为此，尼共（毛）将中国的“人民战争”模式和苏联的城市暴动模式相结合，提出了“马列毛主义普拉昌达道路”。

在人民战争时期，尼共（毛）反对多党议会制，口号是：“不要再继续沉迷议会制的幻想了！让我们为人民的新民主主义革命做好准备。”基兰表示，“斗争要朝着社会主义和共产主义的方向前进” 。革命派认为，民主共和国是为了同议会各党派建立反对君主制的统一战线而采用的一项过渡性策略，其适用性已经完成。尼泊尔人民革命的特殊性在于，一定要搞武装斗争，因此人民解放军不但不能削弱，反而要巩固加强。此外，对买办资产阶级政权的基础和主体应予以狠狠打击，直至将其摧毁，要把斗争的方向引向粉碎旧的经济基础、买办资产阶级的舞台和旧的文化体系。

在2003年5月召开的中央全会上，党主席普拉昌达作了《目前的形势和我们的历史任务》的政治报告，报告分析了尼共（毛）所面临的国际国内形势，指出，第二次全国代表大会召开至今的尼泊尔阶级斗争，以及自9·11事件到伊拉克战争的爆发，世界形势的发展使得改进和发展民族革命的战略变得十分必要。鉴于此，尼共（毛）又提出了“发展21世纪民主”的思想，即保证在反帝反封建民主国家的宪法框架下，通过组织政治竞争实现共产党的无产阶级化和革命化。在2005年10月举行的中央全会上，尼联共（毛）再次肯定了2003年的上述决定，指出，“我们发动‘人民战争’，不反对或者说大体上是不反对多党民主的。它主要的是反对封建独裁统治、反对封建制度。”同时，尼共（毛）还强调这种多党民主的反帝反封建的性质，指出：“我们是在特定意义上，在特定的宪法框架之下讨论多党民主的。我们讲的不是资产阶级和议会民主。这个多党民主将是反帝反封建的。换句话说，只有在反帝反封的宪法框架之下多党民主才是可能的。”至此，尼联共（毛）也完全接受了多党民主的理念。

美国革命共产党于2005年10月、2008年3月、2008年11月以及2009年1月四次致信尼共（毛），质疑尼共（毛）在“政治和意识形态上的折中主义” 。其他美国毛派对尼共（毛）的走向也有争论：一种认为，普拉昌达及其支持者有一个发动革命的“秘密计划”；另一种则认为，尼共（毛）走议会道路不免会落入修正主义的泥淖。

2006年6月，印共（毛）中央委员会发言人阿萨德对此作出全面回应，其中不乏对尼泊尔形势的真知灼见和对尼共（毛）同志式的批评与提醒。（1）尼泊尔人民所面临的问题，只有通过把人民战争进行到底，夺取胜利才能真正解决。（2）与买办资产阶级政党和封建势力如尼大会党、修正主义的尼共（联）和其他统治阶级政党共同组成政府是行不通的，因为各方的利益截然相反。尼共（毛）必须主导政治进程，对其他党保持警惕。（3）通过封存武器和把战士安排到临时军营的方式解除解放军武装，是最大的危险之一。（4）用建立资产阶级共和国的子阶段取代革命的方向和道路（新民主主义进程和战略）是完全错误的。（5）谨防堕入国内统治阶级及其帝国主义和扩张主义的主子所设下的陷阱；需要提防突发的政变对共产主义者进行的大屠杀。要将党引向前进，继续革命，在全国范围内夺取政权。（6）严肃请求尼共（毛）及其领袖考虑最近的立场，汲取历史经验教训，呼吁印度人民给尼泊尔人民革命以全力支持。

据尼泊尔共产党（毛主义）国际部负责人Gajurel透露，2006年12月26日至31日，尼共（毛）举行南亚毛主义政党研讨会，印度共产党（毛主义）派代表参会。印共（毛）批评尼共（毛主义）放弃武装斗争，走向错误道路，尼共（毛主义）则称，其没有放弃武装斗争，仍然拥有军队和武器，其与政府达成协议接受武器管理，将使其军队获得政府和联合国的承认，最终还将加入国家军队。印共（毛）对此表示赞同，双方关系得到缓和。但印共（毛）同时声明，其不会效仿尼共（毛主义）战略

2007年5月15日，印共（毛主义）总书记贾纳帕蒂在接受该党发言人采访时表示，印共（毛主义）与尼共（毛主义）在很多问题上存在争论，我们一直警告尼共（毛主义）不要对议会民主抱有幻想，敦促其继续坚定地进行武装斗争，直至取得最终胜利。

尼共(毛)成立以来实行的是党主席的集中领导制，设有常委会(7名常委)，政治局(15名委员)，中央委员会(40—50名委员)。在中央委员会下还设有三个地区局，即东部局、西部局、中部局，每个局都由一名政治局常委负责。在地区局下面还有地方分局、县委、地委和基层委员会。党的中央机构还包括：组织部、思想与政治部、媒体部、立法部和国际部。在山区农村、宾馆饭店、各大公司、政府机构、银行商店，尼共(毛)都有自己的组织。

2009年1月16日，尼泊尔联合共产党(毛主义)举行成立后的首次正式会议，决定改组中央机构。中央委员会决定，成立15人的中央书记处、45人的政治局和175人的中央委员会。其中，原尼泊尔共产党(毛主义)有中央书记处成员11人，政治局成员35人，扩充的政治局和中央书记处成员来自原尼泊尔共产党(团结中心-火炬)。在中央委员会成员中，106人来自原尼泊尔共产党(毛主义)，31人来自原尼泊尔共产党(团结中心-火炬)，另外38人来自尼泊尔各左翼政党。

2009年7月30日，尼联共(毛)中央委员会在首都加德满都召开会议，决定改组中央领导机构，实行集体领导制。除了党主席普拉昌达外，还包括3名新任副主席——基兰、巴布拉姆·巴特拉伊、普拉卡什、新任总书记巴德尔以及2名书记处书记——高达夫、迪瓦卡，共7人。

2011年7月，尼联共(毛)又对党的主要领导人的具体职责进行了分工：普拉昌达作为党的总负责人；巴特拉伊负责党的议会党团的工作，并在将来组建共识政府时作为党的总理候选人；基兰负责组织部和纪检部的工作；巴德尔负责军事部门和中央办公厅的工作、普拉卡什将在政府中任副总理和内务部长；高吉尔负责统一战线工作，并与迪瓦卡一起负责和平进程的谈判工作。

2014年5月，在尼泊尔东部城市比纳德纳德尔结束的尼泊尔联合共产党（毛主义）中央委员会选举中，普拉昌达再次当选联合共产党（毛主义）主席。

2016年5月19日，尼共中最大毛主义派别联合尼共(毛)主席普拉昌达担任新党尼泊尔共产党（毛主义中心）主席。

2007年2月1日，尼联共(毛)成立了党的青年组织——共产主义青年团。共青团的任务是“组织青年、参加党的活动、宣传政治思想、在党的开拓性工作中充当志愿者”。共青团共有约30万名成员，他们在全尼泊尔75个县展开活动。

在“人民战争”时期，尼共(毛)建立了一系列的民族和地区阵线。为了扩大党的社会基础，尼联共(毛)还建立了比较广泛的群众组织。比较有影响的有：全尼泊尔妇女联合会、全尼泊尔民族独立学生联盟(革命)、全尼泊尔工会联盟(革命)、全尼泊尔农民协会(革命)、全尼泊尔教师联盟(革命)、全尼泊尔人民文化联合会以及尼泊尔全国知识分子组织等。

在建立国内统一战线的同时，尼联共(毛)还强调，革命力量的联合和团结必须以国际组织为载体。为此，尼联共(毛)主张积极发展同国外相关政党的关系，并与这些党联合成立了一个国际组织——革命国际运动。该组织有14个政党和组织。尼联共(毛)还成立了南亚毛主义政党和组织协调委员会，其主要职能是协调南亚毛主义政党、组织的行动。执政后，为了实现人民至上、建立民族联合政府的目标，尼联共(毛)又建立了由党领导的两个层面的统一战线。第一个层面是在党的领导下，由各种群众组织和全国的、地方的知名人士组成的统一战线。第二个层面是由全体左翼的、进步的、爱国的人士以及支持人民至上的其他党派、组织和个人组成的统一战线。

2013年4月18日，中共中央总书记、国家主席习近平在北京人民大会堂会见尼泊尔联合尼共（毛）主席普拉昌达。习近平高度评价中尼党际交往成果，表示中国共产党愿继续与联合尼共（毛）等尼泊尔主要政党加强交流合作，为促进中尼友好发挥积极作用。

2016年8月4日，中方对普拉昌达当选尼泊尔新任总理表示祝贺。

2008年5月1日，美驻尼大使南希·鲍威尔会见了尼共（毛主义）主席普拉昌达。这是美国官员与尼共（毛主义）领导人之间的第一次会面。

2008年5月29日，美国国务院负责南亚和中亚事务的助理国务卿帮办埃文·费根鲍姆说,美国已经改变了此前不同尼泊尔共产党(毛主义)对话的政策。费根鲍姆说这番话时刚结束在尼泊尔的3天访问行程归来,他在这次访问中与尼共(毛主义)领导人会晤。但他也同时表示不会把尼共(毛主义)从美国所确定的“恐怖组织”名单中删除。

尼共（毛）曾被美国视为“恐怖组织”，但美国已于2012年9月6日将其从名单内剔除。