在仅存的一座空军基地——Valris Air Base中，乌斯提奥共和国军集结了一批由外国人组成的雇佣兵飞行队。其中一支小队代号为“Galm”，其成员包括了由玩家扮演的“Cipher”和“Solo-wing Pixy”。这支小队奉命前往阻止贝尔卡的远程轰炸机。两人阻止出色地完成任务，为联军赢得了宝贵的时间。随后，在代号“圆桌”（The Round Table）的B7R空域，两人大破贝尔卡军防线，重创了敌军，Galm小队名声大振，“Cipher”也因此获得了“圆桌之鬼神”（Demon Lord of the Round Table）的绰号。

随着战事推进，由乌斯提奥共和国、欧西亚联邦（Osean Federation）、塞宾王国（Kingdom of Sapin）组成的多国联军逐步发动反击，收复了乌斯提奥共和国首都，并向贝尔卡本土纵深推进。在“Galm”小队的帮助下，贝尔卡的防御被层层瓦解，秘密武器——超远程激光武器“王者之剑”（Excalibur）被摧毁，B7R地区的绝对制空权也丧失殆尽。在停战谈判中联军大肆瓜分其领土，面对这一连串的失败，丧心病狂的贝尔卡军队向本土投掷7枚核弹，妄图以核辐射阻止联军进攻。在联军逼近贝尔卡首都Dinsmark后，双方进入谈判期，但6个月的时间过去了，和谈没有实质性进展，而从交战各方叛逃出来的军队组织组成了“无国界世界”（A World With No Boundaries）组织。

他们从贝尔卡军队手中夺取了数枚V2导弹，并汇聚于某个大坝中，意图以此摧毁整个联军，并建立他们所谓的“没有国境的世界”。此时，之前叛逃的主角的战友Pixy也加入了这最后的一战。

“Galm”小队成功摧毁V2发射装置后，队员“PJ”为了掩护“Cipher”而被“Pixy”击落。最终，“Pixy”终究也被“圆桌鬼神”打败。由于“Pixy”的座机坠毁，受其控制的V2导弹也发生了自爆。“Pixy”跳伞后被当地人所救，而“Cipher”却消失在天际。

战争结束10年后，“Pixy”一直在寻找失踪的“PJ”和下落不明的“Cipher”。

贝尔卡联邦

在战争爆发前，贝尔卡联邦因陷入经济危机而发生分裂，乌斯提奥共和国因此独立。在乌斯提奥发现大量自然资源的时候，贝尔卡联邦发动了向周围国家的侵略战争，包括乌斯提奥、欧西亚、塞宾等。

面对以欧西亚为首的强大联军，贝尔卡联邦被迫转入防御，并丧心病狂地向自己的领土上投下7枚核弹，妄图阻挡联军的反击。

最后，来自贝尔卡的部分军队以及联军的叛军组成了一个组织，企图创立一个“无国境世界”。在联军的总攻之下，贝尔卡联邦最终战败，并被后来的贝尔卡公国取代。

乌斯提奥共和国

玩家所在的国家。Ustio原为Belka的一个洲，因为Belka的经济危机而独立出来，由于在Ustio地下发现大量自然资源，Belka向其发动了侵略战争，并把战火引到了周边的多个国家。在联军的帮助下，Ustio收复了自己的领土，并跟随联军最终击败Belka。

塞宾王国

Sapin位于Belka和Ustio的南部，在Belka的国土缩小过程中获得了一部分领土。战争爆发后Sapin被卷入其中，成为联军的一员。战争后期Sapin内部也有人士加入“无国境世界”组织，包括Espada小队。最后Sapin随着Belka的战败而成为战胜国之一。

Excalibur：

中文翻译为“巨神之刃”。Excalibur是Belka开发的一种远程高能化学激光武器，可以精确打击空中及地面目标。

Excalibur有一个配套设备，是一个在外太空轨道上的卫星，上面安装了一面专门的反射镜，可以将Excalibur发射的激光反射回地面的射程内的每一个位置，依靠这个卫星反射镜，使Excalibur在射程之内没有攻击死角。但这个卫星自始至终都没有在游戏中出现。

Excalibur的缺点是在发射激光前几秒钟内雷达上会有反应。

联军首先在第8个任务中尝到了Excalibur的厉害，在随后的第9个任务中Excalibur被联军摧毁。

Hresvelgr：

中文翻译为“巨鸟”。Hresvelgr是Belka研制的一种巨型空中航母，能够携带战机及各种武器。

Hresvelgr体积巨大，装甲极厚，载重量大，是远程打击的利器。但正因为其体积大，它很容易被其他武器所攻击。

Hresvelgr在第15个任务中被玩家击落。

Cipher：

玩家扮演的角色。Ustio空军第6航空师第66航空队的成员，Galm小队的长机。

Cipher是个坚定的Ustio空军飞行员，技术高超，在经历了3场圆桌战役后（游戏中任务关的第3、10、16个任务）被称为“圆桌之鬼神”（The Demon Lord of the Round Table）。在战争结束后不久离开了军营，去向不明。

Larry Foulke“Pixy”：

Galm小队的僚机飞行员，本名Larry Foulke，同时也是过场动画中的叙述整个贝尔卡战争故事的那名士兵。

他曾经在一次战斗中驾驶F-15C战机，右侧机翼被打掉但仍然坚持飞回基地，在他的战机被修复之后，他把右侧机翼涂成红色，从此便有了“片翼妖精”（Solo Wing Pixy）的称号。（注：这在现实中是有原型的，1983年5月1日，以色列空军的一次训练中一架F-15D战斗机和一架A-4N攻击机空中相撞，F-15D的右侧机翼被撞掉大半，但飞行员仍然以左侧单个机翼成功着陆。）

Pixy可以说是皇牌空战系列中最强的僚机，但由于信念不同，在游戏的第12关叛逃了玩家，并在最后以敌人的身份出现在玩家Cipher面前，最终被Cipher击落。

战争结束9年后，Pixy以陆军士兵的身份参加了USEA大陆战争（皇牌空战4的故事）。

Patrick James Beckett“PJ”：

Ustio空军第6航空师第4航空队的成员，本名Patrick James Beckett，原为Crow小队的3号机，在Pixy叛逃后加入Galm小队。

PJ经常拿自己的女友说事。在最后被叛逃后的Pixy击落，生死不明。

空中管制机AWACS EagleEye：

Ustio空军第6航空师的空中管制机，型号为E-767，代号EagleEye，负责指挥Ustio空军的战斗。

Detlef Fleisher“Rot1”：（佣兵路线）（游戏中任务关的第3个任务）

Rot1是Belka空军第2航空师第52战斗飞行队Rot中队队长，本名Detlef Fleisher。他在1995年4月20日的B7R的战斗中被Galm小队击落。战争结束后，他留在Belka，在Dinsmark大学作为一名历史学教授继续生活着。

Bernhard Schmidt“Grun1”：（士兵路线）

Grun1是Belka空军第10航空师第8战斗飞行队Grun中队队长，本名Bernhard Schmidt。他在1995年4月20日的B7R的战斗中被Galm中队击落。战后返回了故乡，之后过着与战争毫无关联的生活。

Dimitri Heinreich“Indigo1”：（骑士路线）

Indigo1是Belka空军第7航空师第51战斗飞行队Indigo小队队长，本名Dimitri Heinreich。1995年4月20日，他们接到了从东部防空中心发出的向B7R紧急出击的命令，最后被Galm小队击落。战后据说他经营着家族产业的贸易公司。

Rainer Altman“Gelb2”：（游戏中任务关的第6个任务）

Belka空军第5航空师第23战斗飞行队Gelb小队僚机，本名Rainer Altman。1995年5月13日，在Ustio首都Directus郊外的空战中被Ustio空军击落。战后留在了Directus，与普通市民结婚，作为一名作家继续生活。

Dominic Zubov“Schwarze1”：（佣兵路线）（游戏中任务关的第10个任务）

Schwarze1是Belka空军第13航空师第6战斗飞行队Schwarze中队队长，本名Dominic Zubov。在1995年5月28日的B7R大规模空战中被Galm小队击落。战后，他作为战犯开始了自己的逃亡生涯。

Erich Hillenberand“Schnee1”：（士兵路线）

Schnee1是Belka空军第22航空师第4战斗飞行队Schnee中队队长，本名Erich Hillenberand。在1995年5月28日的B7R大规模空战中被Galm小队击落。战后成为战犯被勒令退伍，之后在Osea一所民间飞行学校任教，继续在培养飞行员的道路上前进着。

Dietrich Kellerman“Silber1”：（骑士路线）

Silber1是Belka空军第51航空师第126战斗飞行队Silber中队队长，本名Dietrich Kellerman。1995年Belka战争拉开序幕后，老兵Kellerman被战场的天空召唤。在1995年5月28日的B7R大规模空战中被Galm小队击落。战后，他过着隐居的生活。

Marcela Vasquez“Espada2”：（游戏中任务关的第15个任务）

Sapin空军第9陆军航空师第11战术飞行中队Espada小队僚机，本名Marcela Vasquez。（本作中唯一的有剧情的女飞行员）。1995年12月25日，在Ustio的Valais空军基地附近从重巡航管制机Hresvelgr中飞出，被Galm小队击落。她的队长战死。战后，她依靠跳舞谋生。

Anthony Palmer“Sorcerer1”：（佣兵路线）（游戏中任务关的第16个任务）

Sorcerer1是Osea空军第8空军师第32战术飞行中队Sorcerer中队队长，本名Anthony Palmer。1995年12月31日，在B7R上空被Galm小队击落。战后，他成为Osea首都Oured市的一家保险公司的员工。

Anton Kupchenko“Gault1”：（士兵路线）

Gault1是Belka空军第18军师第5战术飞行中队Gault中队队长，本名Anton Kupchenko。传闻他是“无国境世界”组织的创始者之一。1995年12月31日，在B7R上空被Galm小队击落，战死。

Joshua Bristow“Wizard1”：（骑士路线）

Wizard1是Osea空军第8航空师第32战术飞行中队Wizard中队队长，本名Joshua Bristow。传闻他是“无国境世界”组织的创始人之一。1995年12月31日，在B7R上空被Galm小队击落。此后一直下落不明.几年后，因为涉嫌恐怖组织活动被判刑.他正在一家监狱服刑。

本作在选择战机时可以自由更换特殊武器，而皇牌空战4代中的一架战机拥有多个特殊武器的系统在本作中复活，每架战机都各自拥有3种不同的特殊武器。

在后勤补给上，皇牌空战4每一关都可以返回基地补充弹药而皇牌空战5每一关都无法补给，因此本作综合了上两作，其中有两个任务可以回基地补给，其他任务无法补给。

僚机指令上，本作在“分散”（Disperse）这个命令上作出了3种划分：“任意”、“对空”和“对地”。

玩家可以控制自己的战斗行为来评判自己的战斗风格（佣兵，士兵，骑士），以触发不同的剧情。

佣兵（Mercenary）：

佣兵一切为了报酬，他们为了获得高额报酬而在战场上尽可能摧毁一切目标。玩家在游戏中攻击较多的黄色目标（它们大多数是民用设施和严重受损准备撤出战斗的敌机），将成为佣兵风格。

士兵（Soldier）：

士兵的职责是严格遵守战场规则，该摧毁的目标就摧毁，不该破坏的目标就不破坏。玩家在游戏中适当攻击少量的黄色目标，将成为士兵风格。

骑士（Knight）：

骑士在战场上富有骑士风度，他们只攻击自己的敌人而绝不伤害无辜平民。玩家在游戏中不攻击任何黄色目标，将成为骑士风格。

X-02 WYVERN，皇牌空战4的隐藏战机；

ADF-01 FALKEN，皇牌空战5的隐藏战机（同时也是皇牌空战2里，Z.O.E驾驶的终极战机，没有激光）；

ADFX-01 MORGAN，也就是皇牌空战5中的隐藏战机的试验机。可装载激光发射器，大范围爆炸炸弹以及ECMP干扰装备。同时，它也是第18个任务中敌方Pixy所驾驶的战机，与主角的对决中被击落。

曾经在《皇牌空战》《皇牌空战4：破碎的天空》中出现的对战模式再度回归，但本作中的对战模式不再限于两名玩家分屏单独对战，还有各自领导一支中队对战、夺旗、或是在相互对战的同时还要面对敌机的骚扰。

本作的一大特点是增加了一个完全对抗敌方王牌战机中队的关卡——SP关，只要在上述三种不同的风格中各自通过游戏中任务关的第3、10、16个任务，将在Free Mission中出现SP关。

在这个关卡中，玩家将与曾在任务关中出现的各个敌方王牌战机中队挨个进行车轮战式的对决。而只要在Ace难度下的第4支王牌战机编队“Espada”在一分钟之内消灭，前作皇牌空战4的主角Mobius将在最后以玩家敌人的身份出现。