黄埔军校第一期学生中有共产党员、青年团员五、六十人，占学生人数的十分之一。初时，军校内没有成立共产党组织。杨其纲与同学中的共产党员蒋先云、陈赓、王常等保持密切联系，互相交换意见，提高自己的政治觉悟。1924年9月，经军校政治教官张申府的推荐，周恩来从法国归来，被廖仲恺委任为军校政治教官，给第一期学生讲授政治经济学。中共广东区委和周恩来十分重视黄埔军校党组织的建议，决定成立中共黄埔军校支部。在周恩来的主持下，军校的党员开了几次会，选出在同学中威信很高的蒋先云为党支部书记，王逸常担任宣传干事，杨其纲担任组织干事 ，许继慎和陈赓担任候补干事。黄埔支部的成立，使第一期革命师生有了政治核心。杨其纲团结党团员，与进步同学交朋友，着力健全和发展党组织。在蒋先云、杨其纲等人的帮助下，第一期同学谭其镜、曹渊等加入共产党。

杨其纲曾指出：“要扫除帝国主义军阀及一切反革命派的势力，在革命的军事时期固然需要广大的工农群众作后盾，而尤需要为主义奋斗的革命军作前锋”。他加入军校后，更加清楚地认识到枪杆子在革命斗争中的作用，决心锻炼成为一个优秀的革命军人。他异常刻苦地学习军事知识和军事技能，每天一早就起床参加操练和跑步，有时晚上也在苦练投弹、射击。经过6个月的学习，他的体魄和军政素质大大加强。他是第一期最优秀的学生之一。

1924年9月，孙中山亲赴韶关督师北伐，军校派中校战术教官文素松带领第一期第一队的全体学生护卫孙中山。杨其纲也在其中。他目睹孙中山先生的风采，心情感到十分兴奋。在韶关车站附近的一座高山上，蒋先云、杨其纲等学员为孙中山表演了攻防战，得到孙先生的赞扬。

1924年10月，反动的广州商团企图颠覆广东革命政府，中共广东区委支持孙中山平叛。杨其纲向党、团员传达了党组织的指示，号召大家要不畏艰险，为军校树立声威。10月15日，第一期学生在西关一带进攻商团，仅用一天时间就平定了叛乱。杨其纲等人得到了一次很好的实战锻炼。10月19日，他们又被军校分发到各部队任见习官(排长级)。同年11月30日，杨其纲等正式毕业。这时，中共广东区委委员长周恩来来到军校担任政治部主任。在此之前，戴季陶、邵元冲先后担任过军校政治部主任，但这两人都是守旧专制的老官僚，根本不懂政治工作，将政治部变成了一个死气沉沉，毫无作用的机构。

周恩来到任后，决定从根本上改变这一现状。他首先从军校第一期毕业生中选调了杨其纲、洪剑雄、王逸常三名共产党员到政治部担任见习干事。

杨其纲等早就知道周恩来是一位杰出的革命家，十分乐意在他的领导下从事政治工作。杨其纲等到政治部报到后，周恩来立即召集他们研究工作计划。周恩来先征询了杨其纲等的意见，然后语重心长地说：“过去黄埔军校政治部是个空架子，学校也没有多少真正进步的政治工作可言”。杨其纲听了连连点头赞同。周恩来接着又说：“你们看，蒋校长办公室门前挂的是于右任为他写的‘登高望远山，立马定中原’的对联，学生手中流传的是蒋校长主持编写的‘曾(国藩)左(宗棠)治军语录’，这样怎么能把学生训练成真正革命的军事干部呢？今后我们必须努力改变这种状况，真正在军校推行列宁创造红军的经验。”杨其纲听完后从内心里佩服周恩来的真知灼见。周恩来根据政治部的实际工作情况，分配杨其纲担任宣传股员，王逸常担任组织股员，洪剑雄担任编辑。他们马上着手建立政治部正常工作秩序和政工制度。首先，在军校的政治课中增加“社会发展史”、“帝国主义侵略中国史”、“各国革命史”等课程。另外，在新成立的校军教导团第一团中建立党代表制度。蒋先云、李之龙等共产党员被调去担任连党代表。杨其纲、洪剑雄还编辑出版了《士兵之友》壁报。这份壁报内容生动活泼，充满朝气，除抄写在墙报栏上外，还用红蓝两色套版油印出来，分发到各学生队及校军教导团各连。周恩来对这份壁报十分重视，指定杨其纲在编报时要参考广州各大报纸的重要新闻。周恩来叫王逸常整理各大报纸的剪报，供杨其纲等查阅。《士兵之友》是黄埔军校的第一份壁报，杨其纲为编好它花了不少心血。在周恩来的指导下，蒋先云、陈赓、杨其纲等成立了“血花剧社”，上演《皇帝梦》、《革命军》等话剧。周恩来的工作作风非常严谨，吩咐杨其纲等三人轮流整理政治部工作日记。他每天都审阅，看完后用毛笔批个“阅”字。从此，军校的政治工作蓬蓬勃勃地开展起来，有力地配合了军事教育。杨其纲日后回忆这段历史时曾指出：“黄埔军官学校成立即有党代表和政治部。不过最初政治部组织极简单，除了主任及临时教官仅能到校授课之外，几乎再没有什么人。第一期学生毕业以后，政治部才稍具规模。两年多的教训，知政治工作对于军队的重要，尤感过去政治工作的缺陷。”

1924年11月，黄埔军校第二期开办。鉴于中共黄埔支部的负责人蒋先云、陈赓、许继慎等第一期学生已毕业离开军校，而各地又有一批党员进入第二期学习，中共广东区委决定改选党支部。杨其纲担任了党支部书记，余洒度为组织干事，周恩渭、周逸群为宣传干事，王逸常、麻植为候补干事。同年12月，周恩来为适应形势的发展，扩大了军校政治部的机构，设立指导股、编纂股、秘书股三股，负责全校的政治训练、党务工作。杨其纲被委任为编纂股主任。指导、秘书两股的主任也由共产党员王逸常、黄鳌担任。杨其纲在担任了军校党组织领导职务后，变得更加成熟和坚定。他除带领军校中的党团员开展工作外，还注意团结进步青年和国民党员。1924年12底，杨其纲等决定以第二期的共产党员为核心，建立一个火星社作为党的外围组织。该社先后发展社员近百人，其成员以后大多数加入了共产党。1925年1月，苏联顾问鲍罗廷发起组织“青年军人社”，杨其纲和王一飞、胡秉铎等共产党员踊跃参加。同年2月，蒋先云、李之龙等根据周恩来的指示，成立“中国青年军人联合会”，成员有在粤各军进步军人。杨其纲亦是该会的骨干人物。他认为：“黄埔实在是现代中国青年一个重要而且实际的出路；不仅中国而且是东方各弱小民族革命青年的一个集合场。因为黄埔既能解决一般青年的各种困难问题，又能满足他们革命情绪的要求，更是东方各弱小民族学习革命方略及战术的一个总机关。黄埔学生的籍贯遍于各省（新疆除外），各特别区及各东方弱小民族。他们通常以同志的资格站在党的观点上，如兄弟一般的研求革命的学问。”他觉得黄埔学生中有很多热血青年，绝大多数人是抱着救国救民的志愿前来学习的。因此，他很喜欢与同学中的有识之士交朋友。他不仅和王逸常、周逸群、王一飞等共产党员合作得很好，还与一些思想右倾的同学接触，启发他们支持国共合作。他利用在政治部任职的方便，经常到各机构和学生队与共产党员联系、布置工作和听取汇报，使第二期中的党团员随时得到上级党组织的指示精神。杨其纲等常利用假日到广州的省港罢工委员会、国光书店、农民运动讲习所三个地方召集党员开会和进行党组织生活。他们称这三处为“革命俱乐部”。

1925年2月1日，广东革命政府举行第一次东征，周恩来担任校军政治部主任，率政治部的王逸常、洪剑雄二人一同赴东江前线。杨其纲被留在军校政治部工作。共产党员包惠僧接替周恩来担任黄埔军校政治部主任。杨其纲和包惠僧经常在一起研究工作。每天夜晚10点钟熄灯号吹响后，杨其纲和周逸群、余洒度、黄鳌等党支部成员就汇集包惠僧的寝室召开秘密会议，商量党组织的工作安排。 同年3月，第一次东征取得胜利。4月24日，贺衷寒、曾扩情、潘佑强等黄埔学生成立了一个反共组织“孙文主义学会”，与中国青年军人联合会对抗。从此，在黄埔师生中产生了两种思想和势力的斗争。孙文主义学会分子经常气势汹汹地在军校里闹事，矛头针对蒋先云、杨其纲、周逸群等人，甚至在深夜里偷窃共产党的文件。杨其纲等沉着老练地对付他们，既与他们作坚决斗争，又力求避免无原则纠纷，因而没有酿成重大冲突。同时，杨其纲等根据周恩来的意图，一方面积极发展党员，扩大党组织；另一方面采取秘密小组的方式开展党、团活动，不给敌人抓住把柄。

1925年6月，滇桂军阀杨希闵、刘震寰在广州叛乱。黄埔军校校军奉命回师平叛。包惠僧、杨其纲等挑选了几十名党、团员和进步学生组成一个全副武装的宣传队，在叛军溃败后进入广州市区驱逐散兵游勇，救济难民和安定民心，维持社会秩序。6月12日，杨、刘叛乱被平定，校军捉获了数千名俘虏。这一大批俘虏被押到黄埔军校暂时关押。杨其纲等带领政治部的职员和入伍生管理这些敌俘。他们既要布置警卫，又要对敌俘进行宣传教育，还要筹措伙食，一天多时间没有休息。直到校军凯旋回到黄埔，一切恢复正常，他才松了一口气。

1925年7月1日，黄埔军校第三期学生正式入学。军校政治部主任改由邵力子担任，共产党员鲁易担任副主任，聂荣臻不久也担任了政治部秘书。政治部下设宣传、组织二科。宣传科长是鲁纯仁，杨其纲改任宣传科科员，稍后又升任宣传科长。中共广东区委军委根据军校第二期学生已毕业离校，决定改组黄埔支部。杨其纲再次担任支部书记，曹素民担任组织干事，宣传干事为段子中，段启恺为候补干事。在此四人中，除杨其纲为第一期学生外，其余均为第三期学生。周恩来已辞去军校政治部主任，担任了国民革命军第一军政治部主任等职，在黄埔军校的时间不多，故他委派鲁易、聂荣臻领导军校党组织的工作。但大事仍由周恩来决定。当时的军校政治部大多数人是共产党员，校内党团员人数不断增加，杨其纲协助鲁易、聂荣臻对党团员加强政治形势教育，促进校内军政训练的开展。他们特别强调大部分党员不公开身份，只有少数党员公开身份活动。杨其纲还主持编辑了《军事政治月刊》、《黄埔潮》、《黄埔丛刊》等书刊。同年9月，黄埔军校筹备成立校史编纂委员会，邵力子为主任，杨其纲、周逸群、毛思诚等10人为编纂员。同年10月，国民革命军举行第二次东征，杨其纲留在军校内从事宣传鼓动工作，他在《革命军》、《黄埔潮》等刊物上刊登了大批介绍东江前线战事的消息、评论，鼓舞东征军的士气。

1925年11、12月间，校长蒋介石几次向周恩来等提出，交出军校中共产党员名单和校内共产党员公开活动。周恩来婉言拒绝。杨其纲根据广东区委的指示，加强对党团员的政治教育，还经常向军委汇报校内情况，研究对付孙文主义学会分子的对策。这时，黄埔军校第一、二期毕业的党、团员已分散到国民革命军第一军、海军局等处担任要职，形成了被国民党右派称之为“赤黄埔系”一股革命力量。周恩来公认是“赤黄埔系”的首领，而杨其纲就是“赤黄埔系”里掌管组织、机要的核心人物之一。

1926年1月12日，国民党中央军事委员会决定将黄埔陆军军官学校改组为中央军事政治学校。杨其纲曾在一篇文章中指出了改组的意义和目的：“一方面统一了国民革命军干部的军事政治教育；一方面使人认识政治工作的重要。自改组后，人数加多了一倍以上，同年3月1日，中央军事政治学校正式成立，其中一项重大措施是添设了政治科，有系统地施行政治教育，培养军队中专职政工人员。恽代英、萧楚女及杨其纲等被军校聘为政治教官。 政治课在学生课程中占很大比重，但没有正式教材，由政治教官自编讲义。杨其纲在谈到自己如何讲授政治课时是这样说的：“政治教官根据党的主义与政策，授以近代社会科学的知识，使学生确定革命的观点，并趁每次群众运动的机会使他们组织宣传队，练习宣传工作的能力，并养成向民众宣传的习惯。十五年九月，第五期政治科入校以后，更在正课内，规定每周一次到乡间实习，由政治部制定种种惹人注目的标语、红旗、画报等，学生也觉得得与人民接触之机会，兴致勃勃，比在课堂内听讲更有益处。”在杨其纲等人的努力下，造就了一批富有献身精神的军队政工人才，配合了北伐战争。正如杨其纲指出的“十五年七月出师北伐，校长蒋总司令亲率二十万健儿驰驱于湘、鄂、赣间。第四期政治大队的学生于出发之先，授以战时宣传工作特别训练，选拔二百人为宣传队，充政治指导员、党代表。黄埔学生服役军中得光荣之牺牲者，前仆后继”。

1926年3月8日，黄埔军校第四期学员入学。军校政治部主任仍为邵力子，副主任则是共产党员熊雄。不久，因邵不能驻校办公，由熊雄代行主任职责。政治部的机构亦有变动，分设总务、组织、宣传三科。杨其纲任组织科科长。军校第四期学生中有一批共产党员，而恽代英、高语罕、张秋人、安体诚等党的重要人物亦来校任教，故中共广东区委军委决定将黄埔支部扩大为黄埔特别支部，杨其纲担任特支书记。特支管辖的党员有100多人。

1926年3月20日，蒋介石制造“中山舰事件”。打击共产党人，事后，熊雄到中共广东区委向陈延年、周恩来汇报了军校情况，要求加强军校党组织和领导力量，于是，广东区委决定在军校再成立一个党的核心组织“黄埔军校党团”。党团书记为熊雄，恽代英、杨其纲、安体诚为党团干事，另派饶来杰为区委特派员驻校协助工作。黄埔特支在党团领导下开始工作，特支下分党小组活动。区委指出军校党组织的中心任务是“团结左派，争取中间力量，反对极端势力，积极宣传孙中山先生联俄、联共、扶助农工三大政策和国民革命运动，加强军校政治教育工作，培养配备国民革命军各军的军事政治骨干与后备力量”。杨其纲坚决执行这一指示，与熊雄等齐心协力，团结一致，对完成党的上述任务中发挥了重要作用。中山舰事件后，国民党右派的反动气焰日益嚣张。同年4月，蒋介石公开提出不准共产党员担任第一军的各级党代表，在5月又在国民党二届二中全会上提出旨在取消和削弱共产党力量的“整理党务案”。他还再次要黄埔军校内的共产党员公开身份。陈延年指示军校党组织：“一个都不要向所在单位国民党党部表态，尤其是一向没有暴露中共党员身份的人更应保持常态”。杨其纲很快就将上级精神传达到每个党小组。同年5月24日，蒋介石为了进一步控制黄埔学生，决定解散中国青年军人联合会和孙文主义学会，成立黄埔同学会。他指示亲信学生曾扩情、贾伯涛等进行筹备工作，但考虑到共产党在黄埔军校的势力，又安排了蒋先云、杨其纲等参加。6月27日，军校举行师生恳亲会，正式成立黄埔同学会，以蒋介石为会长，杨其纲以第一期学生代表的身份当选为同学会代表。6月29日，杨其纲又和蒋先云等12人一起被蒋介石指定为黄埔同学会的监察委员。

黄埔同学会初时虽有不少共产党员担任会务工作，但实权掌握在蒋介石的心腹手中，杨其纲实际上很少过问会务，只挂了一个虚衔。不久，这个机构就成为蒋介石加强个人独裁，迫害黄埔进步师生的工具。后来，杨其纲的牺牲与黄埔同学会内的反共分子告密和诬陷很有关系。

1926年6月28日，蒋介石在黄埔军校总理纪念周上讲话，胁迫军校跨党的共产党员或者退出国民党，或者退出共产党，并限期三天。杨其纲是在第一期学习期间集体加入国民党的，是个已公开了共产党员身份的跨党党员。他面对蒋介石的威迫利诱，坚决不肯放弃自己的信仰，和蒋先云、陈赓等人一起宣布退出国民党。但军校党组织仍根据区委和周恩来的指示，要求一些新入党或没有公开活动的共产党员仍留在国民党内。在后来的革命斗争中，这些秘密党员发挥了重大作用，如在黄埔军校潮州分校工作的侯镜如、廖运泽等。

1926年7月，北伐军正式誓师北伐。黄埔军校很多共产党员都奔赴前线。杨其纲除在校内加紧宣传北伐外，还注意联络陆续到校第五期学生中的党员。其时，周恩来已离开广州。杨其纲直接由中共广东区委军委书记熊雄领导。每逢星期天，他大多到广州市内越华路广东油业工会参加区委军委会议，听取陈延年等的指示。同年11月15日，军校第五期开学。杨其纲继续担任第五期的政治教官和军校政治部党务科科长。同年12月，军校国民党特别党部成立宣传委员会，杨其纲代表党务科参加委员会的工作。这时，恽代英已奉命主持武汉分校的工作，聂荣臻亦被广东区委派到北伐军中，军校中共党组织由熊雄、杨其纲、安体诚、饶来杰主持。杨其纲继续担任特支书记。安体诚是政治部的宣传科长，饶来杰公开身份是军校图书馆的管理员。广东区委指示他们领导全体党员在各个岗位上，为培养革命力量而努力，争取北伐战争的早日胜利。

在黄埔军校的三年中，才华横溢的杨其纲写了不少好文章，宣传我党的主张，总结军校的成功经验，给后人留下宝贵的精神财富。1926年1月1日，他在《黄埔潮》上发表《一年来本校之经过》回顾了黄埔军校建校一年来的经过。同年，在《黄埔潮》第29期上发表《纪念列宁逝世二周年》一文。1927年3月1日，他在《黄埔日刊》上发表了长篇文章《本校之概况》。他指出黄埔军校能产生巨大的影响和成绩，主要有二个特点。第一个特点是政治工作：“黄埔陆军军官学校在极简陋的物质设备环境中，对于学生除了授以下级军官必需的军事学识之外，复授以政治教育，使明了社会经济、政治、历史及主义、党纲、政策等。即不仅知道枪是怎样放法，而且知道枪要向什么人放。”第二个特点是执行了孙中山先生的新三民主义和国共合作政策。他指出：“中国国民党改组即规定了具体的革命政策，其中最重要而在黄埔实施最明显的要算：农工政策、联俄政策、联共政策。”杨其纲认为黄埔军校的军事教育亦极具特色：“本校的教育注重实用，不尚空谈。如军事学科讲授必要的教程及典范令等；术科差不多除了操场基本教练之外，大半都是在野外演习。事实是：广东两年多来的政局，几乎大半是在战争状态中，黄埔学生没有一期能够在校平安受课的。每遇一次战事，他们所学的能够马上用到实际去，射击演习更是他们每周的常课。”杨其纲还充满激情地指出：“我们可以说：中国国民党的改组，开中国革命史上一新纪元。而黄埔军官学校的成立，也同样在中国革命战史上划一新时期”。

杨其纲自在黄埔军校第一期毕业后，一直在政治部从事政治工作。他认为政治工作是革命军队建设的重要环节。他曾指出：“政治部是负担政治教育及在学生与人民群众中发展国民革命意识之唯一机关。政治部对党及党代表负责，党代表命令及指导政治部，务使严重的军队纪律在正确的政治认识和指导之下，以巩固战斗力之基础，使部队成为严密的组织，”杨其纲长期负责黄埔军校党组织的工作。他工作认真细致，作风艰苦朴素。他经常理直气壮地宣传党的国共合作主张。他曾公开指出：“每期学生不仅有单纯的国民党员而且有第三国际支部的中共党员。在中国受国际帝国主义侵略剥削的政治经济环境之下，有了无产阶级群众，当然也有无产阶级政党的组织。”他还大力歌颂孙中山的联共政策：“而在半殖民地的革命运动，国民革命是必经阶段。所以经孙总理之允许，毅然加入国民党内合作。党的政策亦以国民革命必须容纳各派革命分子之故，完全接受孙总理之主张，而与中国共产党结成严密的同盟。当然黄埔不能例外，完全在孙总理、蒋校长、廖党代表指导之下，无论是否纯粹国民党员，大家努力于国民革命，丝毫没有怀疑。”

在北伐战争中，黄埔军校第一、二期学生很多担任了北伐军将校一级指挥官，当初与杨其纲共事的共产党员蒋先云、曹渊、陈赓等亦升任了团、营长。但杨其纲一直接受党组织的安排，在军校政治部当一名科长，从不计较自己的名利得失。

1927年4月12日，蒋介石在上海发动反革命政变，消息传到广州，杨其纲等急忙与广东区委军委负责人黄锦辉联系，黄锦辉传达了上级指示：“保持镇静，提高警。”4月14日，广东的新军阀李济深也决定对共产党员下毒手。当天晚上，黄埔军校教育长兼代校长方鼎英与军校政治部主任熊雄谈话，劝熊雄离开军校出国。熊雄从方鼎英口中知道了国民党广东当局要进行“清党”的行动，便决意离开。临行前，他找了杨其纲、安体诚、饶来杰等军校党组织重要人物谈话。他勉励杨其纲等要继续争取群众。杨其纲等劝熊雄赶快离校。4月15日早晨，饶来杰到广州向黄锦辉汇报情况。黄要求饶不回军校，留在军委共商军校党团员转移事宜。黄锦辉还派联络员通知杨其纲，并要杨主持军校党组织的一些事务。

杨其纲已意识到大事不好，便通知一些已公开身份的党团员设法逃走，如未暴露身份的则不要轻举妄动。4月18日，黄埔军校当局召集全体师生在俱乐部和操场上开会，正式实行反共清党。而杨其纲和萧楚女、入伍生部政治部主任谭其镜是敌人缉拿的首要目标。在一天内，杨其纲等400多名革命师生被捕，这就是“四·一八惨案”，肖楚女因肺病在东山医院养病，被军警逮捕后杀害，军校政治部主任熊雄和政治部宣传科长杨其纲于1927年4月15日在广州被捕，不久即遭枪决。杨其纲被杀时，年26岁。其写有《纪念列宁逝世两周年》、《本校之概况》等文。

1929年，中共负责营救被捕同志和抚恤烈士的机构中国济难总会编了一个在党内发行的小册子《牺牲》，里面收有《杨其纲事略》，介绍了他的简要事迹：“其纲是直隶人。毕业黄埔军校第一期，在黄埔任政治部宣传科长，异常勤奋，同学同事咸敬畏之。1927年3月蒋介石叛变，惨杀黄埔革命青年，其纲乃遭枪决。”1945年，中国共产党第七次全国代表大会编印了《军队死难烈士名录》，其中载有杨其纲烈士的籍贯、入党入团时间和简历。