9月24日上午，李敖做客凤凰网，与网民进行了一个多小时的交流，他称参观北京后感到大国气象；下午到北京四中参观，之后驱车前往颐和园游览。

9月25日傍晚五时许，李敖自北京飞抵上海浦东机场，开启了他“神州文化之旅”的第二站行程。在机场与记者短暂接触后，即前往上海外滩参观。

9月26日上午9时30分，李敖在上海复旦大学进行了他“神州文化之旅”中继北大、清华后的第三场演讲。李敖说，现在是中国、中国文化、中国人、中国文字翻身和复兴的大好机会。晚间在上海东方明珠电视塔上俯看了上海夜景。

9月27日早晨，李敖在朱家角欣赏水乡初秋；中午到访上海市市东中学，1949年初李敖曾在这所学校就读过数月时间；下午15时30分，李敖在上海国际会议中心黄河厅召开了记者见面会，表示一路走来没有压力。

9月28日中午，李敖乘飞机从上海抵达香港，开始其“神州文化之旅”最后一站行程。下午李敖在香港举行的记者会上表示，香港法制良好比台湾高明，并称内地未打压香港。

李敖开场的第一句话不是“大家好”，而是“各位终于看到我了！”，他引用教宗表示好的演讲不能看稿，调侃稍早参访大陆并在北大演讲的中国国民党主席连战为“吹台青”（吹牛、台湾人、青年），说连战在当时唬弄了大陆人及学子。

进入正题后，李敖首先赞美一个特别的对象，曾经被中国国民党与中国共产党打倒的势力──北洋军阀，理由是北洋军阀让蔡元培做北京大学校长。李敖说：“北洋军阀有这个肚量，把全国最好的大学，交给和他敌对的一个政治势力的手里”（注：蔡元培是国民党员），大家没有资格骂北洋军阀，“我们不要骂北洋军阀，我们要做历史性的反省”。

李敖指出，美国前任总统克林顿参访北大演讲中引证有错误：克林顿当时演讲时，曾引用胡适说的“争取你个人的自由，就是争取国家的自由”，但是克林顿引用时没有讲到后面这句话：“一个真正的开明进步的国家，不是一群奴才造成的，是要有独立个性、有自由思考的人造成的”。而连战尽管在早先演说中提到“自由主义”四个字，但却是说胡适把自由主义带到台湾，而不直接提出自由主义在大陆的问题。李敖说，自由主义“对我而言，没有复杂，自由主义只是两个部分，一是反求诸己的部分，一是反求诸宪法的部分”。接着，最爱用下半身说话的李敖，提到对待任何问题要有思想上的转变才能有接纳的空间。

接着，李敖说，“谁说共产党不许别人讲话？我拿一本书给你们看”。拿出毛泽东文集，念了一段毛泽东在1962年在扩大中央工作会议上的讲话：“不负责任，怕负责任，老虎屁股摸不得。这是很不对的。有了错，一定要自我批评”，李敖说：“我认为心灵开放是重要的，这一部分自由主义叫做‘反求诸己’。”，“都是你自己的事情，你自己没有一个改革开放的自己，永远困扰自己。所以我说，真正的自由主义者没有人想做，因为太痛苦了，因为太难了，要有很高的文化水平才能做自由主义者，所以自由主义这一段叫做反求诸己，成功了，我自己就知道”。

其后，左手执著一本揭开的《毛泽东文集》的李敖，一脸神气地念道：“共产党是历史上发生的。凡是历史上发生的东西，都要在历史上消灭。因此，共产党总有一天要消灭。不许鼓掌……不许鼓掌……”但台下仍然有不少人鼓掌。

然后李敖用北京俗话总结了人民对政府失望时的五种表现：“嗝了”（自尽而死）、“踮了”（逃离）、“得了”（藏匿做隐士）、“怂了”（投降）、“翻了”（翻脸了）。他提到1932年在美国首都华盛顿，麦克阿瑟元帅带领巴顿将军及艾森豪威尔武装驱散集会抗议的人，“多少人死掉了”，并且登载于当年纽约时报的头条。他提到此后还有“1953年德国”（指1953年苏军武力镇压东德柏林工人起义）、“1956年匈牙利”（指1956年的匈牙利十月事件，遭到了苏军的武力镇压）、“1968年捷克”（指1968年发生在前捷克斯洛伐克的布拉格之春改革运动被苏军武力镇压的事件）、“1970年美国”（指1970年5月4日美国镇压肯特州立大学反越战示威的事件）的政府与人民间的流血事件。李敖说，“全世界任何政府在这个时候都是王八蛋。可是对人民来讲，逼他开枪，局面造成了我们逼他开枪，我们要不要反省，我们为什么这么笨呢，看看有没有什么聪明的方法，焦急的方法你不能够把政府摆平，你自己跟着受害”……“项羽这样喊，李自成也可以这样喊，你不能这样喊。项羽拥有武器，李自成拥有武器，和统治者差不多，你有一把刀，我有一把刀，差不多。现在全世界任何政府的统治者用机关枪、坦克车。所以我说，人民要聪明，争取自由要靠智慧”。

李敖同时展示了他在台湾写过的100多本书中96本曾被查禁的书的列表，比他的人都高。也不忘借机当面调侃在座的北大现任领导，他说，“我回头看，除了我们的刘长乐老板以外，主任及校长都不太笑，我一回头看，就很紧张。他们不算本领，我在内地最佩服的一个人叫做丁关根，你和他讨论问题绝对不笑，脸绷著一路绷到底，我真的佩服。中国历史上有一个人和丁关根一样了不起的，叫包公，他也不笑。所以宋朝人当时叫做‘包拯笑，黄河清’，这是不可能的事情”。（注：前面的“主任”是指北京大学校务委员会主任，即是北大党委书记，而校长则指北大副校长吴志攀。）

接着，李敖提到了开放言论自由的“火山理论”，并解释为什么他认为开放言论并不可怕、也不会“亡党亡国”。再次用下半身说话，李敖举了北欧瑞典及丹麦开放A片的那一年，全国的强奸犯罪率减少了16%，而全国偷看女人洗澡者减少了80%。李敖说，以前在台湾搞言论自由时，被批“闯祸，影响民心士气”，而在今日已经解严的台湾，言论自由，“书不禁了，可是也没事了”。李敖并引用国民党政府当年的国防部总政战部主任许历农上将的话：“我们发现，不查禁你这么多书，也不会亡党亡国”。李敖接着说：“有些言论开放了以后，是火山一样的喷火口，让它喷出去，言论自由像看小电影一样，他讲了，让他骂了，让他说了，老虎屁股让他摸了，没什么了不起”，并希望国家领导人能够体认。他并借机诉求“克林顿讲演现场全体全国播出……连战的演讲现场全体播出，我李敖在这儿为什么要想想看再播出？”

李敖讲完北大前校长马寅初与毛泽东关于人口政策的争论与最终成败后，说：“虽然毛主席说，北京大学水浅王八多，多几个王八也不是坏事”。除了旁征毛泽东，李敖也博引周恩来：“人民大众是有充分的思想自由的，只要其他思想都可以存在，但要讲，不讲这些，别的我们也允许它的存在”。李敖认为，“大家说共产党不让人讲话，是错的，是一部分共产党把毛主席周总理根本的精神给它紧缩了，才有今天的现象”，“现在我们知道都有中国式的社会主义。我请大家问问，社会主义不够，为什么前面要加中国式的社会主义，因为社会主义不够，可是不灵了说不出口，夹了一个帽子，‘中国式的社会主义’，不是吗？”。然后，李敖又回到毛泽东的教导，“毛主席最后的一段话，你们听了绝对会惊心动魄，我念书给你们听，这些骂我们的像龙云、梁漱溟、彭一湖之类的，我们要把它养起来，养着他们骂我，让他们骂，骂得无理，我们反驳，骂得有理我们接受。这对党对人民，对社会主义比较有利”。李敖愿意共产党“存在一千年”，“我们也保住它，共产党愿意为人们服务嘛，我们就是人民，让它为我们服务”，他引述天方夜谭中辛巴达的故事，说：“你要照顾他，我们希望共产党活一千年，我们在它背上贴着它、哄着它、耐着它，让它为我们服务，有什么不好？”

李敖告诫：“我们不服气要打，玩言论自由你们玩不过我，革命你们玩不过坦克车，不要再走这条路，说我们不搞这些，那搞什么？我们去嗝了，去踮了，去得了，去耸了，去翻了，用这种不健康的情绪在家里生闷气”，“我们放弃过去那种念头，就是我们要打天下，我们要和你作对，我要反政府，但已落伍了，为什么落伍了？因为没有可行性”，“人民会吃亏。共产党说，下一代的共产党很聪明，我看到胡锦涛真的很聪明，我们也很聪明，这个时代对我们也很有利”。李敖继续劝励这些幸运、菁英的北大学子：“你们到了北京大学，不要忘你们的责任”。

李敖最后承认，对这些讲话，“很多人提心吊胆，包括我在内，人家说，你到大陆来要不要看长城，我说我可能没上长城先进了秦城”。李敖也叹息，旧中国的北京纯朴、大度，而“那样彬彬有礼的北京已经没有了，现在是处处设防的北京；当你对人处处设防的时候，人变了，心变坏了”。

李敖的演讲全文原本是以同步刊录的方式登载在中国大陆的部分商业网站上，但中宣部已在前一天通知各媒体有关报道李敖之行的处理原则，各种新闻要依新华社刊发的消息为限；所以在演讲结束后一个多小时，演讲全文基本未被各媒体刊登，有关李敖演讲的新闻只报道了他与北大交换礼物这样形式上的内容和演讲中的零星幽默语言。

但是值得注意的是，李敖返台后，中国国台办下属的九州出版社在2005年11月出版了一本介绍李敖大陆行的图书《点评李敖》，其中完整收录了李敖在北大、清华、复旦三校的演讲，未做任何删除（只有在北大的部分，一位学生关于北大党委书记闵维方钳制学术自由的提问部分被删，但演讲本身未做删节）。

李敖在北京大学的演讲中表示希望中国大陆逐步走向“成熟”的、自由和民主的现代社会。他一方面规劝在中国大陆执政的中国共产党能够更加自信的扩大言论自由和接受舆论监督，另一方面他也劝导中国大陆的民众在处理与中国共产党之间的矛盾时采取“温和”及“非对抗性”的博弈方式。李敖的这种政治主张，部份中国大陆人士认为这是他一贯坚持的自由主义思想以及追求中华民族整体利益的体现。