其父为萨利安家族的卡林西亚公爵奥托一世，外祖父是罗马帝国皇帝奥托。布鲁诺曾是奥托三世的宫廷专职牧师，约翰十五世去世后，表弟奥托三世册立其为教皇。

在政治上，格里高利是奥托三世在罗马的代言人，任内赋予帝国境内的修道院许多特权。996年5月21日，格里高利加冕奥托三世为罗马帝国皇帝，加冕礼后，奥托以皇帝和教皇的名义召开宗教会议，会上恢复了阿努尔夫的兰斯大主教职位。此前，西法兰克国王罗贝尔二世坚持拥有自行任命主教的权利，并无视血亲关系，执意和表妹伯莎结婚。基于此，格里高利对其施以绝罚，迫使后者不得不放弃主教任命权以及离开伯莎。

997年，以克莱申提乌斯二世为首的皇帝反对派推选洛安尼斯·菲尔阿格忒斯为对立教皇，称“敌对教皇约翰十六世”，以此来对抗教皇和皇帝。奥托三世果断地平息了罗马的叛乱，约翰十六世仓皇出逃，不久被抓获并遭到酷刑：鼻子、耳朵和舌头被割；眼睛被弄瞎；手指被挑断，最后被监禁在德意志的富尔达修道院，死于1001年。克莱深提乌斯在圣天使城堡内自杀。