比萨及比萨大学在15世纪之交经历了一段危机时期：佛罗伦萨对城镇的征服导致该大学于1403年关闭。1473年，由于洛伦佐·德·美第奇（Lorenzo de Medici），比萨大学恢复了系统发展， 1486年，修建了一座用于上课的建筑物。该建筑物后来称为“知识大厦”（Palazzo della Sapienza），位于14世纪的格兰诺广场（Piazza del Grano）。小天使的形象被放置在“富裕之门”（Dell'Abbondanza）上方，通往广场，今天仍然是大学的象征。

在1494年叛乱和与佛罗伦萨的战争之后，比萨大学经历了一段衰落，并被转移到皮斯托亚（Pistoia）、普拉托（Prato）和佛罗伦萨。 1543年11月1日，在科西莫一世·德·美第奇公爵的统治下，大学的重新开业典礼被视为第二次就职典礼。 1545年的法规进一步提高了大学的质量，Pisan雅典娜神庙成为欧洲最重要的教学和研究之一。 植物学（Semplici）教席由世界上第一个植物园的创始人卢卡·吉尼（Luca Ghini）担任。他是安德里亚·切萨尔皮诺（Andrea Cesalpino）的继任者，安德里亚·切萨尔皮诺开创了第一个用于植物分类的科学方法，并且被认为是发现血液循环的先驱。 加布里埃尔·法洛皮奥（Gabriele Falloppio）和马切洛·马尔皮吉（Marcello Malpighi）教授解剖学和医学。伽利略·伽利莱（Galileo Galilei）在比萨出生并学习，1589年成为比萨大学数学教授。

在美第奇大公国时期，大学作为国家机构的作用更加突出。贸易保护主义政策确保了学者和教师的核心力量。科西莫一世、费迪南多一世和费迪南多二世颁布的法律规定，那些打算获得学位的人必须参加比萨学院。许多著名人物在比萨演讲，尤其是在法律和医学领域。

在洛雷纳斯大学的领导下，大学的发展得以继续。他们完成了天文台的建设（由Medicis发起的一个项目），并通过重要出版物丰富了大学图书馆。他们帮助开发了植物园和自然科学博物馆，并建立了包括实验物理和化学在内的新教席。

托斯卡纳被拿破仑帝国吞并，导致斯图德中学转变为帝国学院。雅典娜神学院成为巴黎大学的一个分支机构，其课程和学习计划是按照法国的公共教育模式设计的。建立了五个新的学院：神学，法律，医学，科学和文学，以及考试、不同的资格头衔和毕业论文。仿照巴黎高等师范学校，1810年成立了比萨高等师范学院。

1839年，第一届意大利科学家大会在比萨举行。超过300位各学科的专家和421位科学家讨论了动物学，比较解剖学，化学，物理学，数学，农学，技术，植物学，植物生理学，地质学，矿物学，地理学和医学。

在1839年至1840年间，教育总监乔吉尼（Gaetano Giorgini）将比萨大学的院系数量增加到六个，即神学、法律、文学、医学、数学和自然科学，从而对比萨大学进行了最重要的改革。乔吉尼还创造了世界上第一个农业和绵羊养殖教席。

1846年，比萨高等师范学院重新开放。同时，自由派和爱国主义者理想在雅典娜散布，该大学的一个营（由讲师和学生组成）在1848年的库塔托内战役和蒙塔纳拉战役中脱颖而出。

在1851年的第二次修复中，利奥波多二世将比萨大学和锡耶纳大学联合在一个独特的伊特鲁里亚神庙中，其部分原因是出于经济原因，但主要是出于政治控制。神学和法律学院设在锡耶纳，而文学、医学、数学和自然科学系则留在比萨。继佛罗伦萨起义和大公爵于1859年逃离后，临时政府采取的初步措施之一是将其所有六个院系归还比萨市。

随着意大利王国的诞生，比萨大学成为统一的意大利最负盛名的文化机构之一。第一家欧洲历史语言学研究所于1890年在比萨成立。在19世纪下半叶至20世纪上半叶之间，在比萨任教的讲师包括律师弗朗切斯科·卡拉拉（Francesco Carrara）和弗朗切斯科·布纳米奇（Francesco Buonamici）、语言学家多梅尼科·比较（Domenico Comparetti）和乔凡尼·德安科纳（Giovanni D'Ancona）、历史学家帕斯夸莱·维拉里（Pasquale Villari），乔阿基诺·沃尔佩（Gioacchino Volpe）和路易吉·鲁索（Luigi Russo）、哲学家乔凡尼·外蒂、经济学家朱塞佩·托尼奥洛（Giuseppe Toniolo）和数学家尤利西斯·迪尼（Ulysses Dini）和安东尼奥·帕西诺蒂（Antonio Pacinotti）等。

在墨索里尼法西斯主义时代，比萨神庙是政治辩论和反法西斯组织的活跃中心。第二次世界大战后，比萨大学恢复了许多知识领域的前卫学习风格。二战前建立了工程系和药学系，二战后又增加了经济学、外语文学和政治学系。 1967年，比萨圣安娜大学成立，并与比萨高等师范学院一起组成了一个学习和教学中心。

如今，比萨大学拥有20个系，在农业、天体物理学、计算机科学、工程、数学、医学和兽医学等领域设有高级研究中心。该大学与国家研究委员会的皮桑研究所，许多具有国家和国际重要意义的文化机构以及工业，尤其是信息技术有着密切的联系，后者在1960年代和1970年代在比萨经历了快速扩张。

1986年，比萨大学的一台计算机首次接入互联网，是意大利第一台接入国际互联网的计算机。比萨大学是意大利第一个开设计算机科学课程的意大利大学，是意大利计算机科学和人工智能研究的中心。

比萨大学下设的20个学院中包括农学院，经济学院，药学院，法学院，文学和哲学院，外国语和外国文学院，医学院，兽医学院，工程学院，数学，物理，自然科学学院和政治科学院等。这些学院星罗棋布地坐落在比萨城内，但各学院的学生秘书处集中在一处，位于城东的比萨大学办事大厅内。

比萨大学已经成为了一所现代化、教研一体的高等研究机构。比萨大学开办涉及现代科学各个门类的72个本科生专业和76个研究生专业，学校里还有11个博士专业。比萨大学有68种专业技能培训项目和超过100种短期技能培训，还有MBA培训课程。教学与科研在各个领域都紧密结合起来。

学校系与系之间或单独的研究中心有25个；博物馆和收藏中心有13个；大小图书馆有16个，图书馆藏书40万册，期刊840种。

比萨高等师范学院有文科、理科两个系，学生不到200人，教师有100人，专门培养意大利科技和文化界的优秀人才。从1983年起，中国每年派汉语教师到该学院任教。

比萨大学在2010-2011学年有52000名在校本科生和硕士生、950名博士生和1100名医学健康专业的培训生。博士学位研究通常由部门提供和安排。这些讲座大部分以意大利语授课，除了外国语言和文学学院的许多课程，一些科学计划，例如国际航空工程学硕士（EuMAS）、商业信息学硕士、空间科学硕士。与比萨圣安娜大学共同提供工程和计算机科学与网络硕士学位。学生还可以使用一个语言中心，在那里他们可以参加外语课程；一个体育中心（Cus Pisa），可以安排许多体育壁上联赛，并允许意大利几乎所有学科的体育活动；以及三个大学食堂。比萨大学不是以一个独特的校园的形式来组织的，而是其许多建筑物散布在整个比萨地区，尤其是在市中心。

考试分两种：笔试和口试。3年本科以笔试为主，也会有较少教授要求口试。2年的硕士以口试为主，取决于专业，工科或者理科的硕士，必须要拥有良好的基础，教授的口语考试会涉及到任何一个学过的细节。视专业不同，部分考试可以以英语完成。

学校教学科研人员大约有1590人，实验室和行政人员有1643人。

比萨大学是比萨大学系统的一部分，该系统包括比萨高等师范学院（Scuola Normale Superiore）和比萨圣安娜大学（Sant'Anna）。该大学系统约有50000名学生，其中46000名是本科生和研究生，而3500名是博士和研究员。

比萨大学是Consorzio ICoN的主要成员，Consorzio ICoN是一个成立于1999年的意大利研究学院联盟。它由21所意大利大学组成，专注于语言学和文化研究。 该财团总部设在比萨大学，由意大利大学研究部（Ministerodell'Universitàe della Ricerca）支持。 它旨在传播意大利语文化和文学。比萨大学也是欧洲大学协会的成员，欧洲航空航天大学集团网络与Cineca财团的合作伙伴关系。比萨大学是大学研究协会唯一意大利成员。

根据世界大学学术排名，比萨大学于2019年与罗马大学并列意大利第一。

在绝大部分意大利人心中，比萨大学是意大利最重要的大学。根据2014年QS世界大学排名，比萨大学排名第245位。 2015年QS世界大学学科排名中，比萨大学36个特色学科中的13个被评为在世界精英机构（全球前200名）。在最近的上2011世界大学学术排名中，比萨大学在意大利排名第一，在世界范围内排在前150名。数学和物理专业排名世界前100名。在韦伯世界大学排行榜中，比萨大学也高居第二位。

比萨大学是精英化教育体制，拥有比萨高等师范学院及比萨圣安娜大学，三校师资共享，教学质量有很高保障;并且是欧洲唯一一所进入“世界大学研究学会组织”的科研型大学。费米和卢比亚这两位诺贝尔奖得主都曾在比萨大学学习物理。比萨物理学专业与比萨国家核物理研究中心和国家研究中心都有密切合作。仅有的三个能获得高能物理Panofsky奖学金名额的意大利人都在比萨。

比萨大学经济管理学院特别是管理、战略等专业在意大利乃至全世界都享有盛名。

2020软科世界大学学术排名第150-200，2021泰晤士高等教育世界大学排名第401-500，2021QS世界大学排名第383名，2021U.S. News世界大学排名第189名。

2019软科世界大学学术排名，比萨大学为意大利并列第1，全球150-200区间。根据ARWU世界大学学术排名，比萨大学数学和物理系是全球前100名，化学和计算机科学排名在前151到200之间。ARWU是基于六项突出研究的质量指标：赢得诺贝尔奖和菲尔兹奖的校友和教授数量；研究人员被汤姆森科技信息集团引用文章的数量；在譬如《自然》和《科学》刊物上发表文章的数量；在科学引文索引和社会科学引文索引中被引用文章的数量；有关机构人均绩效表现。2011年，比萨大学在上海交通大学世界大学学术排名中名列意大利大学之首，欧洲前30名。

泰晤士高等教育世界大学排名将比萨大学列为世界350所最佳大学之一，比萨大学评为欧洲教学大学百强之一。

QS世界大学排名将比萨大学的计算机科学与信息系统，物理与天文学，数学，古典学与古代历史，图书馆与信息管理列为全球前100名。根据QS世界大学排名，比萨大学物理学位列全球第30位；计算机科学，历史和医学排名跻身全球前101到150名；英国语言文学、语言学、哲学、药学、电子和电气工程、法律和统计学名列前151到200名。QS排名衡量的主要指标有以下几种：学术声誉；雇主声誉；讲师/学生比例；国际讲师和国际学生的数量；科学著作的引文。

《美国新闻与世界报道》将比萨大学列为全球300所最佳大学之一。

欧洲研究排名是根据来自欧盟委员会数据库的公开数据得出的排名，使比萨大学跻身意大利最佳大学和表现最佳的欧洲研究机构之列。

比萨大学一直积极与谷歌、雅虎等国际公司通过奖学金的形式与博士生项目合作。比萨大学超过50个由欧盟和其他组织赞助的国际合作项目，包括国际生和学习互换项目、H2020组织参与博士课程“理论化学和计算模型”、Erasmus mundus 联合博士项目PCUBE(物理学)及2个国际交换学者合作计划。

同时也有许多公司、SME、本地政府、医院、研究机构和非学术研究中心也通过各种方式对毕业生提供锻炼机会。有非常多的机会可以在大型意大利，国际公司进行实习，其中包括：Autogrill、菲亚特、Eni、古驰、Illy Caffè、IndesitCompany、Pirelli、普拉达、菲拉格慕、VodafonePiaggio、Ibm、Unicoop Firenze、Ansaldo breda、Ansaldo energia、Hera S.p.A、HpItalia、宜家，还有一些跨国公司，比如：Pricewatergouse Coopers、毕马威、Ernst&Young、德勤。

比萨大学与帕维亚大学有着激烈的运动竞赛。传统上以比萨-帕维亚帆船赛（Regata Pisa-Pavia）达到高潮，这是意大利历史最悠久的比赛，在欧洲仅次于牛津剑桥的赛艇竞赛。

比萨大学毗邻世界著名建筑比萨斜塔，位于意大利托斯卡纳大区第二大城市、大学城比萨。比萨大学的所有学院都在比萨市内，有的在市中心辉煌的古建筑中，有的在城市郊区新建的建筑里。绝大多数设施都在从比萨市中心步行20分钟的范围之内。比萨市进入中世纪之后追随北方威尼斯、热那亚的脚步，将势力范围扩大至地中海。比萨伽利略机场是意大利的主要国际机场之一，许多欧洲航班和国内航班都在此进出。

比萨大学为自己的学生提供多工服务技术，学生可以通过网上“注册中心”实现入学的注册。为了解决学生生活方面的问题，设立了听讯服务，而伤残学生综合服务部则帮助伤残学生过好在校内的生活，学校与城市的很多文化结构协议保证为大家提供廉价为高水平的文化产品和服务，大学 体育中心的设施使学生能够进行多种体育运动，大学学习权利的大区公司，这一结构通过每年的考试发放相当数额的奖学金和住宿贴金。

大多数学生在市中心的单元楼里合租房间，双人间每人每个月房租大约250欧元，单人间每个月房租大约350欧元。为满足留学生需求，大学在国际关系处开设了信息窗口“Welcome Point”，旨在与校内其他单位合作，提供有关签证、居留许可证、意大利语培训班、学校各种服务等方面的信息 ，及有关比萨城市、交通工具、文化及娱乐体育活动等方面的信息。此外还特别开设了接待服务。根据与有关公寓、招待所签署的协议，比萨大学可以合理价格提供符合现行法规标准的一定数量的居住床位。

比萨大学一直以拥有伽利略这样的科学巨匠而骄傲，伽利略出生和求学一直在比萨，1589年成为比萨大学数学系教授。比萨大学的校友中包括诺贝尔奖得主乔祖埃·卡尔杜齐、恩利克·费米和卡罗·鲁比亚，以及数学菲尔兹奖得主恩里科·邦别里、两位意大利总理朱利亚诺·阿马托（第48任）和恩里科·莱塔（第55任）。

比萨大学欢迎国际学生。本科生申请入学需要高中毕业证书，硕士生申请入学需要本科毕业证书。学制较长的医学、牙医学、兽医学以及其它几个为数不多的专业在招生数量上有限制，这些专业在9月份会进行一次入学考试。

所有学生在入学前会进行一次入学考试以确保学生能达到基本的入学要求。对于博士生来说，招生数量是有限的，国家统考的成绩直接影响招生情况。非欧盟学生如果申请意大利语教学的专业，首先要通过语言考试或是具有CILS颁发的意大利语B2级别证书。申请英语教学的学位项目的学生必须具有CILS颁发的英语B2级别证书。

比萨大学不收学费，行政费大约是每年710欧元，为了体现所有学生的平等性，某些国家和地区的学生可以享受学费减免。在某情况下，对于已付学费的学生，仍然有机会获得托斯卡纳大区政府奖学金，免除掉所有的学费。其它奖学金是由各个与意大利政府签订协议的国家所提供的。