康熙二十七年（1688）翁叔元几经升迁，出任工部尚书。翁叔元在职时，上奏具疏三请：“一请复积分之法，一请令诸生习礼肃观听、一请严惩不率。”康熙帝很是赏识，采纳施行，只是积分之法无人问津。关于习礼，确定了初一、十五的朔望释菜礼，届时，六馆的士子生员，都整冠束带，彬彬有礼。关于严惩，翁叔元铨释有关曹司的种种弊端，使税收分厘不差，如剥皮骨一般，分离清楚。他曾经试了试州同知以下杂职官员，大多纳请才得谒见，毫无顾忌；翁叔元请用掣签作为等待的区别，也不行；可见不严惩不行。后来，翁叔元任职工部。往往在工部任职的官员把查办专务看作可怕、令人提心吊胆的工作，大部分任此职的人都不喜欢这个差使，总希望改任它职，以免招来祸事，殃及后代。原因是在工部承担此职难免其责。建筑工程往往超出原来预算的经费，主事官员由于害怕遭受指责，又迟迟不敢上报。在翁叔元接此任之前，近十年时间有四十三项主要工程未结账。他上任半年期间，以非同小可的魄力清理了这些陈年积案。康熙二十八年，奉准离职，回南方老家休养。直到康熙三十一年秋，翁叔元再度被皇帝召回京城，接掌刑部。翁叔元在刑部任上，为冤假错案平反，使不少人保全性命。他曾经说：“州县所奏成案，我固然知道多有冤屈。然而短期内又破不了，一概驳回，又怕白白再株连更多的人，或许还造成更多在狱中饥寒而亡的，真不知如何是好?或许刑部能匡正，而不至于由着下面官吏为所欲为。但愿这种办法能杜绝恶势力猖獗，案情有个好结果。”