宋康定二年（公元1041年），南海神加“洪圣”封号。皇佑五年（公元1053年）加“昭顺”封号。

宋绍圣初年（1094年） ，苏东坡谪惠州时，经广州到南海神庙一游，作《南海浴日亭》诗，今浴日亭仍有苏东坡诗碑（复制）。

南宋绍兴七年（公元1137年）加“威显”封号。

宋庆元四年（1198年） 立碑记载，大奚岛民作乱（起义），于庆元三年（1197年）在南海神庙附近洋面被官军击败，官府认为是海神显圣，保佑社稷，遂报京师表彰海神，礼部状拟赐庙额，奉勅：“宜赐‘英护庙’为额。”

宋宝庆元年（1225年），大规模重修南海神庙，耗钱600余万。据碑文记载，这次维修的大部分资金来自海上贸易之利。

元至元十三年（1276年），派遣速古儿赤等于四月十八日为南海神庙建醮，并赐以宝香锦幡银盒楮币诣词， 《至元丙子碑》记此事。至元三十年（1293年），因庙已废，重建之。元帝又为南海神加“灵孚”封号。

明洪武二年（1369年） 初，由于元末连年战火纷乱，神庙香火稀少，不少殿宇废坏，海神难以居住，命中书椽高希贤等修神庙，换掉腐朽的木柱和破碎砖瓦，重新整治殿堂、廊庑、斋堂等。

明太祖朱元璋钦定以后只能用“南海之神”，他还派人在南海神庙立下巨碑记载此事。他在碑文中阐述了这样的一种观点：五岳四渎之神，都受命于天，不是人间帝王可以随意加封的。

明成化八年（1472年），因南海神庙年久失修，残破不堪，命广州府判余志重修神庙。此次维修是神庙在明代最大的一次维修。

清康熙四年（1665年），重修南海神庙，平南王尚可喜等立《重修南海神庙题名碑记》。康熙四十二年（1703年），康熙御笔亲书“万里波澄”四字，并制成巨匾，派户部右侍郎范承烈将御匾专程护送到南海神庙，并专门立碑纪事。

清雍正三年（1725年），复修殿宇，前立石表，为望之所，南为仪门，中为神祠，西为斋宿所，东为厨库牲房。

清道光二十九年（1849年），因庙宇年久失修，非常破败，于是进行较大规模的维修，鼎新庙宇。

清宣统二年（1910年），重修神庙，建韩愈碑亭。

中华民国十二年（1923年）5月26日，孙中山和夫人宋庆龄一行专程参观游览了南海神庙。

中华民国十五年（1926年），国民政府拨毫银1万元重修南海神庙，并组织重修南海神庙委员会负责维修工作。

1966年1月，广州市文物管理委员会将南海神庙交给广州海运局开办学校和波罗庙航修站。

1966年底～1976年，“文化大革命”期间，南海神庙大殿被毁，后殿改建，东西两廊被改建为课堂，不少古碑刻被推倒，原万里波澄碑刻及碑亭等被拆毁，庙内神像全部被砸毁。

1986年，广州市文物部门依明、清规划重修南海神庙，历时五载。

1991年2月8日，广州市文管会、市文化局举行南海神庙复原落成典礼；次日，联合国教科文组织“海上丝绸之路”考察队30多国专家即到南海神庙考察。

2006年，瑞典的仿古船“哥德堡号”重走海上丝绸之路，瑞典国王、王后随船抵达广州，并访问南海神庙观摩祭海仪式。

南海神庙经历代多次扩展修葺，20世纪80年代重修的南海神庙以文献记载中的明代建筑形制为蓝本进行复原，其建筑宏伟深广，坐北向南，前堂后寝，占地面积3万余平方米。庙宇主体建筑沿着中轴线从南到北依次为头门、仪门、礼亭、南海神大殿、昭灵宫（后殿）共五进，一进高于一进，其他附属建筑均以五进为中心，左右对称，是较典型的中国传统庙宇建筑。

古庙修复的殿堂建筑，大部分梁柱、木架、斗拱采用进口的坤甸木料，屋顶的正脊侧脊采用石湾陶瓦、博古花板，飞龙戏珠，鳌鱼镇脊，彩凤朝阳，神兽护卫，结构精巧，巍峨恢宏，轩昂大度。加上重塑了南海神庙六侯顺风耳、千里眼等神像，使古庙重现昔日的辉煌。神庙主殿重檐飞托，24条高耸的坤甸主梁与横梁斗拱入凖成架，使大殿宏伟而稳重，是解放后建成的广东最大的木结构大殿。

南海神庙自南至北有牌坊、头门、仪门、礼亭、大殿和后殿，两旁为廊庑、碑亭等景点。

牌坊为三间四柱冲天式，花岗岩石打制，正面石额刻“海不扬波”四字。

头门建于清代，面阔三间，进深两间，分心墙用两柱，前后两侧均设塾台，梁架雕刻图案纹饰。硬山顶，二龙争珠陶塑瓦脊。门前置一对明代红砂岩石狮。门两侧为八字墙影壁。

仪门面阔三间、进深四间，硬山顶，两侧与复廊相通。

礼亭原建于明代，单檐歇山顶，面阔进深均三间，后毁。1990年仿明代风格重建。

大殿原为明代建筑，单檐歇山顶，阔五间深三间。“文化大革命”期间被毁，1989年在原台基上重建复原，重塑殿内南海神像。

后殿在20世纪30年代陈济棠主粤期间改建为钢筋混凝土结构。1991年修建时，重新安装了陶塑瓦脊。东复廊立一达奚司空像，举左手于额前作遥望大海状，俗称“番鬼望波罗”。

庙内尚存唐代韩愈碑、宋开宝年间石碑和历代皇帝御祭石碑30余方，以及明代铁钟、玉刻南海神印等文物。原存有全国第二大的东汉大铜鼓，已于2000年被窃。

庙西侧山岗名章丘，昔为观望海上日出之地。岗上建有浴日亭，单檐歇山顶，梁架简洁，亭内立宋嘉定年间广州知府留筠摹勒苏轼诗碑一方，明代陈白沙步苏轼韵诗碑一方紧贴苏碑之后。

据崔弼《波罗外纪》记录，南海神庙有唐碑1块、宋碑11块、元碑10块、明碑26块、清碑21块。还有宋代苏轼、明代陈白沙、清代裘行简等历代名人的诗歌石刻16种。

20世纪80年代中期起，广州市文物管理委员会对庙中残存的古碑刻进行了整理，并复原、重刻了一批咏南海神庙碑刻。截至2005年，南海神庙共有碑刻45块，其中唐碑1块、宋碑2块、元碑1块、明碑17块、清碑4块，另据原拓片复原重刻宋至清古碑10块，现代书法家书古人咏南海诗碑等10块。

海不扬波牌坊

南海神庙前边有一座石牌坊叫“海不扬波”。明代以前为木结构牌坊，明代以后改为石牌坊，现存的石牌坊是清代建设，三间、四柱、二楼建筑风格，石质粗犷、古朴是典型的清代遗风。

“海不扬波”石牌坊，因其建筑粗犷且精美，成为南海神庙的“庙徽”而广为流传。珠三角及港澳地区有三十来块“海不扬波”牌坊，唯南海神庙的“海不扬波”为正宗。

昔日南海神庙的古树名木、名花异卉很多，是羊城名花名木云集之地。日本侵华时，驻兵波罗庙，因缺乏燃料，尤其缺汽油发动汽车，日本驻兵便砍掉黄埔的古树大树，用以烧碳作燃料，南海神庙很多古树也毁于日本人手里，包括了庙前的两棵波罗树。

南海神庙幸存的古树名木有木棉、红豆、山牡荆、乌臼、樟树、波罗树、龙眼、水翁等，其中以木棉、红豆、山牡荆最为著名，广州第一批名木古树的编号从南海神庙开始，而且1～8号的古树名木都在南海神庙。

波罗树是常绿高大乔木，相传唐朝时候，古印度的波罗国有一位朝贡使叫达奚，到京朝贡后，来到南海神庙，把随身带来的两棵波罗树苗种在庙前，波罗树越长越大，越长越出众，因此人们把南海神庙俗称为波罗庙。

南海神庙的波罗树，是中外文化交往的历史见证。昔日外国海员到达和离开扶胥港，都要到庙内祭祀南海神，然后到波罗树下祈福敬酒，保佑其顺风顺水，航船平安。

现存波罗树是1986年重修南海神庙的开幕式当天，由广州市领导所种植。

木棉又称英雄树、攀枝花等，此树与其他树群生时，为抢阳光，拼命往上长，一定要超越其他树，故称英雄树。南海神庙中庭的1～2号古名木都是木棉树。每年波罗诞期满树红花，尤似早上彩霞，非常壮观，屈大均的木棉诗云：十丈珊瑚是木棉，花开红比朝霞鲜。天南树树皆烽火，不及攀枝花可怜。

木棉花是广州的市花，也是南海神庙的庙花，红棉树已成为南海神庙的圣树。

昔日南神庙到处生长着红豆树，唐代大诗人王维写了《相思》一诗后，红豆树就成了一种文化名树。每年波罗诞期间，红豆子已脱夹落地，逛波罗诞的青年男女，蜂拥到红豆树下，挖拾相思豆，赠给心上人。有情人终成眷属，慢慢就出现了“第一游波罗，第二娶老婆”的俗语。

关于南海神庙建于何时，还有一种说法是隋文帝下诏建南海神庙前，广州黄埔的扶胥镇原来已有一座小海神庙，这座小庙是大同元年（535年） 由当地土人董昙所建。不过这只是一个传说，没有得到历史学家的认可。

相传唐朝时，一位名叫“达奚”的外籍人士从波罗国（波罗门）乘船来华，因故误了返程的海船，终老于广州，每日望江悲泣，最后立化为神。当地人将其厚葬，并按他生前左手举额望海的样子，塑像祀于南海神庙中，并给他穿上中国的衣冠，封为“达奚司空”。因其来自波罗国，携来波罗树种植于庙内，所以村民俗称此塑像为“番鬼望波罗”，南海神庙也因此被称为“波罗庙”。

宋时，广州一带有两座南海神庙。东面的南海神庙，按宋人方信孺《南海百咏·南海庙》的记载，“在郡东南，水陆俱八十里，扶胥之口，盖四渎之一，庙中有波罗蜜树、铜鼓及韩退之所作记唐开元中祭文等碑”，即通常所说的南海神庙，这座 “东庙” 建筑规模宏大，殿阁巍峨。与“东庙” 相对应的是“西庙”，指位于广州“城西五里” 处的南海神庙，此庙在规模、影响上均远逊于“东庙”，宋以后不存。明代又建，称“洪圣西庙”，建于“太平门外第十铺”，康熙六年（1667年）、二十一年（1682年）曾有朝官致祭。

波罗诞是在南海神庙定期举行的祭祀南海神的传统民间信俗。《广东通志》卷八《礼乐志》载，“南海神庙每岁春秋仲月壬日致祭”，是为官祭。民间以农历二月十三日为南海神生日，南海神庙每年于二月十一日开始举办庙会，规模盛大，称“南海神诞”，又称“波罗诞”，吸引附近民众及香港、澳门、东南亚地区华侨信众前来。庙会主要的活动有祭海仪式、“五子朝王”活动、花朝节、章丘诗会、岭南民俗表演活动等。

“波罗诞”庙会是广州最大的民间庙会，有着千年的历史文化传统，是全国现存唯一对海神进行祭祀的活动。

波罗庙会起源于何时，今已难考证。一说是明朝，但从宋代始，波罗诞已成为一个颇具规模和地方特色的庙会，南宋诗人刘克庄在他的《即事》诗“其一”“其二”对当时波罗诞的盛况有过生动的记载。

到了清代，波罗诞进入鼎盛时期。嘉庆年间崔弼的《波罗外纪》载，诞期从二月初旬到十五共十多天，从庙内、庙前到黄木湾的水面，主题特色明显。除了信众祈福、海上灯市、商贸集市、访亲会友、百艺聚汇外，“四乡回景”和“五子朝王”最为热闹。

波罗庙会

“波罗诞”活动以南海神庙为核心，以庙会为载体，集游乐、民间工艺、美食、民俗拜祭等于一体。

“五子朝王”历来是“波罗诞”庙会的一项盛大民俗文化活动。传说南海神有5个儿子，大儿子“大案”，二儿子“源案”，三儿子“始案”，四儿子“长案”，五儿子“祖案”。五子神像分别由南海神庙附近的乡民在村中供奉，供奉的乡村号称波罗庙十五乡。从明代开始，“五案”在“波罗诞”正诞之日，都由十五乡乡民抬到南海神庙中庭，向南海神祝寿，称“五子朝王”，也称祭海神，逢一年一小祭，三年一中祭，五年一大祭。“五子朝王”时，各案由乡民抬起巡游，标旗引路，罗伞盖顶，十八般武器护卫，鼓乐齐鸣，盛装巡游的队伍，浩浩荡荡从各乡会集南海神庙进行祭祀活动。祭祀完毕，各案由各乡抬回，神像返回三乡，各乡自设祭坛，大人小孩云集迎接神像，有的乡村还舞龙舞狮助兴。

“花朝盛会”系列活动是极具特色的民俗文化活动。据载，花朝节一直是南海神庙“波罗诞”庙会的重要内容，通常在“正诞”后举行，包括拜花祈福（拜花）、赏花咏春（赏花）、百花争艳（比美）等。

买波罗鸡

波罗诞买波罗鸡是广州人的“保留项目”，波罗鸡并非真鸡，而是一种工艺品。传说旧时，波罗庙附近一条村，有个张姓老妇，无儿无女，只与一只大公鸡相依为命。村外有个有钱的员外，酷爱斗鸡，对张老妇的雄鸡早有所闻，派人要那只雄鸡与他的较量，被老妇拒绝。员外不甘心，偷偷地拿了自家最威猛的雄鸡去斗，结果被杀得一败涂地。员外出高价想买老妇的鸡，仍被拒绝。他恼羞成怒，一天，趁老妇下田之机，派家丁将雄鸡偷了回来。谁知，这只鸡从此再不啼叫。员外一怒杀了它。伤心不已的老妇将鸡毛一根根捡回家，洗净晒干，用黄泥作鸡身，纸皮作鸡皮，把鸡毛一根根粘上去，说也奇怪，粘上去的鸡栩栩如生，第二天早晨，老妇又听到雄鸡在啼叫。她高兴至极，又做了不少这样的鸡，留下最心爱的一只，其余的都拿到波罗诞卖，波罗诞上买波罗鸡的习俗就这样流传下来。

包波罗粽

波罗诞期间包粽子是庙头社区一带沿袭多年的风俗，“波罗粽”作为“波罗诞”的传统食品，用料讲究，做工精良，味道香浓而不油腻，在珠三角地区有不小的名气。每逢“波罗诞”到来，南海神庙附近社区的居民就会组织起来，齐聚祠堂共包粽子，用来祝贺节日，赠亲送友。

据清代崔弼的《波罗外纪》记载，广州南海神庙地处“扶胥之口，黄木之湾”，“三江之水会于黄木湾以入大洋，琵琶、赤岗双塔并峙，而狮子洋屹立中流，虎门蹲踞海口，为夷舶之所，尤邑之险隘也”。由此可见，古代的南海神庙前临珠江口，江流浩淼，连接狮子洋，庙前是古老的码头，是昔日各国海船系缆所在。至于古扶胥港是何时形成的，没有明确的历史记载。但是不少学者认为，在隋唐以前，黄埔附近的“扶胥”已形成港口，南海神庙的建立就是一个重要标志。

作为中国古代四大海神庙中唯一留存下来的建筑遗物，南海神庙是中国古代海上交通贸易的重要史迹，也是“海上丝绸之路”发端于广州的历史见证。

南海神庙作为“海上丝绸之路”的起点有据可循，《新唐书·地理志》记载的“广州通海夷道”，指的就是以南海神庙前的唐代古码头为起点的通航之路。

南海神庙内的宋开宝碑，记述了广州一带特别是南海神庙所在的扶胥镇在中外交往中的重要史实，以及潘美（潘仁美） 带领北宋官兵平定南汉国统一岭南后担任北宋第一任市舶司的史实，是研究南海神庙作为海上丝绸之路起点最重要资料。

1991年2月，联合国教科文组织“海上丝绸之路”考察团乘坐“和平之舟”到达广州后，第一站便考察了南海神庙，并确认这里是中国历史上海上丝绸之路的起点之一。

南海神庙内的碑刻文字，记载了中国海上交通贸易的历史，大量石刻资料反映南海神是海上丝绸之路的保护神，为广州与北海、泉州、漳州、宁波、扬州、蓬莱等城市共同打造“海上丝绸之路”，申报世界文化遗产提供了重要素材。

唐朝韩愈于元和十五年（820年）被贬潮州途经广州时，应友人请求写下1000多字的《南海神广利王庙碑》。“海事”一词最早见于此碑文，这个航海事务的专有名词已收入《汉语大辞典》。

宋绍圣元年（1094年），苏轼被贬发配惠州途中，寄情山水，在南海神庙浴日亭观看日出大海，写下《浴日亭》一诗：“剑气峥嵘夜插天，瑞光明灭到黄湾。坐看旸谷浮金晕，遥想钱塘涌雪山。已觉苍凉苏病骨，更烦沆瀣洗衰颜。忽惊鸟动行人起，飞上千峰紫翠间。”此诗有诗人自注云：“在南海庙前。”故也有版本题为《南海浴日亭》。

宋杨万里有《题南海东庙》诗志南海神庙波罗诞盛事：“大海更在小海东，西庙不如东庙雄，南来若不到东庙，西京未睹建章宫。”

宋刘克庄有《即事》诗记述南海神庙波罗诞，其一云：“香火万家市，烟花二月时。居人空巷出，去赛海神祠。”其二云：“东庙小儿队，南风大贾舟，不知今广市，何似古扬州。”

宋祝穆称浴日亭“前鉴大海，茫然无际”，清屈大均描写扶胥日出奇景为“火云一烧，天海皆赤”，故“扶胥浴日”是宋、元、清三代的羊城八景之一。

20世纪80年代，南海神庙重修，重修庙貌后的楹联有：

一、头门联（清增城林子觉撰）：

白浪起时浪花拍天山骨折呼吸雷风

黑云过后云芽拂渚海怀开吐吞星月

二、仪门联（刘逸生撰）：

镇海神庥永

司南庙貌崇

三、仪门东侧达奚司空像联（刘逸生撰）：

蓝海驾帆来深情长系波罗蜜

白云舒眼望故国犹思摩揭陀

四、大殿联（徐续撰）：

庙始开皇遥通海上丝绸赤帝名垂新世纪

唐封广利永葆岭南文物翠华灵著古番禺

五、明顺夫人殿联（余葆平撰）：

辅祝赤以佑炎州坤德神功崇祀典

涉扶胥而安宝殿云裳风佩肃仪型

2005年3月，“首届广州民俗文化节暨黄埔波罗诞千年庙会”在南海神庙举办，古代大部分波罗诞的内容得以恢复。

2006年，南海神庙新创仿古祭海仪式表演。

2007年，中断60年的“四乡会景”（五子朝王）得以恢复。

2008年起，波罗诞恢复昔日的“花朝节”。

2011年，“波罗诞”被列入国家级非物质文化遗产名录。

1962年，南海神庙被广东省人民政府公布为省级文物保护单位，但未得到修缮，只有浴日亭在陶铸同志主政广东期间修葺过。

1978年，波罗庙航修站撤出，广东省人民政府再次将南海神庙定为省级文物保护单位，划归广州市文化局管理。

1983年3月～5月，广州海运局波罗庙航修站、广州海运学校将南海神庙保护范围内的建筑和土地移交给广州市文物管理委员会。

1986年1月，南海神庙经倡议重修，由国家文物局、广州市政府、广州经济技术开发区拨款及社会各界人士捐助共300多万元，华南理工大学古建筑学博士龙庆忠主持，依明、清规划，破土动工，历时五载，重建大殿、东西庑廊，修复唐韩愈、宋开宝、明洪武、清康熙“万里波澄”等碑亭，并对头门、仪门、浴日亭进行修复。这是清道光廿九年（1849年）以来最大的一次全面维修。

2004年，广州市有关部门清拆了南海神庙周围2万多平方米的违章建筑，并先后出台关于南海神庙整治意见，编制完成《南海神庙周边地区修建性详细规划》及《南海神庙周边环境整治规划》等方案。

2005年3月18日，南海神庙的管理、使用权移交给黄埔区。黄埔区政府指定区文化局为具体主管单位，组成了“黄埔区南海神庙文物管理所”，负责日常管理工作。

2013年3月5日，南海神庙被中华人民共和国国务院公布为第七批全国重点文物保护单位。

南海神庙之所以建在广州黄埔，与当地的地理位置密切相关。广州地处中国内地南部，珠江三角洲北端，位于东、西、北三江的汇合处，濒临南海，属珠江水系河口区范围，是南海海上丝绸之路上最重要的港市，而位于黄埔区的扶胥港是古代广州的外港。

2023年5月19日，入选为广州市第一批历史名园名录。

南海神庙位于广东省广州市黄埔区穗东街道庙头村旭日街22号。

公交：乘广州公交B1、B1快、B26、B28、B29、B30、B31、夜41、夜73线路到南海神庙站下车，沿电厂西路步行约300米到南海神庙（西门）。

地铁：乘广州地铁5号线到文冲站A出口，在文冲市场站乘B29、B30、B31到南海神庙站下。或乘地铁5号线到鱼珠站转13号线到南海神庙站下，然后沿电厂西路步行约300米到南海神庙西门。

自驾车：广州天河方向来的游客，可沿中山大道向东走黄埔东路或广园快速路向东走，由丰乐南出口，走丰乐中路向左转向黄埔东路可到南海神庙。

2020年2月，为表达对广大医务工作者的敬意，景区将在疫情结束并恢复经营后向医务人员免费或优惠开放。（具体优惠细则以各景区公告为准）。