2003年，和李学勤教授等合作，将中国文字起源的论文发表在《Antiquity》后，《Nature》网站和《Science》都撰文作了评论。

中国科技考古学会（筹）常务理事兼秘书长，国际科技考古学术讨论会常务委员会常务委员，国际X-射线考古学术讨论会顾问。

1. 地域考古； 2. 陶瓷考古； 3. 生物考古。

2005年5月，负责国际第35届科技考古学术讨论会的组织工作，会议期间，以王昌燧教授为代表的研究组，充分展现了研究成果，受到国内外同行的高度评价。而和中国钱币博物馆周卫荣研究所联合指导的施继龙博士研究生，还荣获了Aitken奖

2010年8月8-14日，以王昌燧教授为首的中国科学院人文学院科技史与科技考古系，与内蒙古文物考古研究所、中国社科院考古所科技实验研究中心、中国考古学会 一起成功地举办全国第十届科技考古学术讨论会，会议地点在中科院研究生院。会议的主要议题为：

1. 考古年代学；

2. 地域考古学，即文物产地及其矿料来源；

3. 冶金考古和陶瓷考古；

4. 环境考古学；

5. 遥感和地球物理勘探技术在考古学中的应用；

6. 生物考古和农业考古；

7. 文物研究与文物保护；

8. 边疆考古学。

早期论文

1.古铜镜的结构成份分析，王昌燧，徐力等，考古，1989年05期

2.科技考古学，王昌燧，地球科学进展，11（5），1996年10月，517-519

青铜器铅同位素指示意义的范铸实验研究，秦颍，王昌燧，董亚巍等，文物保护与科学技术，，16（2）2004年5月：36-38.

2005年发表的主要研究论文：

1. Microstructural analysis of the color-generating mechanism in Ru ware, modern copies and its differentiation with Jun ware, Y. Yang, M. Feng, X. Ling, Z. Mao, C. Wang, X. Sun, M. Guo, Journal of Archaeological Science, 2005, 32(2), 301-310；

2*. 贾湖遗址人骨的元素分析，胡耀武，James H, Burtun, 王昌燧，人类学学报，24(2), 2005年5月, 158-165；

3. 天然氧化铜矿与铜制品腐蚀产物区别的探讨，魏国锋、秦颍、王昌燧、张爱冰、宫希成，文物保护与考古科学，17(1), 2005年2月, 9-14；

4. 凌家滩古玉受沁过程分析，冯敏、张敬国、王 荣、王昌燧，龚 明，文物保护与考古科学，17(1), 2005年2月, 22-26；

5. X-ray archaeology in China, X-rays for Archaeology，Springer Press, 2005, 275-290；

6. 陶寺、尉迟寺白灰面的测试分析，李乃胜、何努、毛振伟、冯敏、王昌燧，分析测试学报，24(5), 2005年9月, 9-13；

7*. Archaeological and chemical evidence for early salt production in China, Rowan Flad, Jiping Zhu, Changsui Wang, Pochan Chen, Lothar von Falkenhausen, Zhibin Sun and Shuicheng Li, Proceeding of National Academy of Sciences of United States of America, 102(35), August 30,1005, 12618-12622；

8*. 山东滕州西公桥遗址人骨的稳定同位素分析，胡耀武、何德亮、董豫、王昌燧、高明奎、兰玉富，第四纪研究，25(5)，2005年9月，561－567；

9. 温州老鼠山遗址的植硅石分析，姚政权、吴妍、王昌燧、蔡钢铁、王海明，农业考古，2005年第一期，54-58；

10*. 中国若干考古遗址的古食谱分析，胡耀武、王昌燧，农业考古，2005年第三期，49-54；

11*. 安徽滁州何郢遗址的植硅体分析，吴妍、王昌燧等，农业考古， 2005年第三期，59-64；

12*. 早期陶器刍议，王昌燧、刘歆益，中国文物报，2005年11月11日, 第7版；

13. 双墩遗址黑陶渗炭工艺初探，朱铁权、王昌燧、徐大力、吴隽，文物保护与考古科学，17(2), 2005年5月, 1-8；

14. 青铜器溶铅实验及有关问题初探，秦颍、魏国锋、刘文齐、毛振伟、王昌燧、董亚巍，文物保护与考古科学，17(2), 2005年5月, 16-18；

15. 贾湖遗址出土绿松石的无损检测及矿物来源初探，毛振伟、冯 敏、张仕定、张居中、王昌燧，华夏考古，1(2005)，55-61；

16*. 萧梁钱范烧成温度的测试分析，施继龙、董亚巍、周卫荣、戴志强、王昌燧，文物保护与考古科学，17(3), 2005年8月, 7-11；

17. 鲁北地区商周时期的海盐业，朱继平、王青、燕东生、秦颍、常叙政、佟佩华、王昌燧，中国科学技术大学学报，35(1), 2005年2月, 139-142；

18. 良渚文化遗址及放王岗汉墓出土玉器的物相及微量元素测试分析，程军、王昌燧、李德文、王巨宽，考古，7(2005), 70-75；

19*. 汉代铜范铸钱工艺及其模拟实验，李迎华、董亚巍、周卫荣、王昌燧，中国钱币，2(2005), 18-23；

20. 色度学在古白瓷研究中的应用初探，王昌燧、凌雪、杨益民、冯敏、周大程，中国古代白瓷国际学术研讨会论文集，上海书画出版社，2005年7月，593-598；

21. 古代铜矿冶炼过程中稀土元素的变化研究，魏国锋、秦颍、罗丰、曲艺、王昌燧，中国稀土学报，23(3)，2005，357-362；

22. 巩窑唐代早期白瓷的EDXRF线扫描分析，凌雪、毛振伟、冯敏、胡耀武、王昌燧、刘洪淼，光谱学与光谱分析，25(7)，2005，1145-1150；

23. 六朝萧梁铸钱技术与艺术，施继龙、周卫荣、董亚巍、王昌燧、戴志强，六朝货币与铸钱工艺研究，凤凰出版社，南京，2005，66-72；

24. 拉曼光谱在薛家岗古玉测试分析中的应用，王荣、冯敏、吴卫红、高飞、王昌燧，光谱学与光谱分析，2005，25(9)，1422-1425；

26. 古代陶衣的微区拉曼光谱与电子探针线扫描分析，朱铁权、王昌燧、王晓琪、龚明、毛振伟，分析测试学报，24(6)，2005，66-69；

27. 安徽蒙城县尉迟寺遗址红烧土排房建筑工艺的初步研究，李乃胜、王吉怀、毛振伟、冯敏、王昌燧，考古，2005(10)，76-82；

28. 微量元素示踪法在古代青铜器铜矿料来源研究中的应用，李清临、朱君孝、秦颍、毛振伟、王昌燧、陈建立，光谱学与光谱分析，25(10)，2005，1700-1702；

29. 何郢遗址出土青铜器铜矿料来源的初步研究，魏国锋、秦颍、王昌燧、张爱兵、宫希成，中原文物，2005(5)，2005，86-93；

30. 南宋关子钞版制造工艺初探，施继龙、冯敏、汪斌、夏维玲、杨超、毛振伟、王昌燧，东至关子钞版暨两宋纸币，黄山书社，合肥，2005，105-113；

31. 关子钞版样品X射线荧光和显微喇曼光谱分析，毛振伟、施继龙、冯敏、汪斌、夏维玲、杨超、王昌燧，东至关子钞版暨两宋纸币，黄山书社，合肥，2005，143-151。

贾湖遗址人骨的稳定同位素分析，胡耀武，Stanley H. Ambrose，王昌燧，中国科学，37（1），2007,：94-101

用XAFS 初探汝瓷釉中Fe 的价态，张茂林，王昌燧等，核技术，31（9），2008年9月：648-652

若干古铜矿及其冶炼产物输出方向判别标志的初步研究，魏国峰，秦颍，王昌燧等，考古，2009（1）：85-95.

原始瓷胎料的粒度分析与产地探索，夏季，朱剑，王昌燧，南方文物，2009年1期：047-052.

学科进展与展望：蓬勃发展的科技考古学，王昌燧，南方文物，2009（3）：7-14.