总面积：1308平方千米。

1990年，全县辖6个镇、21个乡(含张表乡)，1060个自然村，有26个民族，总人口：813986人。

巨野，因古为大野泽而得名。

原始社会时期，伏羲氏族曾在大野泽农耕渔猎。上古部落首领尧、舜、禹，都曾在此留下宝贵足迹。

春秋时期，巨野为武城地，鲁国西境。公元前475年，巨野属宋国，至公元前286年，改属齐国。

秦始皇二十七年(公元前220年)，设置昌邑县(治所在今大谢集镇前昌邑村)，属砀郡(砀郡就是今天的安徽省)管辖。

西汉初期，巨野县境内有昌邑县。西汉中期增置巨野县和乘氏县。昌邑县：始建于秦，前汉为昌邑王国、山阳郡，后汉兖州刺史皆治此，治所在今巨野县昌邑集，所辖包括金乡、巨野、成武、单县4个县的边界地区。乘氏县：汉置侯邑。汉景帝中元六年封梁孝王少子刘买，汉和帝封梁商为乘氏侯。治所在今龙固镇西南甘泉寺一带，其辖区包括巨野东南、菏泽东南、定陶东北部。公元前144年(汉景帝中元六年)，昌邑、巨野属山阳国。公元前140年(汉武帝建元元年)，改山阳国为山阳郡。昌邑、巨野两县属山阳郡，乘氏县属济阴郡。公元前97年(汉武帝天汉四年)，改山阳郡为昌邑国，昌邑、巨野为其属县。公元前73年(汉宣帝本始元年)，撤销昌邑国，复为山阳郡，昌邑、巨野仍为其属。

王莽新朝始建国元年(公元9年)，撤销山阳郡，改为巨野郡，以巨野县城为治所。

东汉建武元年(公元25年)，撤销巨野郡，恢复山阳郡，治所在昌邑，巨野、昌邑两县兼属山阳郡和兖州。乘氏县仍属济阴郡。公元192年(东汉初平三年)，曹操任兖州牧，以昌邑为治所。

三国时期，巨野和昌邑两县属山阳郡，乘氏县属济阴郡。

晋武帝泰始元年(公元265年)，改山阳郡为高平国，治所在昌邑，巨野、昌邑为属县，乘氏县仍属济阴郡。

南北朝时期，巨野县为多方割据势力统辖。南朝刘宋初年改高平国为高平郡。公元420年(南朝刘宋永初年间)，撤销昌邑县，并入金乡县。公元488年(北魏太和十二年)，乘氏县移置今菏泽市。公元518年(北魏孝明帝神龟元年)，分高平郡，置任城郡。在此期间，巨野县先属南朝高平郡，后属北魏任城郡。北齐撤销巨野县。

隋文帝开皇年间，巨野东北部属郓州东平郡，巨野西南部属曹州济阴郡，巨野东南部昌邑一带属金乡县。开皇十六年，恢复巨野县和昌邑县。隋炀帝大业二年(公元606年)撤销乘氏县，并入巨野县；撤销昌邑县，并入金乡县。

唐高祖武德二年(公元619年)，巨野县属郓州东平郡。公元621年，在巨野县城置麟州，复置乘氏县为属县。公元622年(唐高祖武德五年)，撤销麟州，复置昌邑县，巨野、昌邑两县属戴州(治所金乡)。公元625年，撤销昌邑县，并入金乡县。公元643年，巨野县改属河南道郓州。

后梁、后唐、后晋、后汉四代，巨野县仍属郓州。

后周广顺二年(公元952年)，移济州于巨野县城，并辖郓城、任城、金乡为属县。

北宋初年，巨野县属济州。公元997年(宋太祖至道三年)，属京东路。公元1074年(宋神宗熙宁七年)，改属京东西路。

金朝徙济州治任城县，属山东西路。公元1147年(南宋绍兴十七年、金朝皇统七年)，析任城县以西、巨野县以东地区置县，治所设在山口镇。借春秋时鲁哀公十四年春“西狩获麟”的故事，取其祥瑞之意，定名为嘉祥县，时属山东西路济州。公元1150年，黄河大决，淹没巨野，撤销巨野县。

公元1269年(蒙古至元六年)，恢复巨野县，迁往任城的济州，还(huan)治巨野县。

公元1271年(元朝至元八年)，升州为济宁府。

公元1272年(元朝至元九年)，移府治于任城，移州治于巨野，是年末仍以府治于巨野，复以州治于任城。

公元1279年，升府为济宁路，辖兖、济、单三州。

公元1348年，黄河大决，淹没巨野城，迁济宁路于济州(任城)，迁县治于城北邢家务。

公元1368年(明朝洪武元年)，设济宁府于任城，巨野为属县，隶属于山东布政使司。同时，朱元璋把大批山，居民搬迁至巨野，至今巨野人多为山西那批搬迁而来的人的后代。据传，这些后代的一个特征就是小脚趾有两个脚趾盖。现在巨野新一中附近一村庄仍树立有记录搬迁的石碑。

公元1374年，黄水淹没巨野，至洪武九年消退，县治由邢家务迁入巨野，重建县公署。

公元1385年，兖州升为府，济宁降为州，巨野县属兖州府济宁州。

清朝初年，巨野县属兖沂曹济道、兖州府、济宁州。公元1724年(清朝雍正二年)，改济宁州为济宁直隶州，巨野为属县。公元1730年(雍正八年)，改属曹州直隶州。公元1735年，改曹州直隶州为曹州府，巨野仍为属县。

1912年(中华民国元年)，巨野县属山东省济宁道。国民党政府把巨野县划为9个区：城区、凤鸣区、新城区、顺应区、大义区、忠义区、龙堌区、柳林区、大康区。

1928年废除道制，巨野县直属山东省政府。

1929年，巨野县属山东省第二行政督察专员公署。

抗日战争时期，巨野县主要由国民党和日伪政府管辖。按照巨野县公署建设科在1943年绘制的行政区划图，全县分为8个区、16个镇、41个乡。第一区：驻所在巨野城内，包括东隅镇、西隅镇、南隅镇、北隅镇、获麟乡、麟安乡、彭泽乡、盟台乡、新城乡、大兴乡。第二区：驻所在玉山(今独山)，包括玉山镇、六营镇、刘楼乡、王桥乡、蒋寺乡、顺兴乡、金山乡、金安乡、截河乡。第三区：驻所在营里集，包括营里镇、昌邑镇、忠义镇、扬固镇、鼎新乡、金言乡、固边乡。第四区：驻所在大义集，包括大义镇、忠义乡、大成乡、等让乡、德化乡、合药乡、棠林乡。第五区：驻所在龙堌寺，包括张表乡(政府驻地张表集)、柳林乡(政府驻地柳林集)、柳西乡、肖楼乡、丰乐乡。第六区：驻所在龙堌，包括龙堌镇、观音镇、李海乡、临河乡、同治乡、清泉乡。第七区：驻所在新兴集，包括安兴镇、太平镇、五界乡、太康乡、三和乡、新兴乡、三义乡。第八区：驻所在苏集，包括苏集镇、第一乡、第二乡、第三乡、第四乡、第五乡、第六乡。

1938年，巨野县属山东省第二行政督察专员公署第十行署。12月9日，日军侵占巨野城。

1939年春，建立日伪县政府。5月，建立中共郓巨工委和抗日县政府，归中共运西专署领导。11月，建立中共巨野工委和巨野县抗日政府，属运西专署。

1940年11月，属鲁西二专署。

1941年2月，属巨、菏、金、嘉、成5县联合办事处。

1943年，属晋鲁豫第17专署。

1944年6月，属冀鲁豫第11专署，同时还有巨菏县，于1941年建立，1942年12月撤销。金巨县，于1943年9月建立，1945年3月撤销。郓巨县，1944年12月建立。巨南县，1945年3月建立。

解放战争时期，巨野境内有巨野、郓巨、巨南三个民主县政府，其隶属变革为：(1)巨野县1945年9月至1946年1月，属冀鲁豫第11专署(湖西)。1946年1月至1946年3月，属冀鲁豫第7专署(鲁西南)。1946年3月至1948年5月，属冀鲁豫第2专署(运西)。1948年5月至1949年8月，属冀鲁豫第7专署(运西)。(2)郓巨县1945年9月至1946年2月，属冀鲁豫第8专署(运西)。1946年2月至1949年8月属冀鲁豫第2专署(临河)。(3)巨南县1946年2月建立，至1949年8月，先后属冀鲁豫第11专署(湖西)和第3专署(湖西)。

1946年，巨野县属第二行署。6月8日，冀鲁豫行署决定将抗日县政府改为民主县政府。

1949年5月，调整行政区划，巨野县辖6个区、427个村。8月20日，平原省人民政府成立。巨野县隶属平原省湖西专区。9月，巨野县辖11个区，巨南、郓巨两县撤销。

1952年12月24日，全县建立乡镇148个，12月撤销平原省，巨野县隶属山东省湖西专区。

1953年7月20日(旧版县志一说1953年8月20日)，撤销湖西专区，巨野县改属山东省菏泽专署。

1955年8月13日，全县1～12区分别改称城关区、沙土区、太平区、大义区、龙堌区、柳林区、章缝区、棠林区、营里区、谢集区、独山区、六营区。

1956年4月，县行政区划由148个乡调整为73个乡镇。新中国成立后至1958年撤区并乡前，全县分11区(建国初期一度设立棠林店区，不久撤销)，73乡。第一，城关区：包括曹庙乡、五里墩乡、新城乡、姚店乡、吕官屯乡、阎庄乡、三里庙乡。第二，沙土区：包括田庄乡、高庄乡、小宁庄乡、杨官屯乡、沙土集乡、姚庄乡、丁官屯乡。第三，太平区：包括太平乡、邬官屯乡、田桥乡、毕海乡、林屯乡、毕庄乡、白李庄乡。第四，大义区：包括大义乡、比干庙乡、人祖庙乡、庞庵乡、胡堌堆乡、东营乡、葛店乡、棠林乡、孔楼乡。第五，龙堌区：包括龙堌乡、三里庙乡、郝庄乡、李集乡、观集乡。第六，柳林区：包括柳林乡、王水坑乡、龙寺乡、陈集乡、后陈楼乡、蒋海乡、张表乡。第七，章缝区：包括章缝乡、高坊乡、曹海乡、董官屯乡、焦顺屯乡、肖楼乡、冯沙窝乡。第八，谢集区：包括谢集乡、赵庙乡、前昌邑乡、谢庄乡、陶庙乡、王胡同乡。第九，营里区：包括营里乡、前店子乡、大袁楼乡、毕堂乡、赵集乡、刘集乡。第十，独山区：包括独山乡、高海乡、金山屯乡、王楼乡、马河乡、华营乡、双庙乡。第十一，六营区：包括六营乡、大屯乡、夏官屯乡、刘楼乡、魏集乡。

1958年3月，公布撤区并乡方案，撤销11个区，将过去的76个乡镇合并为23个乡镇。7月23日，进行并社工作，将全县原620处、平均每处180户的农业社，合并为每个1000户左右的大社。9月，合并23个乡，成立11处人民公社：城关公社、田庄公社、夏官屯公社、龙堌公社、柳林公社、章缝公社、营里公社、大义公社、独山公社、谢集公社。780个大队，2625个生产队。10月，撤销菏泽专署，巨野县改属济宁专署。11月撤销嘉祥县建制，西部仲山公社及酒庄、孟姑集一带90个自然村划归巨野县。11月12日，国务院批准撤销菏泽专区建制，所属各县划归济宁专区(一说1959年1月)。

1959年6月(一说7月30日)，恢复菏泽专署，巨野县复属菏泽专署。

1962年1月6日，因恢复嘉祥县建制，原嘉祥县的仲山公社及划归巨野县夏官屯、田庄两公社的部分村庄，复归嘉祥县，共69个生产大队，391个生产队、90个自然村。

1967年至1977年，巨野县属菏泽地区“革命委员会”所辖。

1978年，撤销各级“革命委员会”，巨野县改属菏泽地区行政公署。

1978年9月13日，中共董官屯工委建立。12月13日，中共吕官屯工委、太平工委、张表工委(驻地张表集)同时成立。同月，新建上述4个人民公社。12月，调整社队体制，划为21处公社，804个大队，3510个生产队，增加10处公社：丁官屯公社、吕官屯公社、太平公社、李集公社、张表公社(驻地张表集，简称张表)、夏官屯公社、葛店公社、薛扶集公社、万丰公社、陶庙公社。

1983年4月29日，山东省政府批准，巨野由原21处公社改为25个乡、1个镇(城关镇)、大义乡、龙堌乡、大谢集乡、章缝乡，田庄乡、丁官屯乡、吕官屯乡、田桥乡、太平乡、大李集乡、张表乡(驻地张表村)、王平坊乡、柳林乡、陈集乡、万丰乡、营里乡、昌邑乡、葛店乡、独山乡、夏官屯乡、薛扶集乡、董官屯乡、新城乡、双庙乡、陶庙乡。至9月底，原826个生产大队，改建为850个行政村。

1984年1月20日，大义、龙堌、章缝、大谢集4个乡改为镇。至此，巨野辖21乡、5个镇。

1985年10月24日城关镇更名为巨野镇。

1990年1月1日，嘉祥县的核桃园乡划归巨野县管辖。全县共27个乡镇。

1994年12月29日，撤销核桃园乡、独山乡，设立核桃园镇、独山镇。

1995年10月23日，撤销柳林乡、夏官屯乡，设立柳林镇，夏官屯镇。

1996年9月5日，将夏官屯镇更名为麒麟镇(鲁地名委[1996]9号)。

2000年3月15日，撤销太平乡，设立太平镇(鲁政函民字[2000]27号)。6月21日，撤销万丰乡、田庄乡，分别设立万丰镇、田庄镇，其行政区域和人民政府驻地不变(鲁政函民字[2000]50号)。6月23日，设立地级菏泽市，巨野县属菏泽市管辖。此时，巨野县辖12个镇、15个乡，总人口839438人，各乡镇人口：巨野镇72580，龙堌镇27045，柳林镇30466 ，章缝镇39544 ，大义镇37447 ，大谢集镇26445， 独山镇31253， 麒麟镇34155 ，核桃园镇27249，太平镇40569 ，田庄镇27214 ，万丰镇28869 ，丁官屯乡27122 ，吕官屯乡27910 ，田桥乡34291 ，大李集乡26482，张表乡25511 ，王平坊乡14976 ，陈集乡29395 ，营里乡34308， 董官屯乡41975 ，葛店乡29502， 昌邑乡23392 ，陶庙乡33130 ，双庙乡24694 ，新城乡19363 ，薛扶集乡24551(根据第五次人口普查数据；单位：人)。

2001年2月6日，撤销新城乡、吕官屯乡，其行政区域并入巨野镇；撤销葛店乡，其行政区域并入大义镇；撤销大李集乡，其行政区域并入龙堌镇；撤销昌邑乡，其行政区域并入大谢集镇；撤销薛扶集乡，其行政区域并入麒麟镇；撤销双庙乡，其行政区域并入独山镇；撤销张表乡，其行政区域并入柳林镇；撤销丁官屯乡，其行政区域并入田庄镇；撤销田桥乡、营里乡、陶庙乡，分别设立田桥镇、营里镇、陶庙镇；撤乡设镇后，其行政区域和人民政府驻地不变。至此，巨野县辖16镇：巨野镇、大义镇、章缝镇、龙堌镇、大谢集镇、麒麟镇、独山镇、核桃园镇、柳林镇、田庄镇、田桥镇、太平镇、万丰镇、董官屯镇、营里镇、陶庙镇。

2002年2月22日，省政府批复同意：巨野县撤销董官屯乡，设立董官屯镇，其行政区域和人民政府驻地不变。8月16日，省政府批复同意：巨野县撤销营里乡，设立营里镇；撤销田桥乡，设立田桥镇；以上2乡撤乡设镇后，其行政区域和人民政府驻地不变。截止12月31日，巨野县辖16个镇。现有开发区，作为和镇相同级别的行政区划。

2010年夏，省政府批复同意：巨野县撤销巨野镇，设立凤凰街道办事处、永丰街道办事处。至8月，巨野县辖2个街道办事处、1个经济技术开发区、15个镇。

巨野县境内有古昌邑国遗址、麒麟台、齐鲁会盟台、秦王避暑洞、永丰塔等30多处名胜古迹。

全境为黄河冲积平原，地势平坦，土质肥沃，属温带大陆性季风气候，四季分明，光照充足，雨水充沛，无霜期长。距黄河仅50千米，水系健全，既有充足的地表水、地下水，又可常年引流黄河水。盛产小麦、棉花、玉米、大豆，种植高粱、谷子、花生、绿豆、芝麻、地瓜等杂粮，还有苹果、葡萄、大枣、桃、李、杏、梨等果品。其中核桃纹大枣是传统名优特产。鲁西南黄牛、青山羊及其肉皮产品久负盛名，享誉国内外。矿产资源主要有煤、山石、天然气、矿泉水等，具有极高的开采价值。巨野煤田为华东地区最大的煤田，储量为55亿吨。巨野人民艰苦创业，改革开放以来各项事业发展迅速。农业获得了突飞猛进的发展， 粮棉产量大幅度提高， 农民收入逐年增加。1990年，年产粮食41.8万吨，棉花3.6万吨， 被国家列为商品粮基地县和优质棉基地县。瓜菜四季丰盛，年总产量6.69万吨。 果树面积1.33万公顷，年产优质果品6.3万吨。畜牧业发展前景广阔，是国家“鲁西黄牛”繁育基地，青山羊、长毛兔生产基地。全县农业形成了粮棉、果品、瓜菜、畜牧四大主导产业。 巨野工业基础比较薄弱。新中国成立后，工业从无到有，从小到大，逐步发展。改革开放以来，通过转变生产经营机制，初步形成棉纺、医药、酿造、化工建材、制革、服装加工等10大行业80多个生产门类的工业体系，工业产品1000多种，其中部优、省优产品23种。多种产品打入国际市场。电力除工业用电外，全县已建成农村电网。巨野交通发达，石(臼所)新(乡)铁路东西横贯全境，公路四通八达。乡乡通公路、电话，村村通邮。村有小学、乡有中学、县有专业技术学校。医疗卫生从县到村已形成完整的网络。随着经济的发展，城乡面貌日新月异，人民生活大大提高。

巨野历史悠久、文化发达、名人辈出。孔夫子获麟绝笔，获麟之地就在今天县城以东的获麟台。孔子的学生曾参、闵损、澹台灭明，孟子的学生咸丘蒙都是巨野人。北宋时期，对古文运动做出贡献的王禹偁，“苏门四学士”之一的晁补之独步当时文坛，在文学史上具有重要影响。苏轼曾以“至今东鲁遗风在，十万人家尽读书”的诗句，称赞巨野在齐鲁文化中的地位。巨野历史上曾有文武进士48人、举人99人。

新编《巨野县志》具有鲜明的地方特色和时代特点，用浓墨重彩勾画出巨野作为“农民绘画之乡”“武术之乡”“戏曲之乡”兴起、发展的轮廓。

新编《巨野县志》2005年获山东省新编地方志优秀成果奖三等奖。