学校于1964年在廿里堡烤烟厂筹建，原名为昌潍地区供销学校。1965年招收了会计、统计两个专业各两个班，共计学生175人，半工半读，学制三年。1966年迁址地区行政干校（现院校街坦克八师处）。1968年底第一届学生毕业。当时正值文化大革命时期，教师、职工全被赶到“五七”干校，学校停办。

1974年8月，根据国务院文件要求，要求恢复文革前的中等职业学校，学校在原地革委第一招待所（现向阳路16号）恢复建校，使用该招待所90余间破旧平房，更名为昌潍地区商业学校。学校共有教职工30人，其中教师12人。学校开设中专财会和技工烹饪2个专业各1个班，每班学生50人。1975年增加商业统计专业，1978年增设商业储运、照相两专业，1982年随烹饪、照相两专业的学生毕业，停办烹饪、照相两专业。同年，停招商业统计专业，增设商业企业管理专业。1975年原地革委一所迁走，倒出全部房屋约150余间，校园总面积10000平方米。1982年，昌潍地区改为潍坊地区，学校改名为潍坊地区商业学校；1983年地区该市，学校易名为潍坊市商业学校，隶属于当时的市商业局；1986年暑假前共有教职工88人。1988年，学校由副县级单位调整为正县级单位。1991年，学校在省教委组织的中专合格评估中，因占地面积太小，不符合中专办学要求，而成为暂缓通过学校，被责令限期整改。1992年12月，学校在现址（潍城区仓南街马良冢子村西）征地34533平方米，开工建新校，1994年10月，首批学生到新校区学习。1997年7月，学校更名为山东省潍坊商业学校，校名沿用至今。2000年11月，学校由隶属贸易局改为隶属教育局。2001年，学校会计、电子商务专业通过“五年一贯制”专科教育专家评估，开始招收三二连读学生。2013年学校作为中职本科贯通培养试点学校，与潍坊学院合作招收会计专业3+4中职本科贯通培养学生。至2015年底，学校占地200亩，建筑面积6.6万余平方米，在编教职工203人，学生6000余人，设有财会系、理工系、旅游系、信息系、经贸系、基础部等6个教学系部，15个中专专业，9个三二连读大专专业。