1967年4月14日，纳辛贝·埃亚德马任多哥共和国总统、政府首脑兼国防部长。1967年12月1日晋升为准将。1969年5月取缔了纷争不休的所有政党，1969年11月，埃亚德马创建多哥人民联盟并自任主席，实行一党制，人民联盟为全国唯一政党。1971年9月晋升为少将。1972年1月将举行公民投票，埃亚德马当选为多哥共和国总统。1979年12月30日，全国公民投票通过多哥第三共和国宪法。1980年1月13日成立国民议会。1979年1月、1986年1月、1993年8月、1998年6月和2003年6月五次蝉联总统。1976年6月晋升为上将。1978年兼任武装部队总司令。

2005年2月5日，纳辛贝·埃亚德马在紧急去国外治病的途中因心脏病突发逝世，享年69岁。

纳辛贝·埃亚德马执政以来，对内奉行民族和解政策，致力于全国的安定团结，重视发展民族经济。为了维护民族和国家的经济权益，埃亚德马于1974年1月10日宣布把法国资本控制的最大企业“贝宁矿业公司”收归国有，并由多哥的机构来管理磷酸盐的贸易，这一决定获得了多哥人民的热烈欢迎。但由于西方的经济利益受到侵犯，因而他们伺机报复，加害于埃亚德马。1974年1月24日，埃亚德马的座机在拉马卡拉附近的萨拉卡瓦上空突然失事坠毁，但埃亚德马却神奇般地幸免于难。回到首都洛美的时候，洛美居民倾城出动，夹道欢迎，，仅市内独立广场上就聚集了15余万群众，人们载歌载舞，欢庆胜利。直至今天，每逢每年的2月2日这天，多哥电视台都要重播当年独立广场上的盛况。

由于推行务实、温和的经济自由化政策，投资和旅游业发展较快。1977年，多哥政府在全国开展了一场“绿色革命”，以发展农业，实现粮食自给作为首要目标，使多哥在20世纪80年代初实现了粮食自给。1983年起实行经济结构调整计划，特别是强调国营企业的“私有化”。在对外贸易上长期实行“门户开放”政策，鼓励外国投资，与美国、法国、德国等西方国家保持密切的经济联系。1989年建立洛美保税区，以吸引外资。

在埃亚德马执政以后的很长一段时间内，多哥经济的增长率保持在3%到5%，国内政局稳定，被誉为“非洲的瑞士”。

20世纪90年代初，由于政局动荡，多哥经济曾一度陷入独立以来最严重的危机。1994年后，随着政局趋稳，经济走出谷底，进入恢复和发展阶段。但1998年以来，因西方国家暂停援助，导致发展资金短缺，国家财政拮据。2002年，多哥政府努力恢复和振兴经济，通过增收节支、加强海关监管等手段增加财政收入，在推进企业私有化、经济自由化和吸引外资等方面迈出较大步伐，工农业生产和第三产业逐步恢复，外汇有所增加。但多哥经济整体依然十分困难。

纳辛贝·埃亚德马起于行伍，早年在战火中经历过实战的锻炼，军队是他赖以发迹和称雄多哥政坛，维系威权统治的重要资本，因此他十分重视国防建设和对军队的控制。多哥武装部队总兵力约9300人，其中陆、海、空三军约8550人，总统卫队750人。宪兵1750人。陆军装备有主战坦克、轻型坦克、装甲车、野战炮等；海军有巡逻艇2艘；空军有战斗机、运输机18架，直升机3架。

多哥的武装力量对一个蕞尔小国来说是一支庞大的军事力量，并且自1963年起一直在多哥的政治生活中具有举足轻重的地位，在历次政治变局中都发挥着关键性的作用。

在外交事务中，埃亚德马坚持中立、不结盟和睦邻友好的外交政策，主张在平等互利、互相尊重主权和领土完整的基础上同所有国家建立友好合作关系。着重发展同西方国家的关系，争取外援；同时注意外交多元化，加强同亚洲国家的关系。

他主持正义，反对霸权主义，并大力支持扎伊尔（今刚果（金））抗击苏、古雇佣军的入侵（当时，古巴革命英雄切·格瓦拉化名“塔图司令员”，率游击队在扎伊尔活动，试图在“非洲心脏”支起“世界革命的炉灶”，并支持洛朗·德西雷·卡比拉的反政府武装力量）。埃亚德马常说：“邻居失火，务必相救”，这是流传至今的一句名言。1986年9月多哥未遂政变，扎伊尔总统蒙博托率精锐伞兵亲赴洛美力挺埃亚德马。

埃亚德马重视非洲国家的团结合作，积极参与非洲地区事务，促进地区经济一体化。他积极推动西非地区的经济合作，是西非国家经济共同体的主要倡导人之一，并为西共体的发展而多方奔走呼号。1977——1978年、1980——1981年和1999年三次任西非国家经济共同体执行主席。

1968年参与调解尼日利亚同象牙海岸（今科特迪瓦）和加蓬之间的纠纷。1974年和尼日尔等国元首一起调停了马里和上沃尔特（今布基纳法索）之间的边境冲突。1978年是象牙海岸、塞内加尔和几内亚实现历史性和解的主要调解人。1981年3月在埃亚德马的推动下，使得关系一度紧张的象牙海岸和加纳又重归于好。

2000年7月9日——2001年7月10日任非洲统一组织执行主席，任内积极调解几内亚比绍、塞拉利昂和科特迪瓦冲突。曾向中非、几比派遣维和部队，向刚果（金）派遣军事观察员。

1980年以来，埃亚德马先后获得七次国际和平奖：辛巴和平奖（1980年）、国际人物和平奖和国际进步奖（1983年）、和平战士奖（1983年）、墨丘利和平金像奖和西奈骑士大勋章（1984年）、非洲国际和法学会的国际和平金像奖和七星大十字勋章（1986年）。

纳辛贝·埃亚德马身材魁梧，在政务之余喜爱狩猎和摔跤，并荣获自己家乡的摔跤比赛冠军，每逢7月，他都要赶回家乡和乡亲们一起欢度传统的摔跤节。为了加强对军队的控制，埃亚德马平时都住在兵营里，但他仍争取机会与群众接触，并主动和群众握手。

埃亚德马执政后20多年，多哥政局在非洲以稳定著称。但在1986年9月爆发了罕见的反对埃亚德马的政治风暴。在国外反对派人士吉尔克里斯特·奥林匹欧（前总统奥林匹欧之子）的策划下，1986年9月23日晚，一批境外武装分子从邻国加纳潜入洛美，偷袭埃亚德马总统居住的兵营。在这紧急关头，身经百战的埃亚德马总统身先士卒，亲自指挥安全部队与偷袭的武装分子展开激战，入侵者毫无招架之力，四处溃逃。经过一夜的战斗，政府军取得胜利，从而粉碎了一起企图暗杀埃亚德马、推翻现政权的政治阴谋。“九·二三”事件立刻引起有关国家和国际社会的强烈反响和关注。法国总统弗朗索瓦·密特朗基于法国在黑非洲的传统利益，为避免贝宁湾四国成为受苏联影响的“进步国家”（加纳、布基纳法索、贝宁这些亲利比亚的“进步国家”是反对派的庇护者），立即出兵帮助埃亚德马稳定局势。事件后，美国总统里根也向埃亚德马提供援助。

纳辛贝·埃亚德马是非洲政坛的“常青树”和“不倒翁”，1967年执政后长期实行军事独裁和一党专政，多次挫败反对派策动的政变和暗杀图谋。20世纪90年代，苏东剧变和政治多元化的影响在非洲大陆兴起。1990年受多党民主浪潮冲击，多哥政局开始动荡。1990年10月30日，埃亚德马宣布接受多党制。1991年多哥实行多党制，开启政治过渡。埃亚德马一度遭遇政治困境，反对派控制了多哥最高委员会（临时议会）和过渡政府，企图把埃亚德马架空为象征性的总统。尽管如此，埃亚德马仍保持了总统权力和军队的一致支持。1991年10月和11月，多哥武装部队接连发动两次兵变，迫使过渡政府改组，埃亚德马重新掌握了政治主动权。

1992年9月27日，公民投票通过第四共和国宪法。1993年8月，纳辛贝·埃亚德马以96.42%的选票当选为多哥第四共和国总统兼武装力量最高统帅。而当时反对党大多抵制了总统大选，只有两个较小的反对党参选。1998年6月，埃亚德马以52.13%的微弱优势击败反对党联盟候选人吉尔克里斯特·奥林匹欧，蝉联总统。反对党指责政府舞弊和安全部队使用武力镇压反对派支持者。欧盟以投票过程存在违规舞弊和侵犯人权为由中止援助。国际人权组织谴责埃亚德马政权在30多年的统治中操纵选举、干预司法和普遍侵犯人权。

2002年12月30日，议会对宪法部分条款进行了修改。宪法规定多哥实行半总统制。总统为国家元首和军队最高统帅，由选民直接选举产生，一轮多数胜出，任期5年，可连选连任；总统有权解散议会、颁布议会通过的法律和实行赦免。总理出自议会多数派，由总统任命，对议会负责。议会可对总理提出不信任案，获议会2/3多数通过即可要求任命新总理。宪法可根据总统和议会的提议进行修改，由议会或公民投票表决通过。修宪取消了总统只能连任两届的限制，从而使埃亚德马在2003年两届任期届满后得以继续连任。2003年6月大选，埃亚德马以57.78%的得票率战胜6位竞争对手，再次蝉联总统。同时，宪法修正案还把总统候选人的最低参选年龄由45岁降至35岁，许多政治观察家认为这是年事已高的纳辛贝·埃亚德马在为自己的儿子福雷·纳辛贝未来（尤其是在他可能突然离世的情况下）顺利接班铺平道路。

2005年2月5日，纳辛贝·埃亚德马健康恶化，在从家乡皮亚村被紧急送往欧洲治疗的途中，距突尼斯首都突尼斯城以南250公里时在飞机上突发心脏病去世。

埃亚德马去世后，法国总统雅克·希拉克向其家人表示慰问，“他的逝世使法国失去了一位朋友，也使我失去了一位私人朋友。”

纳辛贝·埃亚德马儿女众多，其中只有三子福雷·纳辛贝从政，其他子女分别从事商务、公共管理、广告等工作。2005年2月6日，福雷在执政党和军方的拥戴下接掌国家权力，但遭到反对派和国际社会的强烈反对，非洲联盟委员会主席阿尔法·奥马尔·科纳雷谴责这种行为是“一次军事政变”和违反宪法的，联合国秘书长科菲·安南呼吁尊重宪法，国际人权组织谴责这是“世袭独裁”。包括非盟、西共体在内的国际社会拒绝承认其合法性。福雷迫于西共体和国际社会的压力，辞去议长和代总统职务，由议会第一副议长邦福·阿巴斯接任代总统。2005年4月24日，福雷在总统大选中以60%得票率当选总统。

2005年3月13日，多哥为埃亚德马举行隆重的国葬，贝宁总统马蒂厄·克雷库、加纳总统库福尔、尼日尔总统马马杜·坦贾、尼日利亚总统奥卢塞贡·奥巴桑乔等非洲政要参加了葬礼。他被安葬在家乡皮亚村。

纳辛贝·埃亚德马发动军事政变上台，背后有前宗主国法国的影子，这使他的政权得到了从夏尔·戴高乐到雅克·希拉克的历届法国总统的支持。埃亚德马是非洲亲西方派（与亲东方的“进步国家”对立）的头面人物，在西非次区域扮演了法国的政治、经济和军事利益代理人的角色。

纳辛贝·埃亚德马总统致力于发展多哥与中国的友好合作关系。1972年9月19日建交以来，两国关系发展顺利。他曾于1974年9月、1981年9月、1989年4月、1995年11月和2000年10月五次访华。