葡萄牙人虽然摆脱了西班牙的统治，但新王朝仍然依赖英国，使葡萄牙成为英国的附庸，王室的挥霍更使这个国家负债累累。蓬巴尔侯爵的改革也没能阻止葡萄牙的衰落（见蓬巴尔改革）。1807年法国拿破仑军队入侵，布拉干萨王室流亡巴西达14年之久。1822年布拉干萨王朝的佩德罗父子先后在巴西称帝，直至1889年巴西共和国成立为止。1820年葡萄牙爆发第一次资产阶级革命。1821 年 4月若昂六世回国后承认了1820年革命所制定的新宪法，1823年王朝复辟。王室家族的互相倾轧使葡萄牙陷入无休止的内战和混乱的境地。布拉干萨王朝末期葡萄牙人首次横穿非洲大陆的成功，确立了它在莫桑比克及安哥拉的殖民统治地位。1910年，葡萄牙发生共和主义运动，推翻封建王朝，建立共和国。布拉干萨王朝告终。