1819年8月7日，西蒙·玻利瓦尔和弗朗西斯科·德·保拉·桑坦德尔领导的爱国军在波哥大附近的博亚卡河一带发动博亚卡战役，击溃西班牙保皇派军队，10日，爱国军进驻波哥大。博亚卡战役的胜利使西班牙在新格拉纳达的殖民统治土崩瓦解，博亚卡战役胜利的消息传到波帕扬后，深受鼓舞的莫斯克拉跟随其他爱国者更加积极的参加独立斗争，并开始策划在波帕扬城发动武装起义。

1820年7月14日，波帕扬城获得解放，莫斯克拉重回大哥伦比亚军队（大哥伦比亚共和国成立后，爱国军改编为大哥伦比亚军队），晋升上尉军衔，并被委任为预备营“考卡营”第一连连长，不久后升任波帕扬城驻军司令。1821年，莫斯克拉调任大哥伦比亚军队总参谋部第一副官。

1822年1月26日，“解放者”西蒙·玻利瓦尔前往波帕扬城，鉴于莫斯克拉家族在独立战争期间曾给予爱国军支援，莫斯克拉成为西蒙·玻利瓦尔本人的副官和秘书，并晋升中校军衔，负责大哥伦比亚军队总参谋部和第二近卫旅的指挥工作；4月7日，他跟随玻利瓦尔参加邦博纳战役，获得惨胜。1823年，莫斯克拉被任命为考卡省驻军总参谋长，负责派遣军队收复西班牙保皇派军官阿古斯丁·阿瓜隆戈所占据的领土。

1824年2月1日，玻利瓦尔任命莫斯克拉为布埃纳文图拉省监政官，莫斯克拉受命前往巴瓦科阿斯任职，作为监政官，他负责管理辖区内的武器、资金收集和采矿工作，还负责巴瓦科阿斯城的保卫工作，防范以阿古斯丁·阿瓜隆戈为首的保皇派军官残余势力对辖区的骚扰；为保证所属辖区的安全，莫斯克拉率军前往临近的帕斯托省对阿瓜隆戈的军队进行了长时间的追击。当年5月，阿瓜隆戈率大量军队对巴瓦科阿斯城发动攻击，莫斯克拉在所属兵力低于敌方的情况下率军英勇抵抗，粉碎了敌人的多次进攻；6月1日，双方展开决战，莫斯克拉在战斗中击败了阿瓜隆戈，但他自己的下颚被敌方的子弹击中，身受重伤，在受伤的情况下，莫斯克拉在简单缝合伤口后坚持指挥战斗，并在6月2日亲自率军俘获残余的近200名保皇派军官和士兵，24日，阿瓜隆戈战败被俘；7月13日，阿瓜隆戈在波帕扬被正式处决。此战结束后，莫斯克拉获得上校军衔，但因身体伤病原因，他将自己的监政官职务交给弗朗西斯科·加西亚上校代理行使。1825年1月，莫斯克拉复任布埃纳文图拉省监政官，复职后他负责消灭圣地亚哥河等地残余的西班牙保皇派游击队，取得显著成果，并将省首府迁至伊斯昆德。

结束布埃纳文图拉省监政官任期后，莫斯克拉前往波哥大述职，1826年3月7日，莫斯克拉被任命为大哥伦比亚南部地区瓜亚基尔省（今位于厄瓜多尔境内）的监政官；由于在巴瓦科阿斯战役中负伤的下颚未得到妥善医治，他决定在正式上任前前往美国费城求医；莫斯克拉沿着太平洋航线乘船前往美国，在巴拿马中途停留期间，他遇到一位来自英国的外科医生，外科医生为莫斯克拉负伤的下颚进行了手术，将伤口成功缝合；但莫斯克拉的牙齿并没有得到有效的医治，脸上留下了疤痕，且说话时常感到吃力，有时还口齿不清，嘴里发出类似硬币碰撞的声音，这使莫斯克拉得到了“马斯卡乔卡斯”（西班牙语：Masca Chochas，Masca是西班牙语咀嚼的意思，Chochas是19世纪哥伦比亚硬币的民间通俗叫法）的绰号。莫斯克拉在巴拿马就医结束后，随即启程返回瓜亚基尔；同年7月，莫斯克拉抵达瓜亚基尔，正式就任瓜亚基尔省监政官一职，他任职期间，瓜亚基尔省采取了亲近大哥伦比亚共和国中央政府的政治态度。

1827年4月16日，莫斯克拉卸任瓜亚基尔省监政官职务，之后他启程前往波帕扬，抵达波帕扬后出任大哥伦比亚共和国军队总参谋部首席副官。1827年—1828年，莫斯克拉担任考卡省监政官兼驻军司令，在考卡省任职期间，他一方面需要负责保障军需供应，另一方面负责监视何塞·马里亚·奥万多和何塞·伊拉里奥·洛佩斯等将领的动向，同时确保大哥伦比亚领土免受邻国秘鲁的入侵；莫斯克拉在监政官任内成功处理了1827年地震灾害，并在1828年4月—6月的奥卡尼亚会议和九月密谋（针对西蒙·玻利瓦尔的刺杀阴谋）事件发生后坚定的支持西蒙·玻利瓦尔，反对联邦制，对考卡省内的联邦主义者进行武力镇压。1828年11月12日，莫斯克拉在波帕扬率军发动“拉德拉战役”，试图武力镇压奥万多和洛佩斯等人的反抗，但并没有取得成功。

1829年，莫斯克拉出任大哥伦比亚共和国军队总参谋长，同时晋升准将军衔，以应对邻国秘鲁的入侵（1828年—1829年，大哥伦比亚同秘鲁爆发战争）。

1829年11月25日—1830年7月18日，莫斯克拉出任大哥伦比亚共和国驻秘鲁共和国全权公使；担任公使期间，他参与了大哥伦比亚政府与秘鲁政府的和谈工作，尝试解决边境纠纷和债务问题。

1830年5月13日，厄瓜多尔宣布脱离大哥伦比亚共和国，厄瓜多尔独立后，总统胡安·何塞·弗洛雷斯任命莫斯克拉为瓜亚斯省省督，但遭到莫斯克拉的谢绝。

1830年—1833年，莫斯克拉以大哥伦比亚共和国外交官的身份（大哥伦比亚共和国在1831年从法理上宣告解体后，改代表新格拉纳达共和国）游历美国、英国、法国、瑞士、意大利半岛和葡萄牙等地，受到当地居民和官员的广泛欢迎。1833年，他启程回国，返回新格拉纳达后，莫斯克拉开始步入新格拉纳达共和国政坛，同时正式继承了家族在波帕扬城郊外东南方向的椰子庄园（西班牙语：Hacienda Coconuco）。

1834年—1837年，莫斯克拉作为保守派（支持玻利瓦尔主义和中央集权制）人士担任考卡省国会众议员，担任众议员期间，他主张保护土著居民印第安人，保障考卡地区农民的利益，增加军人养老金等，是时任总统弗朗西斯科·德·保拉·桑坦德尔的主要反对者。

1837年3月，新格拉纳达举行总统选举，莫斯克拉在此次总统选举中支持保守派人士何塞·伊格纳西奥·德·马尔克斯；马尔克斯出任总统后，莫斯克拉被任命为陆军第一师师长，奉命驻守首都波哥大。

1838年7月7日—1840年4月3日，莫斯克拉担任战争部长。1839年7月16日—7月30日，兼任外交部长职务。1840年复任陆军第一师师长职务。1841年—1842年，莫斯克拉担任新格拉纳达陆军总司令，获少将军衔；在军中任职期间，莫斯克拉领导陆军第一师参加内战“至高无上者战争”（西班牙语：Guerra de los Supremos，1839年—1842年的内战），他在保守派军人佩德罗·阿尔坎塔拉·埃兰和厄瓜多尔总统胡安·何塞·弗洛雷斯的军事支持下，先是于1841年4月1日在新格拉纳达共和国北部潘普洛纳省的特斯夸战役中带领政府军取得内战的决定性胜利，之后又在西南部的考卡山谷地区成功镇压了何塞·马里亚·奥万多将军等人领导的暴动。

1841年3月的总统选举期间，莫斯克拉支持保守派人士佩德罗·阿尔坎塔拉·埃兰竞选总统；在埃兰出任总统后，莫斯克拉拥护埃兰总统及其实行的保守主义政策，并主张制定保守主义宪法以替代自由主义倾向的1832年版《新格拉纳达宪法》，莫斯克拉的主张后来在1843年版的《新格拉纳达共和国政治宪法》（保守主义宪法）中得以实现。1842年—1845年，莫斯克拉先后担任新格拉纳达共和国驻秘鲁、智利全权公使；这一时期，他在秘鲁首都利马和智利首都圣地亚哥长期居住，成功代表新格拉纳达政府同智利政府签署贸易协定，并以新格拉纳达政府代表的身份同秘鲁政府代表就债务问题举行谈判；还曾前往临近的玻利维亚进行游历考察。

1845年初，莫斯克拉返回新格拉纳达。3月，他作为保守派候选人参加总统选举，在总统选举中，莫斯克拉获得762张选票，得票率为45.79%，击败自由派人士欧塞比奥·博雷罗（获得475张选票，得票率为28.54%）和另一名保守派人士鲁菲诺·库尔沃（得票率为15.02%），成功当选为新格拉纳达共和国总统；4月1日，莫斯克拉在首都波哥大正式宣誓就职，入主圣卡洛斯宫（总统府），开始为期4年的总统任期；莫斯克拉执政后，努力发展国家经济，加强基础设施建设，执政后期，受1848年欧洲革命影响，他开始逐渐倾向实行自由主义政策，使得保守派内部势力发生分裂。

1849年4月1日，莫斯克拉卸任新格拉纳达共和国总统职务，将总统职位交给自由党人何塞·伊拉里奥·洛佩斯。莫斯克拉离职后，前往美国纽约，于1850年—1854年在美国经商，他在美国成立了名为“莫斯克拉-埃兰有限公司”（Mosquera Herrán Ltda）的商业公司，从事国际贸易，该公司在美国纽约、华盛顿、英国伦敦和新格拉纳达的巴拿马城等地设有办事处，是莫斯克拉的家族企业；但这家公司经营水平总体较差，于莫斯克拉离开美国后不久便宣告破产。在美国经商期间，莫斯克拉成为拉丁美洲—欧洲科学协会、巴黎农艺学会、巴西地理和历史研究所和丹麦北部皇家古物学会等组织的成员或荣誉成员，他对地理学、天文学、植物学、博物馆学和矿物学等进行了细致的研究；莫斯克拉和拉丁美洲—欧洲科学协会的学者对新格拉纳达（哥伦比亚）的地理状况进行了研究，写出了包括《玻利瓦尔的生活》和《新格拉纳达的政治和地理》在内的多篇著作和论文。

1854年4月17日，何塞·马里亚·梅洛发动军事政变，推翻自由党人何塞·马里亚·奥万多将军，此次政变引发自由党人的强烈不满，新格拉纳达全国多地爆发起义。莫斯克拉在听闻这一消息后，于4月底从美国启程返回新格拉纳达。5月2日，莫斯克拉抵达大西洋港口城市萨瓦尼利亚省首府巴兰基亚；回国后的莫斯克拉决定与保守党（哥伦比亚保守党）决裂，并正式加入了自由党（哥伦比亚自由党）；莫斯克拉宣布效忠于托马斯·埃雷拉领导的乔孔塔临时政府，他在巴兰基亚组织了“护宪军”，同支持梅洛政府的卡塔赫纳省省长胡安·何塞·涅托·吉尔对峙。

1854年6月6日，莫斯克拉被乔孔塔政府任命为陆军总司令，负责统领北方的护宪军部队，这支来自北方的护宪军部队被称为北方军，6月12日，莫斯克拉率领的北方军击败了涅托领导的政府军；之后莫斯克拉领导北方军同南方何塞·伊拉里奥·洛佩斯将军领导的部队实现合作；在莫斯克拉、洛佩斯、佩德罗·阿尔坎塔拉·埃兰和胡利奥·阿尔博莱达·庞博等将领的通力协作下，自11月起，总数达11000多人的护宪军从北、南、西三个方向朝首都波哥大进逼，最后对波哥大城完成钳形包围，12月3日，莫斯克拉和埃兰等人指挥护宪军向波哥大发起进攻，同波哥大城的7000守军发生激战，12月4日，护宪军取得最终胜利，攻占波哥大，梅洛政府垮台。内战胜利后，莫斯克拉要求处决前总统梅洛，但遭到埃兰将军的反对，最终，梅洛被处以流放之刑。

1854年12月13日—1855年4月1日，莫斯克拉再次出任新格拉纳达共和国陆军总司令；1854年—1855年，担任锡帕基拉省国会众议员；1855年—1857年，担任波帕扬省和萨瓦尼利亚省国会参议员；1856年—1857年，莫斯克拉被时任新格拉纳达总统曼努埃尔·马里亚·马利亚里诺指定为总统候任人（西班牙语：Designatura Presidencial）。

1857年3月，新格拉纳达举行总统选举，莫斯克拉被自由党温和派及部分保守党人士推举为总统候选人，他宣布自己代表名为“民族党”的政治联盟参选，获得33038票（得票率为15.68%），负于保守党人马里亚诺·奥斯皮纳·罗德里格斯（获得97407张选票，得票率为46.24%）和自由党人曼努埃尔·穆里略·托罗（获得80170张选票，得票率为38.06%），保守党人马里亚诺·奥斯皮纳·罗德里格斯当选总统。

1857年6月15日，布埃纳文图拉省、波帕扬省、考卡省、帕斯托省、乔科省和卡克塔地区等地宣布组成考卡联邦州（西班牙语：Estado Federal del Cauca）并得到了新格拉纳达国会的批准，9月，莫斯克拉当选为考卡州的首任州长。

1858年1月15日，莫斯克拉在州首府波帕扬正式就任考卡州州长一职；2月—5月，莫斯克拉作为制宪会议主席参与了新宪法的制定工作。5月22日，新宪法《格拉纳达邦联政治宪法》正式颁布，新格拉纳达共和国（西班牙语：República de Nueva Granada）更名为“格拉纳达邦联”（西班牙语：Confederación Granadina），莫斯克拉当选为玻利瓦尔州国会参议员兼参议院议长。

在担任考卡州州长期间，莫斯克拉积极吸纳自由党人到自己的麾下，同自己的宿敌何塞·马里亚·奥万多将军实现和解；在考卡州居民和自由党人的支持下，莫斯克拉组建了考卡州的地方军队（自由党军）并成为其首领（考迪罗）。虽然《1858年宪法》赋予国内各州极大的自治权，但格拉纳达邦联总统马里亚诺·奥斯皮纳·罗德里格斯更倾向于中央集权制；1859年，奥斯皮纳总统先后颁布了《选举法》、《财政部门组织法》和《军队组织法》等法令，这些法令被认为是加强中央政府集权，削弱地方权力的措施，引起莫斯克拉等自由党人的不满，莫斯克拉随即在国会指控奥斯皮纳总统违宪，他积极同其他反对奥斯皮纳总统的自由党人取得联系并建立同盟，逐渐成为反对派自由党的领袖人物，这使得莫斯克拉在同年被免去了在国会参议院的一切职务。

1860年初，考卡州的卡塔戈爆发了由保守党军人佩德罗·何塞·卡里略领导的暴动，2月，莫斯克拉联合何塞·马里亚·奥万多率领民兵团在布加附近的德伦巴多成功击败卡里略，镇压了暴动；但远在波哥大的保守党中央政府对考卡州州内的情况几乎一无所知，仍旧任命卡里略在保守党政府中担任要职，引起莫斯克拉的不满。与此同时，关于马里亚诺·奥斯皮纳·罗德里格斯试图操纵总统选举的说法开始流传，加剧了中央政府和各地方政府的矛盾。

1860年5月8日，考卡州州长莫斯克拉发动反对保守党政府的起义，他宣布同波哥大的中央政府断绝关系，考卡州脱离格拉纳达邦联，成立新格拉纳达合众国，将首都设在卡塔戈，莫斯克拉自任“战争最高指挥”和“新格拉纳达合众国临时总统”，得到何塞·马里亚·奥万多等自由党人军事将领的支持，玻利瓦尔州、马格达莱纳州、桑坦德尔州和博亚卡州等地的自由党人也先后宣布支持考卡州的军事行动，主权战争（西班牙语：Guerra de las Soberanías，又称作1860年—1862年内战）爆发。

1860年8月1日，莫斯克拉亲率自由党军队参加拉斯瓜卡斯战役；16日，莫斯克拉下属的自由党军队在礼拜堂之战中不敌保守党人佩德罗·阿尔坎塔拉·埃兰将军率领的政府军；19日，在布加附近的康塞普西翁，莫斯克拉的自由党军队在埃利塞奥·帕扬将军的领导下，击败了来自安蒂奥基亚州的保守党政府军，同时消灭了考卡州境内由自称“金迪奥州州长”的保守党军人佩德罗·何塞·卡里略领导的金迪奥叛军；27日，莫斯克拉亲领的自由党军队取得拉斯瓜卡斯战役的胜利。为了攻克保守党政府的重要据点安蒂奥基亚州，莫斯克拉率领3000人的自由党军队从圣罗莎德卡瓦尔出发，进军马尼萨莱斯，忠诚于保守党政府的安蒂奥基亚州州长拉斐尔·马里亚·希拉尔多随即组织邦联军第三师并任命布劳利奥·埃诺·杜克和华金·波萨达·古铁雷斯为军事将领以抵御莫斯克拉。28日，莫斯克拉的自由党军队抵达玛丽亚镇，莫斯克拉试图劝降保守党军队将领，但并未取得成功，当日晚，莫斯克拉率军试图突袭马尼萨莱斯，在历经8小时的战斗后，莫斯克拉一方的突袭以失败告终，被迫撤回玛丽亚镇。29日，莫斯克拉同安蒂奥基亚州的政府军签署了《马尼萨莱斯协定》，协议规定莫斯克拉撤回考卡州，解除武装并上缴武器装备，邦联政府给予起义者大赦，并解除分离考卡州的法令。但协议双方都没有遵守规定，奥斯皮纳总统并没有批准安蒂奥基亚州代表邦联政府签署的单方面协定，而莫斯克拉则利用协议所规定的停战期的间隙，返回波帕扬并积极扩军备战，为攻占首都波哥大做准备。9月10日，考卡州和玻利瓦尔州的代表在卡塔赫纳签署了《联盟和邦联条约》，马格达莱纳州、桑坦德尔州和博亚卡州随后也正式派代表在条约上签字，该条约正式承认了考卡州州长莫斯克拉作为“新格拉纳达合众国临时总统”和“战争最高指挥”的身份，缔约各州组成自由党联军，效忠于莫斯克拉，共同向格拉纳达邦联的保守党中央政府宣战；11月18日—19日，莫斯克拉的自由党军队同华金·帕里斯·里考尔特将军率领的保守党政府军在昆迪纳马卡州的拉普拉塔（今位于乌伊拉省）交战，塞戈维亚战役爆发，自由党军队大获全胜；年底，自由党人何塞·伊拉里奥·洛佩斯将军在内瓦省宣布支持并效忠于莫斯克拉，率部前往莫斯克拉将军的驻扎地，加入自由党联军。与此同时，在圣玛尔塔、帕斯托和图马科等地，自由党军队经过艰苦作战也取得了胜利。

1861年初，莫斯克拉领导的自由党联军开始反守为攻，向首都波哥大进军；2月13日—14日，莫斯克拉下属的何塞·桑托斯·古铁雷斯·普列托将军领导自由党军在霍尔梅扎克（今索查）战役中击败保守党军；3月2日，莫斯克拉率自由党联军同昆迪纳马卡州州长、邦联军第六师师长佩德罗·古铁雷斯·李率领的保守党军在昆迪纳马卡州韦尔特兰港（马格达莱纳河河港，距离首都波哥大212公里）附近的巴里戈纳展开交战，自由党军队再次取得胜利，次日，交战双方在查瓜尼峡谷签署停战协议，但此协议遭到保守党人总统马里亚诺·奥斯皮纳·罗德里格斯的拒绝，莫斯克拉随即再度集结部队向保守党政府发动进攻；4月12日，莫斯克拉率自由党军攻占了昆迪纳马卡州西部的马里基塔省和内瓦省，当日，莫斯克拉宣布马里基塔和内瓦两省脱离昆迪纳马卡州，同时将两省组成托利马州并自任州长（5月4日将州长职位交给安赫尔·马里亚·塞斯佩德斯·布恩迪亚）。25日，莫斯克拉和何塞·伊拉里奥·洛佩斯率领的近3000人自由党联军经拉维加等地抵达距离首都波哥大45公里的苏巴乔克，同华金·帕里斯·里考尔特领导的5000人保守党政府军相遇，双方爆发了长达12小时的激战（从上午7点至下午7点），战斗以莫斯克拉一方的惨胜告终。战斗结束后，莫斯克拉向何塞·马里亚·奥万多将军请求援军，奥万多亲率500人援军赶往，29日，奥万多在埃尔罗萨尔遭保守党军伏击，不幸身亡，奥万多的死激发了自由党军的战斗意志，自由党军开始对保守党政府军发起新一轮攻势；之后，莫斯克拉在苏巴乔克会见了在霍尔梅扎克战役中获胜的桑托斯·古铁雷斯将军，双方共同向首都波哥大进军；在会晤桑托斯·古铁雷斯将军后不久，莫斯克拉亲率部队，先后在圣巴巴拉庄园和阿佐比斯波河附近扎营，包围了首都波哥大的西南方向；其他自由党部队则在各个方向对波哥大实现包围，形成合围趋势；期间，保守党军队发起多次战斗，试图打破包围圈，但均以失败告终；6月8日，前保守党人总统马里亚诺·奥斯皮纳·罗德里格斯及其兄弟帕斯托尔·奥斯皮纳·罗德里格斯在逃往安蒂奥基亚州途中被莫斯克拉的自由党联军俘获。

1861年7月18日，莫斯克拉率领自由党军队攻占了首都波哥大，俘虏了保守党人格拉纳达邦联临时总统巴托洛梅·卡尔沃，随后莫斯克拉宣布出任新格拉纳达合众国临时总统，再次入主圣卡洛斯宫，合众国开始成为全国性的政权，自由党正式掌权；19日，自由党政府处决了普拉西多·莫拉莱斯·卡伊塞多（前昆迪纳马卡州州长，1809年出生）、安德烈斯·阿吉拉尔（1811年出生，律师）和安布罗西奥·埃尔南德斯（前格拉纳达邦联政府军上校）等多位保守党人士及其支持者；26日，莫斯克拉宣布格拉纳达邦联为非法政权。莫斯克拉担任临时总统后，他指挥自由党军队，对国内的保守党政府残余势力进行围剿歼灭。

1861年9月20日，莫斯克拉在波哥大签署并批准了由玻利瓦尔州、博亚卡州、考卡州、昆迪纳马卡州、马格达莱纳州、桑坦德尔州和托利马州七个州缔结的具有临时宪法性质的《独立主权州联合公约》（西班牙语：Pacto de Unión de los Estados Soberanos e Independientes，又称作《1861年联合公约》），将新格拉纳达合众国改名为哥伦比亚合众国，国内各州的正式名称由联邦州更名为主权州，同时宣布安蒂奥基亚州和巴拿马州是哥伦比亚合众国不可分割的一部分，原有的《联盟和邦联条约》被新的《独立主权州联合公约》正式取代，莫斯克拉改任哥伦比亚合众国临时总统；条约缔结当晚，莫斯克拉在圣卡洛斯宫看到自己改哥伦比亚为国名的想法得以实现，兴奋的对着众多家人说道：“我把格拉纳达（邦联）埋葬进了坟墓”。

1862年2月—3月，莫斯克拉率军在首都波哥大城外的博亚卡桥和圣阿古斯丁修道院抵抗保守党人莱昂纳多·卡纳尔·冈萨雷斯将军的进攻，成功保卫了首都波哥大。9月18日，莫斯克拉派何塞·桑托斯·古铁雷斯·普列托将军率领政府军前往卡塔戈，攻打拉斐尔·马里亚·希拉尔多领导的保守党残军，取得圣巴巴拉卡塔戈战役的胜利，击杀了希拉尔多，安蒂奥基亚州的保守党政府向自由党政府投降。10月15日，莫斯克拉前往安蒂奥基亚州首府麦德林，同时宣布就任安蒂奥基亚州州长职务。11月12日，随着格拉纳达邦联末任“总统”胡利奥·阿尔博莱达·庞博遇刺，保守党军的在哥伦比亚全国各地的残余势力陆续向自由党新政府投降，持续两年多的主权战争宣告结束。12月15日，莫斯克拉宣布不再担任安蒂奥基亚州长职务，并将州长职务交给自由党人安东尼奥·门多萨·卡马乔。

1863年2月4日，国民大会在安蒂奥基亚州里奥内格罗城的会议厅（西班牙语：Casa de la Convención）召开，来自哥伦比亚全国九个州和首都波哥大联邦区共计62名代表出席了会议；当日，身为考卡州代表的莫斯克拉在11名全副武装的军人的陪同下抵达里奥内格罗城，随后他在会议厅以临时总统的身份宣布大会开幕，并表示国民大会应当制定联邦制的宪法，随后国民大会选举大会主席，考卡州代表莫斯克拉获得22票，不敌获得27票的昆迪纳马卡州代表弗朗西斯科·哈维尔·萨尔杜亚；大会主席选举结束后，正式召开制宪会议，与会代表们开始了新宪法的制定工作。2月9日，莫斯克拉宣布辞去临时总统职务，同时颁布法令，任命以弗洛伊兰·拉尔加查·乌尔塔多为主席的五人临时行政委员会自次日（2月10日）起成立并接管国家政权，莫斯克拉是委员会委员之一，出任战争部长职务，晋升上将军衔。在制宪会议期间，虽然莫斯克拉本人受到与会代表们广泛的支持和拥戴，但他的部分主张还是遭到一些与会代表的质疑和反对；4月21日，宪法草案在制宪会议上公布，5月8日，制宪会议经投票表决，正式批准并公布了具有自由主义性质和联邦制的《哥伦比亚合众国政治宪法》（又称《里奥内格罗宪法》或《1863年宪法》），以法律形式确立了哥伦比亚合众国的合法性。5月12日，与会的其余61名代表选举莫斯克拉为哥伦比亚合众国总统，任期至次年（1864年）的4月1日；5月13日，莫斯克拉卸任战争部长职务；5月14日，莫斯克拉在里奥内格罗城的会议厅正式宣誓就任合众国总统职务，成为哥伦比亚合众国的首任总统。8月15日，莫斯克拉宣布不再担任考卡州州长职务，将考卡州州长职务交给在主权战争中立有战功的埃利塞奥·帕扬将军。

在1860年—1862年的主权战争期间，战火曾波及哥伦比亚邻国厄瓜多尔境内，厄瓜多尔一度与哥伦比亚境内各方势力爆发了边境冲突。莫斯克拉掌握政权后，公开宣布希望重建大哥伦比亚共和国，同时支持厄瓜多尔境内的自由主义者推翻保守党统治；这引起了厄瓜多尔保守党政府的恐慌，时任厄瓜多尔总统加夫列尔·加西亚·莫雷诺（虔诚的天主教教徒）十分敌视莫斯克拉的反教权主义政策，命令胡安·何塞·弗洛雷斯将军率领厄瓜多尔军队入侵哥伦比亚，企图颠覆成立不久的自由党政府并吞并哥伦比亚的帕斯托省和卡克塔地区；莫斯克拉总统在得知厄瓜多尔入侵后亲自率领军队抵御入侵。

1863年8月15日，莫斯克拉率哥伦比亚军队抵达考卡州的哥厄边境地带，之后多次率军与入侵的小股厄瓜多尔军队展开战斗；11月21日，胡安·何塞·弗洛雷斯率超过8000人的大军越过哥伦比亚—厄瓜多尔两国边境线，入侵哥伦比亚境内，图马科城、图克雷斯省和帕斯托省的部分城镇先后沦陷；26日，莫斯克拉率军抵达图克雷斯城郊外，随后与厄瓜多尔军队展开游击周旋；12月3日，莫斯克拉在对夸斯普德城附近的地形进行观察后，他指着地图大喊：“在这里，我必须消灭弗洛雷斯的骑兵！”12月4日，莫斯克拉率军抵达昆巴尔镇，与入侵的厄瓜多尔军队形成正面对峙。12月6日，莫斯克拉亲自领导4000人的哥伦比亚军队同弗洛雷斯率领的8000人的厄瓜多尔军队在夸斯普德城外展开决战，夸斯普德战役爆发；莫斯克拉在战斗中假装从昆巴尔镇败退，诱使厄军不断深入，最终将厄瓜多尔军队围困于夸斯普德城附近的沼泽地带，随后莫斯克拉命令哥伦比亚军队向厄瓜多尔军队发起进攻；此次战斗中厄瓜多尔伤亡达2500人，被俘超过2000人，而哥伦比亚仅阵亡52人。战斗结束后，莫斯克拉率军入驻夸斯普德城，并在那里建立了军队总部，随后他指挥哥伦比亚军队推进到厄瓜多尔境内的因巴布拉省，在未遭遇任何抵抗的情况下攻占了该省首府伊瓦拉城；战败的厄瓜多尔被迫开始向哥伦比亚提出求和，开始从哥伦比亚境内撤军，入侵军头目弗洛雷斯亲自向莫斯克拉写出了求和信；12月21日，哥伦比亚和厄瓜多尔两国代表在伊瓦拉城签署了停战协定，12月30日，哥伦比亚和厄瓜多尔两国代表在伊瓦拉城附近的皮赞奎庄园签署了《和平、友好与同盟条约》，随后两国互相从对方领土全面撤军。

莫斯克拉领导哥伦比亚军队成功打败入侵的厄瓜多尔军队，捍卫了哥伦比亚的领土主权完整。哥伦比亚合众国国会在1863年12月通过决议，授予莫斯克拉“拯救国家完整、哥伦比亚合众国大将军”的称号；莫斯克拉在哥伦比亚国内的个人威望达到巅峰，随后，莫斯克拉获得陆军元帅军衔，他也成为自哥伦比亚独立建国以来首个获得陆军元帅的军人。

1864年1月29日，莫斯克拉离开首都波哥大，率领军队前往哥伦比亚-厄瓜多尔边境地带巡视，以防止厄瓜多尔军队再度入侵，2月29日，莫斯克拉返回波哥大；4月1日，莫斯克拉总统任满离任，将总统职位交给新当选的激进派自由党人曼努埃尔·穆里略·托罗。莫斯克拉在离任前夕参加总统选举试图获得连任，但以失败告终；他在选举中仅获得1张选举人票（来自考卡州的支持），不敌曼努埃尔·穆里略·托罗和何塞·桑托斯·古铁雷斯·普列托两位激进派自由党人（穆里略·托罗获得6张选举人票的支持，来自玻利瓦尔州、马格达莱纳州、巴拿马州、昆迪纳马卡州、桑坦德尔州和安蒂奥基亚州；桑托斯·古铁雷斯获得2张选举人票的支持，来自博亚卡州和托利马州）。

莫斯克拉离任后，以哥伦比亚政府特命全权公使的身份前往法兰西帝国首都巴黎，他在那里看望了前来养病的兄长华金·马里亚诺·莫斯克拉；后前往英国、荷兰王国、普鲁士王国、俄罗斯帝国和意大利王国等地游历。在英国伦敦逗留期间，莫斯克拉撰写著作《哥伦比亚合众国的普通地理学、政治、自然的特殊简编》。1864年—1865年，莫斯克拉被曼努埃尔·穆里略·托罗总统指定为总统候任人。

1866年2月17日，哥伦比亚举行总统选举，莫斯克拉被自由党温和派推举为总统候选人；在选举中，他获得了7张选举人票，得到了来自的玻利瓦尔州、马格达莱纳州、巴拿马州、昆迪纳马卡州、桑坦德尔州、考卡州和博亚卡州的支持，成功击败自由党激进派候选人何塞·伊拉里奥·洛佩斯（获得1张选举人票，来自托利马州）和保守党人佩德罗·胡斯托·贝里奥（获得1张选举人票，来自安蒂奥基亚州），当选为哥伦比亚合众国总统。莫斯克拉在得知自己当选总统后，立刻从欧洲启程回国；4月1日，由于莫斯克拉尚未抵达哥伦比亚首都波哥大，总统候任人何塞·马里亚·罗哈斯·加里多宣誓就职临时总统，代替莫斯克拉行使权力；5月20日，莫斯克拉抵达波哥大，正式宣誓就任总统职务。

莫斯克拉第四次出任总统期间，政府与国内教会的关系日趋紧张，莫斯克拉总统本人对国会议员的强硬态度导致国会内部针对总统的反对派势力日益增强，总统与国会僵持不下，这使得哥伦比亚国内动荡不安，国家几乎处于内战当中。为了维持统治，莫斯克拉日趋独裁和集权，1867年4月29日，莫斯克拉强行解散国会，宣布自己为独裁者，实施独裁统治，声称全国进入战争状态，开始实行新闻审查制度并派军警逮捕反对派国会议员；但这些措施并没有取得效果，反对莫斯克拉独裁统治的声音日益增强。

1867年5月12日，马格达莱纳州州长华金·里亚斯科斯在州首府圣玛尔塔宣布自己为“临时总统”，不再承认莫斯克拉总统的领导地位，马格达莱纳州成为哥伦比亚国内首个脱离莫斯克拉政府控制的地区，消息传开后，国内的其他地区也蠢蠢欲动，哥伦比亚再次面临爆发全面内战甚至是分裂的风险。5月23日凌晨3时，哥伦比亚陆军总司令、第二总统候任人桑托斯·阿科斯塔·卡斯蒂略将军在国会和哥伦比亚国内其他地区的支持下发动军事政变；他派丹尼尔·德尔加多·帕里斯上校率领士兵冲进位于波哥大的总统府圣卡洛斯宫将熟睡中的莫斯克拉总统逮捕；莫斯克拉在被捕时，曾向侍从询问陆军总司令桑托斯·阿科斯塔的去向，但得到了德尔加多上校的“桑托斯·阿科斯塔已经接管行政权力。”的回答，莫斯克拉随后说：“唉，我可以让他（桑托斯·阿科斯塔）成为将军，但他却从来不是一个骑士（没有骑士精神）。”

莫斯克拉在政变中被推翻后，陆军总司令桑托斯·阿科斯塔·卡斯蒂略将军掌握了最高权力并于6月28日正式宣布出任总统，以完成莫斯克拉未能完成的总统任期；而此前宣布自任“临时总统”的华金·里亚斯科斯在得到消息后，也于6月28日当天宣布取消“临时总统”身份，重新承认首都波哥大的中央政府。

莫斯克拉被捕后，于5月26日被押往波哥大天文台（今哥伦比亚国家天文台）关押，他在波哥大天文台关押了一个星期后被释放出狱；囚禁期间，莫斯克拉保持着积极乐观的心态，他在天文台的图书馆内浏览并阅读书籍，尝试研究天文学，甚至同仆人弗朗西斯科·蒙特内格罗下西洋棋。

1867年10月2日—11月1日，国会参议院以滥用职权、行政错误和未经国会授权挪用公款购买军舰支援秘鲁等23项罪名对莫斯克拉发起指控，最高检察院就此对莫斯克拉进行审判，莫斯克拉在庭审现场就参议院发起的指控为自己进行无罪辩护；最终，最高检察院判定只有挪用公款购买军舰和三项针对莫斯克拉的轻微指控成立，之后在总统桑托斯·阿科斯塔·卡斯蒂略的干预下，参议院决定撤销对莫斯克拉的一切指控，但前提是莫斯克拉需要在指控撤销后离开哥伦比亚，并且三年内不得回国；莫斯克拉选择接受了这一条件，在指控撤销后，他立即启程前往秘鲁。

1867年11月22日，莫斯克拉抵达秘鲁首都利马，开始了流亡岁月；流亡期间，莫斯克拉在利马居住；期间他努力钻研英国生物学家查尔斯·罗伯特·达尔文的进化论，阅读了《物种起源》；还同秘鲁历史学家马里亚诺·费利佩·帕斯·索尔丹成为了朋友。1868年，莫斯克拉撰写了著作《宇宙学研究：宇宙的起源》。

1870年，流亡中的莫斯克拉被自由党温和派及部分保守党人推举为哥伦比亚当年的总统候选人；但莫斯克拉在总统选举中仅获得3张选举人票，只得到了考卡州、托利马州和玻利瓦尔三个州的支持，不敌自由党激进派候选人欧斯托希奥·萨尔加尔·莫雷诺。

1871年1月3日，莫斯克拉从秘鲁首都利马返回哥伦比亚考卡州的波帕扬，之后出任考卡大学数学系主任。

1871年8月15日—1873年8月1日，莫斯克拉再次出任考卡州州长；担任州长期间，他支持自己的下属和门生胡利安·特鲁希略·拉尔加查参加1872年举行的总统选举，但特鲁希略在总统选举中以惨败而告终。

1873年—1876年，莫斯克拉前往距离波帕扬城30公里以外东南方向的城镇普拉塞，这个城镇由莫斯克拉在1840年12月1日以家族的椰子庄园为中心亲自创建，在那里，莫斯克拉作为庄园主经营着椰子庄园。

1876年，莫斯克拉当选为考卡州国会参议员；担任参议员期间，莫斯克拉支持自由党激进派的阿基莱奥·帕拉·戈麦斯政府，主张对学院战争（西班牙语：Guerra de las Escuelas，又称1876年—1877年哥伦比亚内战）中的保守党叛军进行严厉镇压。

1877年5月25日，学院战争以自由党政府的胜利而告终，之后莫斯克拉宣布从政坛退休并偕家人从卡塔赫纳港乘船启程，前往巴拿马州首府巴拿马城度假；在巴拿马城度过了数月的假期后，他们从巴拿马城乘船启程前往港口城市布埃纳文图拉。

1878年1月，莫斯克拉一行人抵达布埃纳文图拉，之后他们踏上返回家乡波帕扬的路途；3月，莫斯克拉一行人经卡利等地抵达考卡州首府波帕扬。之后莫斯克拉一家前往普拉塞镇，在那里，莫斯克拉继续以庄园主的身份经营着椰子庄园，但此时莫斯克拉的身体已经每况愈下。

1878年10月7日上午，莫斯克拉在考卡州普拉塞镇的椰子庄园因中风逝世，享年80岁。在他去世前，波帕扬城的大主教卡洛斯·贝穆德斯·平松主动前往莫斯克拉病床前做临终祷告，当贝穆德斯主教问道：“你原谅你的敌人吗？”时，莫斯克拉回答：“我没有敌人，因为我把他们都射杀了。”莫斯克拉在去世前，仍未与天主教会和解，他随后对大主教说道：“我不相信天主教，更不会去相信新教。”莫斯克拉逝世后，遗体先是被安葬在其家族墓地，1940年后移灵至波帕扬城的国家英雄万神殿。

莫斯克拉首次执政期间，主张教会和军队不参与保守派和自由派之间的政治斗争；执政初期，莫斯克拉坚持保守主义政策，未对政治体制进行大范围的改革，因此与保守派保持着较为密切且良好的关系；1848年欧洲革命爆发后，受此影响，莫斯克拉开始对国内政治进行大幅度的自由主义改革，积极消除国内政治中的殖民主义残余，这使得他改善了同国内自由派之间的关系，也使得他同保守派之间的关系出现裂痕，保守派内部也因此出现分裂。

1861年，再次夺权的莫斯克拉已成为自由党人，莫斯克拉掌权后，积极扶持自由党人，对自由党人在内阁中加以委任；同时大力压制保守党势力，大量保守党人遭受迫害而流亡，甚至有部分保守党人遭到了囚禁和处决。

1861年，已经完全接受自由主义思想的莫斯克拉将军夺取了哥伦比亚的最高统治权；1863年2月4日，在莫斯克拉的支持和主张下，来自全国各州的62名代表在里奥内格罗举行制宪会议，5月8日，带有民主色彩和自由主义色彩的联邦制宪法《哥伦比亚合众国政治宪法》（又称《里奥内格罗宪法》或《1863年宪法》）正式公布并即刻生效。

《1863年宪法》确立了哥伦比亚联邦制的统治形式，正式改国名为哥伦比亚合众国；首都为波哥大联邦区（西班牙语：Distrito Federal de Bogotá，1861年7月23日，政府将首都波哥大从昆迪纳马卡州分离，另成立波哥大联邦区）；将哥伦比亚全国划分为九个主权州（西班牙语：Estado Soberano，九个州分别是：玻利瓦尔州、安蒂奥基亚州、考卡州、昆迪纳马卡州、桑坦德尔州、博亚卡州、马格达莱纳州、托利马州和巴拿马州）；赋予联邦各州政府广泛的自主权和自治权，允许联邦各州制定法律、选举制度、税收制度和司法审判制度，允许各州政府自行组建军队；缩小中央政府的权力，将联邦政府的权力减少到最小程度，只保留其作为哥伦比亚国家对外关系和对外战争的一些权力；规定中央政府官员由总统任命，但需要经过国会参议院批准；宪法贯彻自由主义原则，保障个人权利，允许自由贸易，规定个人的贸易、财产、抵押、新闻和集会等权利不受限制，同时设立了陪审团制度。

宪法对总统任期及其选举制度进行了改革，将总统任期由四年缩短至两年，规定总统由国内各州所代表的选举人票选举产生，每个州代表一张选举人票，共计9张，总统候选人在选举期间获得任意一州选民投出的相对多数选票时即代表获得该州投出的选举人票，获得5票及以上者即当选总统，若无候选人获得绝对多数选票，则由国会从主要候选人中进行投票以选出总统。

莫斯克拉执政后，在财政部长弗洛伦蒂诺·冈萨雷斯·巴尔加斯的支持下，实行了具有自由主义色彩的经济改革；政府主张经济上对外开放，结束贸易保护主义，鼓励发展进出口国际贸易尤其是同英国的国际贸易；削弱垄断资本，鼓励私人资本和外国资本投资新格拉纳达（哥伦比亚）的社会生产。

1847年，莫斯克拉政府实行了关税改革，降低了新格拉纳达的关税，促使各种进口商品大量涌入新格拉纳达国内市场，鼓励出口，为贸易自由创造了有利的环境；1848年，政府颁布了《贸易自由法》，实行进出口自由的政策，1849年，政府赋予巴兰基亚港开展进出口贸易的权力，并在当地设立海关，基本实现了新格拉纳达经济的对外开放。

莫斯克拉政府制定了相关政策鼓励烟草业和盐矿开采业的发展，减少国家对烟草和盐矿贸易和生产的垄断，鼓励私人投资烟草生产和盐矿开采；成功废除了众多殖民时代遗留的苛捐杂税。

莫斯克拉任职期间，对新格拉纳达的货币制度进行改革；1845年，新格拉纳达开始实行金银复本位制，1847年起，新格拉纳达货币开始实行十进位制，政府规定1比索等于10雷亚尔。

莫斯克拉政府重视交通事业的发展，政府积极修筑公路和改善运河工程，新格拉纳达政府在巴拿马地区修筑横跨巴拿马地峡的铁路；政府在马格达莱纳河积极开办蒸汽船航运业，在外资的支持下，成立了国立圣玛尔塔公司和卡塔赫纳公司，其中前者专门负责马格达莱纳河的蒸汽船航运业务，后者负责马格达莱纳河和各个河堤坝之间的航运工作，莫斯克拉政府对交通设施的建设，降低了运输成本，有效的促进了经济的发展。

1846年11月9日，莫斯克拉政府聘请丹麦建筑师托马斯·里德（Thomas Reed，1817年—1878年）在首都波哥大设计并修建新的国会大厦（哥伦比亚国会大厦），1847年6月17日，经过政府的公开招标，商人胡安·曼努埃尔·阿鲁布拉承包了此项工程，1848年7月20日，国会大厦正式动工修建，莫斯克拉总统和他的兄弟波哥大教区大主教曼努埃尔·何塞·莫斯克拉亲自出席了当天的开工奠基仪式并放置了第一块奠基石。

为了加快对内陆地区的开发，1863年8月30日，在考卡州建立了佩雷拉城（位于今里萨拉尔达省）。

莫斯克拉政府鼓励欧洲移民，同时尊重土著印第安人的权益，进行土地改革并为印第安人划分土地，政府宣布禁止黑人奴隶的进出口贸易；在卡尔达斯学院的支持下，1848年，新格拉纳达共和国开始了首次人口普查工作，莫斯克拉为此次人口普查阐明了基本原则：“为劳动者提供土地，为非生产者提供租金”。这是哥伦比亚历史上的第一次人口普查，至1851年人口普查完成，国内总人口为224.373万人。

莫斯克拉首次执政期间，提倡政教分离，主张削弱教会势力，减少天主教会对国家政治生活的影响；1845年4月25日，莫斯克拉总统颁布法令，规定教会和教堂的神职人员只有经过政府或国会等官方机构的任命方可上任，此项法令引起了教皇国罗马教皇格列高利十六世的强烈不满。

1861年7月，莫斯克拉率领自由党人武装夺取政权后，开始实行激烈的反教权主义政策，颁布了大量压制天主教会势力的法令；当年7月20日，莫斯克拉宣称教会必须服从于政府，再次重申神父和牧师等神职人员经官方机构任命方可上任，还规定神职人员需经过官方机构的允许才能够举行宗教仪式；之后他以天主教信徒在主权战争中支持保守党政府为由，通过军队的力量解散了国内大量的宗教团体并驱逐了多位耶稣会教士；9月9日，政府颁布法令，征收未经利用的教会财产并交由国家控制，教会的土地被大量征收并加以拍卖，而政府将从宗教团体身上获得的财富用于社会福利和救助贫民；到了11月，莫斯克拉政府已经关闭了哥伦比亚国内大部分的修道院和教堂，大量反对自由党政府的宗教团体被消灭，并将首都波哥大教区的大主教安东尼奥·埃兰·伊·马丁内斯·德·萨尔杜亚（1797年—1868年）囚禁，随后将其流放至卡塔赫纳。

莫斯克拉政府在1863年版的《哥伦比亚合众国宪法》中明确规定，哥伦比亚实行政教分离，严格限制宗教教育，废除一切宗教法令，政府有权对公众信仰实行最高监督，保障公民宗教信仰自由；神职人员没有选举权和被选举权，禁止神职人员参加一切形式的选举；不准教士等神职人员担任联邦政府官员，禁止天主教会干预政治。

莫斯克拉第四次担任总统后，继续实行反教权主义政策，颁布法令，规定天主教会不得以任何形式征收和强迫农民缴纳什一税；同时对已经返回首都的波哥大教区大主教安东尼奥·埃兰进行严厉批判和攻击（莫斯克拉离任期间，新政府为了缓和同教会的关系于1864年邀请安东尼奥·埃兰返回波哥大），宣称埃兰和其他教区的大主教阴谋发动反对自由党的叛乱。由于莫斯克拉长期对教会势力的压制，此时政府同天主教会等宗教团体的关系已经极度紧张对立；莫斯克拉对宗教势力的打压引发哥伦比亚国内外宗教团体的不满，这导致罗马教皇庇护九世公开宣布将莫斯克拉逐出天主教会。

莫斯克拉重视教育事业，尤其是世俗教育的发展，他对哥伦比亚国内初等、中等和高等教育进行了改革，1845年，莫斯克拉亲自派人前往欧洲，为哥伦比亚国家图书馆订购了大量的图书；同年9月，政府颁布法令，对大学进行改革，允许大学实行一定程度的自治，并鼓励在学校内传播自由主义思想。1846年5月9日，政府颁布法令，免除小学教师在军队服役的义务。莫斯克拉政府鼓励并吸引外国教师和知识分子前往新格拉纳达授课，一些来自法国的教师前往新格拉纳达的学校教授数学和物理，波哥大城的大学引进了大批来自欧洲的先进医疗设备。

1848年1月，在社会各界人士的帮助下，莫斯克拉政府在首都波哥大成立了卡尔达斯学院，该学院的宗旨是促进科学文化、公共管理和通讯等事业的发展，在卡尔达斯学院的支持和赞助下，成立了负责勘探新格拉纳达地理状况的编排委员会（西班牙语：Comisión Corográfica），其成员阿古斯丁·科达奇上校率探险队前往新格拉纳达内地进行探险和开拓，寻找尚未被开发的资源，同时开始了哥伦比亚地图的绘制工作。

莫斯克拉在首次执政期间，教育改革取得显著成果，1845年，新格拉纳达国内的高中生人数为742人，到了1849年，国内高中生人数达到1809人；至1849年，莫斯克拉政府在新格拉纳达共和国的大部分省份都建立了师范学校，并为他们提供了书籍和世界地图等教学工具。

1861年8月24日，莫斯克拉下令，成立军事学院和理工学校，后来这两所学校成为哥伦比亚国立大学工程学院；同年11月，政府下令将从宗教团体处没收的图书捐赠给哥伦比亚国家图书馆。1867年，政府成立国立科学与艺术学院，当年，政府还计划以原共和国中央大学和海外大学等学校为基础，建立哥伦比亚国立大学，这一计划在莫斯克拉结束总统任期后的1867年9月22日得以落实。

主词条：哥伦比亚共和国国旗、哥伦比亚共和国国徽

1861年7月26日，莫斯克拉下令对新格拉纳达国旗进行修改，新国旗在原新格拉纳达国旗（由从左到右、面积相等的红、蓝、黄三色竖长方形相连组成的三色旗）的基础上，在旗面的蓝色部分增加了九颗白星，象征着哥伦比亚国内当时的九个州。

1861年11月26日，莫斯克拉颁布法令，正式采用自上而下的由黄、蓝、红三色横长方形（黄色部分位于旗面的上半部分，占整个旗面的二分之一，蓝色部分居中，红色部分在最下方，蓝色和红色部分各占整个旗面的四分之一）相连组成的三色旗为哥伦比亚国旗；同时采用了新的哥伦比亚国徽。

莫斯克拉首次执政期间，为了节省政府开支，对国家军队进行了裁减，1845年，政府以海军部队的支出过大为由取消了海军；莫斯克拉注重军队的职业化建设，1847年成立军事学院，1861年，政府将军事学院改组为军事学院和理工学校，并聘请大学教师前往军校任教。

1866年，第四次出任总统的莫斯克拉宣布重新组建哥伦比亚海军，当年，哥伦比亚政府从英国购买了“哥伦比亚号”、“夸斯普德号”和“玻利瓦尔号”三艘蒸汽铁甲舰，从美国购买了蒸汽木制螺旋桨战舰“闪电号”；其中“闪电号”战舰的火力在这四艘军舰中最强，“闪电号”拥有四个9英寸口径火炮、两个30磅火炮发射装置和六个鱼雷发射装置。哥伦比亚计划出动海军加入由智利、秘鲁、厄瓜多尔和玻利维亚组成的“四国联盟”，参加抵御西班牙军队入侵的“西班牙—南美战争（钦查群岛战争）”。

莫斯克拉同“解放者”西蒙·玻利瓦尔有着浓厚的友谊，他是玻利瓦尔最忠实的拥护者之一；莫斯克拉的内心深处一直有着重建大哥伦比亚共和国的梦想，他是重建大哥伦比亚共和国的倡议者，通过广泛的政治影响力、厚实的文字功底和富有感染力的语言，在哥伦比亚和邻国委内瑞拉掀起了重建大哥伦比亚共和国的思潮。

在莫斯克拉担任考卡州州长期间，曾会见流亡新格拉纳达的委内瑞拉著名自由派政治家、记者安东尼奥·莱奥卡迪奥·古斯曼，在莫斯克拉的影响下，古斯曼成为主张重建大哥伦比亚共和国的标志性人物，两人共同谋划以新格拉纳达和委内瑞拉为基础重建大哥伦比亚共和国。

1861年7月，莫斯克拉通过起义夺权后，第一时间向大众公开了他内心深处的理想：重建大哥伦比亚，他宣布将组建一个委内瑞拉、厄瓜多尔和新格拉纳达（即哥伦比亚）人民共同的国家，新国家的使命是为三地人民的自由而斗争，莫斯克拉还授意古斯曼创办刊物《哥伦比亚人》，以传播重建大哥伦比亚共和国的思想。

莫斯克拉政府重视发展同美国的外交关系，1846年12月12日，新格拉纳达共和国外交部长曼努埃尔·马里亚·马利亚里诺同美国驻新格拉纳达首都波哥大临时代办本杰明·奥尔登·比德莱克（作为美国总统詹姆斯·诺克斯·波尔克的代表和特使）分别代表新格拉纳达和美国两国签订了《和平、友好、航海与贸易条约》（即《马利亚里诺-比德莱克条约》），该条约规定：美国承认新格拉纳达政府对巴拿马地峡拥有主权和所有权；作为回报，新格拉纳达给予美国在巴拿马地区享有货物运输、乘客运送等方面的优待，新格拉纳达对美国政府保证，美国公民、政府、工业产品及商品以现有或将有的任何交通工具通过巴拿马地峡的权利畅通无阻，美国货船和美国公民有权免费通过巴拿马地峡，在新格拉纳达港口进行免税贸易；美国对新格拉纳达政府保证巴拿马地峡的完全中立性，保证太平洋和大西洋间的自由通行等；该条约虽然承认了新格拉纳达对巴拿马地区的主权，但总体来说对新格拉纳达不利，该条约为美国干涉巴拿马地区的内政敞开了大门，为巴拿马未来脱离哥伦比亚埋下了伏笔。

莫斯克拉同身为墨西哥总统的改革派领袖贝尼托·华雷斯保持着友谊，两人长期保持着书信来往，莫斯克拉曾授予华雷斯“美洲功勋”（西班牙语：Benemérito de las Américas）的称号。

莫斯克拉政府曾将流亡哥伦比亚的前墨西哥军阀、独裁者安东尼奥·洛佩斯·德·圣安纳驱逐出境并没收了其在哥伦比亚的所有财产。

在墨西哥抗法卫国战争期间（法国武装干涉墨西哥），哥伦比亚公开宣布支持抗击法国入侵的贝尼托·华雷斯政府，反对法兰西第二帝国的军事入侵。

1846年，新格拉纳达共和国承认巴拉圭共和国的独立主权国家的地位。1864年，巴拉圭同巴西帝国、阿根廷和乌拉圭组成的三国同盟爆发了巴拉圭战争（三国同盟战争），巴拉圭战争爆发后，哥伦比亚在道义上支持巴拉圭，抗议巴西、阿根廷和乌拉圭三国入侵巴拉圭，1866年9月2日，莫斯克拉总统和外交部长何塞·马里亚·罗哈斯·加里多发表声明，抗议并谴责巴拉圭战争，称这是一场不公正的战争，表示战争破坏了巴拉圭的独立和主权，是三国同盟对一个主权国家所进行的一次残酷种族灭绝。

1847年12月11日—1848年3月1日，莫斯克拉派遣外交官胡安·德·弗朗西斯科·马丁出席在秘鲁首都利马举行的美洲大陆会议，以应对厄瓜多尔军人、前总统胡安·何塞·弗洛雷斯侵占邻国领土、在美洲大陆复辟君主制的阴谋，最终使得弗洛雷斯的阴谋破产。

1863年，由于意识形态的差异和边境争端，厄瓜多尔军队入侵哥伦比亚，哥伦比亚军队同厄瓜多尔军队展开激烈战斗，最终击败厄瓜多尔军队，迫使入侵者签署了和平条约。（见人物生平—抵御外敌部分）。

1866年，正直西班牙—南美战争（钦查群岛战争）期间，莫斯克拉认为，美洲国家应当联合起来击败共同的敌人。因此他宣布哥伦比亚支持智利、秘鲁、厄瓜多尔和玻利维亚组成“四国联盟”以抵御西班牙军队的入侵，并为此组建海军购买军舰，计划秘密加入联盟并参加西班牙—南美战争。

哥伦比亚学者克劳迪娅·巴斯克斯在《托马斯·西普里亚诺·德·莫斯克拉传》中评价莫斯克拉：“莫斯克拉是哥伦比亚的开国元勋，也是一个实用主义者。莫斯克拉对知识充满了渴望，他对历史、地理、经济、政治和哲学都有所研究，他乐于接受各种新思想的影响，这使他最终从一个保守主义者变成一个自由主义者……莫斯克拉的性格、野心以及对政治的热情，使他在哥伦比亚政坛上始终占据高位；莫斯克拉在政治思想上是矛盾的，期初他代表保守党人并为其作战，并于1845年在他们的支持下当选为总统，后来他又与自由党人并肩作战，对保守党人发起攻击；莫斯克拉在担任总统期间，在社会和经济等方面实行了自由主义改革，由于他所领导的自由主义改革，他常被认为是19世纪哥伦比亚最重要的领导人之一。”

哥伦比亚作家亚历杭德罗·加西亚·埃尔南德斯评价莫斯克拉：“莫斯克拉一生都希望确保哥伦比亚的每个人都能享有个人权利和自由。出于这个原因，他支持联邦制的政治制度和自由主义经济制度，允许全国所有地区实现经济发展，防止财富过分集中在一些城市中心。他希望这个国家能够实现政治民主和宗教宽容，并希望其居民选出关心国家进步和最贫困阶级福利的总统。莫斯克拉曾四次担任哥伦比亚总统。莫斯克拉政府的特点是促进经济、政治和文化的发展，同天主教会产生激烈的矛盾纠纷。”

智利历史学家泽诺比奥·萨尔迪维亚·马尔多纳多在其所著文章《托马斯·西普里亚诺·德·莫斯克拉及其科学贡献》中评价莫斯克拉：“莫斯克拉并不总是被拉丁美洲史学界和哥伦比亚史学界视为科学家，然而他对哥伦比亚的科学事业发展依旧做出了巨大贡献，他作为总统和一个孤独的学者，其所著作品内容既不系统也不连续，但它仍旧有助于构建从19世纪40年代至70年代哥伦比亚在地理学、地图学和宇宙学等学术领域的科学框架；尽管莫斯克拉没有为正式的科学研究做足学术准备，但他仍然设法融入哥伦比亚科学界，渴望在哥伦比亚的科学史上留下印迹。”

作家、历史学家威廉·李·洛夫斯特伦评价莫斯克拉：“托马斯·西普里亚诺·德·莫斯克拉带领哥伦比亚经济在19世纪取得长足的进步，他对天主教的态度决定了他的政治路线，他是一个坚定的无神论革命者。”

《伊比利亚美洲研究》（2015年—2016年）一书中的《大哥伦比亚的兴衰与拉美一体化》一文中称：“纵观莫斯克拉一生，不难看出，他是西蒙·玻利瓦尔最忠实的追随者之一。”

在美国学者托马斯·E·斯基德莫尔、彼得·H·史密斯和詹姆斯·N·格林所著的《现代拉丁美洲》一书中称莫斯克拉是一位善变而冷酷的机会主义者。书中写道：“作为内战的赢家，莫斯克拉大肆攻击教会——主张世俗控制权、再度驱逐耶稣会，并且宣布国家控制未经利用的教会财产。莫斯克拉对保守党得到的教会支持十分反感，尽管自由党人赞同其立场，但也有许多人认为他做得过分了。”

哥伦比亚记者何塞·E·莫斯克拉评价托马斯·莫斯克拉：“莫斯克拉是最有影响力的政治和军事领导人之一，同时也是19世纪下半叶最具有改革性、进步性和令人恐惧的领导人之一。”

哥伦比亚作家奥马尔·亨利·贝拉斯科在其著作《超越权力和荣耀》中评价莫斯克拉：“莫斯克拉是一位知识丰富、生性大胆、纪律严明的学者，拥有慷慨的性格和远大战略眼光，但有时又很残酷无情。”

《剑桥拉丁美洲史》评价：在哥伦比亚，一些自由派则决心建立政府对天主教会的控制，以防止教会卷土重来。托马斯·西普里亚诺·德·莫斯克拉总统即上述自由派人物之一。他对19世纪中可能最激烈的反天主教会政策和所谓政府对天主教会享有“教诲”权的主张负有责任。莫斯克拉的自由党制定了《里奥内格罗宪法》（1863年），这一宪法可以视为自由派教会政策高潮的标志。

莫斯克拉是自由主义者，以将耶稣会成员驱逐出哥伦比亚领土和没收教会财产而闻名，但当他想起自己是神学院学生出身时，他说出了著名的话：“感谢上帝，我是无神论者。”

1870年，莫斯克拉宣称自己在担任大哥伦比亚共和国驻秘鲁全权公使期间曾代表大哥伦比亚政府于1830年8月11日在秘鲁首都利马同秘鲁外交部长卡洛斯·佩德蒙特签署了《佩德蒙特—莫斯克拉条约》（西班牙语：Protocolo Pedemonte-Mosquera），并将条约文本交给了哥伦比亚驻秘鲁公使特奥多罗·巴伦苏埃拉等人，而此前该条约从未以任何形式向外界公布；《佩德蒙特—莫斯克拉条约》划定了大哥伦比亚同秘鲁两国的国界线，大哥伦比亚相较以往获得了更多的领土和利益；由于相关各方记载的时间、地点、人物等前后矛盾，外加莫斯克拉向各方人士及机构提供的条约文本内容在语气和言语措辞上存在差异，并带有一些地名上的拼写错误，条约的真实性遭到了质疑，秘鲁官方完全否定《佩德蒙特—莫斯克拉条约》的存在，认为条约本身完全是凭空捏造；而哥伦比亚和厄瓜多尔两国则普遍承认条约的真实性及其法理性，并多次加以引用。

莫斯克拉家族是19世纪哥伦比亚国内最显赫的几大家族之一，是波帕扬当地的土生白人（克里奥尔人）贵族世家，其家族祖先来自西班牙埃斯特雷马杜拉的巴达霍斯省，是圣地亚哥骑士团的骑士，后参加西班牙征服美洲的殖民活动，于16世纪中叶抵达哥伦比亚境内，17世纪20年代，成为考卡地区知名的庄园主。

1820年2月3日，莫斯克拉与他的远房表妹玛丽亚娜·本韦努塔·阿尔博莱达·佩雷斯·德·阿罗约（1804年4月19日—1869年10月27日）结婚，此次婚姻是家族安排的包办婚姻，莫斯克拉在婚后生活并不幸福，时常发生婚外情，1867年11月，莫斯克拉流亡秘鲁后，与玛丽亚娜分居，1869年10月27日，玛丽亚娜在麦德林逝世。莫斯克拉与玛丽亚娜共有一子一女。

儿子：阿尼瓦尔·何塞·比森特·莫斯克拉·阿尔博莱达（1823年4月5日—1879年12月27日），拥有陆军上校军衔，曾任哥伦比亚驻纽约领事馆副领事，后同伊莎贝尔·埃斯帕尔扎·埃雷拉结婚，共育有4个子女。

女儿：阿玛丽亚·康塞普西翁·格特鲁迪·莫斯克拉·阿尔博莱达（1825年11月15日—1904年11月30日），由家中女黑奴伊格纳西娅抚养长大，阿玛丽亚后成为保守党军人总统佩德罗·阿尔坎塔拉·埃兰的妻子，同埃兰共育有6个子女。

1871年，莫斯克拉返回波帕扬并出任考卡州州长后，开始同他首任妻子的远房侄女玛丽亚·伊格纳西娅·弗洛伦西亚·阿尔博莱达（1842年11月11日—1913年6月13日）交往，1872年7月15日，莫斯克拉同玛丽亚·伊格纳西娅在普拉塞镇的椰子庄园内举行婚礼，婚礼上，莫斯克拉在向她求婚时说：“你愿意成为莫斯克拉将军的遗孀吗？”后者给了莫斯克拉肯定的答复。婚后夫妻二人感情生活良好，莫斯克拉同玛丽亚·伊格纳西娅共育有一个儿子，莫斯克拉以解放者玻利瓦尔的名字为孩子取了名。

儿子：何塞·玻利瓦尔·卡洛斯·多里科·莫斯克拉·阿尔博莱达（1878年6月2日—1937年3月），他在父亲去世前4个月出生，后同何塞菲娜·卡伊塞多·阿罗约结婚，两人共育有6个子女。

莫斯克拉一生中拥有很多的婚外情人和非婚生子女，有记载的如下：

1815年，莫斯克拉与住在奎里绍的表妹玛丽亚·鲁斯·德·奎亚诺相爱，两人长时间保持书信来往，互相给予对方亲昵称呼，但由于家境差异过大，两人的交往在1818年宣告中止；莫斯克拉早年在卡塔赫纳逗留时，与一名叫玛丽亚·坎德拉莉亚·塞万提斯的女裁缝相恋，并育有一子；莫斯克拉结婚后，曾和家中女黑奴伊格纳西娅有染，两人共育有一子，19世纪20年代末，莫斯克拉同一个名叫玛丽亚·埃洛萨的女子有所交往，并育有一女。

1841年，莫斯克拉在卡塔赫纳与来自安蒂奥基亚州麦德林的混血女子苏珊娜·拉马斯（1826年出生）相遇，两人开始了密切的交往，莫斯克拉在1845年出任总统后，一度聘用苏珊娜为总统府的管家，后为了避嫌，莫斯克拉宣布与苏珊娜分手并断绝来往，但莫斯克拉依旧经常前往苏珊娜的住所，并在此后一直为苏珊娜提供生活补助直至50年代中后期，莫斯克拉同苏珊娜没有子女。

19世纪40年代—50年代，莫斯克拉同一个名叫胡安娜·宝拉·卢克·萨尔加多（1826年—1895年）的女子相识并展开了密切的交往，两人共育有三个女儿。莫斯克拉的妻子玛丽亚娜·本韦努塔·阿尔博莱达·阿罗约知道莫斯克拉同胡安娜交往，承认了他同胡安娜所生子女的地位。

莫斯克拉还同意大利女子肯蒂娜·博迪尼以及阿玛丽亚·塔德勒·迪埃里吉等女性有所交往，迄今为止，莫斯克拉共有5个被普遍承认的非婚生子女。

儿子：托马斯·马里亚·莫斯克拉·塞万提斯（1818年—1861年），莫斯克拉同玛丽亚·坎德拉莉亚·塞万提斯之子，他在主权战争中跟随父亲作战，在战场上不幸战死。

女儿：玛丽亚·恩加西亚·莫斯克拉·埃洛萨（1829年—？），莫斯克拉同玛丽亚·埃洛萨所生，她和英国工程师托马斯·戴维斯结婚，婚后随夫姓，改名玛丽亚·恩加西亚·戴维斯，玛丽亚和托马斯共育有一女。

女儿：克莱莉亚·莫斯克拉·卢克（1847年—1899年），莫斯克拉同胡安娜·宝拉·卢克·萨尔加多所生，她与耶利米亚·卡德纳斯·席尔瓦将军（1835年—1899年）结婚，两人共育有11个子女。

女儿：特奥杜莉亚·莫斯克拉·卢克（1859年—1940年），莫斯克拉同胡安娜·宝拉·卢克·萨尔加多所生，她与银行家、政治家贝尔纳多·德·拉·埃斯普里埃拉·纳瓦罗（1852年—1907年）结婚，两人共育有13个子女。

女儿：伊莎贝尔·莫斯克拉·卢克（1860年出生），莫斯克拉同胡安娜·宝拉·卢克·萨尔加多所生，出生后不久夭折。

莫斯克拉家族的后代遍布哥伦比亚全国各地，涉及众多社会职业领域。包括：佩德罗·托马斯·埃兰·莫斯克拉（1843年—1904年，外交官，莫斯克拉将军的外孙）和埃尔维拉·卡德纳斯·莫斯克拉（1870年—1935年，前哥伦比亚第一夫人，何塞·比森特·孔查总统之妻，莫斯克拉将军的外孙女）等人。

莫斯克拉是哥伦比亚历史上著名的学者和思想家，他著有《关于西蒙·玻利瓦尔将军的一生》（1853年）、《新格拉纳达的政治和地理》、《哥伦比亚合众国的普通地理学、政治、自然的特殊简编》（1866年）和《宇宙学研究：宇宙的起源》（1868年）等多部著作。

1861年9月27日，昆迪纳马卡州政府在州内设莫斯克拉市，该市距离首都波哥大约2公里；莫斯克拉市现为昆迪纳马卡省内的城市，市内公园里立有莫斯克拉的雕像。其他诸如波哥大、麦德林、卡塔赫纳、卡利和波帕扬等城市也立有莫斯克拉将军的雕像。

哥伦比亚国会大厦内竖立着托马斯·西普里亚诺·德·莫斯克拉将军的雕像，该雕像由德国雕塑家费迪南德·冯·米勒（1813年—1887年）在1881年动工制作，1883年雕塑作品完成并放置在国会大厦内，该雕像底座由红色大理石制成，呈垂直矩形，四周均有浮雕板，雕像上的莫斯克拉右手拿军帽，左手持军刀。

1928年，为了纪念莫斯克拉逝世50周年，哥伦比亚总统米格尔·阿瓦迪亚·门德斯通过第63号法令，下令开展针对莫斯克拉的纪念活动，人们在位于波帕扬的莫斯克拉纪念碑上设置纪念牌匾，波帕扬城的莫斯克拉故居博物馆（Casa Museo Mosquera）也得到改造。在卡利，建立了托马斯·西普里亚诺·莫斯克拉学院（Colegio Tomás Cipriano Mosquera）以纪念莫斯克拉。

1977年，哥伦比亚政府宣布，莫斯克拉家族经营的椰子庄园成为哥伦比亚的国家文化古迹。

1978年，为纪念莫斯克拉逝世100周年，哥伦比亚的中央银行共和国银行（西班牙语：Banco de la República）发行了一系列印有莫斯克拉肖像的纪念币。

1994年，哥伦比亚总统埃内斯托·桑佩尔·皮萨诺

20世纪80年代，在哥伦比亚电视剧《寻找人生：莫斯克拉和奥万多》（西班牙语：Vidas encontradas: Mosquera y Obando）中，莫斯克拉由哥伦比亚演员法比奥·卡梅罗饰演，该电视剧讲述了托马斯·西普里亚诺·德·莫斯克拉和他的对手何塞·马里亚·奥万多之间错综复杂的关系。