当时青海地区盛行黄教（喇嘛教），寺庙遍及各地，喇嘛众多，其中以位于今湟中的塔尔寺和互助的郭隆寺（汉译佑宁寺）最有声望和影响力。九月，青海塔尔寺大喇嘛察罕诺们汗（察罕丹津亲王之侄，并非在平定罗卜藏丹津之后被清朝奖励的那个三世夏茸尕布，因为塔尔寺大喇嘛 察罕诺门汗战后被处决了，察罕诺门汗应该是部落地名及职务名称，因此后来有青海察罕诺们汗旗），和郭隆寺的部分喇嘛先后参加叛乱，这个察罕诺门汗，是蒙古大贵族，在青海是个“番夷信响”的宗教领袖，深得众人信仰。他参与叛乱，叛军一时势力大增，接着，郭隆寺、郭莽寺等寺院也相继叛乱。“远近风靡，游牧番子、喇嘛等二十余万，同时骚动。” “挑唆远近喇嘛及百姓20余万人，掠牛马，烧草谷，抗官兵，犯西宁。青海大乱。” 史载：“西宁数百里之内，一切有名寺院喇嘛皆披甲执械，率其佃户僧俗人等，攻城打仗，抢掠焚烧，无所不至。” 罗卜藏丹津一时聚众20余万。攻打西宁。

年羹尧上奏折给雍正帝，汇报西宁附近的情况时说：“其围南川、西川、北川也，每处有贼二三千人，以势驱逐附近番子，攻城放火，烧毁民间积聚草谷，抢掠财物，其未受蹂躏者，西宁城外十余里耳。”可见形势之严峻。

雍正皇帝获悉罗卜藏丹津叛乱以后，作了两手布置：一方面令川陕总督年羹尧办理平叛军务，另一方面农历七月派兵部侍郎常寿到罗卜藏丹津驻地沙拉图传达朝廷旨意，令其罢兵停战，希望通过和平手段解决问题。但罗卜藏丹津不仅拒绝了朝廷的劝谕，反而拘禁常寿（他表面上声称听从劝告，而以亲王察罕丹津、郡王额尔德尼额尔克托克托鼐谋据唐古特，诸台吉不服诡称，骗取常寿信任，将他诱至察罕托罗海，囚禁为质），并进一步加强了对西宁周围地区的攻势，于雍正元年十月（1723年11月）对西宁府周围的南川申中堡、西川镇海堡与北川新城等地发动了大规模进攻。

雍正皇帝只能以武力解决青海问题。十月，朝廷任命川陕总督年羹尧为抚远大将军， 从陕甘各地调集精兵往青海平定罗卜藏丹津的反叛。原跟随罗卜藏丹津的各部蒙古首领纷纷叛离，投降清军。雍正二年（1724年）农历正月，清朝政府又任命岳钟琪为奋威将军。二月，岳钟琪进军至青海湖，击败哈喇河畔的罗卜藏丹津驻军，然后分三路西征。三月，岳钟琪率中路军直取柴达木，擒获罗布藏丹津的生母阿尔腾喀吞；副都统达鼐率兵追只至花海子，擒获其主要部将数人，罗卜藏丹津彻底失败，只带领少数随从逃往新疆准噶尔。乾隆二十年（1755年）， 清军在新疆平定准噶尔攻占伊犁时，罗卜藏丹津被俘，朝廷免去他的死罪，将他软禁于北京。后来和他的亲属一起，被安置到内蒙古正黄旗监视居住。详细过程如下：

雍正元年十月，清朝政府任命年羹尧为抚远大将军进驻西宁，指挥平叛大军，又以四川提督岳钟琪为奋威将军，参赞军务，并从陕西、四川、甘肃、内蒙古等地调集大军到青海平乱。年羹尧根据青海叛乱的形势进行了军事部署，先分兵于永昌隆吉河防守，以防止叛军内犯；后驻兵于巴塘、里塘、黄胜关等处，截断叛军入藏之路；又奏请朝廷令福宁安等领兵屯驻吐鲁番及嘎斯泊，阻止罗卜藏丹津与准噶尔部策妄阿喇布坦相勾结，形成了对罗卜藏丹津的战略包围之势。就在清朝平叛大军尚未到达之际，罗卜藏丹津叛军开始围攻西宁。清军守卫兵力空虚，但年羹尧镇定自若，以“空城计”和“疑兵计”坚守城池，并派奇兵夜袭敌营，大获成功。

十二月底，岳钟琪率大军赶到后，清军对西宁附近地区的叛军展开了猛烈的攻击，同时开始了招降活动。在清军的攻击下，叛军的据点和寺院逐个丧失。塔尔寺也被清军攻破，察罕诺门汗等大喇嘛被迫投降，结果被年羹尧下令处死，参加叛乱的喇嘛僧众也遭到严厉镇压。在叛军节节败退、一部分参加叛乱的蒙古王公纷纷投降的情况下，罗卜藏丹津于十二月十三日将常寿送还清军，并附疏上奏朝廷，为自己开脱罪责。雍正皇帝置之不理，下令清军平叛到底。

叛军大部分是青海西宁塔尔寺大喇嘛察罕诺门汗（察罕丹津亲王之侄）的黄教信徒，成分复杂，也未经过什么正规军事训练，在突如其来的清军猛攻面前，一战就土崩瓦解。清军先声夺人，断了罗卜藏丹津的羽翼，罗卜藏丹津这时感到了恐惧，暗悔当初莽撞，就把使者常寿放了回去，请求罢兵。雍正帝谕令年羹尧，表示坚决武力平叛，不许叛逆请和。清军迅猛地横扫敌军残部，罗卜藏丹津只好一路后退。十二月，蒙古原持观望态度的诸贝勒、贝子、公、台吉等率胁从叛众10余万归顺清朝。

清军继续清除西宁附近的叛军，很快收复了镇海、申中、南川、西川、北川等地。罗卜藏丹津率领叛军向西溃逃。当岳钟琪等率领三千清军进攻郭隆寺（今青海省海东市互助土族自治县佑宁寺）时，遭到这里万余名喇嘛僧众的顽强抵抗，战斗异常激烈，可僧众没有正式军事训练，死亡惨重（后改称佑宁寺）。章嘉二世逃跑后被清军俘获，押解入京，雍正皇帝以其年幼，免其一死。郭隆寺之战是平定罗卜藏丹津叛乱中最激烈的战役，用年羹尧的话说：“自三藩平定以来未有如此大战者。”

罗卜藏丹津在西宁附近战败后，率部退逃到离西宁千里之遥的柴达木河一带。在这种形势下，年羹尧提出于四月草青时，四路并进合攻青海的作战方案，而岳钟琪则提出乘春草未生，以精兵五千、马万匹，乘敌不备、远程奇袭的作战方案。年羹尧将两种方案一并上报朝廷，雍正皇帝最终采纳了岳钟琪的作战方案。这样，雍正二年二月八日，清军分三路向柴达木进剿。岳钟琪率兵自西宁出南路西进，沿途捕杀叛军的侦骑并消灭其留守部队，神不知鬼不觉地进入柴达木河上游地区。二月二十日，清军探知罗卜藏丹津大营在乌兰穆和尔，岳钟琪率军连夜拔营疾行，直捣叛军大营。当清军抵达叛军营帐时，罗卜藏丹津部属尚未起床，人不及衣，马未衔勒。清军分四路发起突然袭击，叛军猝不及防，仓皇逃散，溃不成军。罗卜藏丹津见大势已去，慌忙换上妇人衣服，与妻妾随从狼狈逃往新疆（罗卜藏丹津 “易妇人服逃走”），奔伊犁河谷、投准噶尔汗国策妄阿喇布坦。清军彻底击溃罗卜藏丹津所部，俘获其母亲和弟妹等，很快肃清了青海地区的叛军。从雍正二年二月八日到二十二日，岳钟琪率所部五千精兵，仅用十五天，奔袭千余里，直捣敌穴，为平定罗卜藏丹津叛乱立下了“奇功”。这样，清朝政府迅速平定了罗卜藏丹津叛乱。

罗卜藏丹津逃往准噶尔部以后，一直住在新疆伊犁。直到乾隆二十年清军平定准噶尔部达瓦齐叛乱后，罗卜藏丹津才向清军投降，并与他的两个儿子一起被解往北京。乾隆皇帝因蒙古各部都已归服，便免其死罪，并赏给房屋，令其居住，同时授任其二子为蓝翎侍卫。罗卜藏丹津则被软禁于北京，不许擅出，其亲属则被归入蒙古正黄旗。（比较于卫藏战争里的发难者三噶伦，他的待遇是罕见的）

罗卜藏丹津叛乱从雍正元年八月到雍正二年三月，前后只有七八个月的时间，便被清朝军队彻底平定。这一方面是由于雍正皇帝用人得当，年羹尧、岳钟琪指挥有方，清军将士英勇作战；另一方面是由于罗卜藏丹津的割据叛乱既逆当时国家统一的历史潮流而动，又违背青海地区蒙藏人民渴望和平生活的愿望，因而其失败是必然的。

罗卜藏丹津的反清叛乱，严重破坏了青藏地区和甘肃西部的社会安定和生产力发展，耗费了国家和人民的大量资财，尤其给青海厄鲁特蒙古带来了灾难性的后果。战争使蒙古族人口锐减，生产力急剧下降。反叛事件平息后，青海蒙古族被杀和逃散者已过大半。在17世纪中叶青海蒙古族鼎盛时期，人口达到20多万，而这时只剩10多万。

清朝政府采纳了年羹尧的《青海善后事宜十三条》和《禁约青海十二事》，对青海地区的政治、经济、宗教等进行了全面整顿，对蒙古族各部采取编旗设佐领措施，在这里建立了会盟和朝贡制度，将青海蒙古族置于中央政府的严格控制下，并加剧推行分化与羁縻相结合的民族政策。仿内蒙古盟旗制，将青海蒙古族仿照内蒙古扎萨克制度分编为29旗，根据“宜分别游牧居住”原则，“编制佐领，以扎萨克领之”。 各旗划定游牧界限，规定不得强占牧地，不得互相统属，不得互相往来。从此，青海蒙古族的政治地位严重下降，军事力量一蹶不振。

其次，在支持青海各族发展经济的同时，对这里的喇嘛教寺院也进行了整治。康熙末年，青海喇嘛寺院已达数千余所，“西宁寺庙喇嘛，多者二三千，少者五六百”。由于很多寺院喇嘛参加了罗卜藏丹津叛乱，清朝政府对寺院的喇嘛人数及房屋规模加以严格限制，由中央政府定期稽查。这样将对青海蒙藏等族影响较大的喇嘛寺院也置于清朝政府的控制之下。

清朝政府迅速平定了罗卜藏丹津叛乱，及随后的改造，及划分青海蒙古二十九旗，确立了中央政府对青海蒙古地区的直接统治。清廷平乱后，对青海地区的行政建制作了重大改革，裁西宁卫改置西宁府，并于雍正三年（1725年）十二月置西宁办事大臣，总理青海事务；划分青海蒙古二十九旗，由中央政府直接管辖。改镇番卫、永昌卫、古朗所为镇番县、永昌县、古浪县，改庄浪所为平番县，改甘州左卫、右卫为张掖县，改高台所为高台县。

罗卜藏丹津称乱时，一度击溃了众多不肯附乱的和硕特蒙古王公，掀起了青海蒙古的全体叛乱。但终究被清军快速镇压。

康熙三十六年清朝政府平定噶尔丹叛乱以后，康熙皇帝派额驸阿喇布坦到青海联系和硕特部。经过察罕托罗海会盟，青海和硕特诸部台吉一致议定进一步归附清朝，并前往北京朝见康熙皇帝，当时，固始汗惟一在世的儿子是第十子达什巴图尔。康熙三十七年正月，对顾始汗在青海的和硕特蒙古后代诸首领 封爵位时，顾始汗的儿子辈只有达什巴图尔（罗卜藏丹津的父亲）在世，因此，康熙皇帝册封达什巴图尔为“和硕亲王”，其余台吉分别为“多罗贝勒”、“固山贝子”及“辅国公”等。

罗卜藏丹津是达什巴图尔的儿子。康熙五十三年达什巴图尔去世后，罗卜藏丹津便承袭和硕亲王爵位，成为青海和硕特部权势最显赫的贵族。

虽然罗卜藏丹津爵位最高，但是他父亲是顾始汗的庶出、是第十子，历史上他父亲本来不受诸正支的 承认，因 达赖喇嘛 出面证明达什巴图尔是顾始汗儿子，被诸正支承认了，但终究是庶出，罗卜藏丹津是顾始汗的庶出支。

达什巴图尔系固始汗与女仆（gyog mo）之子，五世达赖喇嘛曾对青海蒙古各部首领说：“这确实是固始汗之子，是你们的叔叔（a khu），应委任为总管（spyid dpon）。”《汉藏蒙史略》（rgya bod hor sog gi lo rgyus）中说：“五世达赖喇嘛曾说过丹津法王的第四个福晋所生之子即达什。”似乎就是指此事而言。

这披露了五世达赖喇嘛强调“第四夫人”（藏夫人）的实情，即达什巴图尔是与固始汗没有婚姻关系的“侍女”所生。这一点可能引起了诸台吉对达什巴图尔地位的非议。出于前面所述对于达什巴图尔的厚望，达赖喇嘛不得不给“第四夫人”正名，以便消除对达什巴图尔的不利因素。有些文献也记载她名叫恩克（或者额尔克），很可能也是达赖喇嘛赐封的称号。至于达赖喇嘛劝解青海诸首领认可达什巴图尔在家族中的领导地位这件事，应该是在具有极高威望的元老达赖巴图尔于1690年去世后青海卫拉特联盟盟主位空缺，需要人选时所发生。但此时五世达赖也圆寂将近十年，所谓的“劝解”实际上是由第巴桑结嘉措所操控。凭借“达赖喇嘛”的劝解，达什巴图尔如愿从固始汗遗产中分得份子（ömči），康区的木里等一些地区受他直接管理，且他以青海卫拉特联盟盟主自居。这仍然引起一些首领的不满，助长了部落各自为政的格局，加深了青海卫拉特联盟的分裂。

后来当他的儿子罗卜藏丹津以继任盟主身份举起反清旗帜时，真正响应者寥寥无几，此也应是重要原因。

《清史稿·卷五百二十二·列传三百九》。