天皇雅无去位之意，法皇宠美福门院，欲立其所生，故速禅位。【今镜、保元物语。】法皇谕旨书诏者，改皇太子为皇太弟。天皇大愕曰：‘何遽如此也？须明日审议。’【参取愚管抄、今镜。】是日，百官就班，待诏书出。天皇奉书法皇，中使相继，法皇不从。及昏始传剑玺于昭阳舍。【今镜。】

以故二宫不协。【愚管抄、保元物语】”

（《大日本史》）

由于继位的是异母弟，崇德天皇失去以天皇之父身份监护幼帝的权力，开设院政的希望化为泡影。崇德上皇对此事耿耿于怀。这种不正常的继统程序，也为日后的“保元之乱”埋下了祸根。崇德上皇迁往三条西洞院居住，人称新院。

崇德天皇自在位以来频繁举办和歌的歌会，退位成为上皇之后更是完全沉迷在了和歌的世界里，下令撰写《久安百首》、《词花和歌集》等歌集。由于鸟羽法皇对和歌并不热衷，当时的内里歌坛以崇德院为中心展开。

法皇表面上对崇德院态度强硬，但实际却把崇德院的第一皇子重仁亲王收为美福门院的养子。这样，倘若近卫天皇在没有继嗣的情况下驾崩时，重仁亲王也可以继承王位。另外,近卫天皇在“朝觐行幸”（指天皇在正月向作为父母或相当于父母的上皇、女院行礼）时,法皇和美福门院也让崇德院与他们同时出席(《本朝世纪》)，而上皇的皇后圣子作为天皇的养母与天皇同住。因此崇德院此时仍具有相当于天皇之父的家庭地位。有观点认为，近卫天皇健在时，崇德天皇的存在对鸟羽院的院政统治起着重要的作用，因此双方的矛盾还尚未激化。

久寿2年（1155年）7月24日，体弱多病的近卫天皇驾崩，朝廷召开会议讨论继位的人选。参加会议的公卿有久我雅定（源雅定）、三条公教等人，均与美福门院渊源颇深。王位继承的候选人有重仁亲王、守仁亲王和暲子内亲王；其中，重仁亲王是最有力的候选人。然而，美福门院害怕崇德院的掌权会对自己造成掣肘；藤原忠通在重仁亲王出生一事上对崇德院早有不满；雅仁亲王乳母的丈夫信西也在对权力虎视眈眈。因此，众人合力决定由美福门院的另一个养子守仁亲王，即崇德院四弟雅仁亲王之子继位。但由于守仁亲王年幼，无法越过还在世的父亲雅仁亲王继统；而且如果守仁立即登基，在其成年之前一旦发生鸟羽法皇驾崩的情况，作为上皇的崇德院便有可能成为实权的掌控者。为了避免这两种情况的发生，便决定先由守仁亲王的生父雅仁亲王登上皇位，是为后白河天皇。崇德上皇建立院政的愿望由此彻底破灭。

保元元年（1156年）5月，鸟羽法皇病重，7月2日申时(下午4时左右)驾崩。崇德上皇在临终前前来探病，但没能见面，甚至被法皇身边的宠臣藤原惟方逐出。据《古事谈》记载，法皇曾吩咐惟方不要让上皇见到自己的遗体。崇德上皇愤慨地返回鸟羽田中殿。法皇驾崩后不久，事态骤变。法皇病重时京都便开始风传崇德上皇将要勾结藤原赖长等人谋反的流言（“上皇左府同心发军，欲奉倾国家”《兵范记》），京中的检非违使也加强了警备。法皇驾崩后，后白河天皇在7月8日向诸国下令停止藤原忠实和赖长庄园军兵的集结，同时派藏人高阶俊成和武士源义朝的随兵闯入摄关家正邸东三条殿，将其中的财物没官。没官意味着赖长被判谋反，而藤氏长者被判谋反是前所未闻的。摄关家的家司平信范(《兵范记》的记主)由此慨叹道：“子细难尽笔端”(《兵范记》7月8日条)。

7月9日深夜，崇德上皇突然和少数亲信秘密离开鸟羽田中殿，进入妹妹统子内亲王位于洛东白河的御所。《兵范记》同日条对此的记载是“上下成奇、亲疏不知”，作为皇子的重仁亲王也没有同行，说明这场行动是突发性、出乎预料之外的——当时对方虽然没有直接攻击崇德上皇的行为，但世间已经流传着“上皇左府同心”的传闻；如果崇德上皇选择继续滞留在鸟羽，不排除会有突然被强行拘禁的危险；因此崇德院选择了秘密出逃。

7月10日，藤原赖长由宇治上洛，进入白河北殿。藤原赖长和崇德上皇的亲信藤原教长、平家弘、源为义、平忠正、源为朝等部在白河北殿集结。崇德上皇方面的兵力十分弱小，而现已亡故的平忠盛曾是重仁亲王的监护人，因此，平忠盛之子平清盛如能成为自己的盟友，就能带来一线获胜的希望；然而平清盛等人却投入了后白河天皇的阵营。重仁亲王的乳母、平忠盛的遗孀池禅尼（宗子）也预测上皇方将会败北，命令她的儿子平赖盛与平清盛通力合作(《愚管抄》)。后白河天皇方以崇德上皇的举动“是日来风闻，已所露显也”(《兵范记》7月10日条)为由，动员武士，于11日凌晨夜袭白河北殿，之后采用火攻战术。白河北殿起火，崇德上皇逃出御所后行踪不明。

崇德上皇在源为义、平家弘等人的保护下暂时逃到东山的如意山，决意投降并出家，并让武士们各自逃离(《保元物语》)。13日，崇德上皇进入仁和寺，投奔同母弟觉性法亲王。但觉性却将其逮捕，关押在宽遍法务的旧房里，由源重成看押。上皇之所以选择削发投降，是因为历史中曾存在过这样的先例：在药子之变中，平城上皇虽因举兵失败而出家、失去实权，但在自己选择的隐居地平城京受到优厚的待遇并度过余生。然而与药子之变的时代不同，在保元之乱的时代确立了上皇无论在家出家都可以实行院政的惯例；因此，出家并不能成为放弃权力的保证。另外，万一守仁亲王薨去，作为中继者的后白河天皇脆弱的统治根基将会崩溃，不能排除崇德上皇作为王室家长实行院政的可能性。

23日，崇德上皇在数十名武士的押解下乘船流放赞岐国，时人称之为赞岐院。这是自藤原仲麻吕之乱中淳仁天皇配流淡路国以来，时隔400年再次发生天皇或上皇被配流的事件。与上皇同行的只有宠妃兵卫佐局和几个侍女。此后，崇德上皇再也没能踏上京城的土地，于8年后的长宽2年(1164年)8月26日在赞岐驾崩，享年46岁。一说是被京都方面派来的刺客三木近安所暗杀。

根据《保元物语》记载，崇德上皇到达赞岐国之后，过着被软禁的生活。其间他投身于佛教信仰之中，愿往生极乐世界，抄写了五部大乘经（法华经、华严经、涅槃经、大集经、大品般若经）献上京都（有用墨抄写和用血抄写两种不同版本的说法），作为对战死者的供养、对自己反省罪过的证明。但后白河天皇怀疑他是在诅咒自己，拒绝接受并退还了回去。激怒的崇德上皇咬破自己的舌头，用血在退回的经卷上写下“愿为大魔王，扰乱天下。以五部大乘经，回向恶道”（《国史略》）、“愿为日本之大魔缘，扰乱天下，取民为皇，取皇为民”（《保元物语》）的语句，自此不食不休，愤懑而死，死状犹如夜叉。据说崇德上皇驾崩后，虽然棺材的盖子已经盖上，但血仍旧从中溢出。

另一方面，据《今镜》记载，崇德院在流放地过着寂寞悲伤的生活，疾病因而逐年加重，并没有流露出所谓的愤怒与怨恨。实际上考察崇德院在配流地吟咏的和歌，其中流露出的也多为悲叹的感情。

据传崇德上皇在流放地赞岐与国府官员绫高远的女儿之间生有一男一女，均早夭。

保元之乱之后，崇德上皇被朝廷视为罪人。这在后白河天皇一方高调宣布胜利的宣命(《平安遗文》2848)中也有所体现。在崇德上皇的死讯传到京都之后，后白河上皇不给他举行国葬和国丧，“太上皇无服丧之仪”（《百炼抄》）；将葬仪事务交由赞岐国司处理，“付国司行彼葬礼，自公家无其沙汰”（《皇代记》）。据当地传说，在等待京都派来的使者传达葬仪指示之前的20多天里，崇德上皇的遗体被浸泡在八十苏场的冷泉中，完全没有腐烂。

此后，崇德上皇的遗体被运至白峰的稚儿岳火化，遗骨葬于白峰陵。

崇德天皇是平安末期优秀的歌人之一。他自小便对和歌表现出浓厚的兴趣，曾在幼时与近臣做速咏的游戏（《今镜》）。在位时他便频繁出席、举办歌会，在退位之后更是全情投入到和歌的创作中去，曾下命撰写《词花和歌集》、《久安百首》等歌集。现存作品165首，有81首入选敕撰和歌集。《小仓百人一首》第77首便是其作品。

安元2年（1176年），建春门院、高松院、六条院、九条院相继死去，而这些都是与后白河法皇和藤原忠通亲近的人。次年，日本在一年之间发生了大量灾异和事件，如延历寺强诉、安元大火、鹿谷阴谋事件等。朝廷认为是赞岐院和藤原赖长的怨灵作祟，因此在8月3日谥赞岐院为崇德天皇，同时追赠藤原赖长正一位太政大臣的官位。

寿永3年（1184年）4月15日，朝廷在保元之乱的古战场春日河原设立崇德院庙（后改为粟田宫）。该庙在应仁之乱后衰微，天文年间合并为平野社。当地在崇德院御陵附近建造的顿证寺(今白峰寺)也受到官方的保护。

崇德天皇作为怨灵的形象在近世的文学作品《雨月物语·白峰》中为人们所熟知。另外，《椿说弓张月》以及现代的许多作品中，崇德天皇都作为怨灵的形象出现。

另一方面，后世也出现了他是整个四国地区守护神的传说。在承久之乱中被流放到土佐国的土御门上皇(后白河院的曾孙)在途中经过崇德天皇的御陵附近时，为了安慰他的灵魂弹起了琵琶，这时崇德天皇出现在他的梦中，约定守护上皇和他留在京城的家人。之后，上皇的遗孤后嵯峨天皇在镰仓幕府的拥立下登上皇位。另外，据说室町幕府的管领细川赖之成为四国的守护时曾凭吊崇德天皇的菩提寺；在细川氏成功平定四国后，崇德天皇作为细川氏的守护神世代受到尊敬。

明治天皇即位之际，遣使到赞岐，将崇德天皇之灵迎回京都并创建白峰神宫。

“日本国之大魔缘”

据《保元物语》，崇德被流放到赞岐（今香川县）后，历时三年血书五部大乘佛经，希望借此赎罪，并恳求朝廷将佛经送往京都纳于寺中，可这个要求也遭到拒绝。崇德终于在被流放八年之后精神彻底崩溃，哀叹自己“生已无益”，从此不理发不剪指甲，“变成天狗的模样”。崇德在自己血书的经文后写道：我抄写佛经是为了积累善业而赎罪，既然不被宽恕，就让那些业力投入三恶道，助我成为日本的大魔缘，“为君戮民，为民弑君（皇を取て民となし、民を皇となさん）”。 写罢将经文沉入海底，咬舌自尽，享年四十六岁。

上田秋成著通俗小说《雨月物语》首篇《白峰》描写了崇德院生前友人西行法师与崇德院怨灵交流的场景：西行法师探访位于赞岐的崇德院御陵，在陵前遇到崇德的亡灵。亡灵说道：“近来世道之乱，乃寡人所为。在世之日，寡人深信魔道，死后要继续为后继的朝廷留下祸殃。天下不久又将大乱，天下将永无宁日。”问及崇德保元年间政变之事时，崇德说道：“帝位乃人中之极位，若天子做出违背人道之事，臣下则应上达天命，下顺民意，予以讨伐。不以德才选人，将天下大事由后宫决定，这本来就是父皇的过错。尽管如此，父皇在世之时，朕仍坚守孝悌之道，直到父皇驾崩，朕始崛起雄心，如昔日周武王以臣伐君，应天命，顺民望，开创周朝八百年基业。朕本是执政国君，当取代牝鸡司晨之乱世。”

崇德死后日本灾祸不断，朝野上下无宁日，朝廷畏于其愿力而修庙宇供奉，甚至在永万元年（1165）将崇德上皇灵位与大物主神合祀，但这似乎并未平息崇德的怨气，于是一场朝廷的灭顶之灾——“平氏专权”降临了。日本从此陷入了长达七百年的战乱中，直到明治天皇在即位前派特使去白峰御陵将崇德灵位接到京都的白峰神宫里供奉，日本才算迎来短暂的和平。据说，每逢君王无道，崇德上皇的怨灵便出来令天下大乱，江山易主。

因此，不管是在日本的神道、鬼道还是世俗信仰中，崇德上皇都占有重要的位置，延续近千年的咒怨使他与崇道天皇（早良亲王）一起成为最令日本君臣和平民敬畏的邪神。人们畏惧崇德的咒怨，称其为“日本国之大魔缘”和“祸崇神”。在民间传说中，崇德上皇的形象是金色的大鸢，酷似佛教中的护法神，手执钢杵，身插双翅，率众天狗镇守白峰。

崇德天皇是鸟羽天皇和中宫藤原璋子（待贤门院）的皇长子。据《古事谈》记载，时人皆知崇德天皇是白河法皇和璋子私通后出生的孩子，鸟羽天皇因此嫌恶崇德天皇，称其为“叔父子”。然而《古事谈》在崇德天皇诞生100多年后才成书，因此此记载真伪不明。另外，璋子幼年时，生父藤原公实(法皇的表兄)去世，她作为白河法皇的养女被接入宫中抚养。有观点指出，当时宫中普遍认为白河法皇是璋子的父亲、崇德天皇的外祖父，作为“女儿”的璋子经常去“父亲”法皇的皇宫也是合理的。