康熙帝玄烨亲率禁旅进驻博洛和屯（今内蒙古正蓝旗南）督军。常宁部进至乌珠穆沁，清军粮食给养缺乏，情况恶劣，与准噶尔军遭遇，交战失利南退。准噶尔军遂长驱追击，渡过沙拉木伦河，与福全部逐渐接近。康熙帝于七月十九日急令右路军会同左路将准噶尔军阻于高凉河（沙拉木伦河上游支流）北，令康亲王爱新觉罗·杰书移师归化（今呼和浩特驼城

康熙二十九年（1690年）十月初，福全所派侍郎等人传信给噶尔丹，逾月未归，他估计噶尔丹早已出边逃循，且当时军中粮草不足，只能维持几天，鉴于此，便自作主张，下令回师。部队归至康熙帝军中，康熙帝对福全不请示就自行撤回十分不满，决定先回京再议罪。康熙帝先行回京，福全等留后。福全又将侦察噶尔丹行踪的情报送交康熙帝过目，叛敌确实出边，也一一认了罪。康熙帝当即命福全还师京城。

主词条：昭莫多之战

准噶尔军在乌兰布通之战中兵败之后退据科布多（在今蒙古国西部），招集旧部，求援沙俄，图谋再举。为防御噶尔丹再次进攻，康熙采取了以下措施：调整部署，加强边境守备；巡视漠北诸部，稳定喀尔喀蒙古上层，将逃居漠南的喀尔喀蒙古分为左中右三路，编为37旗；设立驿站和火器营，沟通内地与漠北地区的联络，专门训练使用火铳火炮。康熙三十三年（1693年），清廷诏噶尔丹前来会盟，噶尔丹抗命不至，反而遣兵侵入喀尔喀，康熙遂决定诱其南下一战歼之。为使此次作战顺利进行，清军在战前做了充分准备：调集兵马，征调大批熟悉情况的蒙古人为向导，随军携带5个月口粮，按每名士兵配备一名民夫四匹马的标准，组成庞大的运输队，备有运粮大车6000辆，随军运送粮食、器材；筹备大量防寒防雨器具，准备大批木材、树枝，以备在越过沙漠和沼泽地时铺路。

康熙三十四年（1695年）九月，噶尔丹率骑兵3万，东掠位于克鲁伦河流域的喀尔喀蒙古车臣汗部，然后沿河而下，进驻巴颜乌兰（今乌兰巴托东南）以东地区，扬言借俄罗斯鸟枪兵6万大举攻漠南。康熙三十五年（1696年）二月，清廷发兵约10万，分三路出击：东路由黑龙江将军萨布素率兵9000越兴安岭西进；西路由抚远大将军费扬古、振武将军孙思克率兵4.6万分别由归化（今呼和浩特）、宁夏（今银川），越过沙漠，于翁金河（今蒙古国德勒格尔杭盖西）会师，尔后北上；康熙帝玄烨亲率中路军3.4万出独石口（今河北赤城北）。三路大军约期于克鲁伦河一带歼灭准噶尔军。

康熙三十五年（1696年）五月初，中路军先抵克鲁伦河，逼近准噶尔军。噶尔丹遥望清军势众，遂弃庐帐、器械，乘夜西撤。康熙帝即命马思喀为平北大将军，坐镇巴颜乌兰地区；令费扬古西路军截准噶尔军退路，设伏袭击；命内大臣纳兰明珠尽运中路军之粮以济西师。旋自率前锋追击三日，至拖诺山（巴颜乌兰东）而返。准噶尔军退至特勒尔济（今乌兰巴托东南）时，仅剩万余人。五月十三，清军西路进抵昭莫多，距特勒尔济30里扎营。费扬古以逸待劳，将东阵兵陈于山上，一部沿土拉河布防于西，骑兵主力隐蔽于树林中，以孙思克率绿营兵居中，旋派400精骑至准噶尔军营地挑战，诱其入伏。噶尔丹果然将万余骑全部出击，追至昭莫多，即向清军阵地猛扑。清军居高临下，依险俯击，弩铳迭发，藤牌兵继之，每进则以拒马木列前自固。准噶尔军初战受挫，乃下马力攻，冒矢铳鏖战，伤亡甚众，仍不退兵。费扬古见其后阵不动，知为妇女和驼畜所在，即令一部迂回横冲，一部袭其后阵，准噶尔军顿时大乱。扼守山顶的清军乘势奋击，上下夹攻，斩杀3000余，俘获数百人。噶尔丹之妻阿努可敦等被击毙。最后，噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。

经过两次大战，噶尔丹集团土崩瓦解，康熙帝要噶尔丹投降，但是噶尔丹负隅顽抗。隔了一年，即康熙三十六年（1697年），康熙帝又带兵渡过黄河亲征。这时候，噶尔丹原来的根据地伊犁已经被他侄儿策妄阿拉布坦占领；他的左右亲信听说清军来到，也纷纷投降，愿意做清军的向导。噶尔丹走投无路，就服毒自杀。

主词条：清平西藏之战、清平青海之战

康熙三十六年（1697年）二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。噶尔丹在众叛亲离的情况下，服毒自杀而死，至此康熙时期平定噶尔丹叛乱之战始告结束，喀尔喀地区重新统一于清朝。

噶尔丹死后，策妄阿拉布坦便成为准噶尔部的统治者。随着他的统治地位的巩固和地盘的不断扩大，又滋长了分裂割据的野心，沙皇俄国也积极支持其叛乱。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不断袭击清军据守的科布多、巴里坤（今新疆巴里坤）、哈密等军事重镇，并派兵侵入西藏，进行分裂叛乱活动。由于康熙及时派兵进藏协同藏军进行围剿，才将策妄阿拉布坦叛乱势力赶出西藏。康熙帝逝世后，雍正继续坚持平定准噶尔贵族割据势力的斗争。

清军平定准噶尔贵族分裂叛乱战争的胜利，不仅维护、巩固了西北边陲，消灭了准噶尔贵族分裂势力，而且也打击了沙皇俄国侵略中国准噶尔的野心，对于以后挫败帝国主义勾结利用民族败类分裂祖国的阴谋，捍卫西北边疆的斗争，产生了良好影响。

康熙帝针对作战地区地理条件的特点，认真作好战争准备，注意发挥骑兵快速机动作战的能力和发挥火器部队的作用。

噶尔丹彻底地失败，这固然与噶尔丹在政治上树敌过多，军事上孤军深入等一系列决策上的失误，以及他与之争斗的对手康熙皇帝和清王朝过于强大有关。最可悲的是噶尔丹与俄国交往的政治、外交实践的失败。噶尔丹本想借俄国力量达到自己与清王朝抗争的目的，但却被俄国利用，反成了俄国与清朝政府讨价还价的筹码。

另外，噶尔丹与之对阵的不是弱国庸才，而是国势兴旺的清王朝和雄才大略的康熙帝。康熙面对咄咄逼人的准噶尔铁骑，首先在外交方面，对正在进行的中俄尼布楚谈判的方针作了调整，康熙指示，俄国“若恳求尼布潮（即尼布楚），可即以额尔古纳为界”。《中俄尼布楚条约》的签订，使清政府在外交上赢得了主动。加之俄国政府从尼布楚条约中获得实利，俄国的最高当局远非如前一时期那样，急于与噶尔丹建立联盟，而是采取口头上的支持，行动上敷衍的政策，并很快将戈洛文从西伯利亚调回莫斯科。1693年8月俄国政府还向各关卡监督发出训令，严禁向卡尔梅克人输出军火。

当然，清军平定叛乱的战争所以延续70年之久，除了沙俄极力插手和支持叛乱者以及民族关系等原因，增加了战争的复杂性外，清军在作战指导上的一些失误也是重要原因（如清朝统治者对准噶尔抱有很深的敌视和不信任心理）。而准部贵族在沙俄支持下掀起的民族分裂叛乱战争，是违背各族人民利益的不义之战，必然遭到各族人民的强烈反对，政治上的不得人心，及其统治集团内部的争权夺利和军事上存在许多不可克服的致命弱点，决定了其失败是必不可免的。

主词条：清朝蒙古

在清朝，“大一统”、“一体”、“一统”和统一是同义词，全国的统一对于清王朝来说，是不可动摇的目标。正如康熙帝所说：“朕为天下一统主，务使四海之内，人民咸获其所，一享太平”。康熙三征噶尔丹以后，清政府重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，给当地蒙古贵族各种封号和官职。清政府又在乌里雅苏台设立将军，统辖漠北蒙古。康熙五十六年（1717年），噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦攻占西藏，康熙派胤禵领兵入藏驱逐了准噶尔势力，维护了西藏地区的安宁。

清军平定准噶尔贵族分裂叛乱战争的胜利，不仅维护、巩固了西北边陲，消灭了准噶尔贵族分裂势力，而且也打击了沙皇俄国侵略中国准噶尔的野心。之后的康熙五十九年（1720年），康熙帝派兵远征西藏，驱逐了策妄阿那布坦，护送达赖喇嘛六世进藏。以后，清政府又在拉萨设置驻藏大臣，代表中央政府同达赖、班禅共同管理西藏。

清朝统治者对于割据一隅的边疆民族政权并未简单地斥之为分裂或分裂政权。而是在不同的阶段、对不同的民族、按不同的地区所确立的不同关系采用了不同的称呼，实施不同的政策。在与边疆民族各部的关系上，清朝统治者明确规定：“分疆别界，各有定制”。

从清初至18世纪统一多民族国家最后形成的一百年间，中国广阔的土地上，既有清王朝，也有边疆民族政权，多种政权和多种制度并存，相互之间既有吸收、融合又有排斥和对抗，除了准噶尔与清朝对抗时间较长外，其他基本都处于和平交往的状态中，这种长时间的多种政权并存的局面为各民族和各民族政权的经济文化发展创造了有利时机，也为统一多民族国家形成和版图奠定的稳定性提供了时间的保证。