2000年，从台湾清华大学人类学研究所退休，并被聘为荣誉讲座教授。

2001年—2010年，任蒋经国国际学术交流基金会董事长。

2017年4月18日，因肺炎引发心脏衰竭，在台北医学大学附设医院病逝，享年86岁。

李亦园早年在台湾“中央研究院”工作，主持高山族文化的调查工作，对一些即将消失的山地文化，进行田野调查，发表一系列的报告。其中包括邵族、排湾族（排湾人）、平埔族、雅美族（台湾雅美人）、台湾泰雅族、阿美族（阿美人）等各土著族群，对他们的家族部落、宗教信仰、经济生活，都作了详细的记录和分析。

1960年后，李亦园的研究兴趣渐渐从异文化转移到汉族文化。他先后几次越海到砂拉越州等地调查当地华人社区的文化现象，同时又在台湾地区的农村进行田野调查。他把东南亚华侨社会以及台湾地区汉族社会看作是传统中国社会的两地移植，并就相同和相异之处，写成多篇报告。

1982年，李亦园接受台湾当局的委托，应用人类学式的田野研究，评估当时的山地政策，对后来台湾当局治理高山族的政策取向产生较大的影响。

截至2017年4月，李亦园著有《人类的视野》《文化的图像》《文化与行为》《信仰与文化》《人类学与现代社会》《马太阿美的物质文化》《田野图像》《人文学概论》等专著16种，专业论文130余篇。

李亦园生前在台湾清华大学成立了历史研究所、语言研究所、社会人类学研究所与文学研究所。

李亦园曾在台湾大学人类学系讲授“宗教人类学”课程数十年；在台湾清华大学与几位人文社会学者合力开设“人文学概论”与“社会学概论”两门通识课程，与杨国枢合力开设“生死学探索”课程，独自开设“社会、文化与宗教”和“人类学”课程。

1986年，李亦园在台湾清华大学创办了人文社会学院，后创办了经济系。

李亦园建议年轻人在选择科系时，最好以兴趣为主要考量。

李亦园先生是一个智者，也是一个仁者。他有智者无上的智慧，更重要的是他有仁者无比的爱心和热诚。（香港中文大学评）

李亦园为台湾地区最具代表性的人类学者，也是华语圈最为知名的人类学家之一。（兰州大学西北少数民族研究中心评）

李亦园先生是中国人类学在台湾地区的主要奠基人，同时也是推动海峡两岸人类学与民族学界交流的先行者。（厦门大学社会与人类学院评）

李亦园先生为人厚道，治学严谨，有丰富的学术行政经验，对国际学术业务的推展具有高瞻远瞩的视野，在人类学与汉学研究的贡献与成就获得学界高度肯定。（蒋经国国际学术交流基金会评）

2018年5月5日，中南民族大学民族学与社会学学院和人类学高级论坛联合主办了“李亦园先生学术思想与中国人类学发展”研讨会，该次研讨会旨在重温李亦园先生的学术思想，发扬其现代意义，反思人类学民族学的发展路径，以推动学科理论范式和实践的进步。

2019年6月，为缅怀李亦园先生的学术贡献，在先生所开拓的学术道路上前瞻中国人类学的未来发展，厦门大学人类学与民族学系举行了“李亦园先生逝世纪念”学术研讨会。