蜀州有个自称李冰神子的妖人，他任命官员、属吏和士卒，聚集了百余名信徒。程琳下令将其逮捕并依法处置。然而，朝中有人诬告程琳滥杀无辜，担心蜀地将因此发生动乱。宋仁宗派遣宦官紧急前往查看，宦官进入蜀地后，无论是居民还是行旅之人都争相称赞程琳的善政。宦官询问关于处决妖人的事，当地父老都说：“杀这一人可使蜀地数十年太平无事。”宦官追问原因，他们回答：“以往扰乱蜀地的，并非有智谋或豪杰之才，而是乡里间无赖的小人，只因没有及时制止，才酿成大乱。”宦官见蜀地安定无事，又听到父老们的这番话，回朝后如实禀报。于是，宋仁宗更加器重程琳。

天圣九年（1031年）九月，程琳升任给事中、开封府知府。之前担任这一职位的人，都因为治理事务繁重而苦不堪言，有的任职不满一年就被罢免，不然就是受到诽谤和指责，或是因事被调离，唯独程琳在此职位上任职数年。时间一长，他的治理更加精明有效，使得盗窃和诉讼的案件变得稀少，监狱里常常空无一人。因此，宋仁宗多次下诏书对他进行表彰。

当时，王蒙正的儿子王齐雄打死了一个老仆人，却贿赂他的妻子让她以生病为由上报。程琳察觉他们言辞神色有异，便命令有关部门检验，结果证实了老仆人是被殴打致死的。王蒙正因为与章献太后家有姻亲关系，太后便对程琳说：“王齐雄并非杀人凶手，是他的仆人曾经打过他（指老仆人）。”程琳反驳道：“仆人没有自行专断打人的道理，而且既然是主人指使，那么主人与仆人犯的罪是相同的。”太后听后沉默不语，最终王齐雄依法受到了惩处。另有一件事，外戚吴氏离开了她的丈夫李咸熙，带着女儿回到娘家，李咸熙向开封府告状。程琳下令吴氏归还女儿，吴氏却声称女儿已经被送入宫中。程琳便向宋仁宗请求说：“我担心天下人会私下议论陛下夺人妻女。”宋仁宗立即下令将女孩送还，并对吴氏施以鞭刑，让她回归夫家。

明道元年（1032年）八月，皇宫中发生了一场大火，火势蔓延至东西两宫。宦官们负责审理此案，抓到了一个制作衣服的工匠，工匠手中持有火斗，已被屈打成招并移交至开封府。宋仁宗命令程琳负责审理此案。程琳经过仔细调查，坚决认为工匠并非纵火之人。由于皇宫禁地不得擅入，他便命令工匠绘制出火灾蔓延的路径图。通过观察发现，后宫中许多居住的地方狭窄拥挤，厨房的炉灶紧邻木板墙壁，年久失修，干燥易燃，因此他推断说：“这火势岂是一日之内就能形成的？”于是，他上书建议这场火灾很可能是天灾所致，不应将罪名归咎于人。监察御史蒋堂也上奏说：“火灾的发生没有明确的迹象，怎知不是上天的意志？”宋仁宗因此放缓了案件的审理，最终使得无辜之人得以免死。

明道二年（1033年）十月，程琳又被提升为工部侍郎、龙图阁直学士，并兼任御史中丞。同年，他还以翰林侍读学士的身份再次掌管开封府。

景祐元年（1034年），程琳又被任命为三司使。他不喜欢随意追求私利，也不贪图眼前的功绩。当时，有人议论说百姓的税种繁多，给了官吏作奸犯科的机会，想要废除这些税种名称，将它们合并为一个税种。但程琳认为，合并税种却隐去其名称，虽然暂时方便了管理，但以后若有追求私利的官员出现，必定会再次增加税种，这将给百姓带来更重的负担。这一观点让议论者无法反驳。程琳在财务收支上尤其谨慎，皇宫中有时有所需求，他也从不轻易答应给予。宦官们对此非常愤怒，抱怨说：“陛下虽有需求，但东西在程琳那里又怎能轻易得到呢！”程琳回答说：“三司的财赋都是朝廷的，我替陛下珍惜，这对我个人有什么好处呢？”宋仁宗认为他说得对。有人建议将全国的农田税和其他赋税合并为一种税目，程琳表示：“合并成一种税目，确实便于核对校验，这是可行的。但如果有好大喜功的官员，再用旧的名目增加税收，那就会不断加重百姓的负担，永无止境。”

景祐三年（1036年）八月，程琳改任吏部侍郎。

景祐四年（1037年）四月，程琳担任参知政事。当时司天监预报说明年正月初一会发生日食，请求移动闰月来避开这一灾象。程琳认为这是上天给予的谴责，不是通过移动闰月就能避免的，唯有修明德政才能应对，于是此事作罢。范仲淹因直言进谏触怒了朝中大臣，被贬至饶州。不久之后，宋仁宗醒悟过来，想要重新起用范仲淹，先是让他担任润州知州，但那些厌恶范仲淹的人又编造罪名诬陷他，这些话传到宋仁宗耳中，宋仁宗大怒，立即下令将他贬至岭南。自范仲淹被贬后，朋党之争的言论开始兴起，朝中官员但凡言论中提及范仲淹，都被指为朋党之人。唯有程琳在宋仁宗面前为范仲淹辩白，阐明他的冤屈，直到宋仁宗心中的疑虑消除才作罢。程琳为人刚正果决，聪明敏锐，通晓许多旧例，议论时慷慨激昂。及至他参与政事，更加奋发努力，无所畏惧。宰相若有私心，他总能用言语将其折服。因此，那些想侥幸得逞的小人大多不能如愿。

宝元元年（1038年）三月，程琳升任尚书左丞。

宝元二年（1039年）正月，元昊反叛，但仍派遣使者来朝见，众人请求朝廷按律诛杀这些使者。程琳却认为：“派遣使者是常规之事，杀之不吉。”然而，后来这些使者愈发骄横无礼，令大臣们十分头疼。有人提议，可以趁使者入住驿馆时，故意让房屋倒塌，让他们死于非命。程琳反对说：“起初未杀，是因其无罪；如今既已骄横，便应揭露其恶行并依法惩处，此乃国法，有何可忧？”六月，朝廷在讨论如何通过重贿唃厮啰以促使其讨伐袁浩时，程琳提出不同意见：“若使唃厮啰得地，无异于再生一元昊。不如运用离间手段，使两羌势力不合，这才对中国有利。”另有一事，枢密副使张逊的旧宅位于武成坊，其曾孙张偕年仅七岁，为宗室女子所生，家境贫寒。乳母擅自出售宅院，程琳得知后，想购买此宅，便暗中指使开封府官吏告知乳母，因张偕年幼，需得御宝批准方可出售。乳母因此入宫求见章惠太后，获得御宝批准后，程琳便买下了这座宅子。此外，他还命官吏采购木材、购买妇女，后这些官吏因贪赃枉法被揭发，程琳也因此事被御史弹劾。

宝元二年（1039年）十一月，因张士逊的弹劾，程琳被降为光禄卿，出任颍州知州，后改任青州知州。不久后，程琳又被任命为户部侍郎，不久又复任吏部侍郎，并兼任天雄军知府。

庆历二年（1042年）五月，宋仁宗命程琳知大名府兼北京留守。八月，加官资政殿学士。闰九月，为了营建北京城（今河北大名），内侍皇甫继明主要负责宫殿的营造工作，他打算扩大宫殿规模以博取奖赏。当时程琳认为，国家正忙于边境事务，如果再大兴土木，必定会给百姓带来困苦，因此坚决反对。不久之后，皇甫继明多次上奏陈述自己的意见，宋仁宗便派遣侍御史鱼周询前往审查。经过审查，宋仁宗罢免了皇甫继明的职务，让他返回京城，并命令程琳独自负责北京城的营建工作。当时皇甫继明正受宋仁宗宠信，权势显赫，朝廷内外无人不对他曲意逢迎，而程琳在遭受中伤刚刚复起之时，便敢于与他抗争，即便是小事也绝不妥协。因此，议论者认为他能不为皇甫继明所屈服是难能可贵的。虽然程琳没有再担任更高的官职，但当时契丹频繁派遣使者提出各种要求，而讨伐元昊的军事行动也未能取得决定性胜利，西北地区驻扎着重兵。在这样的背景下，程琳多次被宋仁宗委以重任，负责河北、陕西等地的防务，并在北京留守长达四年之久。

庆历五年（1045年）五月，程琳升任工部尚书，加资政殿大学士。七月，兼任河北安抚使。

庆历六年（1056年）二月，程琳改任武昌节度使、陕西安抚使、知永兴军。三月， 宋仁宗下诏给陕西四路经略司，要求他们凡是涉及到民间利益得失以及边境事务的相关情况，都必须一并上报给程琳知晓。七月，宋仁宗听从王拱辰的建议，命程琳兼任陕西路的粮草筹划与供应事务。

庆历七年（1047年）五月，宋仁宗任命程琳为宣徽北院使、马步军都部署、延州判官兼鄜延路经略使，并继续担任陕西安抚使。当时西夏人率领三万大军逼近边境，程琳在三天前就已通过间谍得知了这一消息，他下令各堡寨按兵不动，紧闭城门。西夏人到达后，以为宋军已有防备，便撤退了。直到程琳离任，西夏人再也没有窥探过边境。

庆历八年（1048年）四月，元昊去世，其子李谅祚继位，因年幼，国家由三大将分治。有人建议趁机以节度使之位诱使三将分裂，以削弱其势力，实现不战而屈人之兵。但程琳认为：“趁人之危非仁德之举，不如安抚之。”众人感到可惜，认为错失良机。不久，朝廷派遣使者前往册封，此时西夏正围攻庆阳。程琳说：“若他们贪恋册封之利，或可暂缓庆州之危。”于是备齐礼物和钱币，通知西夏人，西夏人果然欢喜，当日便迎接册使，庆阳之围也随之解除。程琳曾俘获西夏军首领，非但不杀，反而告诫后释放，西夏人因此也相互告诫不要捕杀汉民。后来，有五百户西夏人赶着牛羊来边关请求投降，并称契丹军队已逼近衙头，国内混乱，愿归附宋朝。程琳识破其诈，说：“此乃诡计。若契丹真的兵临城下，夏人应全力抵抗，岂会有投降者？我闻夏人正在追捕叛逃者，这些人恐怕正是叛逃者。不然，便是诱敌之计。”于是拒绝接纳。不久，果然有三万西夏军以追捕降者为由逼近边境，程琳事先得知，便命令守军闭城倒旗，严阵以待，但不得妄动。西夏军见状，疑心有备，随即撤退。

皇祐元年（1049年）三月，程琳拜同中书门下平章事，改任河北安抚使，通判大名府，兼任北京留守。五月，改任大名府路安抚使。自从元昊在河西反叛以来，契丹也违背盟约索要土地，两边战火不断，连年不息。而程琳则深入参与朝廷的谋议，又先后镇守西北两地，对夷狄的虚实情况、山川地形的要害之处尤为熟悉，对于行军作战、安营布阵的策略，在河北地区更是了如指掌。他上奏的议论很多，虽然不能完全被采纳，但他所规划筹谋的内容，有很多是值得称道的。程琳持重不扰民，前后在魏地任职十年，期间他考察地形要害，修缮防御工事，增强守备力量。他还种植数万棵杂木，说：“将来建造防御工事所需的木材，就不必再向百姓征用了。”因此深受百姓爱戴，为他建立生祠以表敬意。

皇祐二年（1050年）十月，程琳改任武胜节度使、检校太尉，仍留任北京。

皇祐四年（1052年）三月，程琳改任镇安节度使。四月，宋仁宗下诏允许程琳在出入时享有现任二府官员的礼仪待遇。

至和三年（1056年），程琳上书朝廷说：“镇安军不过是一个郡邑，我难以在此充分施展我的才能与忠心，希望朝廷能允许我再次镇守边疆。”然而，这份奏章尚未得到朝廷的回复，程琳便于闰三月初七日（3月25日）在陈州的府邸中去世，享年六十九岁。宋仁宗为此特别停止朝会两天以示哀悼，追赠他为中书令，并赐予谥号“文简”。

嘉祐二年（1057年），当举行太庙合祭大典时，朝廷又特别推恩加赠，追封程琳为太师、尚书令。

宋仁宗赵祯：琳心行不佳。（《续资治通鉴长编》引）

欧阳修：①公世中山，在昔有闻。克大自公，厥声以振。乃秉国钧，乃授将钺。出入其勤，险夷一节。帝曰噫欤，余有劳臣。何以旌之？有烂其文。惟此劳臣，实余同德。忧国在心，匪劳以力。二方有事，诸将无功。俾我旧老，不遑居中。闲息近藩，庶休厥躬。有请未报，奄云其终。殁而后已，兹可谓忠。惟帝之褒，其言甚简。铭以述之，万世丕显。（《赠太师中书令程公神道碑铭》）②公平生寡言笑，慎于知人，既已知之，久而益笃。喜饮酒引满。然人罕得其欢，而与余尤相好也……君子之守，志于不夺。不学而刚，有摧必折。毅毅程公，其刚不屈。公在政事，有谔其言。直虽不容，志岂不完。谓公不显，公位将相。岂无谋谟，胡不以访？老于辅藩，白首犹壮。公虽在外，邦国之光。奄其不存，士夫曷望？吉卜之从，兆此新冈。惟其休声，逾远弥长。（《赠中书令谥文简程公墓志铭》）

曾巩：其为人严深，长于政事，平时议论不少下人，至朋僚故旧，饮酒笑歌，不复有势位之间。世或以啬于财而厚自奉为诮。（《隆平集》）

李焘：琳为人敏厉严深，长于政事。（《续资治通鉴长编》）

王称：琳为人严深，长于政事，平时议论不少下人，至朋僚故旧，饮酒笑歌，不复有势位之间。然性啬于财，而厚自奉。（《东都事略》）

脱脱等：君子惟能立身，而后可以佐国……琳有才器，能断大事，然献《武后临朝图》于章献，君子鄙之。（《宋史》）

在章献皇后刘娥当政时期，有一位名叫方仲弓的官员，他上书请求效仿武则天时代的做法，为刘氏建立宗庙。章献皇后看了他的奏疏后，严肃地说：“我绝不会做这种违背祖宗规矩的事情。”于是她将奏疏撕毁并扔在地上。当时仁宗皇帝就在旁边，他说道：“方仲弓此举也是出于忠孝之心，应当给予一定的表彰。”于是，方仲弓被任命为开封府的司录。然而，等到章献皇后去世后，方仲弓却被贬为汀州的司马。另外，程琳也曾经有过类似的请求，但这件事却鲜为人知。有一天，宋仁宗在迩英阁对侍讲的官员们说：“程琳这个人品行不端，他在章献皇后当政时，就曾提议为刘氏建立宗庙，并且还进献了七庙的图表。”当时，侍读学士王洙也在场并听到了这些话。不过，由于宋仁宗天性宽厚，并没有因此对程琳怀恨在心，程琳后来甚至官至宰相，这也说明宋仁宗并没有将此事记恨于心。

程琳有《文集》《奏议》六十卷，均已佚。《全宋诗》录其诗五首。

《文忠集·卷二十三·赠太师中书令程公神道碑铭》

《文忠集·卷三十一·赠中书令谥文简程公墓志铭》

《宋史·卷二百八十八·列传第四十七》

2020年电视剧《清平乐》：李至强饰演程琳。