嘉靖四十三年（1564年），湖广举行乡试，王之垣担任考官，共选拔了七名优秀的士子。当时，辽王朱宪㸅横行霸道，御史奉旨前往荆州查办他。先生依据法律，逮捕了辽王府中结党营私的十四批人。朱宪㸅登上高楼，盛气凌人，口出恶言：“你们这些人凭什么来治理我们？”王之垣谨慎地避开了他的锋芒，随后进去回答说：“推官王臣，怎敢轻视并超越与亲王的界限？但今日有国法在此。”朱宪㸅气焰嚣张，王之垣担心会惊吓到母亲，于是将家眷安置在杞县的侄子王象坤家中，而朱宪㸅最终也没能奈何王之垣。

隆庆元年（1567年）二月，王之垣被征召为刑科给事中。当时明穆宗刚刚即位，王之垣首先上疏提出了安民固本的四项建议。后来，鞑靼攻陷了石州，王之垣所拟定的应对条陈十分得当，被明穆宗下诏作为法令颁布。十二月，王之垣升任礼科右给事中。

隆庆二年（1568年）二月，王之垣升为兵科左给事中，后又升为礼科都给事中。

隆庆三年（1569年）二月，诚意伯刘世延因为恢复爵位而向朝廷谢恩，并趁机上奏说：“我的始祖刘基开国功勋显著，对社稷有重大贡献，然而他身后的抚恤和典章礼制却排在魏国公徐达和新建伯王守仁之下，我恳请朝廷能更改对他的祭祀、葬礼、享堂礼仪用品以及爵位等级、功勋等级和散官品阶。”奏章呈上后，王之垣弹劾刘世延利用祖先的功勋来要挟君主以获得恩宠，这是悖逆傲慢、大不敬的行为，他指出：“古代因酎金小有过失尚且会失去侯爵之位，而今诚意伯世延藏匿亡命之徒，为祸乱埋下伏笔，其罪行百倍于酎金之失，应当依法严惩。”礼部尚书高仪等却表示支持刘世延，最终明穆宗偏袒诚意伯，没有采纳王之垣的建议。

隆庆四年（1570年）十一月，王之垣改任刑科都给事中，他的上疏几乎每日都有，从不间断。然而，有一次因触怒了明穆宗，被罚俸禄两个月。王之垣所进献的《圣功图》和《基命录》被交付史馆收藏。另外，有位谏官因受指使而攻击徐阶，被发配边疆。高拱想要赦免他，但碍于王之垣的公正立场而感到为难，于是派亲信去试探王之垣的意见。王之垣问：“舆论对此是如何看的？我们应当顺应大多数人的意愿来治理国家。”还有一次，另一位谏臣穿着红色衣服，又哭又笑，令朝臣们惊骇不已。王之垣上疏说：“此人患有精神疾病，行为失常，不值得追究，只希望陛下能宽宏大量。”结果，那位谏臣仅被罢免官职。高拱正打算重修旧怨，想要利用机会对徐阶进行打击。然而，王之垣坚决反对，他说：“徐阶不仅没有罪过，而且他对国家社稷有着重大的贡献。”葛守礼听闻后，对王之垣表示赞赏。此外，王之垣之前曾奉命前往册封郑藩，他清廉自守，一毫不取，因而受到了人们的推崇。

隆庆五年（1571年）四月，王之垣升为太仆寺少卿。七月，又调任鸿胪寺卿。鸿胪寺卿一职原本多由出资捐纳的官员担任，通过科举考试入仕的官员大多不屑于就任此职。但明穆宗特意强调说：“鸿胪卿这个职位并不是个清闲安逸的差事，往往是因为官员们性格刚强正直，容易得罪人，所以用这个职位来相互调剂，相互制衡。”王之垣对此淡然处之，毫无怨色，并以严肃认真的态度管理下属。下属们都说：“鸿胪寺因为有了王先生而变得更加重要。”这让那些原本轻视此职的官员们哑口无言。

万历元年（1573年）三月，王之垣升为大理寺右少卿。四月，又升为大理寺左少卿。此时，按照他的资历和能力，本应得到安抚和优待。然而，在官场中，职位的升迁往往依据资历和能力的排序，但王之垣对于自己未能立即获得更高的职位并不在意。

万历二年（1574年）四月，王之垣升任南京太仆寺卿，对此他笑着说：“我作为琅邪王氏的后裔，现在负责管理琅邪一带的诸多事务，这真可谓是前缘天定啊。”

万历三年（1575年）十月，王之垣调任太仆寺卿，负责马政事务，管理得井井有条。

万历四年（1576年）三月，王之垣升为顺天府尹。他立志要抑制京城中那些权贵、宦官、贵戚以及名门豪族，让普通百姓能够过上安稳的生活。他推行了一系列改革措施，如平均徭役、裁减不必要的开支、征收间架税，甚至拒绝执行采集珍珠的诏令。他还致力于改善民生，修建气象观测室、修缮学校等，这些都不是那些只图眼前政绩的官员所能做到的。因此，他深受京畿地区的百姓爱戴。

万历五年（1577年）十二月，王之垣升为都察院右副都御史，巡抚湖广。湖广幅员辽阔，江河湖泊众多，是五方百姓杂居之地，民风强悍且商业活动频繁。加之同姓诸王、峒溪蛮族等复杂因素，使得这里的治理尤为困难。王之垣到任后，以严明为纲纪，以节俭为准则，致力于考察官吏的贪廉，在他的治理下，各级官吏都兢兢业业地工作，不敢轻易违法乱纪。他每到一处巡视，都会仔细检查关隘要害之地的防守情况，确保每一位官员都尽职尽责。在他的治理下，各藩王都严格遵守国家法度，蛮族也一年到头没有再侵扰边境、闹事生非的了。在繁忙的政务之余，王之垣还热心于文学事业，广泛召集有才之士与自己一同探讨学问。王之垣在处理景王故宫火灾案、德安丞悴等人诬告流言案以及曾光诬服案时，都没有因为权势而偏袒任何一方，也没有轻易做出错误的判决。因此，他赢得了人们的广泛赞誉。

万历七年（1579年），王之垣因在任上任职期满三年，获得三代诰命，并得以荫庇一子入太学学习。

万历八年（1580年）十月，王之垣升为户部右侍郎，并协理军务。

万历十年（1582年），王之垣再次因任职期满三年而获得三代诰命。

万历十一年（1583年）二月，王之垣改任户部左侍郎，并提督仓场事务。

万历十二年（1584年）八月，王之垣在朝廷任职已久，按次序应当升任尚书，且他的声望最为显赫，升迁之事可以说是指日可待。然而，他却因母亲年迈，请求辞官归乡，说：“我虽然年事已高但尚能效力，只是担心报答母亲的日子已经不多了。”明神宗特旨允许他回家探望母亲，并为他保留了职位，只等他归来。在归乡途中，王之垣的病情日益加重，于是请求致仕，明神宗最终答应了他的请求。

王之垣回到家中后，全心全意地侍奉母亲。他时常陪伴在母亲身边，有时手持笏板、身佩鱼符，有时则像孩童般玩起唐代的梯蹋索戏，发出咕咕的笑声，对母亲的依恋之情溢于言表，用尽各种方法讨母亲欢心，从不吝惜。与此同时，王之垣的弟弟和侄子们数十人，在朝内外都已有所成就。每当他们回家觐见时，手持符节、使节的车马停在家门口，身着金紫银青的官服，光彩照人。家中的宴会热闹非凡，白昼里华丽的锦缎都显得黯然失色。他们按照次序举杯敬酒，都希望能为母亲献上自己的一份孝心。王之垣作为家中的长辈，虽然年事已高，但始终保持着谦逊的态度，坐在子辈的位置上。

王之垣多年来在自家宅院悠闲度日，母亲以高寿离世，享尽天年。每当家人提及父亲为国捐躯的英勇事迹时，王之垣总是忍不住泪流满面，内心充满了深深的敬意和怀念。他内心纯净，即使年岁渐长，这份情感也未曾有丝毫减退。于是，王之垣更加致力于修身养性，闭门谢客，而是逍遥自在地著书立说，期望以此达到养生驻颜、延年益寿的目的。他的居所清静幽雅，门庭冷落，仿佛回到了上古时期宁静致远的境界。而且，在他的居室之内，再也没有了世俗的纷扰和尘世的喧嚣。

万历三十二年十一月十九日（1605年1月8日），王之垣突然感到身体不适，在睡梦中安详离世，享年七十八岁。朝廷为王之垣举行了三次隆重的谕祭仪式，并赐予了墓地和钦定了墓穴的规格，按照二品的礼仪制度来办理。

万历三十五年（1608年）二月，追赠资政大夫、户部尚书。

王之垣为官多年，政绩颇丰，主要如下：

在为官、治家之余，王之垣酷爱书法。他擅长楷、行、草三体，是晚明的书法名家。民国时期，王之垣的擅书之名仍被当地人传扬。殷梦霞、李强《民国铁路沿线经济调查报告汇编》曰：“重光子之垣官尚书，为名书家。”

王之垣的楷书得唐楷之趥润劲健，又吸收了魏晋小楷的醇厚古朴，形成了鲜明的个性风格，其代表作有中楷《忠勤祠成奉安神主祭文》《碑首载》。《忠勤祠成奉安神主祭文》章法茂密，取颜体楷书的遒润端庄，丝毫没有不善学颜者的臃肿呆滞。《碑首载》在规模颜楷的同时，其结体亦见钟繇小楷的开阔之势，笔画遒劲，粗细分明，出锋爽利劲健，神采奕奕，完全不似一位七十八岁的老人所书。王之垣的楷书能融合晋唐书法之长，与明代中期以来流行的台阁体书法迥然不同。

王之垣的行书、草书主要取法于王羲之，又参学传褚遂良《枯树赋》，风格秀劲典雅，技艺娴熟。《王氏族谱序》是王之垣为数不多的传世墨迹，这篇序言为行楷书墨迹本，现藏桓台博物馆。《王氏族谱序》秀丽圆劲，有传褚遂良《枯树赋》的风格特征。王之垣的行草书《蟾宫石题记》，采用字字独立的章法，体势外拓，用笔遒劲果断，表现了一位能臣干吏的精神风范。王之垣的草书《长春园诗二十韵》字法规范，使转灵活，富有书卷气。从总体上看，王之垣的行书和草书字字独立，其结构、笔法都谨守二王帖学传统，风格平和简净，颇具中和之美。

葛昕：伏以花甲初历，又觉五十九年之非；鼎命来临，顿倍三十六宫之煖。猥叨大贶，更辱华章。视履怀惭，对休戢德。仰鹤颜之驻世，窃永陪几杖之思；顾蒲质于浮生，尚时奉心息之对。率勒谢意，嗣布戢忱。（《复王见峰司徒》）

邢侗：先生端朴醇一，心不载巧伪，目不识雕瑑，一室之内，器用苦恶，三杯一榻，略无赢余。自为诸生至九卿，晨夕起居无改度焉。以故，一门化之。涂不从僮骑，庭不听音乐，家靡有恒父，人靡有常衣。北海泛君之懿范如此哉…… 达者前柱下史曰：“先生自致身地官侍郎，复赠地官尚书，请以地喻。古人名地为至仁，泰山之上则封禅焉，培搂之侧则生松柏，下生黍苗莞蒲，水生鱼鳖，民衣焉，食焉，家焉，死焉，地终不责德焉！”先生含凝博厚，庆延来裔，流沫蒸黎，浑浑而忘其功，亦犹是矣。侗状先生“何以大地至仁”，则庶几焉尔。（《资政大夫户部尚书王公行状》）

袁宗道：不佞从旁窥中丞公，风貌棱棱，顾盼雄毅，须鬓面泽，可三十许岁人。（《户部侍郎王见峰七袠序》）

王之垣曾奉命巡抚湖广地区。当时，有个奸邪之人名叫何心隐，他逃亡在外，以行侠仗义为名，隐藏真实姓名进行讲学活动。王之垣接到朝廷的命令去缉捕他，最终在狱中将其处决。何心隐的党羽为他喊冤，王之垣便请求朝廷重新审查此案，但朝廷以优厚的诏书回复，并未准许复审，于是这场风波才得以平息。另外，还有某县的一位举人，因殴打县官而被治罪。这位举人在案件发生后，广泛结交并贿赂京城及地方上的官员和士绅，很多人都在暗中为他奔走说情。然而，王之垣并未受到丝毫影响，坚持依法办事，没有丝毫徇私。人们都说王之垣执法严明，刚正不阿，这在近代以来是很少见的。

王之垣从巡抚湖广归来后，对自己在任期间所使用的兵器和仪仗感到有些不满意，觉得它们过于华丽或威严，于是他说：“这样的东西，我不能拿去见我的先祖。”有一天，他把这些兵器和仪仗全部投入火中烧毁了。

当王之垣被朝廷调选时，于十二月二十二日从荆州出发前往省城，目的是取文件然后赴京。王之垣原本以为二十五、六日就能到达目的地，但途中遭遇了大雪，导致行程延误。到了二十七日申时，王之垣终于抵达了江边，却不料又遇到了大风天气。江面上几乎没有人敢行船，王之垣因为担心错过封印的期限，便强行要求船夫渡江。当他们行至江中心时，风浪突然变得异常猛烈，船只被巨浪抛上抛下，几乎要翻覆，船上的人都惊恐万分。最终，他们历经艰险抵达岸边，感觉就像是重获新生一般。随行的吏书杨应贞等二三人因惊吓过度而卧病在床，王之垣也深感后悔，不该如此冒险行事。

王之垣作为家族中的教父，非常注重教育和培养后辈。他聘请名师，广交朋友，让家中的子弟们聚集在一起，共同学习经典著作。他们相互切磋琢磨，竞相提出难题，而王之垣则以严格的标准要求他们，不允许他们有任何懈怠。即使是在寒冷的冬天，柴火和炭火供应不足时，他们也会围坐在一起，用火炉取暖，继续刻苦学习。每天清晨鸡鸣时分，他们就点亮油灯，开始一天的学习。到了都试时，更是以燃香计时，争分夺秒地完成学业。对于未能按时完成学业的人，王之垣还会给予适当的惩罚。正是这种严格的教育和培养方式，使得王之垣家中的子弟们都能够奋发向上，各自成为名宦人物。

《乡园忆旧录》记载，王之垣家中的家教非常严格。有一次，他的一个孙子制作了一条绿纱裙，偶然间被王之垣看见了，他大发雷霆说：“这是放荡子弟才穿的衣服，怎么可能是我们家有的！”说着，他就将绿纱裙撕成了碎片。当时，这个孙子的父亲正在京城做官，王之垣就把被撕碎的裙子封存在一个箱子里，连同书信一起寄到京城，责备他在教育子女上的失职。

传说王之垣曾梦见一位仙人，穿着羽毛编织的短衣，传授给他炼丹的秘诀。第二天早晨王之垣出门拜访友人时，发现友人墙壁上挂的一幅画中的仙人形象与他梦中的仙人极为相似。而且，王之垣回乡的第二年，他命工匠将他当年在楚中开府时所用的铜拳熔化，铸造成器皿。不久，冶炼的工匠突然失声惊叫着跑开，王之垣前去查看，发现两个铜拳已经掉落在地上，并且阴阳相合，变成了一座小山。这座小山上有山峰、岩石、洞穴和沟壑，还有鸾鹤飞翔，寿星居中而坐，周围环绕着众多仙人。顺着山顶走，还能看到金母坐着，仙姬在一旁侍奉。山的后面还有一个洞，观音大士在其中入定。这些仙灵的形象栩栩如生，连雕刻都无法比拟，这更是绝妙而不可思议的幻象。

万历十八年（1590年），王之垣母亲生日时，许多平日没什么来往的人，准备了寿轴及各种礼物前来庆贺。王之垣十分诧异，找到为首的罗轸说：“我平日不管人家的闲事，没为乡亲们做什么，今天怎敢惊动各位，让你们破费？”罗轸说：“对于老百姓来说，你不为人说情办事，实际上就是不害人，我们相当于暗中得到了你的好处，所以相约都来了。”这件事对王之垣触动很大，他说：“我现在想起来，既然我有了一定的身份，涉及家中及乡亲们公正有理的事，关系地方利害的事，应该禀报掌权者，让事情得到公正解决岂不是好事？但决不可因此收受贿赂。”

王之垣的著作包括《摄生》《炳烛》和《百警》等篇目，这些书籍都紧密关联着人的身心健康。

王之垣的传世书迹有：新城忠勤祠藏石刻四件，分别是楷书《忠勤祠成奉安神主祭文》《碑首载》，行草书《蟾宫石题记》《长春园诗二十韵》，桓台博物馆藏行楷书《王氏族谱序》。