至正二十七年（1367年），朱亮祖率数万军队讨伐方国珍，攻破天台、台州，打得方国珍之弟方国瑛大败而逃。他追击至黄岩，降服守将哈儿鲁，夺取仙居等县。而后，朱亮祖又连破温州、瑞安、盘屿，两次击败方国珍部将方明善，一直追到楚门。最终，方国瑛、方明善都投降朱亮祖。

洪武元年（1368年），朱元璋建立明朝，史称明太祖。朱亮祖被授为征南副将军，随廖永忠由海路攻打广东，招降广东军阀何真。他随后进兵广西，攻克梧州，杀死元朝尚书普贤帖木儿，平定郁林、浔县、贵县等地。不久，朱亮祖与平章杨璟会师，攻克靖江（今广西桂林），又与廖永忠一同夺取南宁、象州，终于平定广西全境。

洪武三年（1370年），明太祖大封功臣。朱亮祖被授为开国辅运推诚宣力武臣、荣禄大夫、柱国，封永嘉侯，食禄一千五百石，获赐铁券，子孙世袭。当时，明太祖钦定功臣三十四位，其中朱亮祖名列第二十七。

洪武四年（1371年），汤和、傅友德率军伐蜀，分为水陆两路，征讨明夏政权，但都进展迟缓。明太祖便任命朱亮祖为征虏右副将军，让他增援伐蜀明军。但朱亮祖到达蜀地时，明军已经攻破成都，灭亡明夏。他只得去攻打尚未收复的州县。明军班师后，朱亮祖因擅杀军校，未获封赏。

洪武八年（1375年），朱亮祖随傅友德镇守北平，后又随李善长督理屯田，巡视海道。

洪武十年（1377年），明太祖派遣十八位公侯分祀岳镇海渎，其中朱亮祖祭祀南海。

洪武十二年（1379年），朱亮祖出镇广东，并征发军民三万，拓建广东北城。他出身武夫，在镇多有不法之举，与执法甚严的番禺知县道同矛盾很深。道同生性耿直，面对朱亮祖的威逼利诱，始终不为所动。

番禺县（治今广东广州）当时有很多土豪欺行霸市，市民稍有不从，就被他们诬陷下狱。道同抓捕土豪首领，并将其带枷游街。土豪都争相贿赂朱亮祖，请他出面说情。朱亮祖遂设席宴请道同，席间向他提起此事。道同不为所动，厉声道：“您身为大臣，怎能受小人役使？”朱亮祖见道同不允，次日便让人砸开枷锁，将被抓的土豪放走，还找借口鞭笞道同。

道同又依法惩处倚势作恶的富民罗氏。朱亮祖因罗氏是自己爱妾的亲属，又将其抢走。道同再也不能忍受，遂将朱亮祖的不法之事奏报明太祖。但朱亮祖却抢先上奏，诬称道同对上司傲慢无礼。明太祖不知详情，便派使臣前去赐死道同。他随后得到道同的奏章，方知事情原委，忙再派使臣前去赦免。两名使臣同日抵达番禺，但当赦免的使臣到达时，道同已经遇害。

洪武十三年（1380年）九月，朱亮祖被明太祖召回南京，与儿子朱暹被一同鞭死。明太祖念其有功，仍命以侯礼安葬，还亲自为他撰写圹志。

洪武二十三年（1390年），明太祖颁布《昭示奸党录》。朱亮祖被追认为胡惟庸逆党，永嘉侯爵位被废除，次子朱昱连坐被杀。

朱亮祖早年曾为元朝镇压农民起义，战功卓著，后占据宁国，多次击败朱元璋的军队，在宁国之战中击伤猛将常遇春，以勇悍著称。他归附朱元璋后，参与了明军攻灭陈友谅、张士诚、方国珍等割据势力的战争，又随军平定广东、广西、四川等地，为明朝的建立、统一作出了贡献。

朱元璋：朕观天下鼎沸之秋，群雄未有所向，惟俊杰者乃能择主而依也。尔亮祖当朕渡江之后，同人款附，犹豫未决，抗我师旅，朕乃亲征，得尔于宁国。应对之际，言辞磊落，朕甚壮之，亲释其缚，即加升用，戍浙东者历年，参预行省政事。及取温台，由海道从征广之东西，至于海南，兵威所及，无不效顺，厥勋甚著。……昔尉迟恭归唐，立勋为多，尔可比之矣。（《永嘉侯铁券》）

董伦：亮祖性刚勇，善骑射，所至奋不顾身，故能成佐运功，然寡学术，所为多非礼，上念其功，故宽宥之，以全始终。

查继佐：叛将复归，迄无成绩。胡美甥康泰，究不能自见矣。朱永嘉之二宁国，徐常被创还，颇傲，乃以三简赦之。历茂绩封侯，究以道同一语，借胡党，呜呼！不借，皆可以不党者也。

张廷玉：亮祖以下诸人，既昧明哲保身之几，又违制节谨度之道，骈首就僇，亦其自取焉尔。

相传，朱亮祖镇守广州时，曾想在越秀山上营造府第，却在晚上做了个怪梦。他梦见山上飞起一条赤龙，对面海中（珠江）却飞起一条青龙，两条龙恶战一番，青龙不支潜入海中。次日，朱亮祖召集幕僚解梦，但众说纷纭。消息逐渐传开，最终传到朱元璋耳中。朱元璋让刘伯温解梦。刘伯温建议让朱亮祖在越秀山上建一四方塔以镇海妖。于是，朱亮祖便在山上建起五层楼，命名为望海楼，也就是后来的镇海楼。

据《汀州府志》记载，朱亮祖曾驻防汀州府（治今福建长汀），对当地名菜长汀豆腐干极为赞赏，餐桌上常有此菜。

长子：朱暹，授府军卫指挥使，与朱亮祖一同被杀。

次子：朱昱，因坐胡惟庸案被杀。

《明史·卷一百三十二·列传第二十》

《高皇帝御制文集·卷第十六》

《明太祖实录·卷之一百三十三》

《罪惟录·卷八·启运诸臣列传中》

《国朝献徵录·卷八》

《明史纪事本末·卷四·太祖平吴》

《明史纪事本末·卷五·方国珍降》

《明史纪事本末·卷六·太祖平闽》

《明史纪事本末·卷七·平定两广》

《明史纪事本末·卷十一·太祖平夏》

洮州十八龙神

洮州地区（今甘肃临潭县）居民先辈多属明代将领及其裔麾下军士，后世为怀念祖上的开国定鼎勋业，将一些明代将领或皇室成员共十八位作为湫神（龙神）来供奉。其中，朱亮祖为南部总督黑池都大龙王，立庙于流顺乡上寨村。

广州镇海楼

镇海楼，原名望海楼，位于广东省广州市越秀山小蟠龙冈，是朱亮祖于明洪武十三年（1380年）修建的。该楼历史上曾五毁五建，1928年重修时由木构架改建为钢筋混凝土结构，1929年成为广州市立博物馆（即后来的广州博物馆），是广州市标志性建筑之一，名列羊城八景，被誉为“岭南第一胜览”。2013年3月被第七批全国重点文物保护单位。

镇海楼顶层正面高悬金色巨匾，两边有一副木刻楹联：“万千劫，危楼尚存，问谁摘斗摩星，目空今古；五百年，故侯安在，使我倚栏看剑，泪洒英雄！”楹联系清光绪年间赴粤筹办海防的彭玉麟授意其幕僚李棣华所作。联中的“故侯”即指朱亮祖。

关岭侯王庙

关岭侯王庙位于浙江省台州市天台县、新昌县两县交界处，祭祀永嘉侯朱亮祖、靖宁侯叶琛。元朝至正二十七年（1367年），朱亮祖率军攻打台州方国珍，命部将严德破关岭山寨以攻天台，后人遂在关岭建庙崇祀。庙中所立的《明关岭铺侯王庙重修碑记》对此曾有记载。

明代小说《英烈传》中，朱亮祖原为元朝武德将军、万户平章事，因直言劝谏元顺帝，被贬为宁国守御。常遇春率军攻打宁国府、朱亮祖刺伤常遇春，又独战郭英、张德胜、赵德胜、耿炳文、杨璟、唐胜宗、陆仲亨七员虎将，最终力尽被俘。他慷慨就死，结果被常遇春义释，遂归附朱元璋。明朝建立后，朱亮祖曾因公务惩处方孝孺之父方克勤，与其结怨。方孝孺得知朱亮祖出镇广东，便指使门生道同，参奏其不法事迹。朱元璋虽未深究，但仍将朱亮祖召回京师，罢其兵权。朱亮祖为此忧愤病死。

明代小说《西湖二集》第十七卷《刘伯温荐贤平浙中》中，朱亮祖字从亮，自幼“倜傥好奇计，膂力绝人”，与兄弟朱亮元、朱亮宗熟读叔祖朱思本所著《测海图经》。他归降洪武后，被刘伯温荐为副将军，随李文忠平定浙西。当时浙东方国珍勾结海中大盗，招引日本岛倭入寇。朱亮祖命儿子朱暹与朱忠领兵夹击，收降海岛，击溃倭寇，终于降服方国珍，平定浙东。小说意在颂扬刘伯温知才而荐，朱亮祖亲属情况当为丰富情节而设，未见史载。

传统京剧《宁国府》，又名《天长关》。剧情：元相萨敦矫诏令脱脱自尽，大臣朱亮祖勘破其奸，反中谗被贬为宁国府守城官。朱元璋遣徐达攻宁国，常遇春力战朱亮祖，败归，众将亦非亮祖之敌；康茂才诈降亮祖，暗献城池，朱亮祖突围登舟，被俞廷玉翻船，于水中擒获，朱元璋以礼相劝，亮祖归降。

秦腔则有剧目《破宁国》。剧情：元末山东连遭三年荒旱，朱亮祖请银赈济灾民。奸相哈马以朱亮祖与朱元璋同宗，谗言加害。顺帝立将朱亮祖问斩，经户部伍车霸保本，始将朱贬为宁国都尉。朱率领家眷即日离京，奸相暗差张龙，赵虎埋伏观音堂截杀。朱亮祖刀劈二贼，安全赴任。朱元璋率师北伐，直捣燕京，唯宁国久攻不克，乃遣常遇春为帅，大力围攻。朱亮祖孤军无援，身负重伤，终于战败被俘。常遇春为国求才，晓以大义，朱亮祖终归降。

评书《大明英烈传》中，朱亮祖是枪祖宗伯彦图的小徒弟，善使铁背鼍龙枪，号称天下第三条名枪。

2006年电视剧《皇后驾到》，王岗饰演朱亮祖。

2011年电视剧《洪武大案》，徐少强饰演朱亮祖。