道光帝命伊犁将军长龄为扬威将军，署陕甘总督杨遇春、山东巡抚武隆阿为参赞大臣，调集吉林、黑龙江、陕西、甘肃、四川5省兵3万会攻叛军。十月间，陕西等地清军万余到达阿克苏，开始转为攻势作战。时叛军3000人据守阿克苏西南约250里之柯尔坪（今柯坪），该地西南通巴尔楚克（今巴楚）、喀什噶尔，为清军进军必经之路。长龄派陕西提督杨芳，以突袭攻占该地，打开了西进的通道。此时，和阗伯克伊敏亦率当地群众2000余人击败叛军，收复和阗。但因大雪封路，清军不能驰援，又为叛军夺占。

嘉庆二十二年（1817年），浩罕汗反复提出在喀什噶尔享受贸易特权的要求，并以要放出和卓们相威胁。清朝的答复是停止对他的茶、钱赏赐，并撤销他派遣使节到北京的有利可图的特权。浩罕于是派遣两名使节提出一个折衷方案：浩罕派遣两名没有司法权限的代表驻在喀什噶尔，简称为“阿克沙哈勒”（直译为“灰白胡子”，即长者）。清朝再次拒绝，打发使节们回去，并对他们的货物足额征税；因此，浩罕汗就利用在浩罕的萨木萨克之子张格尔和巴布顶，放出了宣称要发起一场圣战的张格尔。张格尔召集了一支主要由柯勒克孜人组成的数百人的军队，打回他祖先的“六城”地区。

清朝的军队很快击溃了入侵者，张格尔逃回浩罕时只剩下二、三十人，但是他的入寇表明阿法其·玛赫杜姆的事业仍然活在人们心里。当浩罕在1821年再次和喀什噶尔交涉，试图再次取得1809年的免税常规时，清政府恢复了汗国的贸易和进贡权利，但不许免税，并且仍然拒绝一名浩罕使节留驻在清领土内的要求。然而，就在这一年，浩罕的统治者死了，张格尔逃进了他的柯勒克孜盟友的领土上。于是，清朝和浩罕政府便失去了达成互利协定的机会。1824年，和卓开始以一支有数百名柯勒克孜人的队伍骚扰清朝边境。这时否认了对张格尔的一切责任的浩罕，在1825年又一次试图为他的商人取得免交关税的特权，但没有成功。但收获是可观的，因为根据一份俄国的报道，每天有一百到三百头骆驼从中国本部驮来货物。

如果不是一个清朝官员的愚蠢，张格尔的圣战也许已成泡影：这官员带着二百名骑兵在1825年攻打这个和卓时，没有捉到他，反而屠杀了一处未设防营地的柯勒克孜妇孺。当这位柯勒克孜首领发现这一暴行后，他召集了两千名骑兵把清军围困在一处峪谷中，最后把他们全都杀死。张格尔的同盟者已经击溃一支清军的消息迅速传遍塔里木盆地各城镇。和卓自己“看到中国人已经多么不得人心”，就通知浩罕汗、乌腊提尤别的统治者、昆都士的首领、各支哈萨克的头人以及柯勒克孜的首领们说，这是夺取六城地区的机会。张格尔逐渐召集起一支由喀什噶尔人、浩罕人、柯勒克孜人和哈萨克人组成的超过五百人的军队；军队中还有哈尔查斯人（山区塔吉克人），他们的黑色服装在西伯利亚引起了有欧洲人在和卓军队中战斗的流言。

1826年张格尔入侵，在进攻喀什噶尔之前先去牙忽都的阿法其陵墓祭扫，并在交战中损失了四百名士兵。当退入牙忽都时，侵略者被清帝国军队所包围，但是用火绳枪武装起来的张格尔军队突破了包围，人民随着这一胜利而纷纷起义，使和卓的队伍扩大到大约一万人。参赞大臣庆祥在此期间组织了相应的抗御，但是起义的力量太强大了，清军不得不在喀什噶尔城堡中设置防御，在那里庆祥处死了阿奇木伯克玉努思以及许多被认为同情侵略者的城市居民。市场位于满城外边，这使张格尔能够抢劫有助于他取得成功的贵重货物，同时起事者发泄了他们对汉族商人的愤恨。

在此以前张格尔曾派遣一名使者去浩罕要求增援，将来以分享掳掠物为酬报（当时有“百回兵不如一安集延”之语）；但把张格尔的军队看作“兵痞”的浩罕政府，宁愿自己主动参加这场冲突。总之，浩罕汗穆罕默德（旧译“马哈木”）阿里亲自带领一支八千至一万人的骑兵到来，张格尔骑在马上和他相会，以表示和卓拒绝承认浩罕统治者是他的汗。汗的军队“对在据点中的中国将军发动突然袭击”，并“歼灭了中国军队”。其他史料记载却指出，当汗到达时张格尔自己已经控制了局势；或者说，汗被告知，张格尔已安排了一个在宴会上杀死他的阴谋计划。汗无法使张格尔“信赖”；而和卓又妒忌阿里并且“怀疑他不可靠”，就撤军北去。汗对喀什噶尔城堡进行了几次不成功的攻击，试图用火药炸开城墙。但是守卫者用箭、滑镗枪、掷石器、大炮和火油来回击。这场屠杀的规模是如此之大，以致“地脉中沸腾着一条血的河流”。经过十二天的战斗并失去他的一千士兵之后，阿里汗灰心丧气地撤走了。张格尔说服了一部分浩罕骑兵留下来参加他的队伍。

十个星期以后，清朝驻军耗尽了水和粮食；它的指挥者自杀，士兵们乘着夜色逃走，但被追上和遭到屠杀，只有四百名东干人或信伊斯兰教的清兵（回族）除外。张格尔进入了喀什噶尔城。英吉沙尔、叶尔羌与和阗的居民也叛乱了。玛赫杜姆家族的军队夷平了这些城市中的满城，并且派遣使节将俘虏送到布哈拉、昆都士、巴尔赫、基发等地，在哈萨克人中间示众，以炫耀胜利。

张格尔没有再从浩罕那里取得援助，而新疆人却因和卓的事业而仍然深深地陷于分裂。黑山派出于反对他们的白山派敌手的目的依旧依附清朝。在某些地方白山派试图促使黑山派转变，但是在别处，特别是在和阗，他们用他们的转为优越的地位来算老帐。因而，亲清的阿克苏的阿奇木伯克伊萨克穆罕默德鄂对（亦即在十八世纪曾帮助清朝征服六城地区的库车鄂对的玄孙），就派遣密使到和阗去散播不和。伊萨克本人是哈迪里亚派的信徒，没有发现他与纳赫什班迪教团的黑山派有什么联系，但黑山派的伯克们响应伊萨克煽动，夺取了和阗的控制权并宣称他们效忠于清帝国。由于大雪阻碍了满洲人派兵来援，白山派的军队重新恢复了张格尔的权威，只有黑山派的和阗伯克中一个名叫阿明的人带着两千名属民逃到阿克苏。张格尔在此期间编造了喀什噶尔的财产清册，把没收来的巨额公私财产的大部分当薪饷付给了他军队中的浩罕人。他抢掠了伯克们的家，“向富商大量敲榨勒索”，并“对人民实行暴虐统治”。他纵人大肆屠杀，甚至使得白山派的支持者都感到了失望。

1827年初，总数为二万二千人的卷土重来的清军，从阿克苏出发攻打张格尔。荒凉的土地迫使他们差不多要携带人和牲畜所需的全部粮秣，才能勉强满足军队的巨大的给养需要。张格尔逃往山区，他的士兵带走了“巨大价值的资产”，这些都是清军快到来时他们从六城地区居民那里抢来的东西。最富有和最重要的白山派同情者同他们一起迁居到浩罕领土内。当清军八千人在帕米尔搜捕和卓未能得逞之后，政府转而对那些和侵略者合作的人进行报复，并在喀什噶尔安排了一支八千人的驻军，而把九千名军队撤回中国本土。一支穆斯林民兵也编成了。清朝接着向所有邻近的统治者发出牒文，要求引渡张格尔。穆罕默德阿里厚着脸皮接连派了两个使者到喀什噶尔去，否认他曾援助过张格尔，并提出愿意派遣一支万人的军队去捕捉他，假如北京愿意付出费用的话。清政府被激怒了，一度想要切断六城地区的全部对外贸易。

当帝国军队前进时，清帝要求他的最高级官员考虑在西部六城地区废除伯克官制，用一种象青海和东部康区那样的土司制度来取代。伊犁将军长龄提出这样的建议：任命一个羁养在北京的玛赫杜姆家族成员做喀什噶尔统治者，用以赢得人民的同情，并保护六城地区不受张格尔和浩罕的侵犯。武隆阿则主张一并放弃喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌与和阗，而在它们的东面设置一道坚固的防线。由于这些建议被认为是失败主义的和不能接受的，清帝委派直隶总督那彦成去管理六城地区，并颁布赏格，对凡能俘获张格尔的人给予官爵和酬金。控制六城地区是很重要的。在发生麻烦的那一年，清当局曾发现一个名叫亚历山大·加德纳的英国人，他乔装打扮，穿着土著服装，从巴达赫尚通过叶尔羌进入拉达克。

1828年，伊萨克穆罕默德鄂对派了一名间谍到山中散布清军撤退的假消息，并收买了张格尔的柯勒克孜族岳父他依拉克，使和卓带着五百人回到了新疆。当和卓发觉到自己是受骗上当时他逃跑了，但这时害怕清朝报复的柯勒克孜人出卖了他，一个后来在鸦片战争中扮演重要角色的中国官员杨芳将他捕获。张格尔的一部分追随者逃掉了，其中有一大批刀朗人（即和卓的家奴——译者）逃到了浩罕。另一些人逃到了拉达克，拉萨的驻藏大臣派遣特使到列城去要求引渡他们，拉达克王即予照办。白山派认为伊萨克穆罕默德鄂对应对张格尔的被俘直接负责。作为奖赏，清朝指定他当喀什噶尔的阿奇木伯克。民间将他依拉克出卖张格尔的故事编成了一首流行的突厥语歌谣。

（图册参考资料）

北京极力把捕获和卓看作一项光辉成就，同时却掩饰只有少数兵力的张格尔却能困扰帝国的军队逾七年之久的事实。讨伐张格尔之役曾经需要调动三万六千人的军队，花费了政府一千多万两银子。事实上许多人相信，张格尔“失败的真正原因”完全不是清朝的军事力量，而是在于新疆白山派和黑山派的分裂。清朝的将军们向北京的清帝献俘，政府将张格尔寸磔处死。长龄传檄谕知柯勒克孜人和浩罕，要求引渡张格尔家族的全部成员。但是勒柯克孜人没有照办，浩罕则以伊斯兰法律为由公开拒绝引渡（张格尔家族是伊斯兰教祖的后裔）。

那彦成到达喀什噶尔以后提出大量行政改革措施，建议将犯叛乱罪的人（包括本地人和安集延人）的土地和财物加以没收。这些土地每年可收粮五万六千担，他主张以三万八千担作驻军饷项，其余一万八千担用来提高官员们的俸禄。从国内观点看，这些主张不管有多大价值，却从未付诸实施，因为那彦成的对外事务的建议带来了灾难性的后果。简言之，那彦成的建议是要完全停止对浩罕的贸易，直到汗国交出阿法其·玛赫杜姆家族为止。所有在六城地区居住不满十年的浩罕人应予放逐，他们贮藏的大黄、茶叶和其他财物应予没收。在六城地区居住十年以上的全部浩罕人应使之归化；应与柯勒克孜人和解，以便使他们与玛赫杜姆家族及浩罕人疏远。“叛民”的妻子儿女应发配为奴和流放到乌鲁木齐和伊犁等地。

清政府不但想用这些措施平息山区来的骚乱，还想使浩罕统治者安分守己。北京已经注意到，浩罕君主在十八世纪之采用汗的称号是一种僭越，特别因为在突厥语和满洲语中，“汗”是清帝本人的称号。因此，北京拒绝承认浩罕统治者为“汗”，继续用早些时候的头衔“伯克”来称呼他。然而，浩罕的战略位置促使清帝在藩国谒见时称呼浩罕统治者为“吾儿”（在亚洲腹地的词语中仅次于皇帝），而不是用“吾臣”，而在浩罕的信件中，统治者继续称自己为汗。此外，在喀什噶尔的每次朝见中，穆罕默德阿里的使节并未能履行规定的礼仪，也许更为过分的是，在正式文书中他的名字是有泥金书写的。

清朝政府立即赞同实施那彦成的建议。那彦成回到了北京。他的继任人喀什噶尔参赞大臣札隆阿和叶尔羌办事大臣壁昌在1828年着手行动：没收安集延商人的大黄和茶叶，把他们从六城地区赶走。在准噶尔地区，官府也驱逐那些居住在伊犁的安集延商人。清朝重新建起各地的满城，与回城离得较远，但在英吉沙尔、叶尔羌及和阗，商业区仍旧留在城外。只有在喀什噶尔，清政府方将商业区安置在满城之中。

非浩罕人为了商业事务可以照常入境，政府允许布哈拉人经由巴达赫尚和喀尔提锦来喀什噶尔，但是，当局对外国人课以重税，以维护一种新的官铺制度的利益。旨在开辟财源以供养新疆驻军的官铺是仿效政府垄断对准噶尔地区的哈萨克人贸易的办法建立起来的，它享有和所有外国人——包括柯勒克孜人在内——优先进行贸易的权利。但是，清朝给予柯勒克孜人一份从安集延人那里没收的大黄和茶叶，用以保持他们的好感。一所官办茶局（创始于1826年）于1828年在古城开始顺利地向陕西私商运入准噶尔地区的各类茶叶征税。然而到1829年末，官铺在六城地区引起的不满和困难多于收入，因此当局废除了这些官铺。

其他为驻军而开辟财源的一些努力是采取了扩大和改良六城地区耕地的方式。张格尔的圣战中断了前此为新疆日益增长的人口而开垦未经灌溉的土地（“死地”）的努力，1828年六城地区的严重粮荒使得大量建议涌向清帝面前。松筠主张在新疆开展军屯。长龄建议把所有从叛逆者那里没收来的土地上的佃户转为国家农户，使之为驻军生产粮食。武隆阿和署理陕甘总督鄂山极力主张从中国内地招徕移民。虽则这一意见预示着将来的趋势，但却是同清朝将汉人和亚洲腹地居民加以分隔的长期实行的政策背道而驰的；因此，新疆当局不得不满足于灌溉计划、已增加的户口登记数和税收。但是，六城地区的人口因圣战而减少了，这些措施是不够的。

那彦成提出的停止和浩罕贸易的措施，从根本上打击了汗国的财富和力量。浩罕已经获得了对喀什噶尔的东西方商队贸易的控制权，并以损害塔什干和突厥斯坦的城市而扩大了这种控制，它又一直在寻求柯勒克孜和哈萨克同准噶尔地区的商业贸易，还想控制印-俄贸易的东方路线。

“披巾和其他印度商品”、狐皮和羊羔皮有东、西两种商路：一是经由西边的一条迂回路线，通过喀布尔和巴尔赫到布哈拉，然后运到浩罕；一是由夏季线和冬季线这两条东边路线通过拉达克到叶尔羌的市场，浩罕商人就在叶尔羌购买这些货物。清政府是否曾经允许商队享有通过帝国领土的特权，这还不清楚，但是政府完全了解汗国力图垄断新疆的对外贸易，所以为了防范这种企图，它正式拒绝批准浩罕商队经拉达克去印度。因此，浩罕商人只好在色勒库尔和叶尔羌购买印度货物，把它们经过浩罕运到俄国市场去出售。叶尔羌于是成了印俄贸易的一个中心。浩罕商人享受了能够将他们购买的货物经由自己的国土运到俄国的好处，但是汗国不能阻止非浩罕人在叶尔羌或色勒库尔购买印度货物，也不能阻拦这些货物运往伊犁或塔尔巴哈台再往前运到俄国领土去。

清朝的禁商政策甚至不许浩罕商品通过伊犁和塔尔巴哈台，因而在浩罕引起物价飞涨，随之而来的是两年经济困难。清政府对于浩罕高级官员的恳求书信无动于衷。但在此期间，浩罕把禁商看成是侵略六城地区和汗国加紧控制新疆贸易的一个机会。白山派在喀什噶尔的势力仍是如此强大，浩罕的贸易又是如此重要，因而浩罕实际上在六城地区处于支配的地位。只要有玛赫杜姆家族的侵略，人民中至少有些人必定会闹事。“浩罕如狼，新疆人如羊”。况且，在被驱逐和没收财产的浩罕商人中间情绪激昂，特别是当柯勒克孜人带着他们被没收的大黄和茶叶出现在浩罕市场上时更是如此，而柯勒克孜人却夸耀说，这些东西是“大清皇帝”送给他们的礼物。

1830年秋天，浩罕汗带着一支主要由柯勒克孜人，也有一些安集延人、流浪的刀朗人和其他喀什噶尔亡命者组成的军队，侵入六城地区。然而，在跨过清朝边境以前，在乌什地方，决定让汗留在浩罕，张格尔的大哥穆罕默德玉素普被指定为名义上的统帅。真正的指挥官是浩罕汗国的高级官员哈克·库里明巴希，他是最高司令，第二把手是穆罕默德沙里夫阿塔利克。跨过边境后侵略者分兵三支，几乎同时包围和攻打喀什噶尔、英吉沙尔和叶尔羌三地。清朝驻喀什噶尔的戍军本已缩减，又被攻其无备。玉素普进入了自己的原籍城市，指定了他自己的地方长官（阿奇木）。喀什噶尔地区的黑山派人民大批逃往阿克苏（虽然他们中约一千人在喀什噶尔的满城中避难），甚至白山派中的许多人也不愿响应侵略者要他们拿起武器的号召。但是，这次侵略并非搞复辟，其性质马上变得很明显，因为玉素普本人没有行使什么领导权，而且一千多名浩罕商人跪在满城外面向清当局申述说：侵略是由清政府不公正地处理无罪的商人引起的；他们要求恢复贸易和发还被没收的财产。

在叶尔羌，壁昌在城内只带有清兵五、六百人，还有大约四千五百名本地民军，但是他有较多的时间做防御准备。他很快把商人和小商贩都搬入满城，把市场的摊子和建筑物烧个干净，什么也没有给侵略者留下。在和叶尔羌地区伯克们慎重计议之后，壁昌派遣他的军队出外封锁通向叶尔羌的主要战略据点。他配置一千名本地民军防守回城和满城；他从所辖地区各个据点集结军队，同时又派出四百名清军在叶尔羌东门外把守。逼近叶尔羌的侵略军大约有步、骑兵七千到一万人。清守军用大炮轰击他们，杀死了三百多人，侵略者终于撤走。在作第二次尝试时他们 再次被击退，这时他们已经听到清援兵正从阿克苏开来的消息。柯勒克孜人和安集延人都撤退了，只留下刀朗人，他们试图以玉素普的名义召集一支叶尔羌土著的军队。然而，叶尔羌主要是黑山派的地方，大多数居民宁可逃走也不愿参与白山派的事业。因此，刀朗人抢掠城镇和乡村，在纠集起一支千人的队伍之后，对叶尔羌进行了第三次和第四次攻击，但都被壁昌的军队击退。

与此同对，在喀什噶尔的札隆阿却无法迫使和卓停止围攻。在喀什噶尔和英吉沙尔，如同在叶尔羌一样，侵略者从未能攻克满城，但是他们控制着这个地区的全部乡村和城镇。

突然传来消息说浩罕和布哈拉之间出现了风波，还说浩罕国内需要军队。安集延人因此抛弃了玉素普而转回浩罕，带走了许多俘虏和战利品。浩罕人将他们俘虏的“中国人”勒逼为奴隶，浩罕汗还将其中一些人作为礼物送给彼得堡的俄国沙皇。甚至在白山派势力最大的喀什噶尔地区，浩罕的柯勒克孜人和安集延人所组成的军队贪婪成性，所以使得许多历来和白山派联合的人感到恐惧和痛苦，转而和清朝当局合作。白山派的事业在六城地区已经大失民心，玉素普及其追随者除了跟着撤退的安集延人翻越山岭逃回浩罕之外是别无长策了。在清朝援兵从阿克苏到达以前，大约有二万名新疆斯坦人逃往安集延和塔什干。玉素普继续住在浩罕，直到1835年死去为止。

浩罕已经达到了它的目的。六城地区是偏僻的，难于保卫的，而且依赖国外贸易。独立的、靠近高大绵亘的山脉而又以它为屏障的浩罕，已在六城地区取得一种特殊地位，除非清朝让步，它要无休止地进行骚扰。在1830年的侵略中清帝国失去了它讨价还价的地位，同时阿法其·玛赫杜姆家族失去了六城地区人民的忠诚。只有浩罕得到了好处。

1831年，满洲人扬言要组织一次惩罚性的远征。据说这消息吓得浩罕沿着边境建造堡垒，还派使节去俄国请求军事援助，俄国人闻讯甚至拒绝浩罕使节入境。事实上，浩罕人建立了一些据点，但它这样做的目的是扩张主义的，是为了控制哈萨克人和柯勒克孜人并向他们征税。浩罕和俄罗斯帝国之间可能进行的任何商讨看来不会是由于害怕中国而激起的。浩罕已在六城地区暴露了清朝的虚弱，因此，熟悉新疆情况的兵部尚书松筠建议，取消对浩罕停止贸易的禁令，允许新疆当地人象以前那样和安集延人通婚。他认为，只有当地人对他们的命运感到满足，六城地区才能够安宁。

当被任命为六城地区钦差大臣的长龄在1831年到达喀什噶尔时，署理阿奇木伯克作霍尔敦台吉领着“二万大小不等的”喀什噶尔人对他郊迎十里，感谢皇恩浩荡，誓不追随叛乱者。长龄然后从清朝驻军那里获悉，浩罕接连派来三名使者说，“五年”的中断贸易引起了困难，他们抱怨清政府的没收和驱逐出境政策，并要求恢复贸易。长龄将此事向清帝报告，也许北京这才第一次充分感到那彦成的政策惹起了战争。长龄留下浩罕使节一人，派遣作霍尔敦台吉和其他二人回浩罕。作霍尔敦原是喀什噶尔征税人，土鲁番首任扎萨克额敏和卓的后裔。当张格尔发动圣战时他离开六城地区曾前往浩罕、彼得罗巴甫洛夫斯克和喀山旅行，经由塞米巴拉金斯克回到新疆。在固勒扎他曾晋见伊犁将军，声称曾被拐骗为俘虏，清朝于是指定他为喀什噶尔的土著帮办大臣，然后任命他为阿奇木伯克。作霍尔敦的旅行使他通晓中亚的贸易活动。在和浩罕的谈判上，长龄不可能派出比他更合适的人选了。 长龄在开始时曾直接坚持要浩罕交出1830年侵略的魁首，将全部战俘放回本国，但是北京对于艰苦的谈判没有思想准备。甚至不等到汗国回答，皇帝已允许重开新疆与浩罕的贸易，豁免关税，并且指示长龄放弃引渡要求和不再强要二万新疆流亡者回来，“以示大方”。在1831年底，两国之间的贸易恢复了。

确切地说，作霍尔敦在浩罕的谈判看来未曾公开发表过。浩罕和六城地区当局交换了几次书信，在1832年达成协议，清朝允许“旨在经商”的浩罕臣民“自由来往”于六城地区，并且允许“托钵僧”入境，但是与以前一样，没有北京明确的批准，不允许任何人进入中国本部，甚至对使节也是如此。政府用银子赔偿了浩罕商人被没收的财产，对浩罕商人豁免关税。作为报答，浩罕愿意将清朝的战俘遣送回国，但不包括流亡者，同时汗国将阻止玛赫杜姆家族入侵清朝的领土。长龄报告说，浩罕的统治者自愿抱经盟誓，“永远翊戴”。清朝当局作为戒备，还派了一名使者去向布哈拉艾米尔“请求帮助”，使之在浩罕汗国“侵犯时能帮忙维持中国西部边境的和平”。但是布哈拉艾米尔“婉言谢绝了要进行任何干预”。

根据长龄的建议，清朝在1832年对所有各国在喀什噶尔和叶尔羌贸易的商人一律豁免关税，甚至包括柯勒克孜人在内。这是为了避免造成这样的印象：曾经威吓满洲人的浩罕商人，是这个地方的主人；也为了禁止浩罕人利用一种关税特权去垄断贸易。

浩罕派来一名商人头目，他将八十余名喀什噶尔战俘释放回国，并带来一百余名安集延商人。新疆当局不许地方官员干涉浩罕与喀什噶尔的商业事务，并且命令喀什噶尔商人对“夷商头目”公平定价。1832年末，清朝用银两赔偿浩罕商人全部被没收的茶叶，并且叶尔羌的参赞大臣花了一万余两银子解决了浩罕人的土地要求，尽管外国人购买土地始终是不合法的。清朝根据那彦成的建议驱逐了居住在新疆不到十年的安集延人，付给赔偿的土地就是属于他们的。

六城地区的骚乱已表明，清朝在塔里木盆地西端的驻军远远不够用。因此政府把参赞大臣衙门和塔里木盆地的统帅部从喀什噶尔迁到叶尔羌，这是六城地区的主要城市：它很漂亮，多舞女和乐师，一个访问过叶尔羌和孟买两处地方的浩罕人认为，叶尔羌可以和孟买媲美。它的中心位置有利于在喀什噶尔、英吉沙尔、巴尔楚克（即玛喇巴什，它的战略重要性终于得到了承认）与和阗地区之间相互援助。在1830年入侵期间壁昌将叶尔羌商民移入满城，这一行动已被证明在阻遏侵略者方面是如此有效， 因此某些人关于在六城地区商场周围建立城堡的建议就被认为没有必要了。

政府任命壁昌为叶尔羌的首任参赞大臣。在新疆南部防区的六千名士兵之外，清朝增加了三千名从伊犁来的骑兵和四千名从陕甘绿营调来的士兵，再把阿克苏和乌什吐鲁番每处一千士兵计算在内，南部防区总兵力达一万五千人。迟至1835年这些军队中没有一个东干人，因为政府害怕一旦发生叛乱，作为穆斯林的东干人可能参加。后来政府改变了关于这一政策的想法。为了应付增加军队后的费用和口粮，北京削减了各省绿营饷粮的百分之二，以便每年能多筹银三十余万两。

然而，政府认为各省的分摊只是权宜之计，它继续努力从当地收入中寻求维持六城地区驻军的办法。为此目的，按照长龄的建议，北京中止了满人的隔离亚洲腹地的长期实行的政策，迟至1831年已许可汉族平民由中国本部迁到六城地区。允许移民接受抛荒地和被没收的土地，开垦死地，甚至也可当新疆人农庄的佃户。1832年出现了第一次移民浪潮，在喀什噶尔地区的喀拉科依和巴尔楚克附近建立了汉人居民点。北京一度仍为六城地区土著居民的态度感到忧虑，在1834年甚至撤销原议，命令汉人居民点解散。但于1935年在汉人移民尚未迁徙之前，政府又一次取消它的决定，恢复移民。

从1834年起，北京鼓励穷人从中国本部向新疆迁移，特别是移到六城地区。汉族移民的核心开始形成。在十九世纪三十年代中期，仅叶尔羌就有二百名定居的汉族商人，还有许多其他时来时去的人。那里有一个东干商人团体和一些汉人工匠。汉语现在和突厥语同样“通行无阻”。