民国廿七年（1938年）5月，为避日军飞机轰炸莆田城殃及学校，全校师生分批迁至山区广业里霞溪村、西天尾渭庄、碗窑、后黄等村及城北东里等地坚持办学。

1942年8月，学校迁回仓后巷。

1948年，哲理中学70周年校庆 ，时任国民政府副总统李宗仁题词贺电、国民政府行政院院长孙科、 立法院副院长陈立夫 、司法院院长王宠惠、行政院副院长吴铁城、国防部部长何应钦、 教育部代部长陈云屏、美国驻华大使司徒雷登等为哲理中学题词祝贺。

1949年9月，晋江专署教育局、莆田县人民政府任命宋庆嵩任代校长；

1950年8月，任命黄益三任校长，领导学校变革课程，实施新中国办学方针政策。

1952年10月，晋江专署教育局、中共莆田县委、莆田县人民政府派遣共产党员干部杨国华带队进校，正式接管学校，改称“莆田第二中学”。杨国华任书记兼本校副校长。

1955年，中共莆田第二中学支部委员会成立，孟津任书记。

1956年，学校被定为福建省重点中学，成福建省“高考红旗”主力军之一。

1966年6月起，按中共中央统一部署，莆田二中师生参加文化大革命。

1968年12月，农村户籍学生回乡务农，城镇户籍学生上山下乡从事农业劳动，接受贫下中农再教育。

1969年，学校被宣布停办，校址改为他用。部分教师分流到城区仅有的两所“五七中学”任教，大部分教师下放农村。

1972年，莆田地区、莆田县政府选址城区杨梅山，重建复办莆田二中，年底教学楼基建正式动工。

1973年4月，黄金溪主持学校重建复办工作。

1974年9月，正式招生开学。

1981年，莆田二中被重新确认为省重点中学，时任党支部书记兼校长黄金溪。

1994年，莆田二中通过福建省普通中学二级级达标验收。时任校长陈金富。

1995年6月，莆田县教育局批准复办哲理中学，所收学生暂由莆田二中托管。

1997年，莆田二中通过福建省普通中学一级达标评估验收。

2002年5月，莆田二中升格隶属莆田市教育局管辖。

2003年6月，哲理中学莆田市人民政府发文确认莆田哲理中学为市属民办完全中学。

2004年5月，莆田二中党支部升格设中共莆田第二中学总支部委员会。

2005年3月，莆田二中搬迁西天尾溪白校区。

2005年12月，中共莆田市市直教育系统委员会批准，莆田二中党总支委员会增设中共哲理中学支部。

2007年10月，莆田二中党总支部升格设中共莆田第二中学委员会。

2014年7月，莆田市教育局批准成立莆田第二中学教育集团。

2019年，莆田二中被确认为福建省示范性普通高中建设学校。

2020年11月，莆田二中被授予“第二届全国文明校园”。

体育强校，百年传统

1898年，莆田二中前身哲理中学蒲鲁士等美籍校长引进西方体育，开设了篮排球、田径、体操等项目。

1908年，校长曾学理兼任体育教师，亲自教授田径知识与技术等，每学期举行一次校运会，规定每位学生选报两个项目参赛。在当时，这些体育项目活泼新颖，成为师生课余最喜爱的活动，体育很快在校内形成群体活动，从中涌现一批体育尖子，到二、三十年代，哲理中学在莆田最早涌现体育新星。

1921年夏，程天泗等四位学生被县里选派参加全省联合运动会分别夺得跳高第一、二名。

1925年，吴德懋代表中国参加第七届远东运动会，获得五项全能冠军，为祖国争得一块金牌。

1934年，哲理中学学生林启仁在省运动会荣获十项全能冠军和标枪第一名，唐元柳获标枪第三名。

20世纪40年代，威震京沪的莆田田径访问团以哲理中学为主力，历时56天，连战皆捷，成为中国体育史上破天荒的壮举。

1946年夏，美军一支篮球队途经莆田，一到就下“挑战书”，该校“旋风”队昂然迎战，二战皆捷，打得美军目瞪口呆。哲理中学为莆田体育发展首开先河。

1949年以后，跳高三星王国忠、黄寿锵和陈文藻先后打破民国大陆时期纪录；陈钟元获第一届全运会跳高冠军；

20世纪60年代，李玉凤的自行车竞技多次打破全国纪录，荣获亚洲新兴力量运动会两项冠军；李元璋作为“文革”后第一批田径健将，是国家队跳远名手，多次访问欧、亚、非三洲；邓建才选进国家田径集训队。

1973年，学校迁入新址，学生体育锻炼达标率达93%，先后被中国共青团中央评为“活跃的中学生活先进学校”，被国家体委、教委评为“全国体育传统项目先进集体”、“霍英东发展体育基金会学校奖”。

被中国田径协会授予1985-1987年“全国雏鹰起飞奖”。

1996年，国家体委、国家教委授予“全国推行《国家体育锻炼标准施行办法》先进单位”。

1984年，学校在全国第三届中学生运动会篮球分区赛获男子组第五名和精神文明奖。

1986年，获全国“田径之乡”实践田径分区赛第一名（总评第二名）。

1987年蝉联“全国‘田径之乡’实践田径分区赛”冠军，男篮在全国第三届中学生运动会中获精神文明奖。

1997年，在全国少年篮球赛获第四名。

1991年9月，国家教委副主任柳斌在莆田二中视察时亲笔题词：“全面发展，学有特长”。

2014年，林慧君获得第17届亚运会女子4X100米接力冠军、全国田径锦标赛女子200米冠军。

2018年，蔡琰娴获得第52届世界射击锦标赛女子移动靶标准速青年组个人冠军。

2019年，第二届全国青运会冲浪项目两金1铜、田径项目1金1银1铜：林珊珊、邹亦凡。

2020年，全国U17女子水球锦标赛第一名：何雨珊。

学校先后被评为全国体育传统项目先进集体、全国群众体育先进单位、全国青少年校园足球特色学校、全国青少年校园篮球特色学校和福建省体育传统特色项目学校（田径）。

蒲鲁士（1864~1918）号叟堂， 美国乌省泉田城新历克顿乡人，美国何省卫斯里神学大学道学博士。1890年起奉派来莆传道，当时废科举，兴学堂，他和夫人蒲星氏创建该校前身西学堂，设体育、英文、数学、格致等课程，筹建旧址校舍，促进学校发展，薄星氏曾三次出任该校校长。其外孙曼顿博士为中华人民共和国恢复在联合国席位作过努力，受到周恩来总理的会见。

康爵（1895~1944），字修其，号耕冰，涵江张井村人，曾在该校执教。师从蔡元培、傅斯年、黄炎培诸名家，博通经史。创办涵江图书馆，藏书逾万册，为莆田“乡贤书画艺文展览”提供大量藏本，并为之编撰提要。他纂着颇多，尤长“目录学”，所著《古今方志总目》最为宏巨，蔡元培题跋赞其“搜集既博，体例亦精”。

余文光，莆田人，男，1901年出生，初中在莆田哲理中学就读，1922年毕业于香港大学医学院；在校获得港大最高奖荣誉，被选为该校学生联合会秘书，文光以医学学士和外科学双学士毕业于香港大学，任莆田圣路加医院院长兼附属医学校校长，文光从医60年，1923年赴英国剑桥大学医学院，次年获得剑桥大学医学院公共卫生学硕士学位；为英国皇家学会会员，民国15年（1926年）返莆田，任莆田圣路加医院院长兼附属医学校长；他在1927年2月 至 1949年8月间， 专职和兼职担任莆田哲理中学校医 。莆田圣路加医院附属学校校长由院长兼任。1932年二度留英攻读F·R·C·S学位，获英国爱登堡皇家外科学院院士博士学位，民国22年（1933年）底回莆田；仍任莆田圣路加医院院长 。1936年，他第三次去英国，入伦敦大学，在贝尔哈姆医院著名教授谭那指导下，再读六个月的外科学，继而赴美国，在梅耶医院进修六个月，期间，他为发展莆田圣路加医院募集五万美元巨款，后再回莆田；仍任莆田圣路加医院院长.。

宋增矩（1886~1967），号矩民，又号湖民，城厢区人。清光绪三十一年（西元1905年）莆田最后一科秀才，入福建高等中学堂学习英语，又考入国立北京大学文学院英语系，为莆田最早获得学士学位者之一。1942年起任哲理国文教师，是一位知名地方文史学家。

朱维干（1893~1995），莆田黄石镇人，男，1918年从北京师大毕业，又赴香港大学攻读教育学。先后在厦门、上海和该校任教。1949年起，经老友陈国柱推荐，一直在福建师大任教，并精心治史，修订《莆田简志》，写成七十万字的《福建史稿》，是一位著名的福建地方史专家。

欧元怀（1893~1978），字愧安，城厢区人，男，该校毕业后于1915年赴美国，先后在西南大学文理学院和哥伦比亚大学学习，1922年毕业回国，历任厦门大学教育主任兼总务处、上海大夏大学副校长和校长。上海市工部局华人教育处教育委员、贵州省政府委员兼教育厅长。1946年为该校名誉校董，并任校友会（原同学会）会长。

林景润（1897~1946），莆田三江口新浦村人，男，字琴雨，早年从该校毕业后，入福建协和大学政治系，后赴美国芝加哥大学，并先后在美国哈佛大学、哥伦比亚大学和耶鲁大学深造。回国后，任福建协和大学教授，后又赴美国哈佛大学攻读教学法行政学，被该校授予荣誉博士。1928年出任福建协和大学校长历近二十年。1946年病故于美国。

宋尚节（1901~1944），莆田笏石坑北村人，1920年经蒲鲁士介绍，从该校赴美国韦斯里大学学习，三年修完四年的课程学分，获理化系奖金和荣誉奖，又进入俄亥俄州立大学研究院攻读化学，被选为该校国际学生会会长，1924年获科学会的金钥奖和化学硕士学位，1926年3月取得化学博士，成为莆田留学生中获得博士第一人。同年9月，转至纽约和神学院研读。1927年回母校任高中化学教师。

吴德懋（1902~1942），城厢区南门人，莆田体育先驱者，也是中国体育巨星。1923年该校毕业后进南京东南大学体育系深造，次年在全国第三届运动会上，获五项和十项全能冠军；1925年，在马尼拉举行的第七届远东运动会上，又以五项全能第一名，为中国夺得仅有一项冠军。后回东南大学任教，并为家乡增益体育人才做出色贡献。

程天泗（1903~1980），仙游县人，18岁时代表该校出席省级运动会，屡创佳绩，先后进集美高师、南京中央大学体育系深造，1930年起回莆任教，与翁祖烈、刘剑成等老师一起，建莆田体育场，培养一批批国家级优秀体育人才，是莆田“田径之乡”奠基人之一，1958年起获选为国家级田径载判员，省政协委员。

陈文杞（1904~1941），莆田常太歧尾村人，男，1923年该校培元毕业。1927年莆埔军校第五期毕业生，抗日战争时，转战各地，屡立战功。1941年被选派陆军大学深造，他毅然要求重返前线，领兵奔赴黄河防线，守卫中条山，多次给日军以沉重的打击，有久，升任第二十七师少将师长，在一次率部坚守阵地的战斗中，终因寡不敌众，中弹阵亡，年仅37岁。

陈天章（1906~1930）莆田新县外坑村人，男，化名柯芹。1922年考进哲理，接受革命思想，是陈国柱建立党团混合支部时的首批团员，1926年6月转为中共党员，先后任中共莆田特委、县委组织委员等，1929年，根据县委决定，他到沃柄一带创建了闽中第一支工农游击队，并任队长。同年夏，他领导的山区游击队与陈兆芳（亦为哲理校友）领导的沿海游击队合并为莆田工农游击队，率领20多名队员袭击江口盐兵，夺取枪弹，镇压恶棍。1930年游击队整编为中国工农红军第23军207团时任政委（后改为省工农红军游击队闽中第二支队），同年12月25日，率部在芦苇村除霸时被反动派包围，在突围中负伤被捕，在押往荔城途中，仍宣传革命。26日下午，威武不屈，在城南桥头从就义，年仅25岁。

叶焕武（1908~1980），莆田城内今梅峰街人，从哲理毕业，后从福建协和大学毕业，精通英、日语。壮年赴马来西亚开设怡和公司，热心教育等公益事业，并挺身而出拯救在海外遇难的同胞，晚年倡建兴安会馆，为马亚西亚兴安会馆总会带头捐建大学贷学金。母校百年校庆时，组织校友捐赠彩电等物品，临终前还嘱咐校友热爱母校，是一位得高望重的侨领。

林振夏（1926~1994），莆田华亭人，从哲理毕业后，1949年入复旦大学新闻系深造。福建日报总编辑，高级编辑。先后被选为中央福建省委委员、政协常委、省新闻协会副会长等。1994年病故后，省报成立专门委员会出《林振夏文集》传世。

李玉凤（1940~1986），莆田江口人，女，原系归国侨生，年仅16岁就连获全国女自行车赛两次冠军，1958年选进福建省体工队。1966年在柬埔寨亚注洲新兴力量运动会上，夺得女子自行车千米计时赛和三千米追逐赛两块金牌，后任省体工队自行车教练，培养出不少运动健将等国家级运动员。