文久3年（1863年）任土佐藩藩主山内丰范的侧役（近侍），八月十八日政变后，佐幕派强势肃清尊攘派，隐居的山内容堂返回藩国重掌实权，福冈亦随之复归藩政指导部，任大监察、仕置役（执政），竭力推动公武合体运动。另一方面，他与坂本龙马及海援队、陆援队合作，以前藩主山内容堂为中心，通过藩营商社开成馆推进“殖产兴业”政策。庆应3年（1867年）任土佐藩参政（国相），主导以幕府为中心的公议政体论的藩论，实现大政奉还以及与萨摩藩之间缔结萨土盟约。同年，他与后藤象二郎劝告幕府将军德川庆喜奉还大政，与武力讨幕派的萨摩藩和长州藩对抗。

王政复古政变后，福冈孝弟与后藤象二郎、板垣退助共同在新政府出仕，他提倡基本纲领策定的必要性，为议事制度的确立而尽力。庆应3年（1867年）12月12日——明治2年（1869年）2月10日任明治政府参与，庆应4年（1868年）1月17日——庆应4年（1868年）2月20日兼任制度寮挂，庆应4年（1868年）2月20日——庆应4年（1868年）闰4月21日兼任制度事务局判事。

庆应4年（1868年）1月与越前国福井藩的由利公正一同起草明治政府以天皇名义发布的施政纲领——《五条御誓文》（五箇条の御誓文）。同年与副岛种臣起草确定明治新政府的政治体制的《政体书》（政府组织法），政体书受美利坚合众国宪法的影响，引用《五条御誓文》，阐述采取三权分立和官吏公选，设立藩代表议会，地方行政实行府藩县体制。政体书公布，令诸藩根据御誓文的方针拔擢人才和推进改革。

明治元年9月19日——明治2年4月17日任议事体裁取调局御用挂。明治2年（1869年）任学校御用挂。明治3年（1870年）2月回归土佐高知藩厅，任土佐藩少参事、权大参事，与板垣退助竭力推进藩政改革和财政整顿。明治4年（1871年），福冈孝弟以王政复古之功勋被下赐永世赏典禄400石。明治5年（1872年）出仕政府，是政府中土佐阀的代表人物。明治5年2月13日——明治5年8月13日任文部大辅。明治5年8月13日——明治6年11月10日任司法大辅。明治5年（1872年）11月23日与司法卿江藤新平共同提出在法律上禁止纳妾的建议书，由于蓄妾是根深蒂固的社会旧俗，建议没有被采用。明治六年政变，征韩论失败，随西乡隆盛、板垣退助等人一道辞职下野。

明治7年（1874年）3月23日——明治7年（1874年）7月12日任左院一等议官。明治8年（1875年）4月25日——明治8年（1875年）5月19日任元老院议官，充当政府内萨长两阀和土佐阀之间的缓冲者。明治8年再度下野。明治13年（1880年）5月14日——明治14年（1881年）4月7日再任元老院议官。

明治14年（1881年）4月7日——明治16年（1883年）12月12日任文部卿。明治14年（1881年）10月21日——明治18年（1885年）12月22日任参议（宰相），参与创立内阁制度。明治16年（1883年）12月12日——明治18年（1885年）12月22日兼任参事院议长。明治17年（1884年）7月7日华族令颁布，以维新之功勋叙子爵，列入华族。明治18年（1885年）12月22日——明治21年（1888年）4月30日任宫中顾问官，明治21年（1888年）4月30日 ——大正8年（1919年）3月5日任枢密顾问官。

大正8年（1919年）3月7日薨去，享年85岁。墓所在东京都丰岛区染井墓地。

明治元年闰4月21日-从四位下。

1881年（明治14年）6月30日-正四位。

1881年（明治14年）7月16日-勋二等。

1882年（明治15年）11月1日-勋一等旭日大绶章。

1884年（明治17年）7月7日-子爵。

1884年（明治17年）12月27日-从三位。

1887年（明治20年）4月12日-正三位。

1889年（明治22年）11月25日-大日本帝国宪法发布记念章。

1897年（明治30年）7月2日-从二位。

1906年（明治39年）4月1日-勋一等旭日桐花大绶章。

1911年（明治44年）5月30日-正二位。

1912年（大正元年）8月1日-韩国并合记念章。

1915年（大正4年）11月10日-大礼记念章。

1919年（大正8年）3月7日-从一位。

福冈孝弟主要著有《水萍赏鉴录》、《印谱辩妄》、《水萍处鉴藏目录》。记录·回忆录有《大政奉还始末 并昔日谈》、《実歴史伝（第三） 福冈孝弟子》、《五事御誓文起草始末》、《大政奉还前後の事情（明治四十三年十一月十四日）》、《余の文部卿当时》、《子爵福冈孝弟谈话笔记》、《壬戌事》、《五箇条御誓文和政体书的由来》。