慈航法师“天资欠敏”，学识基础也并不算好，他幼年读过几年私塾，母亲逝世后就失学了。在闽南佛学院时，曾因功课成绩欠佳受到大醒法师的申斥。到了迎江寺后，他感于身为住持，岂能不通达经论，于是发愤苦学，曾向武昌佛学院函购唐大圆编撰的《唯识讲义》，用以自修。他把这本讲义带在身边，随时随地拿出来阅读、揣摩，多年之后，终于精通唯识，以后也宣讲唯识。

在迎江寺的住持任内，他设了一所义务夜校，还设了一个僧伽训练班，曾请出身于常熟兴福寺法界学院的道源法师，到迎江寺助理院务。道源在迎江寺停留未久，1929年下半年就到武昌佛学院去了。1930年初，迎江寺发生火灾，房舍烧毁了一半，慈航法师因而辞职离开。后来以到香港讲经的因缘，随之由香港到了缅甸的仰光。

慈航法师生性坦率，直来直往，胸无城府。他从太虚大师受教的日子并不多，但由于1939、1940年间，他参加佛教访问团，随大师访问印度、锡兰及南洋各国，所以一般都视他为太虚大师的门下，他本人也以大师弟子自居。抗战胜利后，太虚大师主持“中国佛教整理委员会”，1946年夏天，在焦山定慧寺开办“中国佛教会会务人员训练班”，由太虚大师门下的芝峰法师任主任。太虚大师在上海，设计了一套训练班学员的便服，寄给芝峰法师，让学员试穿以为倡导。以此缘故，杂志上刊载了一些讨论改革僧装的文章。慈航法师远在南洋，不明其中经过，以为太虚大师要将传统僧服，改为类似俗家的服装，他撰文反对，主张采用南传佛教的黄色服装，并写信给太虚大师，措辞激愤，声言大师如不采用他所建议的服式，他将反对到底，并将退出大师的“新僧籍”。

太虚大师为这封信啼笑皆非，先后两次复信给慈航法师，为他解释僧服的沿革，及为训练班试设一种便服的用意。慈航法师耿直坦率，勇于认错。他将太虚大师的信札，以及他自己写给大师的信，一字不易地刊登在《中国佛学》月刊上，并刊登启事，宣称以后改名“可耻”，用来纪念太虚大师的教诲。果然以后很长一段时间，他写文章都署名“可耻”。

1947年3月，太虚大师在上海玉佛寺圆寂，这是震动佛门的大事，慈航法师在新加坡闭关，得知大师逝世，悲痛逾常，他在《中国佛学》月刊“追念太虚大师纪念专号”上，写了许多纪念大师的文字，并撰写纪念大师的歌词，谱成乐曲。在日用的信笺上，印着“以佛心为己心，以师志为己志”。他对太虚大师的崇敬，实是出于一片至诚。

太虚大师逝世后，中国佛教的整理工作无形中停顿下来，而大师一生致力的佛教改革运动也无人再提。所以在大师逝世那一年的夏天，慈航法师印了一份“中国佛教革命的呼声”的小刊物，寄给国内各寺院，呼吁丛林寺院兴办佛学院，举办各种社会、文化、慈善事业。他并呼吁僧青年起来革命，为中国佛教前途而努力。这些宣传品寄到各寺院，多被寺院保守人士没收藏匿，根本不给僧青年看。

缅甸是南传的小乘佛教国家，宣扬大乘佛教的中国僧侣为数不多，仰光中国寺院是龙华寺，慈航法师到仰光，住在龙华寺内。他在仰光那几年，龙华寺的住持是万蕙法师，当家和尚是圆慈，寺中常住是40多人，慈航法师担任讲师，领导常住僧侣，朝暮功课不缺。慈航法师在仰光，联络佛教居士丘宏传、陈宏宣、曾大聪、陈善乐等，于1933年佛诞日，成立了“中国佛学会”，由他任导师，在会中定期演讲，并且要会中居士们也轮流演讲，众人的演讲词，后来由佛学会辑为《仰光中国佛学会通俗演讲录》。

1935年，他由仰光归国，道经香港、粤东抵达上海，然后再溯江而上，历无锡、常州、镇江、南京、桐城、九江、庐山、武汉。所到之处，随缘弘化，各有演讲，这些演讲稿，由武昌“世界佛学苑”的释曙清辑为一本小册子。

慈航法师回国年余，仍回缅甸仰光，以后他活动区域扩大，到新加坡和马来西亚弘法。1939年，太虚大师在战时首都重庆，组织“中国佛教国际访问团”，访问东南亚各佛教国家，沟通海外文化，联络佛教徒感情，并宣扬抗战国策，揭发敌伪阴谋。11月中，太虚大师偕团员苇舫、译人陈定谟、侍者王永良等，由昆明出发。预定列为团员的慈舫和惟幻，则由香港赶到缅甸，和大师一行在仰光会合。以后四、五个月，访问团一行由仰光而印度，而锡兰，而新加坡，而吉隆坡等地，先后成立了中缅、中锡、中印等文化协会，完成了一次成功的国民外交。1940年5月，太虚大师一行由星洲乘轮返国，慈航法师仍留在星马等地弘化。

慈航法师在星马地区10年有余，往返各地讲经说法，席不暇暖。他先后创办了星州菩提学院、槟城菩提学院，以及星洲、雪洲、怡保、槟城、马六甲、吉隆坡各地的佛学会，并发行《中国佛学》月刊，南洋华侨普沾法雨，皈依三宝者日众，而他也受到当地信众普遍的尊敬。

1948年，慈航法师在马来亚槟城极乐寺，接了圆瑛法师的法。1948年秋天，慈航法师应中坜圆光寺妙果和尚之请，来台办“台湾佛学院”，佛学院只办了半年就结束。后来由汐止静修禅院住持达心、玄光两位尼师发心，在汐止秀峰山兴建“弥勒内院”，迎他去驻锡，并继续授课。一些大陆来台的学僧纷纷投止，静修禅院的尼师和一些社会居士也从而受学。在那段时间，“弥勒内院”成了台湾的佛学教学中心。

弥勒内院授课采单级制，每日授课6小时，除《楞严》、《楞伽》、《法华》、《华严》，以及《成唯识论》、《大乘起信论》等大乘经论外，兼及《谛闲大师遗集》、《圆瑛法汇》与《太虚大师全书》等作为参考。课程由慈航法师一人讲授，后来增加国文一科，由胡国伟居士讲授。1953年初，道安法师也分担了一部分课程。在弥勒内院亲近慈老的大陆来台学僧，到后来都是法门龙象、佛教精英。这些学僧，包括了中、自立（乘如）、唯慈（日照）、幻生、净海、妙峰、能果、果宗、印海、宏慈、戒视、严持、浩霖、清霖、以德、宽裕、常证、清月、真华等，后来分别在岛内外各地弘化一方，为佛教贡献力量。

在那几年，慈航法师创设了星期念佛会，每星期日在静修禅院举行。他又经常作通俗佛学演讲，他说理圆融，喻解详明，深入浅出，引人入胜，对于接引初机人士，发生了很大的作用。

1953年的旧历除夕，在各方行化的内院学僧，回到内院过年，慈航法师对弟子们说：“我的旧舍（指色身）已坏，要换新舍，我明年2、3月不走，最迟3、4月就要走。”他并嘱咐各人，不要把消息传出去。果然到翌年旧历四月初四——即1954年5月6日，以脑溢血示寂。

他寂后坐缸，面目如生，俨然老僧入定；封缸后，安葬在后山基塔。5年之后，在1959年5月19日，弟子们开缸检视，发现他肉身不坏，袈裟完好，面呈紫色，眼睛发亮，耳鼻口俱全，唇尚软，并长出稀疏的头发和髭须，眉毛亦长了许多。后来经装金后，迎归于弥勒内院安座供养——成为台湾第一尊肉身菩萨。

慈航法师示寂后，弟子们组成“慈航法师永久纪念会”，整理遗稿，印行《慈航法师全集》，计上、中、下3册，内容共5篇，第一篇是《相宗十讲》，第二篇是《大乘起信论讲话》，第三篇是《十二门论讲话》，第四篇是《成唯识论讲话》，第五篇是《菩提心影》，全书130余万言。

检阅慈航法师的一生，堪称为僧者之表率。他念佛不忘救国，在国难当头之际宣传抗日国策；他奋力护佑青年僧人，成就了今天台湾佛教的兴盛局面；他最早实践台湾“人间佛教”思想，光大了佛教思想在台湾世俗社会的影响；他成为台湾历史上第一尊肉身菩萨，阐释了“舍利者，是戒定慧之所熏修，甚难可得，最上福田”的佛教理想。