1972年7月，圣多美和普林西比解放委员会改名为圣多美和普林西比解放运动，曼努埃尔·平托·达科斯塔出任总书记，并将“解运”总部由赤道几内亚首都马拉博迁往加蓬首都利伯维尔。

1974年11月，达科斯塔代表圣-普解放运动同葡萄牙政府达成关于圣多美和普林西比两个葡属海外省独立的《阿尔及尔协议》，同年12月成立由“解运”执政的过渡政府并举行制宪议会选举。之后达科斯塔为即将独立的国家设计了国旗（圣多美和普林西比民主共和国国旗）。

1975年3月，达科斯塔回到圣多美和普林西比。

1975年7月12日，圣多美和普林西比宣告独立，定国名为圣多美和普林西比民主共和国，达科斯塔在制宪议会上当选为共和国总统兼国家武装力量总司令，同年12月兼任农业、土地改革和国防部长。

1977年—1978年，兼任劳工和社会安全部长。

1978年2月—1982年，兼任领土整治部长。

1978年7月，圣多美和普林西比解放运动召开全国代表大会，达科斯塔当选为解放运动主席。

1979年，兼任国家安全部长。

1979年3月，代理总理职务，同年4月取消总理职位的设置。

1979年4月9日—1988年1月8日，兼任政府首脑职务。

1980年5月14日，在第二届全国人民议会会议上连任总统职务。

1982年1月—1987年，兼任国防和国家安全部长。

1985年9月，圣多美和普林西比解放运动召开全国代表大会，达科斯塔连任圣-普-解放运动主席职务，9月30日，在第三届全国人民议会会议上再次当选为总统。

1985年—1986年，兼任外交部长。

1987年—1988年，兼任经济和计划部长。

1990年10月，主持圣多美和普林西比解放运动全国代表大会，会上将党名改为圣多美和普林西比解放运动-社会民主党；同年10月6日，达科斯塔辞去圣-普解放运动-社会民主党主席职务，10月17日，退出圣-普解放运动-社会民主党。

1991年1月20日，在第一次多党议会选举中，执政的解放运动-社会民主党遭到失败。3月，圣多美和普林西比举行独立后的首届多党制总统大选，达科斯塔宣布退出总统选举。

1991年3月4日，达科斯塔离任总统职务，卸任总统后，他重返圣多美和普林西比解放运动-社会民主党，当选为中央政治局委员。

1996年7月，达科斯塔再次参加总统大选，在第二轮投票中被在任总统米格尔·特罗瓦达击败。

1998年5月，圣多美和普林西比解放运动-社会民主党召开特别代表大会，选举达科斯塔为党主席，改变了原来由总书记及其领导下的书记处负责全党工作的模式。

2001年7月29日，达科斯塔第二次参加总统大选，在第一轮投票中被民主独立行动党候选人弗拉迪克·德·梅内塞斯击败。

2005年2月，在圣多美和普林西比解放运动-社会民主党第四次全国代表大会上，达科斯塔辞去党主席职务。

2011年1月，达科斯塔退出解放运动-社会民主党，以独立候选人身份参加当年的总统大选。

2011年8月7日，在总统大选第二轮投票中，达科斯塔以52.88%的选票获胜，再次当选圣多美和普林西比民主共和国总统。达科斯塔表示，再次上任后将严打腐败行为，为发展国家经济铲除障碍。

2011年9月3日，达科斯塔再次就职总统职务。

2016年7月，达科斯塔再次参加总统选举，在第一轮选举结束后，他宣布将不参加第二轮总统选举，并要其支持者不要在8月7日举行的第二轮中投票。

2016年9月3日，达科斯塔卸任圣多美和普林西比总统职务，之后开始退休生活。

达科斯塔第一次执政期间，规定圣多美和普林西比为一党制社会主义国家，圣多美和普林西比解放运动是执政党和全国唯一政党，其党章规定：“解放运动是反对新殖民主义和帝国主义的民主力量的革命阵线，将领导人民建设一个没有人剥削人的合理的新社会，但目前需要有一个非资本主义道路的过渡时期，其长远目标是建设社会主义”。

1985年，达科斯塔承诺在政治上和经济上进行改革，1989年底，达科斯塔在执政党的全国代表会议上宣布将引入政治多元化。

1990年9月，达科斯塔政府颁布新宪法和政党法，宣布实行多党制。

第二次执政期间，达科斯塔努力促进民族团结，积极推动并主导各政治派别举行全国对话，凝聚各方对国家发展共识，努力保证2014年市镇和议会选举顺利举行。

达科斯塔第一次执政期间，积极维护民族独立，发展民族经济，主张优先发展农业，在提高现有经济作物产量的同时，发展粮食生产，做到粮食自给有余。主张圣多美和普林西比先走“非资本主义道路”，待条件成熟时再建设社会主义。

达科斯塔和“解运”实行以国营经济为主的经济政策，建立中央计划经济体制。政府接收了28家原为葡萄牙公司所拥有的大农场，并改成国营事业，并大力发展旅游业。依赖可可和咖啡等经济作物出口收入，建立了远超过其他非洲国家的社会卫生和教育条件。

20世纪80年代中期，国际市场可可价格暴跌令圣多美和普林西比经济遭受重创，政治动荡。从1985年起，圣多美和普林西比开始实行经济自由化，1987年，达科斯塔政府开始执行经济结构调整计划，逐步向私有化转轨，1989年年底，达科斯塔宣布圣多美和普林西比将引入市场经济。

第二次执政期间，达科斯塔主张经济生活非党派化，力争与国际主要债权国达成最大可能减少外债的稳定计划，强调社会发展是经济发展不可或缺的部分，推进国民经济发展，取得一定成效。

达科斯塔执第一次政期间，对外奉行不结盟政策，愿意在和平共处五项原则的基础上与所有国家发展关系；反对帝国主义和种族主义，主张各国事务由各国人民自己管理，反对外来干涉；主张非洲团结，支持非洲民族解放运动，主张建立国际经济新秩序。在这一时期，达科斯塔和圣-普解放运动一直与苏联、中国、民主德国和古巴保持着密切关系。

达科斯塔在第一次执政期间重视发展圣多美和普林西比同中国的友好关系，1975年7月12日圣多美和普林西比独立当天，两国即建立外交关系。达科斯塔总统曾于1975年12月和1983年7月两次率领代表团访问中国。达科斯塔的夫人阿梅莉亚·平托·达科斯塔是圣-普红十字会会长、对外友好团结协会会长，她曾于1985年7月率领代表团访问中国，为增进两国人民友谊作出贡献。

达科斯塔第二次执政期间，外交上主张执行和平、国际团结的外交政策，圣多美和普林西比继续奉行不结盟和睦邻友好政策，主张同所有国家建立和发展友好合作关系，以更好地利用国际合作资源，为圣-普的经济发展服务；反帝、反殖、反对种族主义，支持民族解放运动，积极参加地区性经济合作，圣-普重点发展与周边国家、非洲葡萄牙语国家以及西方援助国的关系；维护非洲团结，重视区域合作，支持实现非洲一体化；强调通过对话解决争端，要求建立国际政治、经济新秩序。

达科斯塔重新执政后，一方面继续维持与台湾“邦交”（1997年5月6日圣多美和普林西比与台湾当局建立所谓“外交关系”），另一方面积极改善对华关系。2013年11月，中国政府代表和圣普的政府代表在该国首都的前中国大使馆里签订设立贸易办事处的协议，两国恢复商贸关系。

2012年1月，达科斯塔访问安哥拉，3月，达科斯塔总统访问赤道几内亚，5月，达科斯塔总统访问南非。6月，达科斯塔总统访问安哥拉，6月20日—22日，达科斯塔总统出席在巴西举行的里约+20首脑会议。10月，达科斯塔总统访问刚果（布）。

2013年，达科斯塔总统对葡萄牙进行私人访问，4月，达科斯塔总统再次访问安哥拉。

2014年6月，曼努埃尔·平托·达科斯塔总统就招商引资项目以私人身份访问中国大陆。

2014年7月，达科斯塔总统出席在东帝汶举行的第10届葡语国家共同体首脑会议。

2015年，达科斯塔总统对葡萄牙进行私人访问，同年达科斯塔访问安哥拉。

2015年5月29日，达科斯塔总统出席尼日利亚总统穆罕默德·布哈里的就职典礼。

2015年10月18日—20日，圣多美和普林西比总统达科斯塔邀请赤道几内亚总统特奥多罗·奥比昂·恩圭马·姆巴索戈访问圣-普，期间双方提出两国建立合作伙伴关系，共同勘探海上石油的建议。

2016年，达科斯塔总统访问佛得角，4月16日，出席刚果共和国总统德尼·萨苏-恩格索的就职仪式，5月20日，达科斯塔出席赤道几内亚总统奥比昂的就职仪式。

2017年8月5日，达科斯塔为庆祝自己80岁的生日，在圣多美城的海滩酒店举办宴会，约200人接受邀请并出席了这次庆祝活动。

2021年8月4日，中华人民共和国驻圣多美和普林西比大使徐迎真拜会圣普开国总统达科斯塔，达科斯塔在会见徐大使时表示，愿继续为推进中国同圣普和非洲国家关系、增进双方人民友谊贡献力量。

2022年10月，曼努埃尔·平托·达科斯塔接受中国中央广播电视总台记者的独家专访，谈及俄乌局势时，他表示俄乌冲突的根源在于北约持续东扩。达科斯塔认为，国际社会应推动俄乌双方通过谈判解决分歧，避免被外部势力所利用，只有双方对话才能找到解决方案。

达科斯塔信奉罗马天主教，能说流利的葡萄牙语和德语；他在年轻时便结识了阿米尔卡·卡布拉尔、阿戈什蒂纽·内图、若泽·爱德华多·多斯桑托斯、萨莫拉·马谢尔和阿里斯蒂德斯·马里亚·佩雷拉等葡属非洲独立运动的主要领导人，他们之间保持着良好的友谊；达科斯塔执政后，与古巴领导人菲德尔·卡斯特罗建立了深厚的友谊。

达科斯塔的妻子是阿梅莉亚·平托·达科斯塔，曾担任圣-普红十字会会长和对外友好团结协会会长。达科斯塔同阿梅莉亚共育有两子两女，分别是：艾萨塔·平托·达科斯塔（女儿）、塔妮亚·平托·达科斯塔（女儿）、曼努埃尔·利马·平托·达科斯塔（儿子）、恩里克·利马·平托·达科斯塔（儿子）。

达科斯塔是圣多美和普林西比国内知名的左翼民族主义活动家，是圣多美和普林西比民主共和国的缔造者。在他执政期间，圣多美和普林西比建立了远超过其他非洲国家的社会卫生和教育条件。（《列国志·赤道几内亚，几内亚比绍，圣多美和普林西比，佛得角》评）

达科斯塔是“非洲社会主义”的代表人物之一，是非洲民族解放运动的杰出领导人。（《当代国际人物词典》评）

达科斯塔能给我们的国家（圣多美和普林西比）带来更多的希望。（前圣多美和普林西比总理玛丽亚·达斯内维斯评）