朱元璋根据这一战略构想，将整个战略行动分为三个阶段加以实施。第一阶段，首先攻取山东，继而转攻河南，占据潼关；第二阶段，攻取河北及元朝大都，消灭元朝；第三阶段，主力由大都南下攻取山西，略定陕甘，完成北方之统一。北伐战争基本上是按照这一战略实施的。

元至正二十七年（1367年）十月二十一日，命丞相徐达为征虏大将军，平章常遇春为副将军，率军25万人由淮河入河南，北伐中原。为减少北伐阻力，争取人民拥护，出兵之前，朱元璋特别告诫将士，师到之处，切勿杀掠。并向北方人民发布檄文，提出“驱逐胡虏，恢复中华”的口号，对汉族各阶层人民产生了一定的号召力，所以北伐比较顺利。为了保障北伐，令留守江淮之部队加强戒备，以防元军袭击。

从至正二十七年十月明军主力由江淮北上，至洪武元年二月，仅用四个多月的时间就攻下山东。山东的攻克，使元廷失去了左臂，在战略上为北伐造成了更为有利的军事态势。三月，徐达挥军西向，分兵两路进攻河南。一路自济宁溯黄河而上，进攻汴梁（今开封）；一路由河南永城、归德攻许州（今许昌）。同时命征南将军邓愈率襄阳、安陆、景陵等处兵马北攻南阳，策应北征主力作战。明军所向披靡，在很短的时间里相继攻克汴梁、洛阳以及嵩（今嵩县）、陕（今陕县）、陈（今淮阳）、汝（今临汝）诸州，并不战而据有潼关，基本上完成了北伐第一阶段的战略任务。

攻取河北

参见：明攻河北、大都之战

元朝大都之屏蔽已撤，外援隔绝，陷入了明军的弧形包围圈中。五月，朱元璋亲抵汴梁，听取前线将领的军事情况汇报，并讨论了下一阶段的战略步骤。

洪武元年（1368年）六月初，徐达令河南各军向河阴（今武陟西南）集结，各卫粮船由济宁起航，保障后勤供应。七月二十九日，他又遵朱元璋之命，令都督同知张兴祖、平章韩政、都督副使孙兴祖、指挥高显等率益都、徐州、济宁之师集结于东昌，等待与河南诸军会师北进。

根据当时元廷已陷入孤立无援的军事形势，徐达提出由临清（今属山东）直捣大都的主张，朱元璋表示同意。遂决定由征虏右副将军冯胜守汴梁，江西行省左丞何文辉守河南（今洛阳），镇国将军郭兴等人镇守潼关，徐达率大军直取大都。

攻占大都

闰七月初一日，明军主力自中滦（今封丘西南）渡黄河，沿御河（今卫河），经临清、长芦（今河北景县）、通州（今北京通县），向北挺进。

闰七月初二日，明军出师汴梁（今河南开封），一路势如破竹，连克卫辉（今河南汲县）、彰德（今河南安阳）、磁州（今河北磁县）、邯郸、广平（今均属河北）。闰七月十一日至临清（今属山东），遂令集结于东昌之师来会，且令参政傅友德开通陆路，都督副使顾时开通河道，于闰七月十五日水陆两路并进。师至德州，会征虏副将军常遇春、张兴祖、高显、毛骧、程华等师北进。

洪武元年（1368年）闰七月二十日下长芦（今河北沧州）、青州（今河北青县及天津静海等地），二十三日至直沽（今天津），二十五日败元军于河西务（今天津市武清东北）。一路势如破竹，锐不可当，直逼大都城下。

元顺帝见大势已去，遂于二十八日夜三鼓携太子、后妃出建德门，由居庸关逃往上都开平（今内蒙古多伦西北）。八月二日，徐达率军进占大都，至齐化门，令将士填壕登城而入。徐达本人亲自登上齐化门楼，杀死元朝监国宗室淮王帖木儿不花和右丞相张康伯等人，并俘诸王子六人，封存府库图籍宝物以及故宫殿门，令兵守卫。命令士卒不得侵暴抢掠，居民各安其业。同时遣将巡逻古北诸处关口，又命指挥华云龙经理大都，新筑城垣。

攻克大都之后，北方之山东、河南、河北等地尽入明军之手，尤其是元主北逃，使整个北伐战场发生了根本性变化，困据秦晋的元地主武装集团，完全陷入了群龙无首的境地。朱元璋得到徐达大军攻下大都的消息以后，不失时机地命其转入下一个战略阶段。

参见：明攻山西之战

洪武元年（1368年）八月十五日，朱元璋命都督副使孙兴祖、都督佥事华云龙留守北平府（今北京），徐达、常遇春挥师西向，攻取山西。同时，命冯胜、偏将军汤和由河南渡河北向，以策应攻晋主力。经过近五个月的艰苦作战，明军于洪武二年（1369年）正月攻克大同，进而平定山西。这时盘据在陕甘方面的尚有李思齐、张思道等十余万人。徐达平定山西以后，迅即转攻陕甘，以求彻底完成此次北伐战略任务。自二月徐达派常遇春、冯胜渡河趋陕，至十二月明军击溃扩廓帖木儿反攻兰州之军，历时十个月。明军相继攻克奉元路（明改为西安府，即今陕西西安）、凤翔、兰州、临洮、庆阳等重镇，基本上消灭了这一地区元军之势力。至此，朱元璋北伐灭元之战宣告结束，基本上实现了战前拟定的战略计划。

此时北元尚有军队数十万，分据上都、秦陇、云南、辽东，四川亦尚有明升之夏政权。十二月，徐达分兵三路克太原、大同、宣府（今河北宣化）等地，迫元将扩廓帖木儿败逃甘肃，山西归明。

参见：明攻取庆阳之战、明攻取甘陕之战

这时盘据在陕甘方面的尚有李思齐、张思道等10余万人。徐达平定山西以后，迅即转攻陕甘，以求彻底完成此次北伐战略任务。

洪武二年（1369年）三月，明军入陕西，克西安、凤翔，迫元将李思齐率部十万奔临洮（今属甘肃）。朱元璋致书招降，右副将军冯胜往攻，李思齐出降。五月，徐达乘胜取平凉、延安。北元主力扩廓帖木儿部精锐，被歼于兰州（今属甘肃）东。六月，常遇春回师北平（今北京），进克上都，元顺帝北逃应昌（蒙古鄂尔浑河上游东岸哈尔和林）。八月，徐达克庆阳，斩元将张良臣，占陕西。

洪武二年（1369年），北元兵袭扰原州、泾州、大同等地，皆被明军击退。

洪武三年（1370年），元顺帝驾崩，皇太子爱猷识理达腊袭位，改元宣光。朱元璋以扩廓帖木儿屡扰西北，命徐达为征虏大将军，李文忠、冯胜、邓愈、汤和为副将军，分路出击，先后克定西（今属甘肃）、兴和（今河北张北）、应昌等地，大败扩廓所部，俘元郯王及平章以下将士8.6万余人，元嗣君爱猷识理达腊北走。邓愈率部自临洮进克河州（今甘肃临夏东北），安抚吐蕃，于是河州以西，朵甘、乌斯藏诸部归附明朝。

至此，朱元璋北伐灭元之战宣告结束，从根本上推翻了元朝的统治，基本上实现了战前拟定的战略计划。使残存在各地的元军陷入群龙无首的境地，为朱元璋最终统一中国，夺取了战略上的绝对优势。

故意放走元帝

1368年的七月，徐达北伐的大军达到了河北通州，距元朝国都也就一两天的路程了。然而，吊诡的是，北伐军事统领徐达偏偏在通州什么也不干，待了七天。

七天时间，对于元顺帝逃跑而言，已经够用的了，元顺帝似乎明白对方的意思，果然在半夜打开健德门，跑了。然后，徐达的大军才姗姗来迟，这是第一回。

第二回发生在不久之后的开平，开平是内蒙的正蓝旗闪电河北岸，是元朝的上都。徐达的军队懒洋洋地来了，大明王朝的军队兵临城下，看样子应该是瓮中捉鳖，徐达却将包围圈故意漏一个口子。元顺帝似乎明白徐先生的意思，又跑了，这是第二回。

八月十五杀鞑子

八月十五杀鞑子。