更新时间：2024-09-12 13:35
尽管拥有对辉煌过去的美好回忆，但银河共和国还是不可否认地向腐败屈服了。其繁琐的官僚作风减缓了任何改革的步伐，其太多的机构变得腐败、自满，不思变革。一种被剥夺公民权的感觉开始在银河系滋长，特别是在那些税收繁重却没得到相应权益保障的外围星系。
在这混乱的年代，出现了一位具有超凡魅力的人。他叫杜库伯爵。这个前绝地想要建立人类至上的银河帝国（《西斯的复仇》官方小说）。现状随时会被颠覆，这是变革——激进变革的良机。杜库领导着一场群众基础广泛的分离主义运动。这场运动愈发活跃，短短两年间，其麾下已有数千个星系。
一千年来，共和国第一次陷入了公开战争的危机。英勇的绝地武士人数过少，无法阻止分离主义者在各地点燃的战火。最高议长帕尔帕廷有信心通过谈判来和平解决危机，但并不是每个人都如此冷静。
惊慌失措的议员们提议建立大共和国军。该建军法案将通过投票表决，许多人相信共和国军事力量的建立将是全面战争的催化剂。由于反对派领导人帕德梅·阿米达拉遭遇一次未遂暗杀，该投票只好延期举行。
银河议会中无人知晓的是，分离主义者正在积极备战。杜库伯爵用拥有最强大的军队来逼迫银河共和国屈服的承诺换来银河系几大商业巨头的支持——其中包括企业同盟、贸易联盟、技术联盟、星际银行业集团和商业行会等机构。作为交换，这些团体将他们庞大的军队投入分离主义事业。随着他们的机器人大军遍布银河，他们将消灭共和国。杜库很自信地认为还将有一万个星球加入分离势力。
在技术联盟的诞生地吉奥诺西斯，杜库伯爵在一间阴暗的会议室提出他的主张，独立星系邦联正式成立。这次峰会被绝地武士欧比旺·克诺比偷听到了，他把这一令人担忧的新情况通知了绝地委员会。
共和国对分离势力发动先发制人的打击，用大共和国军（大部分为克隆人）暴风雨般地进攻吉奥诺西斯。激烈的地面战紧随其后，标志着邦联和银河共和国之间的克隆人战争开始了。
三年来，克隆人战争的战火烧遍整个银河系。虽然杜库伯爵是邦联的代言人和政治领袖，但其军事机构由鬼魅般的格里弗斯将军领导。在这场战争的最后几个月里，外环围攻战打得最为激烈。正是在这段时间，邦联领导层——分离主义委员会——一直在转移。
离开他们在尤塔帕的避难所后，委员会逃往穆斯塔法——一个位于外环星域的炽热星球。在那里，他们的秘密资助人达斯·西迪厄斯告诉他们，其新学徒达斯·维德将会见他们。
虽然有精明的商业头脑，但这群分离主义者完全没有意识到他们即将遭到背叛。这场战争是一场骗局，由帕尔帕廷议长一手制造，他其实就是达斯·西迪厄斯。为了消灭绝地武士，西迪厄斯建立了银河帝国。这一目标实现后，他开始清算盟友。达斯·维德抵达穆斯塔法后，屠杀了分离主义委员会的成员。然后，他发出一个指令信号，关闭了战斗机器人大军。那些组成邦联的巨型商业实体成为战利品，它们被新成立的银河帝国国有化，纳入帝国不断膨胀的战争机器。
在星球大战：传说中，邦联并没有被完全消灭，其残余势力部分加入了义军同盟。
邦联有一位国家元首，在他之下是分离主义委员会。邦联的官方领导人是前绝地大师杜库伯爵，也称为达斯·泰拉纳斯，是达斯·西迪厄斯的第二个已知的徒弟。在国家元首和分离主义委员会之间的是机器人军队的最高统帅——格里弗斯将军，他对于政府没有直接的权力，但如果国家元首丧失执政能力则由其接掌政权。如果杜库和格里弗斯同时丧失执政能力，身为委员会负责人的纽特·冈雷将接任国家元首。与委员会共同运行的是分离主义议会，负责处理外交和国内问题。然而，邦联背后真正的操纵者是西斯尊主达斯·西迪厄斯，但只有很少的人知道，例如掌管大权的杜库伯爵。
尽管通常被称为分离主义运动，但直到杜库伯爵在《第二部》中举行企业巨头峰会，“独立星系邦联”这一正式名称才被启用。在《第二部》剧本的早期草稿中，分离势力据称包括“数百个”行星系，电影上映时，这一数字已增加到数千。