九月，蒙哥大军进至汉中，令驻守成都的纽璘率军赶赴重庆下游实施阻援。当时成都驻军仅两万人，为配合蒙哥的行动，纽璘留下五千兵马由大将密里火者、刘黑马、拜延八都鲁等守卫成都，自将蒙古、汉军一万五千人，号称五万，携战舰二百艘，以降将张威所部五百人为前锋，水路并进。因嘉定府为一南宋西边重镇，蒙古军多次进攻而未下，纽璘便绕道资州（今四川资中），架浮桥渡过沱江，然后兵分两路，千户暗都剌率舟师顺流而下，纽璘自统步骑陆行，欲取道马湖江（古长江宜宾段称谓）以趋重庆。当纽璘引军行至岷江与金沙江交汇处的叙州时，遭到宋守将都统张实的抵御，为迎战纽璘军，张实「先以五百艘控扼江渡」，「连舰绝江不得进」，「横截江津，军不得渡」，主要是采取封锁江面的战术进行堵截。当时，长于水战的纽璘部下石末按只率七十艘战舰赶至马湖江。他一面选择有利地形，架浮桥，一面收集军中牛皮，赶制浑脱、皮船等渡江器械。纽璘组织水师，与宋军在江中激战。石抹按只在击破宋军后，「夺其渡口，为浮桥以济师」。完颜石柱为争夺浮桥，「与宋兵战」。探马赤率领二千精兵，一举夺得宋军舟船以渡河。纽璘军突破宋军水上防线后，指挥军队深入两江交汇处的三角地带，与宋军在陆地上作战。宋军腹背受敌，被蒙古军分割包围。忽都、车里领兵在老君山（今屏山县西北）和马老山击败叙州兵，取得决定性胜利。江面上的宋军陷入一片混乱之中，宋军主帅、四川宿将张实被俘。纽璘军突破马湖江防线后，声势大振。蒲择之指挥蜀军「分道要遮」，连连败溃。纽璘军沿江而下，一路上浩浩荡荡，「鼓噪渡泸」,一举突破重庆上游最后一道防线泸州神臂城，直奔重庆及其下游江面而去。

开庆元年（1259年）正月，纽璘军成功抵达涪州蔺市，初步实现蒙哥的战略意图。纽璘在蔺市见其江面狭窄，水流平缓，遂在此地大造浮桥。蒙古军筑就浮桥后，又在长江两岸设置营寨，驻兵桥南北，长达数十里，严密封锁重庆下游江面，「以杜宋援兵」。纽璘部署完毕后，以步兵与水军坚守营寨，亲率骑兵，沿乌江而南，对涪州境内及相邻州府大肆劫掠，并强迫沿途民众向蒙古军缴纳「牛豕犬各万头」。宋廷鉴于纽璘军在涪州的危害性，急诏四川制置使蒲择之、京湖制置使马光祖「战守调遣，便宜行事」；同时诏命两制司以蒙古军「在蔺市大渠浮桥及在江南作过，奸谋叵测，合行痛剿，乞立赏格，以激将士」。未几，纽璘率骑兵自涪州南下，攻掠南平军隆化县（今重庆南川县），宋京湖制司急遣湖北勇胜军统制詹均率军前往支援。詹均因周边友军配合不力，又兼本军「以步制骑，众寡几千倍」，遭遇失败，几乎全军覆没。詹氏本人亦因「创甚矢尽」而被擒，旋即不屈遇害。纽璘军击败宋勇胜军后，又自隆化县转攻思州、播州二州。为加强重庆下游防御并抗击纽璘军对乌江流域的劫掠，宋廷以「向士壁为湖北安抚副使、知峡州，兼归、峡、施、珍、南平军、绍庆府镇抚使」，抵御蒙古军侵犯。随着宋军防御力量的加强，纽璘军在思、播等州劫掠无获，被迫沿乌江北返蔺市。

三月，京湖制置使马光祖向宋廷奏报：蒙古军「自乌江还北」。宋军虽然遏制住纽璘军南侵势头，但蒙古军依然控制着蔺市两岸，重庆上下游之联系仍未打通。为彻底消除蔺市蒙古军的威胁，宋廷再次严诏四川各制司对其「为驱逐速」，「重赏募将士，毁蔺市浮桥」。同月，宋廷命吕文德为保康军节度使、四川制置副使兼知重庆府，率舟师万艘，溯流而上，支援重庆；同时，诏命六郡镇抚使向士壁率黔州军「往援」。吕文德集合涪、黔诸路宋军抵近蔺市后并未立即发动攻击，而是屯驻浮桥下游，伺机退敌：蒙古军亦未主动攻击。双方对峙长达七十日，均未先发。其间，蒙古军随时间推移，渐显水土不服之态，「士马不耐其水土，多病死」，军中又盛行疟疾和瘟疫，陷入困境。适逢长江上游冰雪溶化，致使江水暴涨，「水冒桥趾」，倾泻而下的江水将蒙古军浮桥被冲断。西岸蒙古军来不及撤退，多被水流冲溺而死：东岸石抹按只部「急撒浮桥，聚舟岸下，士卒得不死」。吕文德乘势麾军发起总攻：夔州都统甘顺此时亦率水军「自夔州逆流西上，乘舟来攻」。在宋军的强烈攻势下，蒙古军接战不利，纷纷溃退。纽璘部将火尼赤陷入宋军重围，幸被速哥救出；石抹安只则救出被围的蒙古军「别部军五百余人」。「吕文德乘风顺一鼓作气冲破蒙古军封锁，宋将曹世雄、刘整率部最先通过浮桥，获功最多。纽璘被迫集结溃军败往钓鱼山与蒙哥主力会合，阻援任务彻底失败。至此，涪州之战以蒙古军失败而告终。六月，吕文德率兵进入重庆，打通了重庆与下游间的联系。宋廷以吕文德「断桥通道有功，命兼领马军行司」，其余诸将士亦有犒赏。然而《元史·纽璘传》讳言纽璘在涪州的失败，反而记其「大败（吕）文焕（应为文德）军，获其将二人，斩之，遂班师」。该记载漏洞频为明显，纽璘军任务本为阻援，获捷后反而班师，自相矛盾，显然是所抄录的行状墓志之曲笔无疑。

开庆元年（1259年）七月，蒙哥暴毙于重庆合州城下，忽必烈与幼弟阿里不哥围绕蒙古汗位继承问题发生争夺。阿里不哥抢先发布敕令征兵于诸道，同时命留守六盘山的浑都海发兵图关陇，又派刘太平、霍鲁海到陕西，以尚书省征集粮饷「应接川蜀」的名义，图谋占据秦蜀地区。刘太平、霍鲁海到京兆后，与六盘山相为表里，「其势张甚」。浑都海时拥「骑兵二万」，其部将乞台不花有「兵数千」，驻守东川青居山：另一部将密里火者「握重兵，居成都」，纽璘奥鲁官有「精骑数千」。他们同六盘山暗中勾结，伺机而起，大有席卷秦蜀之势。

中统元年（1260年）四月，不甘示弱的忽必烈在漠南开平府宣布即位，以廉希宪、商挺为宣抚使、副，赵良弼为参议，速赴京兆，安抚川陕。刘太平、霍鲁海得到消息后，「乘驿急入京兆，密谋为变」。浑都海则杀使拒命，急调密里火者和乞台不花，各带本部兵马，火速北归为援，又重赏纽璘奥鲁官兀奴忽等金帛，以支持阿里不哥。三天以内，廉希宪、商挺等人及时赶到京兆，召集百官，「宣布诏旨」。六月，又先发制人，「遣万户刘黑马、京兆治中高鹏宵、华州尹史广，掩捕太平、霍鲁海及其党」，以谋反罪将二人处死。又遣刘黑马诛密里火者于成都，总帅汪惟正诛乞台不花于青居。秦蜀宣抚司断事官八春逮捕纽璘奥鲁官二人并其从者五十余人，将奥鲁官二人，送至京兆，请命处死，廉希宪怀安反侧，将二人释放，稳定了秦蜀局势。据《元朝名臣事略》卷七《平章廉文正王》：「四川大帅纽璘一军私属，与六盘密迩，其副将乞台不华亲戚军属，并在北廷，其心皆不可测」。《元史·廉希宪传》：「西川将纽鄰奥鲁官，将举兵应浑都海」，不难看出，纽璘一军私属（奥鲁官）的确与浑都海有所勾结，但不能说明纽璘是支持阿里不哥，只是纽璘军中将领与阿里不哥牵涉较多，原因主要是「亲戚属军」都在阿里不哥「北廷」。又据《元史·赵良弼传》记载：「今浑都海日夜思北归，纽郭迁延不即行，当先遣使奉上旨促纽璘入朝」，此时，纽璘「迁延不即行」是持观望态度。而《蒙兀儿史记·纽璘传》记载：「宪宗崩，世祖即位，而阿里不哥自立，纽璘年少鸷勇，未有定志，欲举兵应阿里不哥」。《元史》本纪、列传中并没有提起纽璘支持阿里不哥的记载，因此，此记不可采信。在此之前，五月赵良弼察访秦蜀事宣后曾奏报说：「纽鄰总秦、川蒙古诸军，多得秦、蜀民心，年少鸷勇，轻其就，当宠以重职，疾解其兵柄」。忽必烈采纳了赵良弻的建议。

八月，忽必烈遣使诏纽璘入朝，赐虎符及黄金五十两，白金两千五百两，马二匹。纽璘遂派梁载立招降黎（今四川汉源）、雅（今雅安）、碉门（今天全县）、岩州（今四川泸定）、偏林关诸蛮，获得汉民、吐蕃二万余户。

景定二年（1261年）五月，忽必烈「诏速哥分西川兵及陕西诸军属纽璘，镇秦、巩、唐兀之地」。「唐兀之地」即秦陇河西地区，隶属于陕西行省。四川是纽璘家族的发迹之地，是太答儿、纽璘父子经营了近十年的地方，其潜在的势力与便利不容忽视。而「秦、巩、唐兀之地」，一方面，秦、巩此时还是阔端与汪世显两家的势力范围，关陕有忽必烈的分地，纽璘入关，必受此三家掣肘。另一方面，关陕连着河西与西道诸王，是阿里不哥与忽必烈在漠南争夺的重点战场，关陕若失，阿里不哥从漠北与河西两个方向掩击忽必烈，则忽必烈汗位堪忧。

川蜀是蒙哥时代的主要战场，蒙古投入了大量军力，防御关陕，从川蜀调兵最为方便，但西川及陕西诸军亦非纽璘旧属，忽必烈调纽璘统率一支新的军队去镇守秦、巩、唐兀这一前线阵地，虽然是局势需要，也或许是对纽璘的信任，但纽璘却未必领情，纽璘甚至会怀疑忽必烈是在趁机削弱自己势力，这从这次调动引发了纽璘与刘整的矛盾激化可以推测出来。此次调动与刘整降元有一定关系。总之，纽璘在中统初年的汗位争夺中采取观望态度，经过忽必烈及其谋臣的笼络最终站到了忽必烈一方，并取得了新汗的信任，扩大了权势，但忽必烈的信任还是有所保留的。

六月，南宋泸州守将刘整率部下官吏二十七人，十五郡都、户三十万投降蒙古。十月，宋廷任吕文德兼四川宣慰使，命他率军收复泸州，纽璘奉命增援刘整，大败吕文德，「遂徒泸州民于成都、潼川」。《元史·纽璘传》记载：「（中统）三年，宋将刘整以泸州降，吕文焕（文德）围之，诏纽璘以兵往援，文焕败走。」此处时间有误，据《元史》世祖本纪及刘整本传记载，刘整是此年降于蒙古。中统三年（1262年）七月，刘整奉命入朝，「授行中书省于成都、潼川两路，赐银万辆，分给军士之失业者，仍兼都元帅，立寨诸山，以遏宋兵。同列嫉整功，将谋陷之，整惧请分帅潼川」。《元史·刘整传》所谓「同列嫉整功，将谋陷之」的「同列」，从后文揭示的史料可以看出是指西川大帅纽璘。

此时，忽必烈与阿里不哥的汗位争夺战尚在继续，川蜀是蒙古攻宋的主战场，许多将领与蒙哥关系密切，将纽璘调离成都，这触动了曾经处于观望状态的纽璘的防范心。而纽璘显然不愿离开四川，又不敢对抗朝命，于是「谋陷」降将刘整，使其知难而退，对忽必烈的任免来了一手斧底抽薪。忽必烈此时不可能与纽璘决裂，只好采纳刘整的意见，改任其为潼川路都元帅。刘整最初仕金国，趁乱入宋，投到隶京湖制置使孟珙麾下，宝祐二年（1254年）随四川宣抚使李曾伯入蜀，成为四川制置司下四大主将之一。宝祐六年（1258年)，他率军在江箭滩（今四川遂宁境内）阻截纽璘军，以功报捷。宝祐七年（1259年)，又与曹世雄「出奇斫桥袭寨」，将纽璘军架设在涪州蔺市的浮桥攻断，同奏断桥之功。

文献记载纽璘「谋陷」刘整的事情应是在刘整降元后同朝为官时期。刘整降元时，都元帅纽磷镇守成都。此时忽必烈任刘整行省成都，刘整无疑有抢纽璘地盘之嫌，蒙古的诸王、将帅们有将所克地盘视为势力范围的传统，忽必烈不会不明白这一点，可是忽必烈可以不理会这一点，刘整却不能不理会，于是惧而不分省成都，只能「分帅潼川」。刘整由金入宋，又降元，并无操行可言，忽必烈重用刘整，除了刘整的个人才能之外，很重要的一点就是展现优待降将的姿态。因为刘整未就成都行省之职，故纽璘亦未调往秦巩唐兀之地，但这次任免在纽璘与刘整、与忽必烈之间都埋下嫌隙。随后纽璘与刘整产生了严重的纠纷，有可能涉及到朝政。

中统四年（1263年），纽璘被刘整诬告，征至开平，经调查无事，忽必烈下令释放。纽璘回途中在昌平便死去。元廷追封为蜀国公，谥忠武。

《元史·卷一百二十九 列传第十六》

《新元史·卷一百六十四·列传第六十一》