智利独立后，西班牙国王费迪南七世企图重新征服智利，1818年5月派出多艘军舰从加的斯港出发，进攻智利港口，并准备在智利的塔尔卡瓦诺重新登陆，以实现重新占领智利、援助秘鲁境内保王党的目的，布兰科·恩卡拉达为了维护智利的独立，他指挥由“圣马丁”号、“劳塔罗”号、护卫舰“查卡布科”号和运输船“阿劳科”号四艘船组成的舰队，共计1000余人于当年10月10日率军出征应战，布兰科·恩卡拉达命令“查卡布科”号和“阿劳科”号两舰单独行动，在沿途拦截西班牙的运输船，10月25日，布兰科·恩卡拉达本人带领“圣马丁”号和“劳塔罗”号冲进了西班牙舰队停泊的康塞普西翁湾，著名的塔尔卡瓦诺之战打响。当西班牙舰艇“玛丽亚·伊莎贝尔”号指挥官意识到自身的舰队即将遭到攻击时，下令军舰抛锚，让所有的运输船搁浅，士兵上岸，但布兰科·恩卡拉达在战役爆发前就预见了这种可能性，他下令海军的突击队乘坐舢板冲上西班牙军舰，与此同时，另一位智利军队将领威廉·米勒率领海军陆战队在塔尔卡瓦诺登陆，截击西班牙军队，并尝试阻断西班牙登陆部队的后路，经过一天的鏖战，西班牙海军的“玛丽亚·伊莎贝尔”号狼狈逃走，布兰科·恩卡拉达随即下令己方舰队将残余的西班牙舰艇一艘接一艘的击沉，同时智利海军俘获了五艘西班牙军舰。塔尔卡瓦诺之战是智利独立战争期间最重要的海上军事行动，以智利的胜利而告终，使西班牙重新征服南美洲的愿望破产，布兰科·恩卡拉达也因此战名声大振，12月2日，布兰科·恩卡拉达获得了执政官奥希金斯授予的智利国家的最高荣誉。

1818年11月28日，英国海军军官托马斯·柯克伦抵达智利的瓦尔帕莱索港，智利最高执政官贝尔纳多·奥希金斯·里克尔梅亲自前往迎接，柯克伦投身于智利海军的建设当中，试图将智利海军的战斗力提升到英国皇家海军一样的战斗水平，当时许多智利军官无法接受身为海军指挥官的民族英雄布兰科·恩卡拉达将被一个外国人所取代的情况，布兰科·恩卡拉达意识到柯克伦对于智利海军的重要意义，他亲自出面，亲自宣布将指挥官职位交给柯克伦，同时承诺自己将继续在海军担任副总司令职务，12月12日，布兰科·恩卡拉达获得海军少将军衔。

1819年，布兰科·恩卡拉达跟随何塞·弗朗西斯科·德·圣马丁·马托拉斯参与解放秘鲁的战争，他协助柯克伦指挥智利海军封锁卡亚俄港，击沉了多艘西班牙的商船，切断了西班牙殖民军的补给线，为圣马丁解放秘鲁做出了巨大贡献，而后布兰科·恩卡拉达为组建秘鲁海军做了大量工作，1824年布兰科·恩卡拉达返回智利。

1823年拉蒙·弗莱雷·塞拉诺执政后，开始大规模的派军歼灭在奇洛埃岛上的保王党残余势力，1825年11月布兰科·恩卡拉达奉命指挥10艘军舰（5艘军舰和5艘运输船）进攻奇洛埃岛，成功在奇洛埃岛登陆，经过苦战，攻破岛上防御坚固的堡垒，击溃了残余的保王党势力，布兰科·恩卡拉达也由此在1826年获得海军中将军衔。

由于智利国内的矛盾持续激化，执政官弗莱雷被迫于1826年7月8日宣布辞职，当天他召集立法会议举行选举，布兰科·恩卡拉达在会议上成功当选为国家元首（总统），7月9日，布兰科·恩卡拉达正式掌权，布兰科·恩卡拉达上台后，继续支持联邦主义思想，但他未能解决国内矛盾，执政仅2个月便被迫于9月9日辞职。布兰科·恩卡拉达是智利历史上第一位被称为总统的共和国执政者。布兰科·恩卡拉达辞职后，退出政治生活，开始经营自己的庄园产业。在智利同秘鲁-玻利维亚邦联爆发战争前夕，布兰科·恩卡拉达重回智利海军服役。

1836年，玻利维亚总统安德烈斯·圣克鲁斯宣布成立秘鲁-玻利维亚邦联，此举引发了智利和阿根廷等国的反对，当年12月28日，智利对邦联宣战，时任内政和外交部长迭戈·波塔莱斯前往迈普省参加誓师大会，但波塔莱斯被圣克鲁斯支持的前总统拉蒙·弗莱雷·塞拉诺所扣押，叛军进攻瓦尔帕莱索，试图颠覆智利政府，布兰科·恩卡拉达果断率军粉碎了这次叛乱，智利派军队进攻邦联。1837年，布兰科·恩卡拉达奉命率领5艘海军舰艇同秘玻邦联海军作战，他派两艘军舰扼守瓜亚斯河口，其余封锁了卡亚俄港，击溃了秘鲁-玻利维亚邦联的大部分海军，缓解了陆军的作战压力，还率领舰队运送士兵至秘鲁，当年9月布兰科·恩卡拉达率3500名士兵登陆秘鲁，但由于他指挥失误（他误以为彻底摧毁了邦联的海上力量，下令解除对卡亚俄的封锁），导致他的军队被圣克鲁斯的5000人军队包围，遭到了巨大损失，被迫于11月同圣克鲁斯议和，布兰科·恩卡拉达之后回国，请求辞职，最高军事法院对他进行了审判，但在1838年最终判他无罪，1839年秘鲁-玻利维亚邦联解体，智利确立了在南美洲太平洋沿岸的霸主地位。

布兰科·恩卡拉达1843年3月当选为众议员，当年6月1日正式就职，任期3年，1844年他奉政府的之命出访欧洲，1846年返回智利，回国后他向曼努埃尔·布尔内斯·普列托总统报告了欧洲社会经济文化的发展情况，同年6月1日离任众议员职务，布兰科·恩卡拉达1847年6月25日~1853年11月27日智利海军的总司令，获得海军上将军衔，1847年~1853年出任瓦尔帕莱索省省长，1849年3月当选为参议员，当年7月13日正式就职，任期9年，他在省长任期内推动了多项公共工程的建设，1851年瓦尔帕莱索发生了反对政府的暴乱，布兰科·恩卡拉达亲自率军对暴乱分子进行了血腥镇压。

布兰科·恩卡拉达卸任省长及海军总司令职务后出访欧洲，会见了法国皇帝拿破仑三世等欧洲政要，1854年访问英国，代表智利政府向英国订购了多艘大型军舰，后出任智利驻法兰西帝国公使，1858年返回智利，在圣地亚哥购置了房产，开始寓居生活，1864年3月再次当选为参议员，当年6月1日开始新一届参议员任期，任期9年。

1865年，西班牙发动复辟战争（钦查群岛战争），企图恢复在拉丁美洲的殖民统治，智利与厄瓜多尔、秘鲁和玻利维亚组成联盟，共同抵御西班牙的再次入侵，布兰科·恩卡拉达虽然已经75岁，但他仍宣布要参加抵御西班牙入侵的军事行动，并发表了振奋人心的演讲，布兰科·恩卡拉达负责指挥联盟军队舰队的一个中队，与胡安·威廉姆斯·雷沃列多（后来担任智利海军总司令）共同指挥军队作战。

1868年底，布兰科·恩卡拉达开始负责与秘鲁方面交涉，要求秘鲁移交智利国父贝尔纳多·奥希金斯·里克尔梅的遗体，1869年1月11日，运送奥希金斯遗体的船抵达智利的瓦尔帕莱索港，年近八旬的布兰科·恩卡拉达亲自前往港口迎接，之后他在给奥希金斯下葬的仪式上发表讲话。晚年他开始用心经营自己家中的葡萄庄园，1876年9月5日布兰科·恩卡拉达因病在圣地亚哥逝世，享年86岁。

曼努埃尔·布兰科·恩卡拉达为智利独立、智利海军的创建做出了巨大贡献，他骁勇善战，智勇双全的故事至今仍在智利广为流传，智利人民尊称他为“海军之父”，在西属拉丁美洲独立战争的伟大英雄们当中，智利民族英雄布兰科·恩卡拉达必然占有一席之地。为了纪念他的英雄事迹，智利的很多街道和城镇以布兰科·恩卡拉达的名字命名，智利1000比索纸币上印上他的头像。1917年，为纪念布兰科·恩卡拉达的功绩，智利政府在瓦尔帕莱索为他修建了纪念碑；智利海军历史上有多艘军舰以布兰科·恩卡拉达的名字命名。

布兰科1817年11月26日同卡门·加纳·洛佩斯结婚，两人共有8个子女，分别是：曼努埃尔·布兰科·加纳（儿子，1819年~1828年，早亡）、弗洛伦西奥·布兰科·加纳（儿子）、费利克斯·布兰科·加纳（儿子，1829年出生）、卡门·布兰科·加纳（女儿，1824年~1893年）、马丁·布兰科·加纳（儿子）、梅赛德斯·布兰科·加纳（女儿）、特蕾莎·布兰科·加纳（女儿）、阿道弗·布兰科·加纳（儿子）。