1668年意大利宫廷医生佛罗伦萨实验科学院成员弗朗切斯科·雷迪用实验证明腐肉生蛆是蝇类产卵的结果，首先对自然发生说提出异议。但由于他未能正确解释虫瘿与肠道蠕虫的来源，人们认为低等动物仍可自然发生。虽然,A.van列文虎克在1674年发现了微生物，但对微生物的进一步的研究受到许多条件的限制，微生物可以自然发生的信念反而活跃起来，并于18、19世纪达到了顶峰。1745年英国天主教神甫、显微镜学家约翰·尼达姆用各种浸泡液经消毒后，仍有微生物发生，而坚持自然发生说；他由于受到法国博物学家G.-L.de布丰的支持,曾在科学界轰动一时。1775年意大利生理学家L.斯帕兰扎尼通过一系列实验，证明J.T.尼达姆实验结果是由于加热不够和封盖不严所造成，因而确信微生物是从空气带入的。他的观点在当时已接近胜利。但他的批评者宣称，由于他使浸出液在密闭管内煮沸了45分钟，杀死了管内空气中的“活力”，因而影响了自然发生。同时，法国化学家J.-L.盖·吕萨克证明发酵和腐烂都必需氧，也使反对意见得到支持，使斯帕兰扎尼的观点未能取胜。1837年施旺改进了斯帕兰扎尼的实验,通入事前经过加热或“焙烧”的空气,并以青蛙仍能在其中生活，证明并未影响“活力”的存在。但T.A.H.施旺的实验由于存在某些技术问题，结果并不稳定。其后一些学者采取措施消除空气中的微生物，但也未能保证实验取得成功。因而仍有利于自然发生的观点。