洪武二十七年(1394)进士，授行人司右司副。上疏言：“扬雄为王莽时期的大夫，贻讥万世。董仲舒《天人三策》及正谊明道之言，足以扶翼世教。今孔庙从祀有扬雄无董仲舒，非是。”明太祖从之。历官湖广布政司参议。

建文年间，建文帝遣李景隆等政围北平城，杨砥上言：“帝尧之德始于亲九族。今宜惇睦诸藩，无自剪枝叶。”不报。为齐泰、黄子澄所忌，斥罢之，因父丧而归。

明成祖即位，起鸿胪寺卿，请求终制。服阕，擢礼部左侍郎，坐巡视河渠失职，降工部主事，改礼部主事。

永乐十年（1412），命检阅北京郡县马匹，迁北京行在太仆寺卿。时吴桥至天津大水决堤，伤害庄稼。杨砥请开德州东南黄河故道及土河，以杀水势。明成祖命工部侍郎蔺芳经理。

永乐十一年（1413），兼苑马寺卿，杨砥制定牧马法，请令民五丁养种马一匹，十马立群头一人，五十马立群长一人，养马家每年免租粮一半。而蓟州以东至山海诸卫，土地宽广，水草丰美，其屯军人养种马一匹，租亦免半。明成祖命军租尽免之，余悉从其议。于是马政兴盛。