相传在五、六千年前，神州大地发生了一次特大的水灾。滔天洪水包围了群山，淹没了平原，大地一片汪洋，人们只好栖身于山洞，或者在树上结巢而居。 当时，正处于原始部落联盟时代，部落联盟的首领尧，派鲧去治理这次洪水。鲧治水9年，他采取水来土挡、堵塞水路的办法，结果水愈堵愈高，堤破决口，洪水再次泛滥，鲧的治水以失败告终。尧终舜继，舜又派鲧的儿子禹继承其父亲未竟的事业，继续治理洪水，还派了契（商族的祖先）、后稷（周族的祖先）、皋陶等人去协助他。 禹总结父亲治水失败的教训，领导人民疏通江河，兴修沟渠，发展农业。 禹从江州东下来到了三峡，便开始疏浚三峡的工程。晋郭璞《江赋》云：“巴东之峡，夏后疏凿《淮南子·修务》说，禹先是决巫山，令江水得东过”即凿开了堵塞江水的巫山，使长江之水能够顺畅东流。然后，他又凿开瞿塘峡“以通江”，开西陵峡内的“断江峡口”（见《水经注·江水》），终于使长江顺利通过三峡，向东流注大海，解除了水患对长江中下游的威胁，而上游的四川盆地终成粮仓，号称“天府之国”。 传说，禹在疏浚三峡时，还曾得到神女瑶姬的帮助。人们说，大溪宽谷中的“锁龙柱”和“斩龙台”，即为瑶姬帮助夏禹治水凿峡时锁龙斩蛟的地方；对大禹疏浚三峡的传说，古人大多是相信的。这不仅从各种文献记载上可以得到证明，而且诗人们多以赞颂的诗句予以讴歌。杜甫的《瞿塘怀古》诗曰：“疏凿功虽美，陶钧力大哉。”而任夷陵县令的欧阳修，只相信禹王开山之功，不信神牛凿峡之说，所以他将“黄牛庙”改名“黄陵庙”，庙中祭祀的黄牛神改为祭祀夏禹王。范成大的《初入巫峡》诗，结句以咏叹出之，直抒胸臆，倍有神致：“伟哉神禹迹，疏凿此山川！” 但是，神话毕竟不能代替科学。大禹与神女开凿三峡的传说，只能是人们美好的想象，要想真正了解三峡的形成原因，我们还得暂时回到那久远而又动荡的地质历史年代。