1978年，旧九龙车站大楼被拆卸，只保留钟楼作为香港的地标。

1990年，九龙车站钟楼被认定为法定古迹。

1995年，九龙车站开始进行翻新。

1986年年中，红磡湾填海工程开始，开辟了37公顷新土地，其中5公顷拨作九广铁路公司兴建新货场之用。

1993年，填海工程完成，并在新的货运轨道展开工程，红磡货场建立。

1996年初，为了避免同原香港地铁（现港铁）机场快线九龙站混淆，九龙车站改名为红磡车站。

1998年6月，红磡车站翻新工程竣工。

2002年5月，红磡车站扩建中层月台启用。

2004年10月，尖沙咀支线启用，使得东铁线的服务由红磡向南伸延至尖东。

2007年12月2日，香港地铁和九广铁路合并，红磡车站成为港铁管理的车站，易名为红磡站；因沙中线建设，红磡站再一次进行扩建及重编列车月台。

2013年5月，红磡站车站箱型构筑物动工建设。

2016年，红磡站车站箱型构筑物完工。

2019年4月，中国铁路总公司将九龙（红磡）站更名为香港红磡站。

根据中国香港特别行政区政府公布的疫情防控措施，自2020年1月30日零时起，红磡车站口岸关闭，香港红磡站至中国内地间的普速列车暂停跨境运营。

2021年6月20日，位于地下一层的港铁屯马线站台启用，从20日至27日作为西铁线月台服务，同时原有的地面层2号3号西铁线老月台停用。6月27日，港铁屯马线剩余段（红磡站—启德站）开通，原港铁西铁线并入港铁屯马线，红磡站改为港铁屯马线的站点，新2号3号月台交由港铁屯马线使用。

2022年5月15日，港铁东铁线过海段开通，红磡站东铁线启用新站台。

红磡站位于中国香港特别行政区九龙油尖旺区红磡湾畅运道8号，西侧为安运道，可通过人行天桥到达香港理工大学，东侧为畅运道以及都会海逸酒店、国际都会、都会轩、都会大厦等地标建筑，南侧临近香港体育馆，距离红磡海底隧道不到1千米，北侧为巴士总站。

据2022年5月港铁官网显示，红磡站设有14个出口，出口分布于各车站大堂。在各个车站出口，均设有指示牌显示出口周边的建筑物及设施列表。

据2022年5月港铁官网显示，红磡站的相邻车站如下：

红磡站屋顶采用波浪形设计，向南的波浪使用碧绿色钢材，向北的波浪则为玻璃天窗，而3面外墙则为玻璃幕墙。

红磡站扩建工程采用430米的连续墙，上层月台层板横跨两幅连续墙之间约20-24米的空间，下层月台层板位于地面水平以下约10.6米。东西走廊及南北走廊的月台层板横跨两幅连续墙之间超过20米的空间。上层东西走廊月台层板一般厚3米，下层南北走廊月台层板一般厚2米。

红磡站共设有4层，其中C/U2/3层为C出入口及城际直通车使用的大厅，同时设有乘降机以及扶手电梯通往U3层的餐厅；2层为A、B及D出入口大厅，同时设有行人隧道通往车站附近；P层为站台层，屯马线位于上层，东铁线为于下层，两线通过扶梯连接。另外，红磡站的上盖为港铁红磡大楼，设有停车场以及港铁学院。

据2022年5月港铁官网显示，红磡站的运营时间如下：

据2022年5月港铁官网显示，红磡站的设施设备如下：

据2022年5月港铁官网显示，红磡站的交通换乘如表格所示：

2009年9月25日至2009年10月25日，红磡站举行“和谐社会 富泰中华”展览，展出三十六幅由香港学生为庆祝中华人民共和国建国六十周年而绘画的作品。

2009年12月31日至2010年1月2日，红磡站举行展览“古往今来”，展出融合创新的现代诗及中国古诗的中文书法作品，为红磡站注入浓厚的书卷味。展览共展出十三幅中国诗词及书法家陈一豫的书法作品，其中包括四幅古诗及九幅由陈一豫创作的现代诗。

红磡站将成为中国香港重要的交通枢纽，港铁屯马线及港铁东铁线的乘客均可在红磡站转线，便捷地来往港九新界。红磡站一直是联系新界东北及跨境服务的铁路中枢站，屯马线通车后，更进一步强化其本地及城际铁路枢纽的地位。在东铁线过海段通车后，整个香港铁路网络会更加通达; 屯马线的乘客将可于红磡站转乘东铁线过海，来往港九新界各区将更加便捷。（港铁 评）