与此同时，朝鲜的政局也发生微妙变化，闵妃集团的统治地位随着农民起义的爆发和改革呼声的高涨而发生动摇，闵泳骏等闵姓外戚成了众矢之的，金弘集等开化派人士开始得到重用。特别是被日本收买的金嘉镇、安駉寿、俞吉濬、赵羲渊、金鹤羽、权滢镇等“日本党”，开始活跃于朝鲜政坛，为日本所提出的内政改革“积极展开运动”。1894年7月8日，国王高宗下教旨罪己并明令“更张”，称“苟非大更张、大惩创，莫以矫积久之弊，莫以振委靡之风”。7月13日，朝鲜政府设立校正厅，“取东学党原情中几条，行会变通”，即根据东学党提出的要求来进行内政改革。日本人则认为设立校正厅“其实仅为名目以伪装改革之意，无非以巧辩虚饰，敷衍日本公使之体面，以免除一时窘迫之策。此乃清国崇拜者等于会议结果所出之权谋也”。老人亭会谈结束后，朝鲜外务督办赵秉稷和申正熙等三名委员又分别向大鸟圭介发出两份书面照会，重申朝鲜自主改革的立场，要求日本立即撤军并收回限期的改革方案，7月18日，大鸟照会朝鲜政府，予以反驳。至此朝日谈判破裂。

朝日两国间围绕内政改革问题的博弈对日本来说是挑起甲午战争的准备工作，对朝鲜来说则是甲午更张的先声。这从一开始就是日本设下的圈套，正如历史学家田保桥洁所言：“大鸟公使提出不可能实行的改革案，及其拒绝，再断言朝鲜没有改革的诚意，正是因为想要获得能单独进行改革的口实”。朝鲜艰难徘徊于自主改革和在日本压力下“改革”之间，最终在日本诉诸武力的情况下被迫选择了后者，“甲午更张”也就是在这种背景下产生的。

早在1894年7月10日，大鸟圭介就拟定了出兵攻占朝鲜王宫的方案。朝日谈判破裂后，大鸟圭介改变策略，不再以内政改革为突破口，转而以《江华条约》中规定的“朝鲜国自主之邦”来质问朝鲜。如果朝鲜认为自己是清朝属国，日军就进攻朝鲜王宫以问其违背条约之罪（日本的宣战诏书中原有对中朝共同宣战的副本）；如果朝鲜承认自己是独立自主的国家，那么就要把驻朝清军赶出去，如果自己没有力量赶走，就要委托日军驱逐清军。此方法被日本外务大臣陆奥宗光评为“狡狯手段”，首相伊藤博文也赞此法“最妙”。大鸟圭介遂于1894年7月20日向朝鲜外衙门发出照会（实际上是最后通牒），要求朝鲜政府驱逐在朝鲜的清军、废除与中国签订的条约，并限期两天之内予以答复。同时，大鸟圭介料定朝鲜政府不会给出满意回答，于是在7月21日与侵朝日军混成旅团长大岛义昌商定对朝鲜“实施威慑”，并由步兵第二十一联队长武田秀山详细制定攻占王宫景福宫及汉城各要地的作战计划。

1894年7月23日凌晨0时，朝鲜外务督办赵秉稷派人送来答复照会，敷衍日本的要求。0时30分，大鸟圭介命令日军按计划进攻景福宫，与此同时，朝鲜的“日本党”也作为内应而蠢蠢欲动。凌晨5时，两路日军分别攻入景福宫东西两侧的建春门和迎秋门，然后一路占领了光化门，另一路又北上夺取春生门和神武门，在那里遭遇了朝鲜军队的猛烈抵抗，战斗持续到晨7时半才以朝鲜军败走而结束。当时高宗在咸和堂，闵妃听到枪声也从自己寝殿缉敬堂赶到咸和堂，与高宗在一起。晨5时40分，“日本党”头子金嘉镇引导日军找到国王高宗，日本人要求没收朝鲜军武器，被高宗所拒。日军大队长山口圭藏拔剑要冲入高宗寝殿，在刺刀威胁下的高宗不得不命令朝鲜军放下武器交给日本人。在日军收缴武器的过程中，朝鲜各兵营士兵仍在持续抵抗，由于日军镇压及“日本党”安駉寿等人传旨停止抵抗，景福宫及汉城各要地到下午3时被完全占领。经此战役，朝鲜军阵亡40余人，被日军缴获大炮30门，步枪2000多支、军马10余匹。日军只阵亡1人。日军占领景福宫、没收朝鲜军武器以后就大肆抢劫，据记载“于是倭人四抢，凡大内货宝、列朝珍玩法器、宗庙尊罍之属，悉捆载委输于仁川港。国家数百年之积一朝荡然，而京师（汉城）无尺寸兵”。

而与占领景福宫同时进行的是诱出国王生父兴宣大院君李昰应的行动，日军和冈本柳之助等浪人在7月23日凌晨3时半包围其府邸云岘宫，经过长时间的谈判，大院君同意日本的要求，于上午11时进入景福宫，与高宗相见。大鸟圭介也在此时进宫，由大院君代国王接见。当天高宗颁布教旨，将一切军政事务交给大院君。大院君上台后将闵妃集团成员悉数逐出朝廷，组建亲日政府，至此朝鲜被日本控制。需要说明的是，日本人扶植兴宣大院君上台，并不是因为他亲日，而是由于他是闵妃的政敌，并且推翻闵妃集团之后能收拾局面的非大院君莫属。真正的“日本党”如金嘉镇等人都是缺乏资历和威望的中下级官僚，上不了台面。事实上在1894年6月底，清廷驻朝大臣袁世凯曾有如下陈述：“韩政乱根于闵，不除（闵）妃断无从着手……如李夏（昰）应及此自振最妙，惜老无用”。可见大院君在当时是众望所归的人物，而闵妃则四面楚歌，即便换做中国也期待大院君取代闵妃，只是决心不如日本大而已。日本人也知道“大院君一开始就不愿与日本共事”，扶植大院君不过是权宜之计，将他赶下台是迟早的事。

大院君受日本扶植建立新政府以后，在日本的裹挟下于7月25日宣布废除了与中国签订的几个条约，又委托日军驱逐驻朝清军。日军乃以此为凭据，南下进攻驻扎牙山的清军，继而挑起甲午中日战争。8月17日，日本政府大体上确立将朝鲜变为保护国的政策；8月20日，日本与朝鲜缔结《暂定合同条款》，规定7月23日日军攻占景福宫事件一笔勾销，两国不再追究；8月26日，《日朝同盟条约》订立，规定朝鲜有义务配合日军对清作战，由此朝鲜正式加入日本阵营。与此同时，自日本控制朝鲜以后，内政改革也提上议事日程。在日本公使馆一等书记官杉村濬的建议下，金弘集于1894年7月27日（农历甲午年六月二十五日）被任命为议政府领议政，并在同日成立了军国机务处，设在景福宫的修政殿内，作为改革的中枢机关，正式启动近代化改革，史称“甲午更张”。

历史上通常将甲午更张（或称甲午改革）分为3次，第一次甲午改革为1894年7月27日到1895年12月16日，第二次为1894年12月17日到1895年8月23日，第三次为1895年8月24日到1896年2月11日（第三次甲午改革又称乙未改革）。第一次甲午改革是在金弘集为首的“军国机务处”的主导下进行的。军国机务处具有立法机构和行政决策机构的性质，其人员构成如下表：

正如大鸟圭介所说：“军国机务处总之就是日本派，即开化主义者的汇集机关。”但是金弘集等人并未完全倒向日本，而金嘉镇等“日本党”又被评为“半知半解的开化者”，所以日本人其实对军国机务处并不十分满意。另外第一次甲午改革名义上是在日本的“劝告”下进行的，实际上基本是军国机务处自行决定的，因为这一时期日本主要忙于甲午中日战争，无暇顾及朝鲜的内政改革。陆奥宗光曾谓：“改革朝鲜内政主要是以满足我国的利益为第一目标，只求达到这个目的，而根本没有为此牺牲我国权益之必要。而且以此次事件论之，所谓朝鲜内政改革，毕竟不过为打开日清两国间难以解决的僵局而筹划出来的一项政策，后因事态变化，以致形成不得不由我国单独承担的局面。所以我从开始时就对朝鲜内政之改革，并不特别重视。”日本的“不重视”，让这次改革有了相对自主的可能。

军国机务处在7—10月的三个月间，先后发布了208项“内政改革”法令，涉及朝鲜社会的各个方面。在政治上，改革官制，推进行政制度的近代化。军国机务处首先宣布停止使用清朝年号，改以朝鲜王朝开国纪年，即改“光绪二十年”为“开国五百三年”。然后，对停留在中世纪的中央机构进行改革，废除六曹（吏、户、礼、兵、刑、工），改为八衙门（内务、外务、军务、度支、法务、学务、农商、工务），议政府领议政改称“总理大臣”，废左议政与右议政，各衙门首长称大臣，次长称协办；将捕盗厅改为警务厅，废除义禁府，设立会计审查院，并将官员的品级由九品十八级变为11级，分为敕任官、奏任官和判任官三等，通过一系列的官制改革初步确立了近代国家体制。同时，实行宫府分离，专门设立宫内府管理宫廷事务，而政府事务归军国机务处。另外，废除科举考试，改由考核“国文、汉文、写字、算术、国内政治、外国事”来铨选官吏，并且革除了文尊武卑的惯例。

经济上，主要是对财政和货币政策进行改革，并开始实行产业化，促进资本主义经济发展。首先，统一国家财经，实行一元化管理。军国机务处规定全国财政和税收统归度支衙门管辖，下设9个管税司，监督全国220个税收署，这样就避免了过去王室、户曹和宣惠厅等多个机构分别收税的弊端。其次，废除实物税，改由现金交纳。实施税法，处理地方岁入事务，并设立地方银行和米谷商社，以激活商品经济。第三，统一度量衡。第四，整顿货币，实行银本位制。颁布《新式货币发行章程》，规定以旧钱“常平通宝”为价值单位，将相当于500个价值的五两银币作为本位货币，一两银币（100个价值）、二钱五分白铜币（25个价值）、五分赤铜币（5个价值）和一分黄铜币（1个价值）作为辅助货币，旧币暂时仍可使用，逐步兑换成新币。而最后一项措施是最能体现日本对朝鲜的干涉和渗透的。因为当时朝鲜还无法大规模铸造新式货币，在日本公使大鸟圭介的指示下，军国机务处允许日币和新币混合使用。这就使日元在朝鲜的流通范围由通商口岸扩大到朝鲜全境，从而威胁朝鲜的经济安全。而实行银本位制亦包含了将朝鲜经济纳入日本金融体系之内的意图。

社会生活上，开始触动封建旧习俗和封建等级制度，逐步引入文明开化的资本主义生活方式。包括废除缘坐法，废止公私奴婢法，严禁贩卖人口，革除庶孽禁锢法，不分贵贱登用人才，简化朝服，改革养子制度，禁止早婚（男子20岁、女子16岁），允许寡妇改嫁，严惩贪官污吏，改善贱民待遇，准许官员退休后经商等等。值得提出的是，第一次甲午改革期间还曾规定：“法律、敕令总以国文为本，汉文附译，或混用国汉文”，即政府公文不再只用汉字，而将朝鲜文（国文）和汉文混合使用。时人黄玹也记载道：“是时京中官报及外道文移，皆真谚相错，以缀字句，盖效日本文法也。我国方言古称华文曰真书，称训民正音曰谚文，故统称‘真谚’。及甲午后，趋时务者盛推谚文曰国文，别真书以外之曰汉文。于是‘国汉文’三字遂成方言，而‘真谚’之称泯焉。其狂佻者倡汉文当废之论，然势格而止”，这是朝鲜文字的一次重大变革。

第一次甲午改革总体来说是具有鲜明的进步性的，而且自主性也相对较强。尽管如此，它仍然是一次在日本的阴影下实施的改革，而且改革措施本身或是实施力度都很不彻底。政治改革虽然涉及到限制王权，却没有地方制的改革，经济改革反而有利于日本的经济侵略，军事改革更是只字未提。就实施力度而言，由于当时南部处于东学党控制，北部又是中日酣战的战场，所以改革法令的实施范围很小，正如当时一名军国机务处官员金允植所言，“朝令不行于十里外”。加之兴宣大院君内心厌恶日本人及亲日开化派，并不支持改革。他让自己的孙子李埈镕任内务协办兼亲军统卫使，处处与军国机务处抢夺权力，甚至在1894年10月31日派人暗杀了法务协办金鹤羽。大鸟圭介曾报告说：“7月23日后两三周间，朝鲜新政府表面上多少施行改革，但尔后有一方以大院君及其孙、另一方为亲日派之两派相争。从而朝鲜官吏以朋党之争与拙劣之诡计为事，而不施行必要之改革。”对外，大院君秘密联络平壤清军，又暗令东学党起兵反日。他在通过平安道观察使闵丙奭转达清军将领的信函中写道：“现今宗社安危一时为急，日望天师（指清军）之东援。顷闻大队陆续出来，此诚再造之秋也。伏乞上天厚助，保我宗社殿宫，廓清奸党附日卖国之徒，极出眉急，血祝血祝。”又在给东学党下的密旨中说：“尔等自先王朝化中遗民，不忘先王之恩德，而至今尚存。在朝者尽附彼里（指日本），内无一人相议，茕茕独坐，仰天号哭而已。方今倭寇犯阙，祸及宗社，命在朝夕，事机到此，尔若不来，迫头祸患，是若奈何？”足见大院君对日本人和主导改革的开化派的敌视乃至仇视。除了朝中大院君一派的掣肘，广大老百姓也认为军国机务处是“倭党”，在日本的指令下进行改革，因此普遍抵制改革法令，许多改革措施沦为一纸空文，以至于被讥为“纸上改革”。但第一次甲午改革作为开化派主导的资产阶级改革，仍然对朝鲜社会的进步具有积极意义和推动作用。

1894年9月15日，日军在平壤战役中获胜，随后清军被逐出朝鲜。但是甲午更张并未因此渐入佳境，不仅因大院君与亲日开化派的倾轧而举步维艰，更受到了强烈的外部压力。自1894年9月下旬以后，各地东学党就陆续起义，声称要消灭日本人和亲日派。另一方面，受到大院君一派的指使，守门将金基泓在10月2日上疏，公然攻击主导甲午更张的军国机务处要员金弘集、金允植、朴定阳、金宗汉、安駉寿、金嘉镇、赵羲渊、权滢镇为“无君卖国”之“八奸”，一度引起政界混乱。在朝鲜内政改革陷入困境、亲日政权面临危机的情况下，驻朝公使大鸟圭介遭到日本舆论的谴责。日本外务大臣陆奥宗光虽然对朝鲜改革不重视，但也指出大鸟“对朝鲜政府的举动，尽管表面疾言厉色，貌似强硬，而骨子里自然难免力有不逮，难于措手……因此，在改革内政事务上，未能实行我国政府以前所声明的内容，往往难免有隔靴搔痒之感”。于是“明治元勋”井上馨就粉墨登场了。

先是日本内务大臣井上馨因过去在大藏省任职时的渎职事件而备受议会在野党的攻击，于1894年6月7日提出辞职，虽被内阁总理大臣伊藤博文挽留，但处境依旧困难。到9月时传来朝鲜内政改革陷入困境的消息，日本舆论在谴责大鸟圭介的同时又呼吁任命一个强势人物对朝鲜进行干涉。曾与朝鲜多次交涉的井上馨成为最佳人选，这也正好成为他回避国内攻击、重树威信的好机会。伊藤博文在9月24日写给井上馨的信说，朝鲜内政改革是一件很困难的事情，毕竟是因为朝鲜改革的问题才和清国开战，如果没有一些成绩，会导致外界说日本高唱朝鲜内政改革只不过是制造开战的一种借口，故他对此甚为不安。井上馨在回信中说他完全同意伊藤博文的看法，并自告奋勇，愿意出任驻朝公使，“试一试晚年的手腕”。日本政府遂于10月15日撤换了干涉不力的大鸟圭介，改由井上馨出任驻朝公使。此举标志着日本全面加强对朝鲜内政改革的干涉。

1894年10月25日，井上馨抵达朝鲜赴任。井上馨曾与朝鲜签订《江华条约》和《汉城条约》，并作为外务卿处理过壬午兵变和甲申政变的善后事宜，故对其国情本来就有所了解。他赴任后谒见朝鲜高宗和闵妃，又会晤大院君及其他朝鲜要员。经过一段时间的接触，井上馨得出了大院君和闵妃是朝鲜内政改革的障碍物的结论，而大院君目前还在位上，故应及时除掉。当时大院君里通清军的信函被日军缴获，日本第一军司令官山县有朋将此信函转交给陆奥宗光，陆奥宗光又给了井上馨，同时大院君一派与东学党来往的证据也被朝鲜亲日派搜集并交到日本公使馆手里。井上馨便以此为证据向大院君施压，逼其退位。11月12日，大院君向井上馨发誓不再干政，11月18日又在云岘宫召集众臣及日本人冈本柳之助，宣布引退。11月22日，高宗下令收回7月23日将国政交给大院君的教旨，大院君正式下台。

与此同时，井上馨一面调集日军镇压东学党起义，一面连续于11月20、21日进宫，当着高宗和众臣的面宣读自己拟定的“内政改革纲领二十条”，以朝鲜国王的“顾问”和朝鲜改革的“总设计师”自居，强势介入甲午更张。井上馨铲除大院君以后，又思考如何防止闵妃东山再起，他在11月24日的报告说：“如羁绊大院君之暴戾而不制服王妃之跋扈，则将是以暴代暴。……使大院君不得干涉国政的同时，于宫内准备制御王妃之一切”。事情确实如井上所料，大院君下台后，蛰伏已久的闵妃开始尝试恢复权力，于11月27日鼓动高宗不经议政府同意而擅自任命韩耆东、李建昌、李容稙、高永喜四人分别为度支、法务、内务、农商衙门的协办。井上馨闻之勃然大怒，先致书总理大臣金弘集质问此事，金弘集不得不在11月29日撤销四协办的任命。但井上仍不罢休，在12月1日面见高宗，逼问任命四协办是否为闵妃嗾使。高宗被迫保证以后决不准闵妃干政，井上则以收回内政改革纲领二十条和撤回镇压东学党起义的日军相威胁，继续向高宗施压。12月6日，金弘集等五大臣代表高宗向井上馨认错，并在井上面前发誓要听日本的话进行改革，此次风波遂告一段落。12月8日，井上馨又一次谒见高宗和闵妃，再度得到了闵妃不干政的承诺，同时井上暗示起用甲申政变后亡命日本的开化党人朴泳孝。高宗和闵妃转而迎合井上馨，第二天就下令朴泳孝“荡涤叙用”。朴泳孝的亲日程度远在金弘集之上，主张完全依靠日本进行改革，将他安插进朝鲜政府中也是日本加强对朝干涉措施的一环。1894年12月17日，朴泳孝被任命为内务大臣，在朝鲜政府中的地位仅次于总理大臣金弘集。随着金弘集、朴泳孝联合政府的建立，第二次甲午改革揭开序幕。至此井上馨相继逼退大院君、搞定闵妃、镇压东学党起义以及扶植朴泳孝，日本对朝鲜的干涉和控制大大强化。

第二次甲午改革的核心主导力量是朴泳孝、徐光范等曾参与甲申政变的开化党人，幕后总指挥则是井上馨。金弘集、朴泳孝联合政府以井上馨向朝鲜政府提出的“内政改革纲领二十条”为蓝本，制定了《洪范十四条》，并由高宗于1895年1月7日率文武百官在宗庙宣誓《洪范十四条》，其中特别提到脱离中国独立以及禁止后宫和宗亲（分别针对闵妃和大院君）干政。《洪范十四条》已经具有宪法的性质，就内容而言比第一次甲午改革的内容更加彻底。因此，《洪范十四条》可以说是第二次甲午改革的纲领性文件。

第二次甲午改革的重点是政治改革。首先，导入内阁制，进一步实现对君权的限制。同时，将八衙门改为七部，并明确其权限，使其更符合西方近代文官体制。其次，缩小宫内府编制。然后，对地方行政制度进行改革，废除朝鲜八道，改为二十三府制，收回地方官的司法权和军事权，加强中央集权。此外对司法制度进行改革，公布《裁判所构成法》，将司法权从行政权中分离，实行司法独立，设立各级裁判所，培养法官。第二次甲午改革期间还对警察制度、外交官制度进行改革，使朝鲜的政治体制不断朝近代化迈进。

第二次甲午改革的政治改革是向日本看齐的，自井上馨来到朝鲜后，第一次甲午改革的中枢机关——军国机务处便停止运作，因为井上试图废止军国机务处，代以日本式的内阁。他在11月21日谒见高宗时介绍了内阁制，高宗问：“内阁为何物？”井上说：“内阁是国王亲临下召集各大臣一同商议国政的场所，由君主召集各大臣并议定国政而称谓也。”高宗又说：“那么，非开设于宫中不可。我记得内阁一词似起始于明代，我国也曾经有常参之称，召集各判书及大监而商议国政。在宫中内殿集会亦有过此制。”井上澄清道：“内阁一词是否源于明代（这无所谓），总之内阁是大君主亲临下与各大臣一同议事的处所之称。……要言之，议事之处所即国王内阁。称其为内阁，如您难以理解，即称为议政府亦可，乃于议政府召集大臣而君主亲临者也。”于是，高宗按井上馨的要求，在1894年12月17日即第二次甲午改革开始之际颁布敕令第6号，正式宣布废止军国机务处，另设中枢院代替其议事职能。1894年1月11日，高宗下诏改议政府为内阁，以金弘集为首任内阁总理大臣。所有政策均由内阁议定，然后再禀告于君主，君主只有裁可施行的权力而无制定政策的权力，这样就使君权受到制约。此外，井上馨还深化第一次甲午改革期间的“宫府分离”政策，于1895年4月26日出台了《宫内府官制》，依据日本宫内省的建制来简化朝鲜宫内府，还效仿日本宫内顾问官设立了宫内府特进官。就这样，井上馨将日本的皇室制度和内阁制度强加给朝鲜，彻底排除宫中势力，以金弘集、朴泳孝等开化派为中心创建一个听命于日本的强有力的中央集权行政决策机构，即建立有利于日本控制朝鲜的一元性政治体制，以达到使朝鲜保护国化的目的。此外第二次甲午改革中各部聘用日本人为顾问，这就使改革的自主性大打折扣，便于日本对朝鲜内政的全面干涉与渗透。日本顾问编制如下表：

除了政治改革之外，第二次甲午改革在社会和经济方面，完善了新的税收制度，同时高宗效仿日本《教育敕语》，于1895年2月26日颁布《教育立国诏书》，确立了德智体全面发展的新教育理念，并兴办新式学校，如汉城师范学校、外国语学校等，还派遣两班子弟114名前往日本庆应义塾留学。军事方面，金弘集和朴泳孝的联合内阁开始启动军事改革。主要包括：实施新军阶，合并统卫、壮卫和总御三营，此外新设训练队，并计划在1895年底由2个大队扩大到6个大队，首次编制工兵、辎重兵等特科队，设立士官养成所，培养新式军事人才，招收学员不问身份等。在这些改革中也不乏日本人的身影，如井上馨积极推动借款给朝鲜，并在1895年3月30日签订了《乙未借款条约》，向朝鲜政府贷款300万日元（原定500万元），作为加强控制朝鲜的手段；新设的训练队则由日本陆军中佐楠濑幸彦负责训练，将其培养为一支亲日的部队，后来也是日本杀害闵妃的急先锋。

第二次甲午改革表面上比第一次更加进步，但实际上却使日本不断加强对朝鲜的控制，而亲日政权内部的倾轧也愈发激烈。在第一次甲午改革时，就有大院君与开化派的争端。随着朴泳孝就任内务大臣、第二次甲午改革开始，朝鲜政府的派系分化更加明显。执政的亲日开化派分为金弘集和朴泳孝两派，而失势的大院君和闵妃两派也在窥伺政权。属于金弘集一派的有金弘集、金允植、鱼允中、俞吉濬、赵羲渊等人，行事稳健，与日本保持距离；属于朴泳孝一派的有朴泳孝、徐光范、李圭完、申应熙、郑兰教、李周会等人，作风激进，亲日色彩更浓厚。金弘集、朴泳孝联合政府从一开始就同床异梦，至1895年2月两派更是“几乎到了势不两立的程度”。此时朴泳孝一派仗着日本公使井上馨的后援，并与闵妃相互利用，先扫除大院君的残余势力，于1895年4月以暗杀金鹤羽的罪名将大院君之孙李埈镕逮捕，并打算处以死刑。在金弘集一派的强烈反对和井上馨的劝告下，将李埈镕改为流放，但他的同党朴准阳、高宗柱、李泰容等被牵连处死，大院君也被软禁起来。随后朴泳孝在高宗、闵妃的支持下又对金弘集一派展开攻势，陷害属于金派的军部大臣赵羲渊，金弘集、鱼允中为保赵羲渊而触怒高宗，到1895年5月底金、鱼、赵都被免职，朴泳孝一派在内斗中获胜。

然而，在亲日政权的内斗过程中，坐收渔利的却是闵妃。她一方面支持朴泳孝去攻击大院君和金弘集派，另一方面纠集了李范晋、朴定阳、李完用、沈相薰、安駉寿等形成“贞洞派”（亲欧美派），作为自己的班底；又在1895年5月的“三国干涉还辽”事件中看到了俄国的实力，与俄国驻朝公使韦贝尔迅速勾结起来，以对抗日本人和亲日派。1895年6月，朴定阳等贞洞派崛起，朴泳孝的势力又被削弱。而日本在三国干涉还辽以后，在朝鲜的威信大幅度降低，也开始重新审视对朝政策。1895年6月4日，日本内阁会议决定“今后对韩政略宜采取尽可能不加干涉而使朝鲜自立的方针”，6月7日，井上馨又回国研究对朝政策。于是日本的干涉逐渐退潮，朴泳孝一派也失去靠山，地位日益危殆，随后的训练队换防一事使宫中和朴泳孝的关系开始撕破。原来在1894年日军占领景福宫一个月后，便交给朝鲜军换防，由美国教官戴伊训练。而朴泳孝则试图以第二次甲午改革中成立的新式军队——训练队代替旧军防守王宫，结果遭到高宗拒绝，于是朴泳孝与高宗、闵妃的关系从相互利用转为敌对关系。而后在7月6日，发生了朴泳孝谋逆败露事件，朴泳孝及其同党申应熙、李圭完等人被迫亡命日本，失去权力一年之久的闵妃也夺回了政权。1895年7月17日，旧军被改编为两个大队的“侍卫队”，仍负责守卫王宫。7月下旬，井上馨回到朝鲜续任，对高宗和闵妃的态度温和了很多，并允诺寄赠朝鲜王室300万日元。8月24日，金弘集重新出任内阁总理大臣，但实权把持在贞洞派手中。此时闵妃对内赦免甲午更张之初被定罪的闵氏家族成员，进一步排挤亲日派；对外则继续维持“引俄拒日”方针，试图驱逐日本势力。在这样的背景下，甲午更张进入第三阶段（乙未改革）。

第三次甲午改革又称乙未改革，以1895年8月24日金弘集第三次出任总理大臣为起始。日本虽然自1894年6月后暂时中止了对朝鲜内政的干涉，但无法容忍闵妃愈发放肆的排挤亲日派及勾结俄国的行为；同时井上馨提出的300万元寄赠金一事口惠而实不至，也使闵妃彻底抛弃了对日本的幻想，在引俄拒日的道路上越走越远。于是关于闵妃将租借咸镜道港口给俄国、解散训练队、全部逐出日本顾问、暗杀金弘集等亲日派的各种传闻层出不穷，朝鲜的亲日派人人自危，在朝鲜的日本人也准备采取强硬措施，试图挽回局面，重振日本在朝鲜半岛的优势地位。1895年8月17日，日本政府任命陆军中将三浦梧楼为新任驻朝公使，9月1日抵达朝鲜赴任。三浦梧楼及其他在朝鲜的日本人都一致认为闵妃为妨碍日本势力扩张的祸根，决定将她杀死，为此联络大院君与朝鲜亲日派一起行动。1895年10月7日，闵妃下令解散训练队，并将此消息通报三浦梧楼。三浦以此为契机动员驻朝日军及日本浪人攻入景福宫，并以训练队为先锋，挟大院君一同入宫，以造成朝鲜内部政变的假象。10月8日凌晨，朝鲜侍卫队被日军打败，随即闵妃被日本人暗杀，史称“乙未事变”。乙未事变后，金弘集内阁大换血，贞洞派被全部排挤出政府，亲日派重新得势，各项改革措施也继续推进。

自闵妃夺权以后，在前两次改革中被限制的君权得到恢复，宫中逐渐凌驾于内阁之上，而在乙未事变发生的当天，高宗就被迫下诏：“凡百政令，皆先议于内阁大臣”，也就是重新走上内阁制的轨道，此后的高宗实际上是日本人和亲日派的傀儡。第三次甲午改革较少涉及政治和经济方面的内容，主要侧重于社会改革，其改革内容主要包括小学令、种痘令、开设邮局等。第三次甲午改革的主导者为总理大臣金弘集和内部大臣俞吉濬，此时的金弘集一派由于摆脱不了乙未事变的干系，不得不把自己的命运和日本绑在一起，彻底依赖日本。

乙未事变的真相很快就被曝光，日本受到了世界各国尤其是俄国的压力，朝鲜人的反日情绪也达到顶峰，朝鲜的亲日政权也自然不能长久维持。金弘集内阁在日本的指示下，开始实行一些收买人心的措施，恢复了闵妃的王后之位，审判并处死了一些和日本合作杀害闵妃的朝鲜人（但参与乙未事变的日本人被带回日本审判并无罪释放），并准备为高宗上“皇帝”尊号。不过，金弘集内阁已经彻底失去了人民的支持，统治阶级内部也危机丛生，乙未事变后失势的贞洞派一直在策划反攻倒算，1895年11月28日发生的“春生门事件”说明金弘集内阁实际上已是摇摇欲坠。而接下来公布的“断发令”更是为金弘集内阁及其改革掘好了坟墓。

1895年12月底，金弘集内阁宣布建立年号“建阳”，并使用公历（太阳历），即改“开国五百四年十一月十七日”为“建阳元年一月一日”。紧接着，他们发布了“断发令”，要求朝鲜男子剃去发髻，改为西式平头。高宗率先断发，内部大臣俞吉濬出动大批巡检、军警或把守道路、渡口，或手持剃刀走街串巷，挨家挨户强制断发，激起人民的反感和悲愤，以致“终日风霾，哭声满城”。断发令颁布后，朝鲜人郁积已久的反日反政府情绪终于如火山爆发一般，引发了朝鲜社会的大骚动，以“为国母报仇”和“头可断，发不可剪”为口号的乙未义兵（第一次义兵运动）迅速爆发并蔓延，局势一发不可收拾。金弘集内阁的末日随之来临。

1896年2月11日，在俄国前公使韦贝尔和李范晋、李完用等贞洞派的精密部署之下，不堪忍受日本人和亲日内阁压迫的高宗逃离景福宫，来到俄国公使馆避难，史称“俄馆播迁”。高宗在俄国公使馆宣布逮捕逆贼五大臣：总理大臣金弘集、内部大臣俞吉濬、军部大臣赵羲渊、法部大臣张博、农商工部大臣郑秉夏。亲日内阁至此倒台。金弘集、郑秉夏被逮捕并处决，鱼允中在流亡回乡途中被群众所杀，俞吉濬、赵羲渊、禹范善等30多名亲日派逃亡日本，日本在朝鲜的扩张得到遏制，甲午更张终于以失败告终。但是朝鲜的近代化之路并未中断，继之而起的是高宗主导的“光武改革”和开化派知识分子掀起的独立协会运动。

甲午更张自日本控制朝鲜始，至日本失去朝鲜终，日本的影响贯穿其前后，因此甲午更张不仅是朝鲜的内政改革，也是日朝关系的一大事件，与日本有莫大的关系。日本思想家福泽谕吉起初对甲午更张给予很高的评价，他说：“朝鲜人在数年之后看到其改革的成果，必将明了日本国的心志，并表示深切的感谢之情。”后来又进一步阐述道：“一国之独立自应有一定法则，当今世界作为一国，无论国事还是人事，自一至十，倘非依据文明主义，国将不国……对朝鲜的干涉不仅不必客气，而且我辈祈盼这种干涉更加深入，使其迅速成功进入文明之门……日本人对朝鲜国事的干涉虽然明目张胆，但其目的在于一扫贫弱国度之腐败，引导其进入文明富强之域而已。”然而甲午更张失败后，福泽谕吉又对朝鲜改革持悲观态度，他在1898年回顾甲午更张时说：“日清战争当初我国人士劝告该国政府革新弊政，组建内阁，制定审判法等相关法律，改进租税的征收法等，从形式上推进了与日本同样的改革，其结果使该国日益产生对日本的厌恶而已。看来朝鲜自有其固有习惯，而此种习惯决非朝夕可改。”

对甲午更张最早进行学术研究的也是日本人。1944年，日治朝鲜京城帝国大学教授田保桥洁发表了《近代朝鲜的政治改革》一文，该文将甲午更张取得的成就主要归因于日本方面的干涉和指导，将甲午更张定位为“朝鲜官僚中的革新分子获得日本政府的全面援助，效法明治维新之鸿业，打破李氏五百年的旧体制，力图整备近代国家的态势的一次事业”，对其在朝鲜史上的意义，强调“其影响甚大，对半岛的社会经济机构产生了根本性的动摇”，是“朝鲜近代史上的最大事件”。战后的在日朝鲜人学者姜在彦则称甲午更张为“朝鲜近代史上第一次由开化派执政的时期”、“首次从制度上给朝鲜的政治、经济、社会明显打下‘近代’烙印的事件”。姜在彦指出：“如果说甲午改革出于自主性和他动性两个方面，在与日本保持不即不离的同时，基本上贯彻了自主原则的是第一、第二阶段”，认为这三个阶段改革的行为主体是“改良的开化派”。他还写道：“甲申政变与甲午改革之间的区别，虽在于前者以暴力手段夺取守旧派的权利，后者是他动的，但都是因缺乏依靠对大众的启蒙获得国民认同的前提下由少数精英从‘上’面进行的资产阶级改革。”

甲午更张和开化派领导的前一次改革——甲申政变一样，也是朝鲜近代史上的一次颇具争议的历史事件。朝鲜民主主义人民共和国的史学界在20世纪60年代以前对甲午更张一般持否定态度，称之为“日本操纵下的所谓‘甲午改革’”，并评价甲午更张的改革措施“从表面上看，在一定程度上反映了1894年甲午农民战争时期朝鲜人民自下而上的强烈要求（甲午农民战争中要求改革弊政方案等）。因此，其大部分内容在客观上是符合朝鲜社会的发展方向和朝鲜人民的愿望的。也就是说，‘甲午改革’形式上具有朝鲜‘资产阶级上层改革’的性质。尽管这一‘改革方案’其后很少实施，但在当时的历史条件下，它在客观上对朝鲜社会的发展起了一定的积极作用，正因为如此，日本侵略者才把这一‘改革’粉饰成似乎是为了朝鲜而实行的。但是，其实质只不过是日本侵略者为便于其侵朝而采取的对策而已。也就是说，当时朝鲜中世纪的封建等级制度、国家管理体制、封建的实物税和贡纳制、封建官僚无止境的横征暴敛等等，这一切都已成为日本资本家对朝鲜进行掠夺贸易的障碍。因此，‘甲午改革’的结果，实际上是为日本侵略朝鲜铺平了道路”。

从20世纪60年代以后，朝鲜史学界对甲午更张的评价趋向肯定，朝鲜著名历史学家金锡亨、全锡淡所著的《朝鲜近代革命运动史》认为“1894年改革，是朝鲜社会发展合乎客观规律的反映，是符合朝鲜人民利益的进步的施策”，同时认为改革的承担者（指金弘集等人）是“作为朝鲜人民和日本侵略者的矛盾、朝鲜人民和封建统治者的矛盾，以及日本侵略者和朝鲜封建统治者的矛盾的调节者而登上政治舞台的”，因此，他们“不能排除日本侵略者的干涉”、“不能给反动势力以决定性的打击”。但总体上来说，甲午更张被认定为朝鲜“近代史上具有划时代的意义”的事件。20世纪80年代以后的朝鲜史学界对甲午更张的评价则情况大变，在按照金日成指示出版的体现“主体史观”的《朝鲜全史》（第13卷，1980年出版）中称之为“1894年资产阶级改革”，指出甲午更张是“在1894年农民战争的风暴中封建统治阶级出身的革新官僚断行的近代的上层改革”，认为军国机务处“终究是我国革新势力独自建立的政治机构”，对甲午更张给予高度评价。对甲午更张的评价由否定转向肯定，主要体现了朝鲜政治形势的变化。早期刚解放不久，故着重控诉日本对朝鲜的侵略；而20世纪70年代主体思想确立以后，则要强调朝鲜的“主体性”，将甲午更张说成是朝鲜革新官僚为挽救民族危机、实现近代化而自主进行的改革。另外朝鲜史学界将甲午更张限定于1894年7月27日到12月17日军国机务处存在的时期内，认为井上馨的干涉标志着甲午更张的失败。而通常所说的第二次、第三次改革则不被朝鲜所承认。

大韩民国史学界早期也与朝鲜一样，强调甲午更张是按日本的意图进行的近代化改革，方便日本侵略朝鲜，与朝鲜半岛沦为日本殖民地有一定的渊源关系，因而对其给予偏否定的评价。韩国历史学家白钟基认为虽然甲午更张的内容“是日军占领下被强制执行的产物，但不少方面是我国社会发展应实施的条项”。然而，“即使说这类的改革是符合国民利益的进步政策的体现，在当时的社会、政治条件下，就其实际效果而言，也实在过于勉强”，“因为我国国民并不把它看成是为了民族国家的发展和福利制定的，而是具有破坏作用的侵略性产物”。姜万吉教授在其著作《韩国近代史》中这样评价道：“甲午改革，从远的方面来看，反映了实学论者的改革论和‘民乱’农民的要求；从近的方面来看，则是把甲申政变的势力、甲午农民军等不断要求对旧的朝鲜王朝统治体制进行根本改革作为基础所进行的改革。但是，在改革过程中，怀着侵略目的的日本力量起了作用，使它没有能够成为与建立近代民族国家相联系的改革。……它在制度改革方面帮助日本侵略的性质更为突出。”

朝鲜和日本在甲午更张中角色，即究竟谁是主导者这一问题一直是评价甲午更张的纠结点，换言之即“自律性”与“他律性”的问题。日本史学界和早期的朝鲜、韩国史学界都认为甲午更张是“他律性”的，但朝鲜自20世纪80年代以后则认为甲午更张是“自律性”的而给予肯定评价；韩国史学界自20世纪90年代以后也开始倾向于甲午更张属于“自律性”的观点。韩国学者柳永益批判田保桥洁等日本学者的他律性观点，主张“若要将甲午更张前后的朝鲜开化运动的开展情况、军国机务处的结构、运营及其议案内容等结合在一起而对此予以探讨，便可以得到甲午更张还不如说是朝鲜开化派官僚主导而日本进行帮助的一场改革，即归根结底究竟为自律性改革的特点”。此观点亦值得商榷，如2002年高丽大学编著的《新编韩国史》中承认在甲午更张在早期基本没有日本干预，“但是，从整体上来看，我们其实不得不承认甲午改革是一场具有非自主性的改革。甲午政权本身就是由于日本的介入而成立的，掌权之后也是在日本的军事和经济支持下促进改革的。正如前面所述，其改革内容也存在明显的局限性。这与作为一支政治力量的改革促进势力没能在国内民众中间确立牢固的支持基础、同时又不具有支撑自己的独自的军事和经济实力等局限性是联系在一起的。而这种局限性又使得具有侵略目的的日本的影响力在改革的促进过程中很容易发挥作用，因此甲午改革就具有了帮助日本加深对朝鲜半岛进行侵略的制度改革的性质”。