1984年9—12月，河南省文物研究所张居中、王良启带队，进行第二次发掘，揭露面积100平方米，发现灰坑19个，墓葬14座。

1985年9—12月，由张居中、王良启带队第三次发掘，揭露面积355平方米，因水位太高，未能发掘到底。

1986年3—6月，张居中、杨振威带队将第三次未掘到底的文化层继续进行了清理。其重大收获是确认了3支七孔骨笛等。

1986年9—12月，张居中带队进行第五次发掘，揭露面积556平方米。重大收获是确认了依次扩建的多间房基。

1987年3—6月，张居中、王胜利带队进行第六次发掘，发掘面积1296平方米。重大收获是发现龟甲契刻符号，并确认了3座陶窑。其间，郑州大学考古专业84级学生在贾州杰、宋豫秦、张国硕老师的带领下在此进行考古实习。

2001年3—6月，中国科技大学、河南省文物研究所张居中、秦颖、潘伟斌等专家，在舞阳县博物馆配合下进行第七次发掘，揭露面积300平方米。清理出房址8座，陶窑3座，灰坑66座，墓葬96座，各类遗物数百件。

2013年9—12月，河南省文物考古研究院与中国科技大学科技史与科技考古系合作，在舞阳县博物馆的配合下，对贾湖遗址进行了第八次发掘。发掘面积300多平方米，共清理墓葬97座，房址9座，灰坑25个，兽坑2个，出土陶、石、骨、角、牙等器物600余件及大量陶片和动植物遗存。

2023年，贾湖遗址第九次考古发掘获国家文物局批复同意，将于今年进行，拟发掘面积320平方米。

2023年12月，河南省舞阳县贾湖遗址迎来第九次考古发掘。

贾湖遗址呈近圆形，总面积5.5万平方米，文化层厚1—1.5米。是一处重要的裴李岗文化遗址。贾湖遗址清理出房址45座、陶窑9座、灰坑370座，墓葬249座、瓮棺葬32座、埋狗坑10座，以及一些壕沟、小坑、柱洞等。

贾湖遗址主要是古墓葬、房址、陶窑、灰坑等。墓葬多长方形土坑竖穴，墓向以西和西南居多，无葬具痕迹。随葬物大多为生活实用品，有的随葬品成组出现，如龟甲、骨笛、叉形器成组出现的墓葬有20多座，墓一般均较大，随葬品较丰富。男性随葬品多为石铲、石斧、骨镖、骨镞等，女性随葬品以骨针、纺轮、磨盘较多。贾湖遗址的墓地比较集中，多成片出现，有的重复埋葬出现叠压。房址大多为椭圆形，结构以半地穴式为主，多为单间，有少量依次扩建的多间房。房址内有灶台、柱洞等。窑址较小，有窑室、火门、烟道和烟孔，有的保留有窑壁和火道。

贾湖遗址清理出房址45座、陶窑9座、灰坑370座，墓葬249座、瓮棺葬32座、埋狗坑10座，以及一些壕沟、小坑、柱洞等。出土的遗物有刻符龟甲、骨笛、稻作遗存等。

贾湖遗址的重大发现包括遗迹、遗物两部分。遗迹主要是古墓葬、房址、陶窑、灰坑等。

遗物主要包括陶制品、石制品、骨角牙制品及动物遗骸、植物果核等。

陶制品以红陶为主，有泥质、夹砂、加炭、夹蚌、夹云母陶等。种类有：炊器（釜、鼎、甑）食器（钵、三足钵、碗）、盛器（缸、双耳壶、罐、盆）、及渔猎工具类（弹丸、网坠、陶锉、纺轮）。

石器品包括加工工具、生产工具、生活用具、装饰品等。

加工工具：石砧、石钻、钻帽、石锤等。

生产工具、生活用具：舌形石铲、齿刃石镰、石斧、石刀、石凿、石磨盘、石磨棒、石杵、石矛等。

装饰品及其它：石环、柄形饰、管形石饰、方形坠饰、三角形坠饰、圆形穿孔饰、梭形饰、穿孔石器等。这些装饰品大多打磨精、石质美；坠饰多绿松石，有的质如粗玉；多有穿孔，有的为横孔。

骨角牙制品包括、狩猎、捕捞、纺织、缝纫、生活及宗教用品等。主要有：骨镞、骨镖、骨矛、骨凿、骨匕、骨锥、角锥、牙锥、骨针、骨刀、牙削、骨环、叉形器、骨笛等。

动物遗骸有20多种。野生哺乳动物有貉、紫貂、狗獾、豹猫、野猪、梅花鹿、四不象、小鹿、獐、野兔等；家养或可能家养的哺乳动物有猪、狗、羊、黄牛、水牛等；鸟类有天鹅、丹顶鹤、环颈雉等；鱼类有鲤鱼、青鱼等；爬形类有扬子鳄、龟、鳖等。植物果核主要有碳化的人工栽培稻、野生稻、栎果、野胡桃、野菱、野大豆等。

沙河故道位于河南舞阳城北22公里处，出土一批甲骨。经碳14测定，这里的文化层异常单纯；是一处裴里岗文化时期的原始社会聚落遗址。从1983年起，河南省文物研究所先后在此进行了6次考占发掘工作，出土陶、石、骨、甲等质料遗物数千件。

贾湖遗址在考古工作中，发现大量的柄形器（权利地位的象征）、叉形骨器、龟灵占卜、太阳纹陶器等宗教用品。

贾湖遗址共发掘出三十余支骨笛同是世界上迄今为止发现最早、保存最完整的管乐器。已具备七声、八声音阶，有二孔、五孔、六孔、七孔和八孔笛，长度大约都在 17.3-24.6厘米，直径在0.9--1.72厘米间，其制作材料系用鹤的尺骨制作而成，制作规范，形制固定。经中央民族乐团黄翔鹏等音乐家对其中一支七孔笛测试，知其已具七声音阶，并能完整吹奏现代乐曲。它把人类音乐史向前推进了3000多年。

在河南舞阳贾湖新石器遗址出土的甲骨所显示的契刻符号的形成年代，早于安阳殷墟的甲骨卜辞4000多年，领先于素称世界最早文字的古埃及纸草文书，比西安半坡仰韶文化陶器上的刻划符号和山东大汶口文化陶器上的文字早2000年。新发现的甲骨契刻符号，多载于随葬的带孔龟甲甲板上 。这类带孔甲板，是与远古时期人类占卜相联的佩在身上的饰物。为探索中国文字的起源提供了实物资料。

贾湖契刻共发现十七例，分别刻在甲、骨、石、陶器上，其中龟甲上刻符9例，骨器上刻符5例，陶器上刻符3例，其特点均是契刻而成。专家研究，刻符结构为“横”、“点”、“竖”、“撇”、“捺”、“竖勾”、“横折”等笔画，书写特点也是先横后竖，先左后右，先上后下，先里后外，与汉字基本结构相一致。有些契刻符号的形状与其4000年后的商代甲骨文有许多相似之处，如形似眼目的“目”，太阳纹等。

贾湖骨笛，创造了中国音乐史上的奇迹；人工栽培稻遗存的发现，证明了黄淮流域是稻作农业的起源地之一；这里发现的契刻符号，很有可能是汉字的滥觞；还有那些随葬的龟甲，反映了贾湖先民原始的宗教信仰。

贾湖遗址的发现，在国内外引起轰动，《人民日报》、《光明日报》、新华社等主流媒体都在显要位置进行了宣传报道，英国《自然》、《古物》杂志、《美国国家科学院学报》、《美国国家地理》杂志等世界著名学术刊物给予了关注和大量报道。2007年以来，中央电视台《国宝档案》、《探索・发现》、《走近科学》栏目分别播出《贾湖骨笛》、《远古的声音》、《贾湖大发现》专题片。

贾湖遗址是淮河流域迄今所知年代最早的新石器时代文化遗存，提供了结合黄河中游至淮河中下游之间新石器文化关系的一个连接点。

一些学者提出，文字在中国的形成已经历了一个缓慢而长期的发展过程，其源头甚至可追溯到八千年前。他们研究认为，河南省的新石器时代墓穴中发现的龟壳上的契刻痕迹是最终演变成汉字体系已知的最早前身。香港中文大学饶宗颐曾对贾湖契刻进行了深入探讨考证，提出“贾湖刻符对汉字来源的关健性问题提供了崭新的资料”。北京大学历史系古文字学家葛英会也认为“这些符号应该是一种文字”。有的学者认为“贾湖契刻的发现，为商代甲骨文的历史源头探索提供了可靠的证据”。

贾湖文化是以舞阳贾湖遗址为代表的中国新石器时代早期的重要文化类型，属于裴李岗文化的一个分支，也是裴李岗文化的主要源头，年代范围为BC7000—BC5800年，主要分布在淮河上游的支流沙河和洪河流域，最北可达颍河、汝河流域。

贾湖遗址发掘，再现了八千年前人类生活的景象，被评为20世纪中国100项考古大发现之一，被镌刻在北京“中华世纪坛”青铜甬道。贾湖文化是中华民族历史长河中第一个具有确定时期记载的文化遗存，是“人类从愚昧迈向文明的第一道门槛”。

1999年2月，科学出版社出版了170余万字及千余幅图片的大型发掘、研究报告《舞阳贾湖》上、下卷。上卷系统介绍了遗址的文化内容、分期、年代、性质及与周围文化的关系；下卷对自然环境、人种及人类体质、经济结构、技术工艺、聚落形态、原始崇拜、原始音乐等进行了探讨。是一部系统介绍、研究贾湖文化的专著。出土文物涉及多学科领域，相关领域的专家学者对出土的文物标本进行鉴定、分析，并进行研究。

1986年11月，河南省人民政府豫政（1986）111号文件，公布贾湖遗址为河南省第二批文物保护单位。

1989年，河南省人民政府豫政（1989）215号公布了遗址的保护范围和建设挖制地带。

2000年4月，舞阳县政府根据国家文物局《关于做好大遗址保护规划的通知》要求，制定了《贾湖遗址保护规划》和《贾湖遗址保护管理办法》。保护规划以河南省人民政府公布的保护范围为依据，在保护区内严禁任何单位或个人进行基本建设和动土活动。

2001年6月，国务院公布贾湖遗址为第五批全国重点文物保护单位。

2003年11月，贾湖遗址重新树立了保护标志牌。

2005年4月—6月，舞阳县委、县政府成立“舞阳县贾湖文化开发工作领导小组”，负责贾湖遗址及贾湖文化的保护和开发利用等工作。同年12月5日，规划项目被国家文物局批准立项，由贾湖文化保护开发办公室，委托中国建筑设计研究院历史建筑研究所制作贾湖遗址保护总体规划项目。省文物局拨款20万元用于规划前期的基础性工作。

2013年11月，舞阳县人民政府召开了“纪念贾湖遗址发掘30周年暨贾湖文化国际研讨会”。

2016年，贾湖遗址分别入选国家《大遗址保护“十三五”专项规划》、河南省委省政府《华夏历史文明传承创新区建设方案》。

2016年7月，贾湖遗址正式载入教育部审定组织编写、人民教育出版社出版的义务教育教科书《中国历史》（七年级上册）。

2017年，贾湖考古遗址公园被列入全国第三批国家考古遗址公园立项名单。

贾湖遗址地处舞阳县北舞渡镇西南1.5公里的贾湖村，南距舞阳县城22公里，东距北舞渡镇2公里，北临灰河，南依泥河，东接泥河洼蓄滞洪区。

坐宁洛高速，到河南漯河孟寨出站，往北沿S220公路，或者沿S330I漯舞路经舞阳县城转至S220往北，或沿S241经北舞渡往南转到S220行程大概半里便看到一个牌坊，上面有“舞阳贾湖”字样，拐道西行2公里左右即可到达。

2024年2月28日，舞阳县贾湖遗址阿岗寺遗址保护中心上报的《探源贾湖文化 寻根中华文明》获中国考古学会、中国文物报社主办的全国考古遗址保护展示十佳案例。