更新时间：2023-04-06 19:19
1996年6月14日至16日：清华大学王大中校长、梁尤能副校长与杨振宁教授讨论成立高等研究中心的问题，并聘请杨振宁教授担任高等研究中心名誉主任。
1997年3月14日：在杨振宁邀请下，聂华桐教授应聘担任高等研究中心主任。
1997年6月2日和3日：“清华大学高等研究中心成立大会暨21世纪基础科学的展望研讨会”在
清华大学举行。李岚清副总理应邀参加成立大会并发表讲话。
1997年6月2日：江泽民主席在人民大会堂会见参加大会的中、外科学家。
1998年3月13日：“清华大学高等研究中心基金会有限公司”在香港注册。
1999年10月2日：“清华大学高等研究中心落成典礼”及清华大学高等研究中心基金会赞助人芳名牌揭幕仪式在清华大学新理科大楼举行。
2012年02月27日，原清华大学校长顾秉林接任学校高等研究院院长一职。新上任的清华大学校长陈吉宁宣布，顾秉林教授接替高等研究院原院长聂华桐，成为第二任高研院的院长。他介绍，该研究院自上世纪90年代成立起，一直贯彻了杨振宁先生的办学理念，模仿国外的高等研究院，创造不受打扰的学术环境。招聘国外归国教师，把国内的基础学科搞上去，因此有物理、化学、计算机等理科学科。当前侧重于理论性课题。顾秉林则在发言中说，自己回到高研院后，会致力于两件事情：第一是培养一流的科学人才，给他们独立的科研环境；第二要揽国外的出色的科研人才回国，给国内的基础学科做贡献。
2023年4月6日，清华大学高等研究院与蚂蚁集团成立“隐私计算与区块链联合研究中心”。
清华大学高等研究院聘请杨振宁教授为名誉院长，聂华桐教授为院长，海内外著名科学家担任顾问或学术委员会委员。并由杨振宁聘请一大批海内外知名学者任研究员、客座研究员。
高等研究院以“创新、交叉、综合”为研究活动的主导思想，倡导开拓性与科学首创精神。在数学、物理、化学和生命科学等学科以及相关领域中，选择对未来科技发展可能产生重要影响的并对探索自然规律有深远意义的问题为研究内容。当前侧重于理论性课题。近期的主要研究领域包括：统计物理、凝聚态理论、数学物理、基础数学、理论生物学、理论计算机科学等。高等研究院积极推动基础科学同其它相关学科的交叉、渗透与合作，促进清华大学学术水平的提高。今后， 随着高等研究院的发展和条件的改善，研究领域将逐步拓宽。
遵循“精干、择优、流动”的原则，高等研究院积极招聘国内外的科学英才，保证人员结构合理和高活力、高效率。高等研究院将为研究人员提供优良的工作条件、宽松的学术环境和较好的生活待遇。
清华大学众多的拔尖学生和研究生为培养造就杰出科学人才提供了丰厚的沃土。高等研究院将充分地利用和发挥这一优势，同时向校外一切优秀学生和青年科学工作者敞开大门，每年将在国内外招聘博士后研究人员和招收博士研究生。
高等研究院积极与海内外的相关学术机构开展学术交流合作，邀请海内外杰出科学家访问、讲学，并努力创造条件，鼓励和资助高等研究院的研究人员出国访问和参加国际学术会议。
新技术革命向科学界提出了一系列挑战性的新课题，也为二十一世纪的基础科学研究提供了新的机遇。面对挑战和机遇，清华大学高等研究院将努力加快建设步伐，逐步发展成为具有国际水平的、在国内外有重要影响的基础研究基地，最终目标是成为世界性的学术研究中心。
清华大学高等研究院的宗旨是：
面向世界、面向廿一世纪，加强清华大学的基础科学研究；培养有创新能力的科学人才；开展国际学术交流与合作；逐步形成该校基础科学研究优势，推动学校理科建设，为建设世界一流大学作出贡献。
名誉院长：杨振宁
院长：聂华桐
副院长：吴念乐、翁征宇
院长助理：张俞红
行政秘书：姜久红、李丽、刘小云、石琦、 王亮、许晨