参编人民卫生出版社教材《临床医学基础》、人民卫生出版社《炎症性肠病学》、Elsevier出版社《Current Surgical Therapy》（第11版）等专著。

教育部科技进步奖二等奖（2012，排名第三）1项

江苏省第三届“名医民选”、“百姓信任的医疗专家”（2014）

江苏医师奖（2019）、2023年获入全球前2%顶尖科学家。

2013年，发表首例粪菌移植有效治疗克罗恩病合并难治性腹腔感染的案例。

2014年5月24日，张发明和赵友全、王慧泉在 “2014肠病与粪菌移植学术会议”上宣布世界上第一台智能粪菌分离机器研制成功。

2014年7月，登世界胃肠病组织WGO官方通讯WGN封面并受邀发表刊首评论，呼吁重视粪菌移植技术标准化及其用于克罗恩病治疗的价值。

2015年，提出并报道粪菌移植升阶治疗策略（step-up FMT）能为57%的激素依赖型溃疡性结肠炎患者脱离激素依赖，并受邀在Gut Microbes杂志专题阐述该治疗理念。

2015年，张发明与樊代明院士、吴开春教授等共同发起中华粪菌库-紧急救援计划向全国难治性肠道感染患者提供非营利性异地救援。

2015年，发明透明帽辅助内镜下硬化术（CAES）用于无痛苦内镜下微创治疗痔疮和直肠黏膜脱垂。

2016年，报道结肠途径经内镜肠道植管术（TET）并首次实现全结肠途径重复粪菌移植。

2017年，建立中国菌群移植平台（国家消化系统疾病临床医学研究中心指导），作为公益服务平台为粪菌移植和选择性菌群移植（selective microbiota transplantation, SMT）提供长期评价。

2018年，报道快速的鼻空肠植管新技术—中消化道植管技术（mid-gut TET），公开发表的最短时间是1分32秒。

2019年，在欧洲消化疾病周（UEGW）首次报道选择性菌群移植治疗放射性肠炎的临床研究，团队报告人丁筱获“National Scholar Award”奖。

2019年，报道基于智能粪菌分离系统和高级别实验室操作程序的洗涤菌群移植（washed microbiota transplantation, WMT）的安全性优于传统手工粪菌移植，成果入选Protein & Cell杂志封面。

2019年12月12日，张发明牵头中国（大陆、香港、台湾）28名专家组成的共识小组，采用国际指南规范，制定洗涤菌群移植南京共识（英语），于2020年在Chinese Medical Journal杂志发表。

2020年，在Radiotherapy and Oncology杂志“First in human”专栏发表粪菌移植治疗放射性肠炎的注册临床试验结果。

2020年，与合作者开展“Touching Your Heart”项目。

负责国家自然科学基金面上项目、国家自然科学基金青年基金、教育部归国留学人才项目、江苏省重大专项、江苏省十三五科教强卫工程领军人才（江苏省创新团队）、江苏省十四五重点学科带头人等。

第一或通讯作者（含并列）文章目录

参加国际共识/专家推荐

1. Ianiro G, Mullish BH, Kelly CR, et al. Screening of faecal microbiota transplant donors during the COVID-19 outbreak: suggestions for urgent updates from an international expert panel. Lancet Gastroenterol Hepatol. 2020;5(5):430‐432. doi:10.1016/S2468-1253(20)30082-0

2. Ng SC, Kamm MA, Yeoh YK, Chan PKS,Zuo T,Tang W,Sood A,Andoh A,Ohmiya N,Zhou Y,OoiCJ,Mahachai V,WuCY,Zhang F,Sugano K,Chan FKL. Scientific frontiers in faecal microbiota transplantation: joint document of Asia-Pacific Association of Gastroenterology (APAGE) and Asia-Pacific Society for Digestive Endoscopy (APSDE). Gut. 2020;69(1):83–91.

科普书《谁来拯救我们的肠道》（张发明，张晶晶 编著.江苏科技出版社, 2016）。

先后于2017年、2020年在《肠﹒道》分别在做题为“魅力之粪，救命治病”、“洗涤菌群移植”的公益科普演讲。